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基于残基相互作用网络比对的木聚糖酶热稳定性研究被引量：3: 1; 作者陶斯涵丁彦蕊《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期760-768,共9页; 研究木聚糖酶的耐热机制能够提升工业生产效率和经济效益。本文使用SI-MAGNA残基相互作用网络比对算法,对来自嗜热子囊菌的耐热型木聚糖酶(Ta-XYNA)和来自变铅青链霉菌(SlXln A)的常温型木聚糖酶进行网络比对,以探究影响两者结构稳定性... 展开更多; 关键词热稳定性残基相互作用网络比对 SI-MAGNA算法木聚糖酶; 在线阅读下载PDF 职称材料

引入序列信息的残基相互作用网络比对算法被引量：2: 2; 作者陶斯涵丁彦蕊《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第11期3413-3426,共14页; 残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基... 展开更多; 关键词残基相互作用网络比对序列信息网络拓扑信息残基匹配度蛋白质热稳定性; 在线阅读下载PDF 职称材料

残基相互作用网络特征与木聚糖酶耐热性的关系: 3; 作者季静思丁彦蕊《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1284-1293,共10页; 残基相互作用网络是体现蛋白质中残基与残基之间协同和制约关系的重要形式。残基相互作用网络的拓扑性质以及社团结构与蛋白质的功能和性质有密切的关系。本文在构建一系列耐热木聚糖酶和常温木聚糖酶的残基相互作用网络后,通过计算网... 展开更多; 关键词木聚糖酶残基相互作用网络耐热性社团; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究被引量：1: 4; 作者饶榕丁彦蕊《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期78-84,共7页; 水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络... 展开更多; 关键词残基-水相互作用网络网络拓扑特征网络聚类木聚糖酶热稳定性; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于残基相互作用网络比对的木聚糖酶热稳定性研究被引量：3: 1; 作者陶斯涵丁彦蕊; 机构江苏省媒体设计与软件技术重点实验室江南大学工业生物技术教育部重点实验室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期760-768,共9页; 基金国家自然科学基金项目(No.21541006)资助~~; 文摘研究木聚糖酶的耐热机制能够提升工业生产效率和经济效益。本文使用SI-MAGNA残基相互作用网络比对算法,对来自嗜热子囊菌的耐热型木聚糖酶(Ta-XYNA)和来自变铅青链霉菌(SlXln A)的常温型木聚糖酶进行网络比对,以探究影响两者结构稳定性和热稳定性的因素。通过比对结果分析证实,(βα)8-桶结构的低序列保守性及β折叠对结构稳定性的作用;发现Sl-Xln A的loop1区域中独有1个3_(10)-螺旋结构影响了结构稳定性;Ta-XYNA中的α_1'短螺旋结构和相对较短的β_4α_4-loop区域有助于提升其结构稳定性和酶的热稳定性;推测Ta-XYNA的β_4α_4-loop区域中独有的氢键转折结构、Sl-XlnA的loop6区域中独有的2个β桥结构可能引起空间结构的细微差异,从而影响酶的热稳定性。; 关键词热稳定性残基相互作用网络比对 SI-MAGNA算法木聚糖酶; Keywords thermostability residue interaction network alignment algorithm SI-MAGNA xylanase; 分类号 Q71 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名引入序列信息的残基相互作用网络比对算法被引量：2: 2; 作者陶斯涵丁彦蕊; 机构江苏省媒体设计与软件技术重点实验室(江南大学) 工业生物技术教育部重点实验室(江南大学); 出处《软件学报》 EI CSCD 北大核心 2019年第11期3413-3426,共14页; 基金国家自然科学基金(21541006) 留学回国人员科研启动基金~~; 文摘残基相互作用网络比对,对于研究蛋白质结构与功能的关系具有重要意义.在基于网络拓扑信息进行网络比对的MAGNA算法基础上,将蛋白质的序列信息(即残基匹配度)引入到其优化函数中,确定拓扑信息和序列信息对比对的影响程度,提出适合于残基相互作用网络比对的SI-MAGNA算法.实验结果表明,SI-MAGNA算法比现有的基于网络拓扑信息的经典比对方法(GRAAL、MI-GRAAL、MAGNA和CytoGEDEVO)具有更高的边正确性(edge correctness,简称EC).