嗜酸氧化亚铁硫杆菌的核糖-5-磷酸异构酶的同源建模研究 被引量：1

1

作者 陈锋菊 刘元东 +1 位作者 高健 孙远东 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期93-98,共6页

采用同源建模技术和分子动力学模拟方法,构建了嗜酸氧化亚铁硫杆菌Acidithiobacillus ferrooxidans(A.f)的核糖-5-磷酸异构酶(rpiA)基因编码的蛋白质三维分子结构模型。将结构模型进行绑定位点搜索并与底物核糖-5-磷酸(R5P)进行柔性分... 采用同源建模技术和分子动力学模拟方法,构建了嗜酸氧化亚铁硫杆菌Acidithiobacillus ferrooxidans(A.f)的核糖-5-磷酸异构酶(rpiA)基因编码的蛋白质三维分子结构模型。将结构模型进行绑定位点搜索并与底物核糖-5-磷酸(R5P)进行柔性分子对接,结果显示,R5P被招募到A.ferrooxidans的RpiA的活性位点并随后被激活;残基Asp81,Thr31,Lys121,Ser30,Glu103,Asp84,Lys94,Asp118,Lys7,Gly97,Gly29,Gly95,Thr28和H2O对底物绑定或催化起重要作用,其中,Gly97,Gly29,Gly95和Thr28是新识别的残基,它们在其他生物体的RpiA中相当保守但未被发现。 展开更多

关键词 嗜酸氧化亚铁硫杆菌 核糖-5-磷酸异构酶 结构模型 分子对接 核糖-5-磷酸

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变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A的表达、纯化与鉴定 被引量：1

2

作者 武文琦 丛旭珍 +3 位作者 殷爱红 胡家 翟方丽 李慎涛 《首都医科大学学报》 CAS 2012年第2期227-232,共6页

目的在大肠杆菌中高效表达变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A(ribose 5-phosphate isomerase A,rpiA),并对表达产物进行纯化和鉴定。方法根据GenBank中变异链球菌UA159株基因组rpiA的DNA编码序列,设计PCR引物,扩增变异链球菌核糖-5-磷酸异构... 目的在大肠杆菌中高效表达变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A(ribose 5-phosphate isomerase A,rpiA),并对表达产物进行纯化和鉴定。方法根据GenBank中变异链球菌UA159株基因组rpiA的DNA编码序列,设计PCR引物,扩增变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A的DNA编码序列,将其克隆至pGEX-6p-1载体中,构建重组质粒,将测序正确的重组质粒转化入大肠杆菌BL21(DE3)中,用异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(isopropylβ-D-1-thiogalactopyranoside,IPTG)诱导表达;对培养温度、IPTG用量、诱导时间等条件进行了优化;用亲和层析、离子交换层析纯化目标蛋白;用SDS-PAGE和质谱对目标蛋白进行鉴定。结果变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A在大肠杆菌中高效、可溶性表达,经质谱鉴定及SDS-PAGE分析,表达产物为变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A蛋白。经过纯化,得到纯度高达95%的变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A。结论成功地在大肠杆菌中高效表达了变异链球菌核糖-5-磷酸异构酶A蛋白,并建立了纯化工艺,得到高纯度的重组蛋白,为进一步研究变异链球菌属核糖-5-磷酸异构酶蛋白的生物学活性及功能奠定了基础。 展开更多

关键词 变异链球菌 核糖-5-磷酸异构酶A 融合蛋白 原核表达 蛋白纯化

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家蚕微孢子虫核糖-5-磷酸异构酶A基因的克隆及表达特征分析

3

作者 尚瑞沙 齐静茹 +3 位作者 陈红丽 张志林 张轶岭 沈中元 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期61-66,共6页

