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青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析
被引量：
3
1
作者
杨振菲
马志杰
+4 位作者
陈生梅
白诗睿
李广祯
李文浩
李剑
《青海畜牧兽医杂志》
2022年第1期1-6,共6页
为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等...
为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分析,探究其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。结果表明:在祁连牦牛mtDNA D-loop区692bp序列比对分析中,排除2处插入/缺失后共发现33处多态位点,其中单一多态位点3处、简约信息位点30处;共确定了17种单倍型,其中单倍型H2由19个个体共享,为优势单倍型;计算得到祁连牦牛群体的单倍型多样度为0.850±0.037,核苷酸多样度为0.016±0.008。与野牦牛及大通、青海高原、天祝等其他家牦牛品种相比,祁连牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体的母系遗传变异较低,具有较低的母系遗传多样性。系统发育分析表明祁连牦牛的17种单倍型分属于5种单倍型组(即A、B、C、D和E),可分为2个大的母系支系(即支系Ⅰ和支系Ⅱ),推测其有2个母系起源。
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关键词
祁连牦牛
mtDNAD-loop区
母系遗传多样性
群体结构
母系
起源
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职称材料
建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
被引量：
6
2
作者
周凡莉
黄卫平
+4 位作者
金素钰
杨世忠
黄林
饶开晴
郑玉才
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第1期63-73,共11页
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型...
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。
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关键词
建昌马
mtDNA
D-LOOP
母系遗传多样性
系统进化
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职称材料
题名
青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析
被引量：
3
1
作者
杨振菲
马志杰
陈生梅
白诗睿
李广祯
李文浩
李剑
机构
青海大学畜牧兽医科学院
青海省高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室
青海省祁连县畜牧兽医站
出处
《青海畜牧兽医杂志》
2022年第1期1-6,共6页
基金
国家自然科学基金(31960656)
中国科学院“西部之光”人才培养引进计划(“西部青年学者”)项目(3-1)。
文摘
为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分析,探究其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系。结果表明:在祁连牦牛mtDNA D-loop区692bp序列比对分析中,排除2处插入/缺失后共发现33处多态位点,其中单一多态位点3处、简约信息位点30处;共确定了17种单倍型,其中单倍型H2由19个个体共享,为优势单倍型;计算得到祁连牦牛群体的单倍型多样度为0.850±0.037,核苷酸多样度为0.016±0.008。与野牦牛及大通、青海高原、天祝等其他家牦牛品种相比,祁连牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较低,表明该群体的母系遗传变异较低,具有较低的母系遗传多样性。系统发育分析表明祁连牦牛的17种单倍型分属于5种单倍型组(即A、B、C、D和E),可分为2个大的母系支系(即支系Ⅰ和支系Ⅱ),推测其有2个母系起源。
关键词
祁连牦牛
mtDNAD-loop区
母系遗传多样性
群体结构
母系
起源
Keywords
Qilian yak
mtDNA D-loop region
Maternal genetic diversity
Population structure
Maternal origin
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
被引量：
6
2
作者
周凡莉
黄卫平
金素钰
杨世忠
黄林
饶开晴
郑玉才
机构
西南民族大学
四川省凉山州畜牧科学研究所
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020年第1期63-73,共11页
基金
四川省应用基础课题(2019YJ0255)
中央高校基本科研业务费课题(2018NZD15)
文摘
试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。
关键词
建昌马
mtDNA
D-LOOP
母系遗传多样性
系统进化
Keywords
Jianchang horse
mtDNA D-loop
genetic diversity
phylogenetic
分类号
S813.3 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析
杨振菲
马志杰
陈生梅
白诗睿
李广祯
李文浩
李剑
《青海畜牧兽医杂志》
2022
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析
周凡莉
黄卫平
金素钰
杨世忠
黄林
饶开晴
郑玉才
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2020
6
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