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题名基于蛋白质哈斯矩阵图的分泌蛋白预测
被引量：1
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作者
肖绚
徐培杰
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机构
景德镇陶瓷学院机电学院
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出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2011年第32期170-172,220,共4页
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基金
国家自然科学基金No.60961003
教育部科学技术研究重点项目(No.210116)
+2 种基金
江西省自然基金项目(No.2010GQS0127
No.2010GZS0122)
江西省教育厅科研项目(No.GJJ11557)~~
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文摘
因为研究分泌蛋白质有助于找到直接与特定生理或病理状态相关的生物分子,判断一条未知蛋白是否为分泌蛋白是非常重要的。基于同一类型蛋白质的哈斯矩阵图具有相似图像纹理假设,提取图像的几何矩作为伪氨基酸成分对未知蛋白质序列是否属于分泌蛋白进行预测,采用Jackknife算法进行测试,预测成功率与现有算法相比有很大的提高。
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关键词
分泌蛋白
哈斯矩阵
模糊k近邻算法
Jackknife测试
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Keywords
secretory proteins
Hasse matrix
fuzzy k nearest neighbor algorithm
Jackknife cross-validation test
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名哈斯矩阵图的G-蛋白偶联受体类型预测
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作者
肖绚
徐培杰
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机构
景德镇陶瓷学院机械电子工程学院
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2011年第18期204-205,208,共3页
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基金
国家自然科学基金资助项目(60961003)
江西省自然科学基金资助项目(2009GZS0064
+1 种基金
2010GZS0122)
教育部科学技术研究基金资助重点项目(210116)
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文摘
利用氨基酸数字编码模型,将蛋白质序列转换为数字序列,根据偏序理论构建蛋白质哈斯矩阵。基于同一类型蛋白质哈斯矩阵图具有相似图像纹理的假设,运用图像处理方法提取图像的几何矩作为伪氨基酸成分,对G-蛋白偶联受体类型分为2层进行预测,预测成功率分别为92.33%和85.48%。预测效果表明该方法是可行的。
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关键词
生物信息学
G-蛋白偶联受体
哈斯矩阵
模糊k近邻算法
Jackknife测试
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Keywords
bioinformatics
G-Protein Coupled Receptor（GPCR）
Hasse matrix
fuzzy k-nearest neighbor algorithm
jackknife test
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分类号
TP18
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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