核糖-5-磷酸异构酶A(ribose 5-phosphate isomerase A,RpiA)是多种生物中普遍存在的一种高度保守的蛋白酶,在磷酸戊糖途径(PPP)中起着核心作用,参与原核生物与真核生物核糖-5-磷酸(R5P)与核酮糖-5-磷酸(Ru5P)之间的可逆异构化反应及植... 核糖-5-磷酸异构酶A(ribose 5-phosphate isomerase A,RpiA)是多种生物中普遍存在的一种高度保守的蛋白酶,在磷酸戊糖途径(PPP)中起着核心作用,参与原核生物与真核生物核糖-5-磷酸(R5P)与核酮糖-5-磷酸(Ru5P)之间的可逆异构化反应及植物二氧化碳固定的卡尔文循环。为探索RpiA在家蚕微孢子虫侵染家蚕后能量代谢与物质合成过程中所发挥的作用,通过PCR扩增得到NbRpiA基因的编码区。该开放阅读框全长345 bp,编码114个氨基酸,预测蛋白质的分子质量约为13.145 kD,等电点为7.72,未发现明显已知功能结构域。实时荧光定量PCR检测发现,NbRpiA基因在家蚕微孢子虫感染家蚕后7 d内均有表达:从感染后2 h起,NbRpiA基因的表达水平呈缓慢上升的趋势,第2天达到最高,随后表达水平逐渐降低,从第4天开始表达水平大幅降低,至第7天降至最低。初步推测NbRpiA可能在家蚕微孢子虫孢子发芽及增殖阶段发挥作用。研究结果为了解NbRpiA在家蚕微孢子虫能量代谢与物质合成中的作用提供了初步线索。 展开更多

关键词 家蚕微孢子虫 核糖-5-磷酸异构酶A 磷酸戊糖途径 核苷酸合成 实时荧光定量PCR

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SETD5介导AKT1磷酸化调控结肠癌细胞的迁移和5-FU敏感性 被引量：1

4

作者 黄开禹 史建国 程勇 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期586-591,共6页

目的:探讨含SET结构域蛋白5(SETD5)对结肠癌细胞增殖、迁移和对5-氟尿嘧啶(5-FU)药物敏感性的影响及机制。方法:常规培养结肠癌细胞,用Lipofectamine 2000将siSETD5-NC、si-SETD5-1~3质粒转染至HT-29细胞中,将其分为对照组(未处理)、si-... 目的:探讨含SET结构域蛋白5(SETD5)对结肠癌细胞增殖、迁移和对5-氟尿嘧啶(5-FU)药物敏感性的影响及机制。方法:常规培养结肠癌细胞,用Lipofectamine 2000将siSETD5-NC、si-SETD5-1~3质粒转染至HT-29细胞中,将其分为对照组(未处理)、si-SETD5-NC组、si-SETD5组和si-SETD5+SC79组,si-SETD5+SC79组HT-29细胞转染质粒的同时用10µmol/L SC79处理。qPCR法检测NCM460、HT-29和LoVo细胞中SETD5 mRNA表达,流式细胞术、细胞划痕法、WB法和CCK-8法分别检测各组HT-29细胞的凋亡情况、迁移能力、相关蛋白的表达,以及对5-FU的敏感性。结果:SETD5 mRNA在HT-29、LoVo细胞中均呈高表达(均P<0.01)。在HT-29细胞中成功地敲减了SETD5 mRNA(P<0.01)。敲减SETD5 mRNA可明显抑制HT-29细胞的增殖活性(P<0.01)、迁移能力(P<0.01)、相关蛋白(SETD5、p-PI3K、p-AKT1、p-mTOR蛋白)的表达(均P<0.01)、促进细胞凋亡(P<0.01),且提高其对5-FU的敏感性(P<0.01),这些作用均可被AKT激活剂SC79部分阻挡(P<0.05或P<0.01)。结论:SETD5在HT-29、LoVo细胞中高表达,SETD5通过PI3K/AKT1通路促进结肠癌HT-29细胞的增殖、迁移,且降低其对5-FU的敏感性,SETD5是结肠癌临床诊断、治疗的潜在靶点。 展开更多

