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应用nanoLC-MS/MS分析毛白杨次生维管系统的蛋白质表达谱
被引量：
3
1
作者
蒋淑磊
陈加飞
+1 位作者
赵树堂
卢孟柱
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期43-53,共11页
基于1DE的nanoLC-MS/MS方法分析毛白杨次生维管系统的蛋白质组,成功鉴定:14个蛋白质参与细胞分裂,7个转录因子,22个与细胞骨架相关蛋白质,31个与细胞信号转导相关蛋白质,14个与细胞壁相关蛋白质。显示这些蛋白质相应基因参与形成层活动...
基于1DE的nanoLC-MS/MS方法分析毛白杨次生维管系统的蛋白质组,成功鉴定:14个蛋白质参与细胞分裂,7个转录因子,22个与细胞骨架相关蛋白质,31个与细胞信号转导相关蛋白质,14个与细胞壁相关蛋白质。显示这些蛋白质相应基因参与形成层活动的调控,为进一步了解木材形成的分子机制奠定基础。
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关键词
液相色谱-串联质谱
蛋白质表达谱
次生维管系统
毛白杨
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职称材料
毛白杨次生维管系统再生过程的基因表达
被引量：
1
2
作者
唐芳
赵树堂
+2 位作者
王丽娟
宋学勤
卢孟柱
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期52-65,共14页
【目的】次生维管系统再生能够在树干维管系统丧失后通过去分化、再分化或转分化等组织修复手段实现维管组织的再生。为了鉴定和研究次生维管系统发育相关的重要基因和调控元件,本文利用毛白杨次生维管再生系统,分析了不同再生时期的基...
【目的】次生维管系统再生能够在树干维管系统丧失后通过去分化、再分化或转分化等组织修复手段实现维管组织的再生。为了鉴定和研究次生维管系统发育相关的重要基因和调控元件,本文利用毛白杨次生维管再生系统,分析了不同再生时期的基因表达模式,为进一步揭示木材形成的基因调控机制奠定基础。【方法】将4年生毛白杨无性系在形成层活动旺盛期进行环剥取样。对剥皮后的树皮内侧和树干表面的样本,以及再生第7、10、14、18和21天5个不同时期获取的再生材料进行高通量转录组分析,并利用基因共表达分析(WGCNA)方法,得到与不同再生时期密切相关的模块,并对这些特异表达的基因进行表达网络和生物学功能分析。【结果】将第0天(剥皮当天)树皮内侧样本与树干表面样本、再生第7天样本与树干表面样本,以及相邻再生时期的样本进行表达差异分析。对得到的14202个差异基因进行WGCNA分析,构建基因共表达网络,获得与维管再生过程相关的10个共表达模块。其中,Grey60模块的基因在再生第7天样本和树皮内侧样本中特异表达,主要涉及DNA复制、有丝分裂、细胞分裂和微管运动等功能;该模块还含有大量与表观遗传调控、细胞周期相关的基因,它们在再生第7天的高表达可能激活了脱分化木质部细胞的增殖和组织类型的改变,使其获得再分化能力。此外,Pink模块的基因在第0天成熟维管组织样本中的表达量极低,但在再生过程中表达呈上升趋势,到第21天达到最高值;这些基因主要参与细胞分裂、细胞壁修饰、韧皮部发育、碳水化合物代谢、DNA的转录调控等相关的生物学途径。Pink模块中与韧皮部分化相关的标记基因,比如APL、NAC45/86、DOF、BSPA、PP2和SUS的表达被重新激活,与调节形成层细胞增殖和分化的CLE41/44和CLV1一样,表达量都是从再生第10天开始逐渐增加。到次生维管系统再生后期的第18天和第21天,形成层已经完成了结构重构并能进行细胞的分裂、分化,此时木质部标记基因和次生壁调控因子有较高的表达。【结论】毛白杨次生维管系统再生早期,脱分化的木质部细胞通过表观遗传和细胞周期调控重新获得细胞分生能力;之后,韧皮部的细胞分化程序被启动,再生形成层开始细胞增殖和分化;到再生后期,通过相关基因调控,形成层再分化木质部和韧皮部。通过对次生维管组织再生过程中基因的表达分析和调控模块的鉴定,进一步验证了次生维管再生的遗传调控基础,也可为揭示植物维管组织再生的调控机制奠定基础。
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关键词
杨树
次生维管系统
再生
基因表达
WGCNA
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职称材料
题名
应用nanoLC-MS/MS分析毛白杨次生维管系统的蛋白质表达谱
被引量：
3
1
作者
蒋淑磊
陈加飞
赵树堂
卢孟柱
机构
林木遗传育种国家重点实验室
中国林业科学研究院林业研究所
