水稻耐冷基因qCTS-9的核苷酸多样性及单倍型分析 被引量：1

1

作者 郭玉静 陈祖武 +7 位作者 董铮 李小湘 刘文强 郭梁 薛可欣 郑晓明 逄洪波 潘孝武 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1748-1755,I0034-I0039,共14页

qCTS-9是在多种苗期低温条件下稳定发挥作用的水稻耐冷基因,研究其耐冷优异单倍型及适应性进化模式,有利于为水稻耐冷育种提供基因资源和技术支撑。本研究利用116份栽培稻(Oryza sativa L.)和37份普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.),对... qCTS-9是在多种苗期低温条件下稳定发挥作用的水稻耐冷基因,研究其耐冷优异单倍型及适应性进化模式,有利于为水稻耐冷育种提供基因资源和技术支撑。本研究利用116份栽培稻(Oryza sativa L.)和37份普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.),对qCTS-9基因的核苷酸多样性及单倍型进行了分析。结果表明,qCTS-9基因编码区内的14个SNPs组成了8种单倍型,其中的4个非同义SNPs组成3种功能单倍型,这3种功能单倍型之间表现出显著的耐冷性差异,编码区的第1535 bp处SNP可能是qCTS-9基因的关键变异位点。对qCTS-9基因启动子区顺式作用元件进行分析后发现,相比于野生稻和粳稻,低温敏感籼稻Hap4单倍型材料中-1107 bp有一个SNP(G→A),导致该处的MYB识别位点缺失,这个自然变异可能与籼稻耐冷性下降相关。野生稻包含栽培稻中qCTS-9基因的大部分变异,但在编码区及启动子顺式作用元件中无独有的变异位点;从野生稻向籼粳分化的过程中,耐冷相关等位或突变被固定和扩展,进而增强了其区域适应性。 展开更多

关键词 水稻 耐冷性 qCTS-9 核苷酸多样性 单倍型 驯化

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环境因子对大石鸡种群遗传多样性的影响 被引量：4

2

作者 周蓉 李佳琦 +3 位作者 李铀 施丽敏 房峰杰 刘迺发 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期80-85,共6页

分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 ... 分别以mtDNA的非编码基因D-loop和编码基因Cytb为分子标记,研究了大石鸡分布区内12个种群遗传多样性与环境因子之间的相关性.173个样本的D-loop部分序列(1127 bp)中共发现了34个多态位点,定义了44种单倍型;230个样本的Cytb部分序列(807 bp)中共发现了13个多态位点,定义了14种单倍型.基于D-loop和Cytb的单倍型多样性和核苷酸多样性与样本量之间均无显著相关性.所有的种群遗传多样性与环境因子相关性检验中,基于D-loop的核苷酸多样性与降水量的负相关、基于Cytb的单倍型多样性与纬度和相对湿度变异系数的负相关以及基于Cytb的核苷酸多样性与相对湿度变异系数的负相关达到了显著水平,说明纬度、降水和相对湿度变异系数是影响大石鸡遗传多样性的主导因子,低纬度、干旱以及气候稳定的环境下,大石鸡的遗传多样性更高. 展开更多

关键词 控制区 细胞色素B 单倍型多样性 核苷酸多样性 环境因子

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我国芝麻主要育成品种遗传多样性分析及优异变异位点挖掘 被引量：4

3

作者 李春 段迎辉 +3 位作者 琚铭 苗红梅 杜华 张海洋 《河南农业科学》 北大核心 2022年第3期55-64,共10页

为了深入分析芝麻育成品种的多样性,挖掘优异等位基因位点,加快芝麻分子育种进程,以705份芝麻种质资源材料(95份我国育成芝麻品种、405份国内地方种、205份国外种质)基因组数据为基础,开展了芝麻育成品种和地方种间分子多样性的比较分... 为了深入分析芝麻育成品种的多样性,挖掘优异等位基因位点,加快芝麻分子育种进程,以705份芝麻种质资源材料(95份我国育成芝麻品种、405份国内地方种、205份国外种质)基因组数据为基础,开展了芝麻育成品种和地方种间分子多样性的比较分析。通过分析,获得了12704个普遍存在的SNP/InDel变异位点,通过比较95份育成品种和405份地方种间的核苷酸多样性差异,发现育成品种的核苷酸多样性指数平均为0.158,较地方种(0.246)显著降低。进一步通过模拟置换检验发现,在95个育成品种中,共有2483个位点的遗传多样性较地方种显著降低,115个位点的多样性显著升高;同时,以遗传分化系数Fst为参数,筛选出在育成品种与地方种群体之间表现出显著分化的变异位点1290个。通过结果的交集分析,获得了在群体间显著分化且遗传多样性在育成品种内显著提升的变异位点80个,其中,具有强突变效应的变异位点14个。结合基因组信息分析发现,位点Chr2:8176782和Chr10:3441593分别位于2个抗病相关基因(C_2_2.176和C37.81)内,且在育成品种中的基因频率较地方种分别提高了12.93倍和3.44倍。上述研究结果表明,某些位点在芝麻育成品种与地方种间发生了显著的多样性变异,而这种改变可能与育成品种优良性状的形成有着密切关系。 展开更多