关键词 结肠癌 含有SET结构域蛋白5 蛋白激酶b磷酸化 增殖 迁移 5-氟尿嘧啶 耐药

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植物萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的分子结构特征与功能预测分析 被引量：14

5

作者 李嵘 王喆之 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期59-67,共9页

采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的拟南芥、玉米、岩蔷薇、水稻、黄花蒿、亚麻等植物的萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水... 采用生物信息学的方法和工具对已在GenBank上注册的拟南芥、玉米、岩蔷薇、水稻、黄花蒿、亚麻等植物的萜类合成酶1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的核酸及氨基酸序列进行分析,并对其组成成分、转运肽、跨膜拓朴结构域、疏水性/亲水性、蛋白质二级及三级结构、分子系统进化关系等进行预测和推断。结果表明:该类酶基因的全长包括5′、3′非翻译区和一个开放阅读框,无跨膜结构域,是一个具转运肽的亲水性蛋白,包括两个功能DXR结合motif及两个功能NADPH结合motif,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构最大量的结构元件,β-转角和β-折叠散布于整个蛋白质中,蛋白质的功能域在空间结构上折叠成“V”形,“V”形的两臂由N-端与C-端构成,“V”形的底部,是N-端臂与C-端臂的结合域。 展开更多

关键词 植物萜类合成 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 分子结构 功能预测 生物信息学

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蛇足石杉1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(HsDXR1)基因克隆与表达分析 被引量：6

6

作者 罗红梅 李标 +5 位作者 林余霖 宋经元 何柳 孙超 李榕涛 胡志刚 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期342-348,共7页

基于本实验室已获得的蛇足石杉转录组数据,获得一个编码1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)的转录本,分析其开放阅读框序列,发现该转录本编码全长为1 440 bp的蛇足石杉DXR基因(HsD... 基于本实验室已获得的蛇足石杉转录组数据,获得一个编码1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase,DXR)的转录本,分析其开放阅读框序列,发现该转录本编码全长为1 440 bp的蛇足石杉DXR基因(HsDXR1),含有479个氨基酸残基。采用RT-PCR方法获得了HsDXR1全长,并对HsDXR1编码蛋白的理化性质、结构域及三维结构进行预测分析。结果显示HsDXR1编码蛋白的预测分子量为51.496 1 kDa,等电点为6.44;不含信号肽和跨膜区;亚细胞定位预测表明该蛋白最可能定位于叶绿体;具有DXR蛋白典型的结构域。实时荧光定量PCR检测HsDXR1基因在蛇足石杉的茎中表达量最高,其次为根,在叶中表达量最低。本研究获得了蛇足石杉HsDXR1基因的编码区序列,为进一步研究HsDXR1在蛇足石杉萜类化合物生物合成途径中的功能奠定基础。 展开更多

关键词 1-脱氧-D-木酮糖5-磷酸还原异构酶 蛇足石杉 基因克隆 表达分析

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多聚二磷酸腺苷核糖聚合酶-1通过激活NF-κB途径导致高糖人视网膜血管内皮细胞凋亡 被引量：5

7

作者 卢建民 张珍珍 +2 位作者 郑玥 马翔 秦秀虹 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2015年第2期111-115,共5页

