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用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文) 被引量：2
1
作者 栾锋 姚小军 +1 位作者 张海霞 刘满仓 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期71-78,共8页
用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建... 用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图． 展开更多
关键词 比较分子力场 比较分子相似性指数分析方法 三维定量构效关系
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硝基芳烃类含能材料撞击钝度的比较分子力场分析 被引量：6
2
作者 唐自强 杨伟华 +2 位作者 堵锡华 李鸣建 冯长君 《化学研究与应用》 CSCD 北大核心 2017年第8期1211-1215,共5页
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立34种硝基芳烃类炸药分子的结构与撞击钝度(DH)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中28个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q^2)、非交叉验... 基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立34种硝基芳烃类炸药分子的结构与撞击钝度(DH)的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中28个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物作为模型验证。已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(Q^2)、非交叉验证系数(R^2)分别为0.432、0.923,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为37.9%、62.1%,表明影响撞击钝度DH的主要因素是取代基的电荷分布,其次是取代基的空间位阻。所建模型可用于指导该类化合物的设计。 展开更多
关键词 硝基芳烃类炸药 撞击钝度 比较分子力场分析 三维定量构效关系
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1－环丙基－5，7，8取代－6－氟－1，4－二氢－4－氧－3－喹啉羧酸定量构效关系的比较分子力场分析研究 被引量：4
3
作者 朱龙观 俞庆森 +2 位作者 陈凯先 林瑞森 蔡国强 《高等学校化学学报》 CSCD 北大核心 1995年第10期1592-1596,共5页
利用３Ｄ－ＱＳＡＲ中的比较分子力场分析法（ＣｏＭＦＡ）研究了标题化合物的定量构效关系。通过不同探针与空间网格点间隙的对比研究，发现以　、空间网格点间隙２０ｎｍ结果为最优。从　值来看，ＣｏＭＦＡ计算得到的模型有很高的预... 利用３Ｄ－ＱＳＡＲ中的比较分子力场分析法（ＣｏＭＦＡ）研究了标题化合物的定量构效关系。通过不同探针与空间网格点间隙的对比研究，发现以　、空间网格点间隙２０ｎｍ结果为最优。从　值来看，ＣｏＭＦＡ计算得到的模型有很高的预测性。依据ＣｏＭＦＡ系数图设计一些新化合物并预测了它们的活性，结果表明：对抑制革兰氏阳性菌有数种化合物的活性比迄今合成的化合物要高。 展开更多
关键词 氟喹诺酮 定量构效关系 比较分子力场
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应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(ΧⅢ)──用比较分子力场方法研究4-肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 被引量：2
4
作者 方亚寅 王霞 +4 位作者 李慧英 马翼 袁满雪 黄润秋 赖城明 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2001年第4期587-590,共4页
应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 ... 应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 :交叉验证 (leave-one-out)结果为 r2cv=0 .4 43 ,非交叉验证 (novalidation)结果为 r2 =0 .93 2 ,说明所建立的模型有较好的可靠性 ,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型 。 展开更多
关键词 三维定量构效关系 比较分子力场分析 4-肟醚基喹2唑啉类化合物 抗烟草花叶病毒活性 农药 结构 性能
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二氢嘧啶酮类α_(1A)-肾上腺素受体拮抗剂的比较分子力场分析 被引量：1
5
作者 张瀛 张立伟 李嘉宾 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期216-221,共6页
采用比较分子力场分析(CoMFA)构建了二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)和标准偏差(SEE)分别为0.604、0.987和0.105,研究结果显示静电场对活性的影响大于立体... 采用比较分子力场分析(CoMFA)构建了二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂的三维定量构效关系模型。交叉验证相关系数(q2)、非交叉验证相关系数(r2)和标准偏差(SEE)分别为0.604、0.987和0.105,研究结果显示静电场对活性的影响大于立体场。所构建的模型具有一定的预测能力,可用于指导设计新的二氢嘧啶酮类α1A-肾上腺素受体拮抗剂,为该类化合物的结构优化提供理论依据。 展开更多