关键词 芝麻 优异等位变异 核苷酸多样性 遗传分化 种质资源 育成品种

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苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析 被引量：2

4

作者 韩大勇 周春宝 +2 位作者 倪黎纲 陈章言 赵锦明 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1472-1479,共8页

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序... 【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining,NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号:AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为36.9%;中性检验Tajima’s D值为-1.80517(P<0.05),证实苏姜猪种群显著性偏离中性检验;被测序列中检测到19个变异位点,定义了4个单倍型,单倍型多样度为0.578,核苷酸多样性为0.0032;种群内4个单倍型之间的平均遗传距离在0.004~0.031之间。系统发育树结果显示,群体分为国内和国外2个类群,苏姜猪4个单倍型都聚集在国内分支上,其中单倍型H2和二花脸猪聚为一类,单倍型H4和姜曲海、皖南花猪等聚为一类。【结论】苏姜猪种群mtDNA D-loop高变区Ⅰ多态位点比例高,单倍型多样度高,核苷酸多样性低;苏姜猪群体内优势单倍型的遗传距离较近,占比较高,反映出苏姜猪群体母系来源较少。 展开更多

关键词 苏姜猪 线粒体DNA D-loop区 遗传变异 单倍型多样度 核苷酸多样性

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蚂蚱麦和小白麦衍生系的遗传多样性分析 被引量：14

5

作者 白彦明 李龙 +6 位作者 王绘艳 柳玉平 王景一 毛新国 昌小平 孙黛珍 景蕊莲 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1468-1477,共10页

陕西关中蚂蚱麦和山西平遥小白麦是我国北方小麦品种的原始骨干亲本,解析蚂蚱麦和小白麦及其衍生系的遗传多样性对于小麦品种改良具有重要的参考意义。本研究利用小麦660KSNP芯片对蚂蚱麦、小白麦及其衍生品种(系)进行全基因组扫描,分... 陕西关中蚂蚱麦和山西平遥小白麦是我国北方小麦品种的原始骨干亲本,解析蚂蚱麦和小白麦及其衍生系的遗传多样性对于小麦品种改良具有重要的参考意义。本研究利用小麦660KSNP芯片对蚂蚱麦、小白麦及其衍生品种(系)进行全基因组扫描,分析其遗传多样性。结果表明,小麦3个基因组的多态性SNP标记数为B>A>D,第4同源群的多态性标记数最少,149份供试材料基因多样性(H)范围为0.095~0.500,平均值为0.336;核苷酸多样性指数(π)范围为0.272~0.435,平均值为0.340;而遗传相似系数(GS)变幅为0.335~0.997,平均值达0.619,表明蚂蚱麦和小白麦衍生系的遗传多样性较低。聚类分析表明蚂蚱麦和小白麦紧密地聚在亚群Ⅰ,其衍生品种(系)分为5个亚群,其中2000年以前以蚂蚱麦或小白麦的单一衍生系为主,分在亚群Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ,2000年以后多数品种同时拥有蚂蚱麦和小白麦血缘,分在亚群Ⅳ、Ⅴ,遗传多样性较高,且与大面积推广品种聚为一类。因此,应加强优异基因资源导入,拓宽小麦品种的遗传基础,最终提高育种水平。 展开更多