目的探讨多聚二磷酸腺苷核糖聚合酶-1[poly(adenosine diphosphate-ribose)polymeras-1,PARP-1]和核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)在高糖人视网膜血管内皮细胞(retinal vascular endothelial cells,RVEC)中的相互作用及其在人RVE... 目的探讨多聚二磷酸腺苷核糖聚合酶-1[poly(adenosine diphosphate-ribose)polymeras-1,PARP-1]和核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)在高糖人视网膜血管内皮细胞(retinal vascular endothelial cells,RVEC)中的相互作用及其在人RVEC中的表达定位及作用机制。方法体外培养人RVEC及HEK293T细胞,并进行传代,同时构建高糖人RVEC细胞模型。构建PARP-EGFP及Flag-NF-κB质粒,酶切鉴定后转染高糖培养的人RVEC,Western blot法检测重组质粒表达目的基因的效果,并应用Western blot法和免疫共沉淀法检测高糖人RVEC中PARP-1和NF-κB的相互作用。PARP-EGFP和Flag-NF-κB质粒共转染人RVEC,激光共聚焦扫描显微镜检测PARP-1和NF-κB在高糖人RVEC中的定位及其相互作用。结果人RVEC复苏后24 h贴壁,细胞呈扁平梭形,3 d左右细胞开始融合呈铺路石样,单层生长,铺满瓶底,并可见接触抑制现象。成功构建PARP-EGFP及Flag-NF-κB质粒,并有效表达目的基因。免疫共沉淀结果显示PARP-1和NF-κB是相互作用的蛋白质,高糖组NF-κB p50的条带比正常对照组明显增粗,并且高糖情况下PARP-1结合NF-κB的量较正常对照组明显增加。激光共聚焦扫描显微镜结果显示PARP和NF-κB均表达于正常的人RVEC的细胞核和核周区域,当受到高浓度葡萄糖影响后,PARP-1和NF-κB均集中表达于细胞核内,尤以NF-κB最显著。结论 PARP-1和NF-κB是相互作用的蛋白质,血糖增高时,PARP-1可能进入细胞核内并结合同时进入细胞核的NF-κB,激活NF-κB信号通路,引起RVEC凋亡,导致DR的发生。 展开更多

关键词 多聚二磷酸腺苷核糖聚合酶-1 核因子-Κb 视网膜血管内皮细胞 糖尿病视网膜病变

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免疫调节剂CH2b对葡萄糖-6-磷酸异构酶混合肽段诱导的类风湿性关节炎小鼠的影响 被引量：2

8

作者 刘嘉琳 张雪娇 +3 位作者 杨飞 娄永富 孟明 陈冬志 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第8期1094-1098,共5页

目的:探究前期合成的含噻唑烷-4-酮的免疫调节剂CH2b对葡萄糖-6-磷酸异构酶(Glucose-6-phosphate isomerase,GPI)混合肽段诱导的类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)小鼠发病的影响。方法:h GPI325-339、h GPI469-483多肽片段与完... 目的:探究前期合成的含噻唑烷-4-酮的免疫调节剂CH2b对葡萄糖-6-磷酸异构酶(Glucose-6-phosphate isomerase,GPI)混合肽段诱导的类风湿性关节炎(Rheumatoid arthritis,RA)小鼠发病的影响。方法:h GPI325-339、h GPI469-483多肽片段与完全弗氏佐剂充分乳化后,于DBA/1小鼠尾根部多点皮下注射,并用百日咳毒素加强免疫。然后分别用α-半乳糖神经酰胺(α-Gal Cer)和CH2b对模型小鼠进行干预,监测各组小鼠体重变化和足踝关节肿胀变化情况,关节组织苏木精-伊红(Hematoxylin-eosin staining,HE)染色法观察炎细胞浸润情况,流式细胞技术(Fluorescence-activated cell sorting,FACS)检测全血中i NKT细胞频率变化,微量样本多指标流式蛋白定量技术(Cytometric bead array,CBA)检测血清中细胞因子TNF-α、IL-6、IL-4、IFN-γ水平。结果:与GPI混合肽段诱导的模型组相比,α-Gal Cer和免疫调节剂CH2b均可显著改善模型小鼠的体重增长缓慢、关节肿胀情况(P<0.05);炎性细胞浸润减少;且二者均可以显著提高RA小鼠体内i NKT细胞的频率,与模型组相比,差异有统计学意义(P<0.05);α-Gal Cer、CH2b组可以降低模型小鼠炎症高峰期TNF-α、IL-6、IFN-γ水平,两组结果差异无统计学意义(P>0.05)。结论:免疫调节剂CH2b通过激活i NKT细胞影响炎性细胞因子的分泌,缓解GPI混合肽段诱导的关节炎。 展开更多