中国林业科学研究院林业新技术研究所
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013年第5期43-53,共11页
基金
国家自然科学基金重点项目(31030018)
文摘
基于1DE的nanoLC-MS/MS方法分析毛白杨次生维管系统的蛋白质组,成功鉴定:14个蛋白质参与细胞分裂,7个转录因子,22个与细胞骨架相关蛋白质,31个与细胞信号转导相关蛋白质,14个与细胞壁相关蛋白质。显示这些蛋白质相应基因参与形成层活动的调控,为进一步了解木材形成的分子机制奠定基础。
关键词
液相色谱-串联质谱
蛋白质表达谱
次生维管系统
毛白杨
Keywords
LC-MS/MS
proteome profile
secondary vascular system
Populus tomentosa
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
毛白杨次生维管系统再生过程的基因表达
被引量：
1
2
作者
唐芳
赵树堂
王丽娟
宋学勤
卢孟柱
机构
中国林业科学研究院林业研究所
南京林业大学南方现代林业协同创新中心
浙江农林大学林业与生物技术学院
出处
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期52-65,共14页
基金
重点研发计划项目“林木次生生长的分子调控和环境胁迫机制”(2016YFD0600100)
“万人计划”入选人才特殊支持经费。
文摘
【目的】次生维管系统再生能够在树干维管系统丧失后通过去分化、再分化或转分化等组织修复手段实现维管组织的再生。为了鉴定和研究次生维管系统发育相关的重要基因和调控元件,本文利用毛白杨次生维管再生系统,分析了不同再生时期的基因表达模式,为进一步揭示木材形成的基因调控机制奠定基础。【方法】将4年生毛白杨无性系在形成层活动旺盛期进行环剥取样。对剥皮后的树皮内侧和树干表面的样本,以及再生第7、10、14、18和21天5个不同时期获取的再生材料进行高通量转录组分析,并利用基因共表达分析(WGCNA)方法,得到与不同再生时期密切相关的模块,并对这些特异表达的基因进行表达网络和生物学功能分析。【结果】将第0天(剥皮当天)树皮内侧样本与树干表面样本、再生第7天样本与树干表面样本,以及相邻再生时期的样本进行表达差异分析。对得到的14202个差异基因进行WGCNA分析,构建基因共表达网络,获得与维管再生过程相关的10个共表达模块。其中,Grey60模块的基因在再生第7天样本和树皮内侧样本中特异表达,主要涉及DNA复制、有丝分裂、细胞分裂和微管运动等功能;该模块还含有大量与表观遗传调控、细胞周期相关的基因,它们在再生第7天的高表达可能激活了脱分化木质部细胞的增殖和组织类型的改变,使其获得再分化能力。此外,Pink模块的基因在第0天成熟维管组织样本中的表达量极低,但在再生过程中表达呈上升趋势,到第21天达到最高值;这些基因主要参与细胞分裂、细胞壁修饰、韧皮部发育、碳水化合物代谢、DNA的转录调控等相关的生物学途径。Pink模块中与韧皮部分化相关的标记基因,比如APL、NAC45/86、DOF、BSPA、PP2和SUS的表达被重新激活,与调节形成层细胞增殖和分化的CLE41/44和CLV1一样,表达量都是从再生第10天开始逐渐增加。到次生维管系统再生后期的第18天和第21天,形成层已经完成了结构重构并能进行细胞的分裂、分化,此时木质部标记基因和次生壁调控因子有较高的表达。【结论】毛白杨次生维管系统再生早期,脱分化的木质部细胞通过表观遗传和细胞周期调控重新获得细胞分生能力;之后,韧皮部的细胞分化程序被启动,再生形成层开始细胞增殖和分化;到再生后期,通过相关基因调控,形成层再分化木质部和韧皮部。通过对次生维管组织再生过程中基因的表达分析和调控模块的鉴定,进一步验证了次生维管再生的遗传调控基础,也可为揭示植物维管组织再生的调控机制奠定基础。
关键词
杨树
次生维管系统
再生
基因表达
WGCNA
Keywords
poplar
secondary vascular system
regeneration
gene expression
WGCNA
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用nanoLC-MS/MS分析毛白杨次生维管系统的蛋白质表达谱
蒋淑磊
陈加飞
赵树堂
卢孟柱
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
毛白杨次生维管系统再生过程的基因表达
唐芳
赵树堂
王丽娟
宋学勤
卢孟柱
《林业科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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