关键词 小麦 地方品种 骨干亲本 SNP标记 核苷酸多样性

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贵州武陵山地区19份柚资源的遗传多样性 被引量：3

6

作者 王小柯 郑乾明 +3 位作者 罗怿 李文云 柏自琴 李金强 《贵州农业科学》 CAS 2019年第2期75-80,共6页

为保护野生和地方柚品种资源、挖掘优良性状,采集贵州武陵山地区19份柚样品,提取总DNA,利用Illumina HiSeq 4000PE150测序,构建GBS(Genotyping-by-Sequencing)文库;使用Samtools软件进行SNP(Single Nucleotide Polymorphism)检测;基于SN... 为保护野生和地方柚品种资源、挖掘优良性状,采集贵州武陵山地区19份柚样品,提取总DNA,利用Illumina HiSeq 4000PE150测序,构建GBS(Genotyping-by-Sequencing)文库;使用Samtools软件进行SNP(Single Nucleotide Polymorphism)检测;基于SNP基因分型结果采用邻接法构建系统进化树,对19份柚资源进行遗传多样性分析。结果表明:19份柚资源测序总碱基数5.61Gbp且测序质量较高,平均测序深度10.67,与柚参考基因组的平均比对匹配率为98.47%。共获得79 825个高质量的SNP位点,所有SNP位点在柚基因组9条染色体上基本均匀分布。系统进化树显示19份样品被聚为3个主要的类群且遗传差异较小。 展开更多

关键词 柚 单核苷酸多态性 核苷酸多样性 遗传多样性

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苹果茎痘病毒种群遗传多样性分析

7

作者 李丽丽 杨洪一 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期93-95,共3页

苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒。基于前期研究所获得的6个ASPV中国分离物CP基因的核苷酸序列,结合GenBank中报道的序列,对ASPV种群遗传多样性特点进行分析。应用MEGA 4.0软件分析了... 苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)是一种严重危害果树生产的潜隐性病毒。基于前期研究所获得的6个ASPV中国分离物CP基因的核苷酸序列,结合GenBank中报道的序列,对ASPV种群遗传多样性特点进行分析。应用MEGA 4.0软件分析了不同地理来源、不同寄主来源组内和组间的各分离物CP基因的遗传多样性,表明ASPV种群遗传变异与寄主来源、地理分布不存在明显的相关性。CP编码区仍处于净化选择中,亚洲的分离物、梨分离物承受着较高的选择压力。DnaSP软件分析显示,ASPV经历了明显的种群扩张,并有继续扩展蔓延之势。因而有必要进一步加强病毒检测及种苗脱毒,严格控制带毒种苗传播。 展开更多

关键词 苹果茎痘病毒 种群 核苷酸多样性

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单核苷酸多态性在林木中的研究进展 被引量：7

8

作者 褚延广 苏晓华 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1272-1278,共7页

单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)是许多生物体最丰富的遗传变异形式。林木是重要的植物类群和陆地植物生态系统的重要组成部分,SNP作为新的分子标记已应用于松、杨、黄杉、桉和云杉等属的多个树种的遗传育种学研... 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)是许多生物体最丰富的遗传变异形式。林木是重要的植物类群和陆地植物生态系统的重要组成部分,SNP作为新的分子标记已应用于松、杨、黄杉、桉和云杉等属的多个树种的遗传育种学研究,获得了包括核苷酸多样性、连锁不平衡及群体结构等相关的遗传信息,这些研究主要建立在对候选基因序列进行测序分析的基础上。基于SNP的关联遗传学分析或连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)作图,已成为研究林木复杂数量性状的理想工具,对桉树和火炬松的关联遗传学研究发现,多个基因内的SNP位点与不同的木材性状相关联。利用SNP标记对林木遗传参数的估算从不同程度上揭示了林木群体进化规律及其生态学意义。SNP标记在林木中应用的不断深入,必将极大地推动林木遗传育种学研究的发展。 展开更多

关键词 林木 单核苷酸多态性 核苷酸多样性 连锁不平衡 关联遗传学

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基于SSU rDNA序列的网状车轮虫群体遗传结构及多样性研究

9

作者 许治祥 唐发辉 赵元莙 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1412-1419,共8页