关键词 免疫调节剂CH2b Α-GALCER 葡萄糖-6-磷酸异构酶 INKT细胞

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微小核糖核酸-155对肝癌细胞增殖、侵袭迁移和凋亡的影响 被引量：2

9

作者 秦焕蓉 吴祥锴 +4 位作者 江哲宇 张赟 林丽云 王黎洲 周石 《介入放射学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期44-51,共8页

目的探究微小核糖核酸(miR)-155靶向蛋白酪氨酸磷酸酶非受体21型(PTPN21)调控磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路对肝癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响。方法体外培养Huh7人肝癌细胞并通过miR-155沉默慢病毒(sh-miR-155)转染下... 目的探究微小核糖核酸(miR)-155靶向蛋白酪氨酸磷酸酶非受体21型(PTPN21)调控磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(AKT)信号通路对肝癌细胞增殖、迁移、侵袭的影响。方法体外培养Huh7人肝癌细胞并通过miR-155沉默慢病毒(sh-miR-155)转染下调miR-155。实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测Huh7细胞miR-155沉默效果,获得稳转细胞株后将细胞株随机分为:Blank组(正常Huh7细胞)、shNC组(Huh7细胞+miR-155空载体)、sh-miR-155组(Huh7细胞+miR-155沉默)、sh-miR-155+Recilisib组(Huh7细胞+miR-155沉默+PI3K-AKT激动剂)、shNC+Recilisib组(Huh7细胞+miR-155空载体+PI3K-AKT激动剂)。双荧光素酶实验检测PTPN21是否为miR-155的下游;溴化噻唑蓝四氮唑(MTT)法检测各组细胞增殖能力;流式细胞术测定各组细胞凋亡水平;Transwell实验分析各组细胞侵袭与迁移能力;蛋白质印迹检测各组PTPN21、通路相关蛋白PI3K、P-PI3K、AKT、P-AKT及凋亡相关蛋白BAX、BCL-2、Caspase-3表达变化差异。结果sh-miR-155组中miR-155的表达水平低于Blank组及shNC组(P<0.0001),miR-155在Blank组及shNC组表达水平差异无统计学意义(P>0.05)。MTT结果显示,sh-miR-155组中Huh7细胞在2、3、4、5 d时A值均低于Blank组及shNC组(P<0.0001),而Blank组与shNC组差异无统计学意义(P>0.05);sh-miR-155组在2、3、4、5 d时A值低于sh-miR-155+Recilisib组及shNC+Recilisib组(P=0.0052,P<0.0001),而sh-miR-155+Recilisib组在2、3、4、5 d时A值低于shNC+Recilisib组(P<0.0001)。Blank组与shNC组迁移及侵袭细胞数差异无统计学意义(P>0.05),激活PI3K-AKT信号通路后,与Blank组相比,shNC+Recilisib组肝癌细胞的迁移、侵袭能力显著增加(P<0.0001)。相反,沉默miR-155后Huh7细胞的迁移及侵袭细胞数明显低于Blank组及shNC组(P<0.0001),而PI3K激动剂逆转了这一现象,与sh-miR-155组相比,sh-miR-155+Recilisib组肝癌细胞的迁移、侵袭能力增强(P=0.0002)。慢病毒转染Huh7人肝癌细胞以沉默miR-155,下调miR-155抑制PTPN21调控PI3K-AKT信号通路从而抑制肝癌细胞的侵袭、迁移、增殖能力,促进肝癌细胞凋亡。结论miR-155通过靶向PTPN21调控PI3K-AKT信号通路抑制肝癌细胞的迁移、侵袭、增殖。miR-155可能是未来肝癌治疗潜在靶点。 展开更多

关键词 肝癌 微小核糖核酸-155 蛋白酪氨酸磷酸酶非受体21型 磷脂酰肌醇3-激酶 蛋白激酶b

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柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶基因的克隆、原核表达及酶活性分析

10

作者 廖申权 吴彩艳 +5 位作者 戚南山 李娟 吕敏娜 张健騑 谢明权 孙铭飞 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期631-636,共6页

