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白斑狗鱼LADD 2基因克隆及其组织表达特征分析
1
作者
刘祎
王顺哲
+5 位作者
刘璎慧
杨倩
汪泳昌
孙浩然
李胜忠
张俊杰
《南方农业学报》
北大核心
2025年第1期305-313,共9页
【目的】克隆白斑狗鱼(Esox lucius)LADD 2基因并分析其组织表达特征,为揭示LADD 2基因在白斑狗鱼性腺发育中的作用提供理论依据。【方法】利用白斑狗鱼性腺转录组数据,筛选得到126日龄雌性白斑狗鱼高表达基因LADD 2。克隆LADD 2基因编...
【目的】克隆白斑狗鱼(Esox lucius)LADD 2基因并分析其组织表达特征,为揭示LADD 2基因在白斑狗鱼性腺发育中的作用提供理论依据。【方法】利用白斑狗鱼性腺转录组数据,筛选得到126日龄雌性白斑狗鱼高表达基因LADD 2。克隆LADD 2基因编码区(CDS)序列,利用DNAMAN 9.0、NCBI ORF finder、BLAST、ClustalX、ExPASy、ProtParam、PSORT Ⅱ、SOMPA、SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。基于鱼类梯型凝集素同源物及C型凝集素受体的氨基酸序列,使用MEGA 5.1中的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树。采用实时荧光定量PCR检测LADD 2基因在126日龄、188日龄和320日龄白斑狗鱼性腺、肠道、肌肉、肝脏、鳃、脑、肾脏及头肾中的相对表达量。【结果】成功克隆获得白斑狗鱼LADD 2基因CDS序列,全长609 bp,编码85个氨基酸残基,蛋白分子量为9.78 kD,理论等电点(pI)为7.30,分子式为C_(8635)H_(13504)N_(2334)O_(2404)S_(115),为亲水性蛋白。LDDA 2蛋白中亮氨酸(11.86%)含量最高,色氨酸(2.28%)含量最低。蛋白磷酸化位点预测结果显示,LADD 2蛋白含有147个丝氨酸位点,98个苏氨酸位点,44个酪氨酸位点。蛋白结构预测结果显示,LADD 2蛋白主要由β-转角、α-螺旋和β-折叠构成,存在2个保守的PRT1结构域。氨基酸序列同源比对分析结果显示,白斑狗鱼与阿拉斯加黑鱼(Dallia pectoralis)LADD 2蛋白的相似性最高为99%。系统发育进化树显示,白斑狗鱼LADD 2蛋白与鱼类梯型凝集素同源物聚为一支,与大西洋鲑(Salmo salar)、银大麻哈鱼(Oncorhynchus kisutch)及鲱形白鲑(Coregonus clupeaformis)的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果显示,随着发育时间延长,LADD 2基因在白斑狗鱼卵巢中的相对表达量逐渐降低,与精巢中LADD 2基因相对表达量差异越来越小,且在鳃和脑中也有一定表达。【结论】LADD 2基因在进化过程中具有一定的保守性和稳定性,其在白斑狗鱼早期卵巢发育过程中发挥重要作用。LADD 2蛋白可能在白斑狗鱼发育后期鳃和脑中具有免疫活性。LADD 2蛋白可能具有免疫功能,进而对白斑狗鱼肝胰腺发育具有保护作用。
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关键词
白斑狗鱼
LADD
2基因
梯型凝集素
组织表达特征
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职称材料
题名
白斑狗鱼LADD 2基因克隆及其组织表达特征分析
1
作者
刘祎
王顺哲
刘璎慧
杨倩
汪泳昌
孙浩然
李胜忠
张俊杰
机构
新疆极端环境生物生态适应与进化重点实验室/新疆农业大学生命科学学院
新疆农业大学动物科学学院
中国水产科学研究院珠江水产研究所/农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室
出处
《南方农业学报》
北大核心
2025年第1期305-313,共9页
基金
国家自然科学基金项目(32260915)
新疆自然科学基金项目(2022D01A66)。
文摘
【目的】克隆白斑狗鱼(Esox lucius)LADD 2基因并分析其组织表达特征,为揭示LADD 2基因在白斑狗鱼性腺发育中的作用提供理论依据。【方法】利用白斑狗鱼性腺转录组数据,筛选得到126日龄雌性白斑狗鱼高表达基因LADD 2。克隆LADD 2基因编码区(CDS)序列,利用DNAMAN 9.0、NCBI ORF finder、BLAST、ClustalX、ExPASy、ProtParam、PSORT Ⅱ、SOMPA、SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析。基于鱼类梯型凝集素同源物及C型凝集素受体的氨基酸序列,使用MEGA 5.1中的邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育进化树。采用实时荧光定量PCR检测LADD 2基因在126日龄、188日龄和320日龄白斑狗鱼性腺、肠道、肌肉、肝脏、鳃、脑、肾脏及头肾中的相对表达量。【结果】成功克隆获得白斑狗鱼LADD 2基因CDS序列,全长609 bp,编码85个氨基酸残基,蛋白分子量为9.78 kD,理论等电点(pI)为7.30,分子式为C_(8635)H_(13504)N_(2334)O_(2404)S_(115),为亲水性蛋白。LDDA 2蛋白中亮氨酸(11.86%)含量最高,色氨酸(2.28%)含量最低。蛋白磷酸化位点预测结果显示,LADD 2蛋白含有147个丝氨酸位点,98个苏氨酸位点,44个酪氨酸位点。蛋白结构预测结果显示,LADD 2蛋白主要由β-转角、α-螺旋和β-折叠构成,存在2个保守的PRT1结构域。氨基酸序列同源比对分析结果显示,白斑狗鱼与阿拉斯加黑鱼(Dallia pectoralis)LADD 2蛋白的相似性最高为99%。系统发育进化树显示,白斑狗鱼LADD 2蛋白与鱼类梯型凝集素同源物聚为一支,与大西洋鲑(Salmo salar)、银大麻哈鱼(Oncorhynchus kisutch)及鲱形白鲑(Coregonus clupeaformis)的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR结果显示,随着发育时间延长,LADD 2基因在白斑狗鱼卵巢中的相对表达量逐渐降低,与精巢中LADD 2基因相对表达量差异越来越小,且在鳃和脑中也有一定表达。【结论】LADD 2基因在进化过程中具有一定的保守性和稳定性,其在白斑狗鱼早期卵巢发育过程中发挥重要作用。LADD 2蛋白可能在白斑狗鱼发育后期鳃和脑中具有免疫活性。LADD 2蛋白可能具有免疫功能,进而对白斑狗鱼肝胰腺发育具有保护作用。
关键词
白斑狗鱼
LADD
2基因
梯型凝集素
组织表达特征
Keywords
Esox lucius
LADD 2 gene
ladder-type lectin
tissue expression characteristics
分类号
S965.199 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
白斑狗鱼LADD 2基因克隆及其组织表达特征分析
刘祎
王顺哲
刘璎慧
杨倩
汪泳昌
孙浩然
李胜忠
张俊杰
《南方农业学报》
北大核心
2025
0
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