最后,使用SI-MAGNA算法对来自不同耐热温度的生物的同源蛋白质进行网络比对和分析,探索蛋白质结构对其热稳定性的影响.; 关键词残基相互作用网络比对序列信息网络拓扑信息残基匹配度蛋白质热稳定性; Keywords residue interaction network alignment sequence information network topological information residue matching degree protein thermal stability; 分类号 TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名残基相互作用网络特征与木聚糖酶耐热性的关系: 3; 作者季静思丁彦蕊; 机构江苏省媒体设计与软件技术重点实验室江南大学理学院江南大学工业生物技术教育部重点实验室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1284-1293,共10页; 基金国家自然科学基金项目(No.21541006)资助~~; 文摘残基相互作用网络是体现蛋白质中残基与残基之间协同和制约关系的重要形式。残基相互作用网络的拓扑性质以及社团结构与蛋白质的功能和性质有密切的关系。本文在构建一系列耐热木聚糖酶和常温木聚糖酶的残基相互作用网络后,通过计算网络的度、聚类系数、连接强度、特征路径长度、接近中心性、介数中心性等拓扑参数来确定网络拓扑结构与木聚糖酶耐热性的关系。识别残基相互作用网络的hub点,分析hub点的亲疏水性、带电性以及各种氨基酸在hub点中所占的比例。进一步使用GA-Net算法对网络进行社团划分,并计算社团的规模、直径和密度。网络的高平均度、高连接强度、以及更短的最短路径等表明耐热木聚糖酶残基相互作用网络的结构更加紧密;耐热木聚糖酶网络中的hub节点比常温木聚糖酶网络hub节点具有更多的疏水性残基,hub点中Phe、Ile、Val的占比更高。社团检测后发现,耐热木聚糖酶网络拥有更大的社团规模、较小的社团直径和较大的社团密度。社团规模越大表明耐热木聚糖酶的氨基酸残基更倾向于形成大的社团,而较小的社团直径和较大的社团密度则表明社团内部氨基酸残基的相互作用比常温木聚糖酶更强。; 关键词木聚糖酶残基相互作用网络耐热性社团; Keywords xylanase residue interaction network heat resistance community; 分类号 Q71 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究被引量：1: 4; 作者饶榕丁彦蕊; 机构江南大学物联网工程学院江南大学数字媒体学院江南大学工业生物技术教育部重点实验室; 出处《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期78-84,共7页; 基金国家自然科学基金项目(21541006); 文摘水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络中节点的度、聚类系数、接近中心性和节点中心性,发现水的这些参数均与木聚糖酶耐热性成正相关关系。耐热木聚糖酶中度为2的hub水数量要比常温酶多,可见水在耐热木聚糖酶中参与了更多的相互作用。以度为2的水为聚类中心,以氨基酸残基节点的度18为阈值进行聚类。子网表明hub水多与hub残基聚为一类,即网络存在"富人俱乐部"现象。这表明,水不仅参与了耐热木聚糖酶的残基-水相互作用,还加强了残基-残基相互作用,更有利于酶形成稳定的结构来抵御高温。; 关键词残基-水相互作用网络网络拓扑特征网络聚类木聚糖酶热稳定性; Keywords residue-water interaction network network topological characteristics network clustering the thermal stability of xylanase; 分类号 Q81 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于残基相互作用网络比对的木聚糖酶热稳定性研究	陶斯涵丁彦蕊	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2018	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	引入序列信息的残基相互作用网络比对算法	陶斯涵丁彦蕊	《软件学报》 EI CSCD 北大核心	2019	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	残基相互作用网络特征与木聚糖酶耐热性的关系	季静思丁彦蕊	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2019	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究	饶榕丁彦蕊	《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心	2019	1	在线阅读下载PDF 职称材料