旨在克隆柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(EtDXR)基因,初步分析EtDXR的酶活性。根据EuPathDB数据库信息注释、拼接Etdxr基因序列,设计特异性引物扩增Etdxr基因,构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,转化E.coli Rosetta(DE3),IPTG... 旨在克隆柔嫩艾美耳球虫5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(EtDXR)基因,初步分析EtDXR的酶活性。根据EuPathDB数据库信息注释、拼接Etdxr基因序列,设计特异性引物扩增Etdxr基因,构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,转化E.coli Rosetta(DE3),IPTG诱导表达,进行SDS-PAGE及Western blot分析,纯化rEtDXR,对rEtDXR进行酶活性分析,测定pH和Mg2+离子浓度对酶活性的影响。结果显示,Etdxr基因完整编码序列为1 746bp,氨基酸序列具有与其他物种高度保守的酶活性中心;成功构建原核表达质粒pCold I-EtDXR,SDS-PAGE以及Western blot分析显示,得到约50ku的蛋白质;利用直接检测底物NADPH消耗速率的方法分析EtDXR酶活性,结果显示,不同pH和离子浓度对EtDXR的酶活性有显著影响,其最佳的酶反应条件为pH 7.0,Mg2+离子浓度4.5mmol·L-1。本研究为进一步以EtDXR为药靶筛选抗球虫先导化合物奠定了基础。 展开更多

关键词 柔嫩艾美耳球虫 5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶 克隆 原核表达 酶活性

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毛竹阿拉伯糖-5-磷酸异构酶的基因克隆、原核表达及纯化 被引量：1

11

作者 屈亚平 张智俊 +2 位作者 王超莉 王蕾 吴林军 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期928-934,共7页

毛竹Phyllostachys edulis阿拉伯糖-5-磷酸异构酶(Pe Kds D)是2-酮-3-脱氧辛糖酸(KDO)生物合成途径的第1个关键酶。采用逆转录实时聚合酶链式反应(q RT-PCR)克隆得到毛竹Kds D基因。该基因c DNA全长1 038 bp,编码346个氨基酸;对不同物... 毛竹Phyllostachys edulis阿拉伯糖-5-磷酸异构酶(Pe Kds D)是2-酮-3-脱氧辛糖酸(KDO)生物合成途径的第1个关键酶。采用逆转录实时聚合酶链式反应(q RT-PCR)克隆得到毛竹Kds D基因。该基因c DNA全长1 038 bp,编码346个氨基酸;对不同物种来源的Kds D氨基酸序列进行比对和系统进化树分析。结果表明:毛竹的Kds D与玉米Zea mays等植物来源的Kds D有很高的序列一致性,而与微生物来源的Kds D序列一致性较低。毛竹不同组织实时荧光定量聚合酶链式反应(q RT-PCR)结果表明:Pe Kds D基因在叶中表达量远远高于其他组织。在大肠埃希菌Escherichia coli原核表达系统中获得了Kds D的可溶性高表达蛋白,将大量表达的重组蛋白经过Ni-NTA亲和层析和分子筛层析(SEC)进行纯化,发现Kds D在溶液(30 mmol·L^(-1)三羟甲基氨基甲烷pH 8.0,200 mmol·L^(-1)氯化钠)中以多种聚体的形式存在;酶学性质测定的结果表明:毛竹Kds D酶最适pH值为pH 8.5,最适作用温度为37℃。此结果为后期研究植物Kds D蛋白的结构与功能奠定了基础。 展开更多

关键词 林木育种学 毛竹 阿拉伯糖-5-磷酸异构酶 基因克隆 原核表达 蛋白纯化

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结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂高通量筛选模型的建立与应用 被引量：1

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作者 步洪强 杨延辉 +3 位作者 蒙建州 关艳 胡辛欣 肖春玲 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期401-407,共7页

