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棉花60K功能位点基因芯片的制备及应用
1
作者
王亚雯
戚正阳
+6 位作者
尤佳琦
聂新辉
曹娟
杨细燕
涂礼莉
张献龙
王茂军
《作物学报》
北大核心
2025年第5期1178-1188,共11页
棉花是最重要的天然纺织纤维来源,同时是重要的油料来源。功能位点基因芯片作为一种可以提高育种值评估准确性和育种效率的工具,在棉花中应用较少。本研究制备了一款棉花60K功能位点基因芯片。该芯片制备基于已获得的棉花不同品种的Assa...
棉花是最重要的天然纺织纤维来源,同时是重要的油料来源。功能位点基因芯片作为一种可以提高育种值评估准确性和育种效率的工具,在棉花中应用较少。本研究制备了一款棉花60K功能位点基因芯片。该芯片制备基于已获得的棉花不同品种的Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq)、Chromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)、High-throughput Chromosome Conformation Capture (Hi-C)等组学数据,相较棉花领域已有的基因芯片,包含了更多经过多维组学数据注释的功能遗传变异的位点,所携带的有效功能信息更多。本研究将该芯片应用于棉花群体的全基因组关联分析中,鉴定到40个与棉花纤维品质性状相关的显著SNP位点,其中与纤维伸长率(FE)相关的显著位点共25个,与马克隆值(FM)相关的显著位点共5个,与纤维强度(FS)相关的显著位点共2个,与纤维长度(FL)相关的显著位点共4个,与纤维整齐度(FU)相关的显著位点共4个。本研究中棉花60K功能位点基因芯片可应用于棉花种质资源评价、遗传定位及全基因组选择育种等方面,助力棉花基因组育种。
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关键词
棉花
育种
基因芯片
棉花60k功能位点基因芯片
全
基因
组关联分析
驯化选择
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职称材料
题名
棉花60K功能位点基因芯片的制备及应用
1
作者
王亚雯
戚正阳
尤佳琦
聂新辉
曹娟
杨细燕
涂礼莉
张献龙
王茂军
机构
华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室
石河子大学
新疆塔里木河种业股份有限公司
出处
《作物学报》
北大核心
2025年第5期1178-1188,共11页
基金
湖北省支持种业高质量发展专项课题项目(HBZY2023B002-5)
农业生物育种国家科技重大专项(2023ZD0403801,2023ZD0403901)资助。
文摘
棉花是最重要的天然纺织纤维来源,同时是重要的油料来源。功能位点基因芯片作为一种可以提高育种值评估准确性和育种效率的工具,在棉花中应用较少。本研究制备了一款棉花60K功能位点基因芯片。该芯片制备基于已获得的棉花不同品种的Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq)、Chromatin Immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq)、High-throughput Chromosome Conformation Capture (Hi-C)等组学数据,相较棉花领域已有的基因芯片,包含了更多经过多维组学数据注释的功能遗传变异的位点,所携带的有效功能信息更多。本研究将该芯片应用于棉花群体的全基因组关联分析中,鉴定到40个与棉花纤维品质性状相关的显著SNP位点,其中与纤维伸长率(FE)相关的显著位点共25个,与马克隆值(FM)相关的显著位点共5个,与纤维强度(FS)相关的显著位点共2个,与纤维长度(FL)相关的显著位点共4个,与纤维整齐度(FU)相关的显著位点共4个。本研究中棉花60K功能位点基因芯片可应用于棉花种质资源评价、遗传定位及全基因组选择育种等方面,助力棉花基因组育种。
关键词
棉花
育种
基因芯片
棉花60k功能位点基因芯片
全
基因
组关联分析
驯化选择
Keywords
cotton breeding
gene chip
cotton
60
k
functional locus gene chip
genome-wide association analysis
domestication selection
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
棉花60K功能位点基因芯片的制备及应用
王亚雯
戚正阳
尤佳琦
聂新辉
曹娟
杨细燕
涂礼莉
张献龙
王茂军
《作物学报》
北大核心
2025
0
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