基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman&Partsch,1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明:20个样本共检测到9个单倍型,含4个共享单倍型与5个特有单倍型,其中鲫来源... 基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman&Partsch,1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明:20个样本共检测到9个单倍型,含4个共享单倍型与5个特有单倍型,其中鲫来源的Hap3是最大的共享单倍型;草鱼来源的Hap8和小黄黝鱼来源的Hap9暂被视为湖北武汉和西藏地区各自特有的单倍型;同时推测鲫来源的单倍型Hap1为祖先单倍型。结合ML系统发育树分析推测,在多宿主的进化历程中,鲫寄生的网状车轮虫可能是分化最早的群体,且草鱼寄生的网状车轮虫在起源上来自于鲫。遗传多样性结果显示,所有群体均呈现较高的单倍型多样性(Hd≥0.5)与较低的核苷酸多样性(P_(i)<0.005),且鲫来源的单倍型多样性显著高于草鱼来源,但核苷酸多样性(P_(i))明显低于后者。遗传分化(F_(st))与基因流(N_(m))研究结果表明,Group A(鲫来源)与Group B(草鱼来源)群体间相对独立且已经达到了极度分化程度,群体内基因层面的交流较少。综合中性检验与核苷酸单倍型错配分析认为,Group A(鲫来源)未发生过种群扩张,Group B(草鱼来源)则存在过早期的种群扩张历史。 展开更多

关键词 SSU rDNA 单倍型多样性 核苷酸多样性 遗传分化 基因流 网状车轮虫

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州河鲤、建鲤和框鳞镜鲤的mtDNA D-loop的RFLP分析 被引量：11

10

作者 杨正玲 赵世海 +1 位作者 龚疏影 董仕 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第3期40-45,共6页

应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、Hinf... 应用PCR技术扩增了州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤mtDNA的D-loop区段,并用13种限制性内切酶对扩增到的片段进行了分析。结果显示:在3种鱼分别扩增到的约1.6kb的DNA片段上,13种限制性内切酶中有8种(AluⅠ、DraⅠ、EcoRⅠ、HaeⅢ、HapⅡ、HinfⅠ、TaqⅠ和XspⅠ)有酶切位点,4种(DraⅠ、HaeⅢ、TaqⅠ和XspⅠ)个体间存在变异。不同酶切结果组合后,共得到6种单倍型。州河鲤中以单倍型Ⅲ为主,达91.37%,建鲤以单倍型Ⅵ为主,达81.25%;框鳞镜鲤中单倍型Ⅱ占39.47%,单倍型Ⅲ占47.37%;州河鲤、建鲤以及框鳞镜鲤群体内的单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.1603、0.3327,0.6287、0.003042,0.004838、0.007163。州河鲤与框鳞镜鲤间的Rogers遗传距最小,为0.4080;州河鲤与建鲤间的为0.8440;框鳞镜鲤与建鲤间的为0.6469。 展开更多

关键词 鲤(Cyprinus carpio) mtDNA D—loop RFLP 核苷酸多样性 Rogers遗传距

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黔东南小香鸡mtDNA D-Loop区遗传多态性分析 被引量：19

11

作者 李辉 吴婵 +1 位作者 熊光源 申学林 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期155-157,共3页

采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态... 采用PCR产物直接测序方法对73只贵州省黔东南小香鸡线粒体DNA控制区第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明:在所分析的D-Loop区序列(534 bp)中,A、C、G、T 4种碱基的平均含量分别为26.4%、30.20%、13.10%和30.30%;共检测到31个核苷酸多态位点,其中30个为转换、1个为颠换,没有检测到插入/缺失位点;序列共存在21种单倍型,单倍型多样度为0.900,核苷酸多样度为0.01292,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富。小香鸡的所有单倍型都与红色原鸡的3个亚种聚在一支,说明小香鸡属于红色原鸡种;在分支内部又有3个分支,揭示小香鸡在遗传组成上具有3个母系血统来源。 展开更多

关键词 小香鸡 线粒体DNA D-LOOP区 遗传变异 核苷酸多样性

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黔东南小香鸡Cyt b基因遗传多态性及系统进化研究 被引量：10

12

作者 李辉 吴婵 +1 位作者 熊光源 申学林 《江苏农业科学》 北大核心 2013年第1期21-22,共2页

采用PCR产物直接测序技术对30羽贵州省黔东南小香鸡线粒体Cyt b基因序列进行分析。结果表明,在所分析的序列(1 143 bp)中,A、C、G、T等4种核苷酸的平均含量分别为24%、36.4%、12.1%、27.5%;共检测到8个核苷酸多态位点,全部为转换位点,... 采用PCR产物直接测序技术对30羽贵州省黔东南小香鸡线粒体Cyt b基因序列进行分析。结果表明,在所分析的序列(1 143 bp)中,A、C、G、T等4种核苷酸的平均含量分别为24%、36.4%、12.1%、27.5%;共检测到8个核苷酸多态位点,全部为转换位点,没有检测到插入/缺失位点;共存在4种单倍型,单倍型多样度为0.764±0.007,核苷酸多样度为0.002 33,表明小香鸡群体内遗传变异较丰富;小香鸡单倍型与红原鸡聚在一支,说明小香鸡属于红原鸡种;在分支内部又分两大枝,揭示小香鸡在遗传组成上具有多个母系血统来源。 展开更多