目的建立1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的高通量筛选模型,从不同来源的样品中筛选该酶抑制剂,以期获得作用于该靶点的全新作用机制的抗结核药物先导物。方法以结核分枝杆菌H37Rv基因组为模板,克隆基因dxr构建重组表达质粒pET2... 目的建立1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的高通量筛选模型,从不同来源的样品中筛选该酶抑制剂,以期获得作用于该靶点的全新作用机制的抗结核药物先导物。方法以结核分枝杆菌H37Rv基因组为模板,克隆基因dxr构建重组表达质粒pET28a(+)::dxr;IPTG诱导表达并经Ni2+亲和层析柱纯化得到具有天然酶活性的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶;基于该酶促反应底物NADPH在340nm波长下具有光吸收的原理,建立和优化酶活测定体系,构建并评价酶抑制剂的高通量筛选模型;应用此模型进行酶抑制剂筛选并进行抑酶活性及抗菌活性评价。结果成功得到具有天然酶活性的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶,构建了1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的高通量筛选模型并得到3个抑酶活性较高的阳性化合物,其中化合物IMB-DXR-B1为该酶的反竞争性抑制剂,其Ki值为6.2μmol/L,IC50为29.5μmol/L,该化合物对于结核分枝杆菌H37Rv的MIC为32μg/mL。结论成功构建了稳定性好、灵敏度高的结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的高通量筛选模型,筛选得到具有抗结核活性的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂,为获得全新作用靶点的新型抗结核药物奠定了基础。 展开更多

关键词 结核分枝杆菌 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 筛选模型 抑制剂

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决明1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶的功能鉴定与表达分析 被引量：1

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作者 邓银 夏杰 +3 位作者 符莹 刘倩 李小芳 廖海 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1599-1605,共7页

本研究根据决明三代转录组测序获得的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(CoDXS)和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(CoDXR)基因的全长序列设计特异性引物,PCR扩增获得CoDXS、CoDXR基因的OFR,构建原核表达载体pTrc-CoDXS、pTrc-CoDXR在含有质... 本研究根据决明三代转录组测序获得的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶(CoDXS)和1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(CoDXR)基因的全长序列设计特异性引物,PCR扩增获得CoDXS、CoDXR基因的OFR,构建原核表达载体pTrc-CoDXS、pTrc-CoDXR在含有质粒PAC-BETA的TOP10重组菌中进行表达,通过TOP10的菌斑颜色变化来验证CoDXS和CoDXR基因的功能。利用实时荧光定量PCR来检测CoDXS、CoDXR基因在决明不同组织中以及六种胁迫条件下的表达情况。研究结果表明CoDXS、CoDXR基因的OFR分别为2127、1416 bp,编码的氨基酸数目分别为708、471,功能鉴定结果显示含有CoDXS、CoDXR基因编码区的TOP10菌斑呈现出深橘黄色;CoDXS基因的表达趋势为:花>茎>种子>叶>根,CoDXR基因的表达趋势为:叶>花>茎>根>种子。对CoDXR和CoDXS基因在不同的胁迫条件下的相对表达量检测分析发现,在盐胁迫条件下:CoDXS基因的表达量整体呈现出下降趋势,CoDXR基因的表达量波动范围较小;在ABA胁迫条件下:CoDXS基因的表达量呈现出先下降上升趋势,CoDXR基因的表达量呈现出上升趋势;在MeJA胁迫条件下:CoDXR和CoDXS基因的表达量均呈现出先下降后上升的趋势;在PEG6000胁迫条件下:对CoDXS基因表达量的影响较小,CoDXR基因的表达量呈现出上升趋势;在高温胁迫条件:CoDXS基因呈现出下降趋势,对CoDXR基因的表达影响较小;低温胁迫条件下:CoDXR和CoDXS基因的表达均呈现出下降趋势。 展开更多

关键词 决明 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合酶 功能鉴定 表达分析

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麦芽根中5′-磷酸二酯酶的制备及性质 被引量：7

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作者 李德莹 邱蔚然 丁庆豹 《华东理工大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期376-379,共4页