关键词 α1A-肾上腺素受体拮抗剂 比较分子力场分析 二氢嘧啶酮
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吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂的比较分子力场分析
6
作者 黄常康 高莹 +2 位作者 刘振明 刘莹 来鲁华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第1期79-81,共3页
胞液型磷脂酶A2能引发关节炎,针对胞液型磷脂酶A2的抑制剂有可能成为治疗关节炎的特效药,因此引起了广泛的关注.文章对于吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂进行了三维定量构效关系研究,利用比较分子力场分析构建了该类分子的定量构效关系,... 胞液型磷脂酶A2能引发关节炎,针对胞液型磷脂酶A2的抑制剂有可能成为治疗关节炎的特效药,因此引起了广泛的关注.文章对于吡咯烷类胞液型磷脂酶A2抑制剂进行了三维定量构效关系研究,利用比较分子力场分析构建了该类分子的定量构效关系,得到三维等值线图,为胞液型磷脂酶A2抑制剂的进一步改造提供了有益的启示. 展开更多
关键词 胞液型磷脂酶A2抑制剂 比较分子力场分析 吡咯烷类抑制剂 抗炎症药物 结构 活性 定量构效关系
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三唑并嘧啶磺酰胺类除草剂的比较分子场法分析 被引量：3
7
作者 任天瑞 陈红明 +2 位作者 谢桂荣 周家驹 陈馥衡 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 1998年第12期1950-1953,共4页
用比较分子场分析方法，分析了三唑并嘧啶类化合物对乙酰乳酸合成酶（ＡＬＳ）抑制活性的构效关系，推测其与ＡＬＳ的空间结合模式．
关键词 三唑并嘧啶 除草剂 ALS 比较分子力场 抑制活性
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基于CoMFA方法建立预测35种苯砜基羧酸酯衍生物对发光菌急性毒性的构效关系模型
8
作者 冯惠 于洪锋 冯长君 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期289-295,共7页
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立35种苯砜基羧酸酯衍生物对发光菌急性毒性(-lgEC_(50))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中30个化合物用于建立预测模型,测试集12个化合物(含模板分子1及新设计的6个分子)作为模型验证。已建立的... 基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立35种苯砜基羧酸酯衍生物对发光菌急性毒性(-lgEC_(50))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。训练集中30个化合物用于建立预测模型,测试集12个化合物(含模板分子1及新设计的6个分子)作为模型验证。已建立的3D-QSAR模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.665、0.960,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场贡献率依次为70.0%、30.0%,表明影响急性毒性(-lgEC_(50))的主要因素是取代基的疏水性和空间契合,其次是库仑力、氢键及配位。基于三维等势图,设计了6个对发光菌具有较高急性毒性的分子,有待生物学实验验证。 展开更多
关键词 苯砜基羧酸酯衍生物 发光菌 急性毒性 比较分子力场分析 分子设计
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基于CoMFA对氟喹诺酮酰胺衍生物的分子建模与设计
9
作者 冯惠 冯长君 《化学研究与应用》 CAS 北大核心 2024年第12期2857-2862,共6页
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法研究25种氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。21个化合物组成训练集用于建立预测模型,余下9个化合物(含13号模板分子和新设计4个分子)组建测试集作为模型验证... 基于比较分子力场分析(CoMFA)方法研究25种氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的三维定量构效关系(3D-QSAR)。21个化合物组成训练集用于建立预测模型,余下9个化合物(含13号模板分子和新设计4个分子)组建测试集作为模型验证。所建训练集CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2)),对于K_(S)分别为0.333、0.883,对于K_(H)分别为0.363、0.887,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力。该模型中立体场、静电场的贡献率,对于K_(S)依次为60.3%、39.7%,对于K_(H)依次为60.8%、39.2%,表明影响抗肿瘤活性(K_(S)、K_(H))的主要因素是取代基的疏水性和空间位阻,其次是取代基的库仑力、氢键及配位作用。基于此研究结果,设计了4个具有较高预测活性的新化合物。这些发现不仅为理解氟喹诺酮C-3酰胺衍生物抗肿瘤机理提供了理论基础,也为设计抗肿瘤活性更高的化合物提供了有用信息。 展开更多
