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槟榔隐症病毒1型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立
被引量：
6
1
作者
林兆威
牛晓庆
+3 位作者
唐庆华
宋薇薇
孟秀利
覃伟权
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第11期3087-3092,共6页
为了建立一种快速、精准且能定量分析槟榔隐症病毒1型(Areca palm velarivirus 1,APV1)的检测方法。本研究参照GenBank中已登录的APV1全基因组序列,在p21蛋白基因保守区域和p60蛋白基因保守区域之间设计1对特异性RT-PCR引物,并构建阳性...
为了建立一种快速、精准且能定量分析槟榔隐症病毒1型(Areca palm velarivirus 1,APV1)的检测方法。本研究参照GenBank中已登录的APV1全基因组序列,在p21蛋白基因保守区域和p60蛋白基因保守区域之间设计1对特异性RT-PCR引物,并构建阳性重组质粒;在p60蛋白基因保守区域部分设计荧光定量PCR特异性引物和TaqMan-MGB探针,利用阳性重组质粒,构建标准曲线,并对该检测方法的敏感性、特异性、稳定性及其应用效果进行验证。结果显示:该方法对阳性质粒标准品检测的敏感性达3.0×10^(1)copies/μL级别,是常规RT-PCR敏感性的100倍;标准曲线显示,Ct值与拷贝数的对数呈线性关系,其标准曲线方程为y=-3.2748x+42.957,扩增效率为102%,相关系数R^(2)为0.9992;该方法对APV1的检测具有较好的特异性,其他槟榔病原物及内生菌不会对本方法产生非特异性干扰;批内与批间重复性试验结果显示,该方法对APV1的检测具有较好的重复性和稳定性;利用该方法对海南万宁、琼海、定安、文昌等4个市(县)采集的181份疑似样品进行检测,阳性率分别为91.95%、86.95%、89.65%、73.68%,其阳性的病毒拷贝数最高达1.59×10^(7)copies/μL,表明海南部分地区APV1病毒载量较高、流行情况比较严重。
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关键词
槟榔
槟榔隐症病毒1型
TaqMan实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
槟榔隐症病毒1型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立
被引量：
6
1
作者
林兆威
牛晓庆
唐庆华
宋薇薇
孟秀利
覃伟权
机构
中国热带农业科学院椰子研究所/海南省院士创新平台/海南省槟榔产业工程研究中心
出处
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021年第11期3087-3092,共6页
基金
海南省重大科技计划项目(No.zdkj2018017)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(No.1630152017016
+1 种基金
No.1630152017018)
海南省院士创新平台资金。
文摘
为了建立一种快速、精准且能定量分析槟榔隐症病毒1型(Areca palm velarivirus 1,APV1)的检测方法。本研究参照GenBank中已登录的APV1全基因组序列,在p21蛋白基因保守区域和p60蛋白基因保守区域之间设计1对特异性RT-PCR引物,并构建阳性重组质粒;在p60蛋白基因保守区域部分设计荧光定量PCR特异性引物和TaqMan-MGB探针,利用阳性重组质粒,构建标准曲线,并对该检测方法的敏感性、特异性、稳定性及其应用效果进行验证。结果显示:该方法对阳性质粒标准品检测的敏感性达3.0×10^(1)copies/μL级别,是常规RT-PCR敏感性的100倍;标准曲线显示,Ct值与拷贝数的对数呈线性关系,其标准曲线方程为y=-3.2748x+42.957,扩增效率为102%,相关系数R^(2)为0.9992;该方法对APV1的检测具有较好的特异性,其他槟榔病原物及内生菌不会对本方法产生非特异性干扰;批内与批间重复性试验结果显示,该方法对APV1的检测具有较好的重复性和稳定性;利用该方法对海南万宁、琼海、定安、文昌等4个市(县)采集的181份疑似样品进行检测,阳性率分别为91.95%、86.95%、89.65%、73.68%,其阳性的病毒拷贝数最高达1.59×10^(7)copies/μL,表明海南部分地区APV1病毒载量较高、流行情况比较严重。
关键词
槟榔
槟榔隐症病毒1型
TaqMan实时荧光定量PCR
Keywords
areca
Areca palm velarivirus
1
TaqMan RT-qPCR
分类号
S763.7 [农业科学—森林保护学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
槟榔隐症病毒1型TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立
林兆威
牛晓庆
唐庆华
宋薇薇
孟秀利
覃伟权
《热带作物学报》
CSCD
北大核心
2021
6
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