关键词 小香鸡 线粒体DNA D—loop区 遗传变异 核苷酸多样性

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3个群体泥鳅mtDNA D-loop的PCR-RFLP分析 被引量：1

13

作者 荣朝振 祖国掌 +2 位作者 胡建华 孙守旗 孙棠丽 《水生态学杂志》 北大核心 2011年第4期91-96,共6页

采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种... 采用PCR-RFLP方法,对采自安徽怀远、河南范县及安徽舒城的3个群体共112尾泥鳅(Misgurnus anguilli-caudatus)线粒体DNA(mtDNA)的D-loop区段进行PCR扩增,使用11种核酸限制性内切酶进行酶切。结果显示,在11种内切酶中,8种有酶切位点,4种存在个体间变异,共产生7种单倍型。怀远、范县和舒城群体的核苷酸多样性指数为0.0033、0.0083、0.0011,单倍型多样性指数分别为0.6048、0.8370、0.2344。范县与怀远、舒城群体间的Rogers遗传距离分别为0.3456和0.6847,怀远和舒城群体间的Rogers遗传距离为0.6326。SspⅠ的酶切类型C组成的单倍型在舒城群体中占87.5%,而在范县群体中为0;同时发现,SspⅠ的酶切类型C、D和XspⅠ的酶切类型B分别组成的单倍型仅在范县群体中存在。 展开更多

关键词 泥鳅 PCR-RFLP MTDNA D-LOOP 核苷酸多样性 单倍型多样性

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土蜂科线粒体基因组序列测定和分析 被引量：2

14

作者 姚余江 陈斌 李廷景 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期99-107,共9页

【目的】本研究旨在通过针尾部(Aculeata)昆虫线粒体基因组系统发育分析认知土蜂科(Scoliidae)的单系性及系统发育位置。【方法】利用Illumina Hiseq2500二代测序技术测序土蜂科3属5种的线粒体基因组,并进行注释和分析;基于针尾部昆虫3... 【目的】本研究旨在通过针尾部(Aculeata)昆虫线粒体基因组系统发育分析认知土蜂科(Scoliidae)的单系性及系统发育位置。【方法】利用Illumina Hiseq2500二代测序技术测序土蜂科3属5种的线粒体基因组,并进行注释和分析;基于针尾部昆虫36个线粒体基因组13个蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)和2个rRNA基因序列采用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)法构建系统发育树。【结果】新测序的土蜂科5个线粒体基因组为五带波壁土蜂Colpa quinquecincta线粒体基因组(GenBank登录号:OM103696),齿石波壁土蜂Colpa tartara线粒体基因组(GenBank登录号:OM103697),厚大长腹土蜂Megacampsomeris grossa线粒体基因组(GenBank登录号:OM103796),台湾大长腹土蜂Megacampsomeris formosensis线粒体基因组(GenBank登录号:OM142776)和斯式土蜂Scolia schrenkii线粒体基因组(GenBank登录号:OM103797),其长度范围为15367~20649 bp,包含37~39个基因[13个PCGs、2个rRNA基因(rrnL和rrnS)和22~24个tRNA基因],AT含量均在75%以上;13个PCGs的起始密码子均为ATN,终止密码子为TAA或T--;与推测的祖先序列不同,新测序的土蜂科5个线粒体基因组出现了复杂的基因重排事件,其主要是基因区trnS1-trnE-trnF-nad5-trnH中一些基因位置的改变和基因区trnI-trnQ-trnM-nad2-trnW-trnC-trnY-cox1-trnL2-cox2-trnK发生的异位倒置,此外,trnF,trnS1,trnE,trnH和nad5基因的位置也发生了改变;13个PCGs的Ka/Ks和核苷酸多样性π均表明cox1是最保守的基因;ML树和BI树的结果均显示土蜂科为单系群,土蜂科与蛛蜂科(Pompilidae)互为姐妹群关系,土蜂科中Colpa属和Scolia属以及Megacampsomeris属和Camposmeris属都表现出了较近的亲缘关系。【结论】本研究初步鉴定了土蜂科线粒体基因组的特征,为进一步的研究奠定了基础,基于线粒体基因组的系统发育分析显示土蜂科是一个单系。 展开更多