关键词 氟喹诺酮C-3酰胺衍生物 抗肝癌活性(K_(S)) 抗白血病活性(K_(H)) 比较分子力场分析 三维构效关系
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3D-QSAR和分子对接研究吲哚咔唑类细胞周期蛋白激酶抑制剂的选择性 被引量：3
10
作者 孙倪悦 陆涛 +3 位作者 陈亚东 郝兰虎 许岩 李瑞君 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第4期645-654,共10页
细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA... 细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA)建立了CDK2-QSAR(quantitative structure-activity relationship)和CDK4-QSSR(quantitative structure-selectivity relationship)模型.所建模型的交叉验证系数q2分别为0.722和0.703;非交叉验证系数r2分别为0.977和0.946,表明其具有较好的预测能力.同时,用分子对接的方法分析了这类化合物与CDK4同源模建结构的作用模式,根据这两个模型发现,吲哚咔唑类化合物的R5和R6位长链取代对CDK4的选择性具有一定的影响,而且结合其作用模式比较合理地解释了这类抑制剂的选择性原因,这对CDKs的选择性研究具有一定的指导意义. 展开更多
关键词 细胞周期蛋白激酶 吲哚咔唑衍生物 3D-QSAR 3D-QSSR 比较分子力场分析方法 分子对接
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新磺酰脲类化合物除草活性的3D-QSAR分析 被引量：13
11
作者 王宝雷 马宁 +3 位作者 王建国 马翼 李正名 李永红 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第6期577-581,共5页
用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合... 用比较分子力场分析(CoMFA)方法和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法对所合成的新磺酰脲类化合物的除草活性进行了较为系统的3D-QSAR分析.两种方法所建立的模型对化合物的除草活性预测能力均较好,所得三维等值线图为合成高活性的化合物能提供指导作用. 展开更多
关键词 磺酰脲 三维定量构效关系(3D-QSAR) 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似性指数分析(CoMSIA)
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抗癌性吲哚喹唑啉衍生物3D-QSAR研究及其分子设计 被引量：7
12
作者 钱力 沈勇 +1 位作者 陈锦灿 郑康成 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1372-1376,共5页
吲哚喹唑啉衍生物是近年来发现的一类具有良好抗癌活性的化合物．作者在最近报道的二维定量构效关系(2D-QSAR)的基础上,采用比较分子力场方法(CoMFA)进一步对该系列化合物进行三维定量构效关系(3D- QSAR)研究,建立了3D-QSAR的CoMFA模型... 吲哚喹唑啉衍生物是近年来发现的一类具有良好抗癌活性的化合物．作者在最近报道的二维定量构效关系(2D-QSAR)的基础上,采用比较分子力场方法(CoMFA)进一步对该系列化合物进行三维定量构效关系(3D- QSAR)研究,建立了3D-QSAR的CoMFA模型,其非交叉验证相关系数r2=0．986,标准偏差SD=0．084,统计方差比F=114．6,交叉验证相关系数q2=0．695,表明该模型合理、可信,并具有良好的预测能力．研究结果表明:(1)取代基R1的部位上静电效应起主要作用,并且确保取代基R1的第一个原子具有较大的净正电荷,对提高化合物的抗癌活性十分重要．这与2D-QSAR研究结果相一致．(2)取代基R2的部位上立体效应起主要作用,R2的体积大小要适中．应用这些规律进行了分子设计,在理论上获得了一些具有较高抗癌活性的新的吲哚喹唑啉衍生物,并期待实验证实．该QSAR的研究结果可为实验工作者合成新药提供理论参考． 展开更多
关键词 吲哚喹唑啉 抗癌活性 3D-QSAR 比较分子力场分析 分子设计
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基于分子对接的6-萘甲基取代HEPT类HIV-1逆转录酶抑制剂构效关系研究 被引量：8
13
作者 何严萍 胡海荣 +3 位作者 许辽萨 孟歌 范康年 陈芬儿 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期254-258,共5页
采用分子对接方法得到了一系列 6-萘甲基取代 HEPT类逆转录酶抑制剂分子与 HIV-1逆转录酶复合物模型 ,从中抽取出抑制剂分子的活性构象 ,进一步应用 Co MFA和 Co MSIA方法建立了具有较好预测能力的 3 D-QSAR模型 ,深入探讨了这些化合物... 采用分子对接方法得到了一系列 6-萘甲基取代 HEPT类逆转录酶抑制剂分子与 HIV-1逆转录酶复合物模型 ,从中抽取出抑制剂分子的活性构象 ,进一步应用 Co MFA和 Co MSIA方法建立了具有较好预测能力的 3 D-QSAR模型 ,深入探讨了这些化合物的定量构效关系 ,为进一步的药物设计奠定了良好的基础 .另外 ,以化合物 1 3及其相应的 β异构体 2 4为代表 ,结合量子化学从头算分子轨道理论方法考察了它们的前线轨道 ,为阐明 α和 β系列化合物的活性差异提供了理论依据 . 展开更多
关键词 键词HIV-1逆转录酶抑制剂 HEPT类似物 分子对接 比较分子力场分析(CoMFA) 比较分子相似因 子分析(CoMSIA) 量子化学从头算
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氰基吡咯烷类FAP抑制剂的分子对接及3D-QSAR研究 被引量：3
14
作者 汪斌 常自超 +3 位作者 舒茂 王远强 林勇 林治华 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期947-953,共7页
成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等... 成纤维细胞激活蛋白(FAP)与肿瘤微血管的形成和肿瘤的生长密切相关,是药物设计的理想靶点。本文运用分子对接分析51个(4-喹啉)-甘氨酰-氰基吡咯烷衍生物与FAP受体的相互作用,研究结果表明吡咯烷衍生物与FAP受体ASP46、THR51、GLN721等氨基酸残基形成氢键和立体作用。采用比较分子力场分析(Co MFA)和比较分子相似性指数分析(Co MSIA)组合场进行3D-QSAR研究。Co MFA和Co MSIA模型的q2及r2分别为0.821,0.967和0.710,0.951,3D-QSAR结果表明模型具有较强的预测能力。3D-QSAR等势图显示小分子的立体、静电、疏水、氢键等性质影响生物活性,与分子对接结果一致,为设计出更高活性吡咯烷类抑制剂提供借鉴。 展开更多
关键词 成纤维细胞激活蛋白 分子对接 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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苯并噁嗪酮衍生物的3D-QSAR分析 被引量：4
15
作者 蒋玉仁 秦伟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1859-1863,共5页
苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.7... 苯并噁嗪酮衍生物是近年来发现的一类抗血小板聚集化合物,在前人研究的基础上利用比较分子场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)对23个苯并噁嗪酮衍生物进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究.其中CoMFA模型交叉验证系数Q2=0.703,回归系数R2=0.994,计算值与实验值的平均方差SEE=0.053,统计方差比F=184.773;CoMSIA模型Q2=0.847,R2=0.992,SEE=0.058,F=171.670.两种方法得到的模型都具有较好的预测能力.结果表明,标题化合物中8-位取代基R1静电效应起主要作用;2-位取代基R2立体效应占主导作用,但官能团大小要适中.根据研究结果设计了六种活性较高的化合物. 展开更多
关键词 苯并噁嗪酮衍生物 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析
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新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的比较定量构效关系研究 被引量：5
16
作者 王美怡 马翼 +1 位作者 李正名 王素华 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2009年第7期1361-1364,共4页
采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,对26个新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的除草活性进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了三维定量构效关系CoMFA模型(R2=0.948,F=91.364,SE=0.141).结果表明,此类磺酰脲类化合物的... 采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,对26个新型苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲类化合物的除草活性进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)研究,建立了三维定量构效关系CoMFA模型(R2=0.948,F=91.364,SE=0.141).结果表明,此类磺酰脲类化合物的除草活性与苯环5位取代基的立体结构和电场性质密切相关.根据CoMFA模型的立体场和静电场三维等值线图不仅直观地解释了结构与活性的关系,而且为进一步设计高活性的目标化合物提供理论依据. 展开更多
关键词 比较分子力场分析(CoMFA) 三维定量构效关系(3D—QSAR) 苯环5-(取代)苯甲酰胺基苯磺酰脲 类化合物
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马来酰胺类糖原合成酶激酶-3β抑制剂的分子对接和三维定量构效关系(英文) 被引量：4
17
作者 魏卓 张怀 +1 位作者 崔巍 计明娟 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期890-896,共7页
通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似... 通过分子对接和三维定量构效关系(3D-QSAR)两种方法来确定两类马来酰胺类的糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)抑制剂的结合方式.首先,用分子对接确定抑制剂与GSK-3β的结合模式及其相互作用;然后用比较分子力场分析法(CoMFA)与比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)对48个化合物做三维定量构效关系的分析.两种方法得出的交互验证回归系数分别为0.669(CoMFA)和0.683(CoMSIA),证明该模型具有很好的统计相关性,同时也说明该模型具有较高的预测能力.根据该模型提供的信息,设计出9个预测活性较好的分子. 展开更多