关键词 土蜂科 线粒体基因组 基因重排 核苷酸多样性 纯化选择 系统发育关系

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基于线粒体基因组的华蝉族系统发育地位研究(半翅目:蝉科) 被引量：1

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作者 袁飞敏 魏琮 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1205-1217,共13页

【目的】本研究旨在明确无鼓膜发音器的华蝉族(Sinosenini)昆虫在蝉总科(Cicadoidea)的系统发育地位。【方法】依据在陕西宁陕采集的合哑蝉Karenia caelatata成虫标本,对华蝉族的合哑蝉K.caelatata线粒体基因组进行测序、注释和生物信... 【目的】本研究旨在明确无鼓膜发音器的华蝉族(Sinosenini)昆虫在蝉总科(Cicadoidea)的系统发育地位。【方法】依据在陕西宁陕采集的合哑蝉Karenia caelatata成虫标本,对华蝉族的合哑蝉K.caelatata线粒体基因组进行测序、注释和生物信息学分析;并与蝉总科其他类群的线粒体基因组进行了比较,然后利用最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)分别构建了蝉总科分子系统发育树。【结果】合哑蝉线粒体基因组长14960 bp(GenBank登录号:MN922304),其基因组成、蛋白编码基因的核苷酸组成和密码子使用等,与蝉总科其他类群具相似特征。核苷酸多样性分析表明,atp8,nad6和nad2为易变基因,而cox1比较保守。非同义替换率和同义替换率比表明,蝉总科昆虫线粒体基因组进化处于高水平的纯化选择下。系统发育分析结果支持蝉次目(Cicadomorpha)的单系性,该次目3个总科的关系为:角蝉总科Membraciodea+(蝉总科Cicadoidea+沫蝉总科Cercopodidea)。无鼓膜发音器的哑蝉属与蝉亚科(Cicadinae)的蜩蝉族(Dundubiini)相关类群聚在一起,且与寒蝉属Meimuna关系最近;黑蝉族(Cicadatrini)的草蝉属Mogannia和音蝉属Vagitanus则与姬蝉亚科(Cicadettinae)相关类群聚在一起;日宁蝉属Yezoterpnosia并非一个单系群。【结论】华蝉族应从姬蝉亚科转移至蝉亚科并与蜩蝉族(Dundubiini)合并,而黑蝉族应从蝉亚科转移至姬蝉亚科。研究结果为进一步解析具有不同发声机制的蝉科昆虫系统演化提供了新信息。 展开更多

关键词 蝉总科 蝉次目 鼓膜发音器 线粒体基因组 核苷酸多样性 进化速率

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环境因子对中国柽柳遗传变异的影响 被引量：1

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作者 孙丽坤 刘光琇 +1 位作者 张宝贵 章高森 《草业学报》 CSCD 北大核心 2019年第10期178-186,共9页

分别以核糖体DNA(nuclear ribosomal DNA,nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer regions,ITS)和两条叶绿体DNA(chloroplast DNA,cpDNA)片段—trnL-trnF,rps 16为分子标记,研究了20个自然分布的中国柽柳群体遗传变异与环境... 分别以核糖体DNA(nuclear ribosomal DNA,nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer regions,ITS)和两条叶绿体DNA(chloroplast DNA,cpDNA)片段—trnL-trnF,rps 16为分子标记,研究了20个自然分布的中国柽柳群体遗传变异与环境因子和地理距离间的相关性。结果表明:ITS序列(616 bp)中共发现了10个多态位点,定义了11种单倍型;总核苷酸多样性和总单倍型多样性分别为2.170和0.814。两个cpDNA分子标记片段的拼接序列(1542 bp)中共发现了14个多态位点,定义了16种单倍型,总核苷酸多样性和总单倍型多样性分别为0.500和0.586。ITS遗传多样性与地理、气候和土壤因子间相关性分析显示:海拔、温度和经度是影响中国柽柳群体遗传变异的主要因素。在低海拔、温暖和靠海近的湿润东部群体,ITS遗传多样性较高。而cpDNA的遗传变异与各种环境因子间没有显著的相关性。Mantel检测发现中国柽柳ITS的遗传变异与地理距离显著正相关,而cpDNA的遗传变异没有显著的地理渐变趋势,该结果进一步揭示了中国柽柳强大的种子流在降低群体间遗传分化上发挥了重要作用。 展开更多

关键词 中国柽柳 核苷酸多样性 单倍型多样性 遗传分化 环境因子

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