关键词 糖原合成酶激酶3Β 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法 分子对接
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亲电酮类HDAC抑制剂的3D-QSAR和分子对接研究 被引量：4
18
作者 赵彩红 相玉红 张卓勇 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期814-820,共7页
组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparativ... 组蛋白去乙酰化酶抑制剂(histone deacetylase inhibitor,HDACi)是近年来治疗癌症的重要靶向药物,其中羟氨酸类,苯甲酰胺类多种药物已进入临床试验阶段,但对于亲电酮类HDACi还有待于进一步研究,本研究应用比较分子力场分析法(comparative molecular field analysis,CoMFA),比较分子相似性指数法(compara-tive similarity indices analysis,CoMSIA)对29个亲电酮类HDAC抑制剂分子进行了定量构效关系分析,CoMFA模型的q2=0.668,r2=0.999;CoMSIA模型的q2=0.686,r2=0.995,所建模型预测能力较好。分子对接(sur-flex-dock)研究也进一步揭示出抑制剂分子与蛋白酶的作用模式,结合其作用模式比较合理地探讨了这类抑制剂的活性原因,为设计新型高效的亲电酮类HDACi提供了理论依据。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶抑制剂 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数法 分子对接
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基于对接的植物激素3D-QSAR和分子动力学模拟 被引量：3
19
作者 蒙延娟 易忠胜 +1 位作者 艾芳婷 张爱茜 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期880-890,共11页
采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究植物雌激素类化合物与雌激素受体的相互作用机制,对接结果表明,雌激素受体活性位点的疏水和氢键作用是影响植物雌激素化合物活性的主要原因,植物雌激素类化合物主要与氨基酸残基GLU353、ARG394... 采用分子对接和分子动力学(MD)模拟方法研究植物雌激素类化合物与雌激素受体的相互作用机制,对接结果表明,雌激素受体活性位点的疏水和氢键作用是影响植物雌激素化合物活性的主要原因,植物雌激素类化合物主要与氨基酸残基GLU353、ARG394、HIS524和LEU525之间形成氢键.然后以对接后的分子构象进行分子结构叠合,结合比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)方法建立了3D-QSAR模型.CoMFA模型的交叉验证相关系数(Q2)和非交叉验证相关系数(R2)值分别为0.676和0.994,标准估计误差SEE和F统计量分别为0.143和342.115;CoMSIA模型的Q2=0.565,R2=0.972,SEE=0.286和F=111.480.结果表明,CoMFA和CoMSIA模型具有良好的稳定性和预测能力,可为植物雌激素的雌激素效应研究提供有力的支持.采用MD模拟研究了小分子和受体蛋白的动力学情况,为对接结果的合理性提供了验证. 展开更多
关键词 植物雌激素 分子对接 三维定量构效关系 比较分子力场分析 比较分子相似性指数分析 分子动力学模拟
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噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性的CoMFA模型与分子设计 被引量：2
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作者 唐自强 冯惠 冯长君 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2021年第3期35-40,共6页
基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立25种噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR).训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含模板分子)作为模型验证.已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))... 基于比较分子力场分析(CoMFA)方法建立25种噻吩并嘧啶衍生物抗胃癌活性(pM)的三维定量构效关系(3D-QSAR).训练集中20个化合物用于建立预测模型,测试集6个化合物(含模板分子)作为模型验证.已建立的CoMFA模型的交叉验证系数(R_(cv)^(2))、非交叉验证系数(R^(2))分别为0.369、0.831,说明所建模型具有较强的稳定性和良好的预测能力.该模型中立体场、静电场贡献率依次为40.9%、59.1%,表明影响抗胃癌活性(pM)的主要因素是取代基的库仑力、氢键及配位,其次是取代基的疏水性和空间位阻.基于此研究结果,设计了4个具有较高抗胃癌活性的新化合物,有待医学实验验证. 展开更多
关键词 噻吩并嘧啶衍生物 抗胃癌活性 比较分子力场分析 分子设计
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