从麦芽根中提取 5′-磷酸二酯酶 ,酶活可达 474U/ m L。将所得酶液用于水解酵母核糖核酸 ,得到 5′-CMP、UMP、GMP、AMP 4种单核苷酸。最佳反应条件为 :底物 RNA浓度为0 .0 1 g/ m L,每毫升底物的酶用量为 3 0 U,酶解温度 70°C,p H... 从麦芽根中提取 5′-磷酸二酯酶 ,酶活可达 474U/ m L。将所得酶液用于水解酵母核糖核酸 ,得到 5′-CMP、UMP、GMP、AMP 4种单核苷酸。最佳反应条件为 :底物 RNA浓度为0 .0 1 g/ m L,每毫升底物的酶用量为 3 0 U,酶解温度 70°C,p H7.0 ,时间 2 h,5′-核苷酸转化率达80 %。 展开更多

关键词 制备 麦芽根 5′-磷酸二酯酶 5′-核苷酸 核糖核酸 热稳定性 pH稳定性 啤酒废料

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结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶抑制剂的3D-QSAR研究及优化设计

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作者 谢稳 谢双龙 +1 位作者 余娜 林治华 《重庆理工大学学报（自然科学）》 CAS 北大核心 2023年第2期357-368,共12页

结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶是结核分枝杆菌代谢的关键限速酶,因此被作为一个有潜力的抗菌靶点。收集了35个对结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(mtDXR)有体外抑制活性的膦胺霉素... 结核分枝杆菌是导致结核病的病原体,1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶是结核分枝杆菌代谢的关键限速酶,因此被作为一个有潜力的抗菌靶点。收集了35个对结核分枝杆菌1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(mtDXR)有体外抑制活性的膦胺霉素衍生物,运用比较分子场分析方法和比较分子相似性指数分析方法对它们进行三维定量构效关系研究,建立了相应模型。结果表明:CoMFA模型的最佳主成分值n=7,交互检验系数q^(2)=0.601,相关系数r^(2)=0.979;CoMSIA模型的最佳主成分值n=8,交互检验系数q^(2)=0.609,相关系数r^(2)=0.983。数据显示所建模型拥有较为可靠的预测能力。同时,利用分子对接进一步考察膦胺霉素类小分子抑制剂和靶点活性部位氨基酸残基的非键作用,结合3D-QSAR等势图,明确了该类化合物分子结构上可供加工和优化的区域,进而设计出14个全新的膦胺霉素衍生物,并对它们进行活性预测,得到了拥有更高预测活性的新化合物27m,为mtDXR抑制剂的进一步开发提供了理论依据和重要参考。 展开更多

关键词 结核分枝杆菌 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 膦胺霉素衍生物 3D-QSAR 分子对接

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农杆菌介导银杏遗传转化体系的建立及Gb-DXR基因表达载体的构建 被引量：17

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作者 冯国庆 杨颖舫 +4 位作者 李郑娜 成瑜 杨春贤 陈敏 廖志华 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第10期4992-4995,5067,共5页

[目的]为提高农杆菌介导的银杏遗传转化效率提供参考。[方法]以成熟的银杏种子胚为外植体,在无激素MS培养基上预培养48h后,采用3种农杆菌介导将GUS基因导入银杏胚中,经过组织化学染色法检测到GUS瞬时表达活性,对影响GUS基因表达的因素... [目的]为提高农杆菌介导的银杏遗传转化效率提供参考。[方法]以成熟的银杏种子胚为外植体,在无激素MS培养基上预培养48h后,采用3种农杆菌介导将GUS基因导入银杏胚中,经过组织化学染色法检测到GUS瞬时表达活性,对影响GUS基因表达的因素进行初步分析;并构建了银杏内酯前体合成途径上1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR)的表达载体。[结果]该研究得到较合适的遗传转化方案,即用银杏胚作为外植体,用携带pCAMBIA1304+的EHA105农杆菌进行侵染,共培养3d,进行GUS染色,结果显示转化后GUS阳性率较高。[结论]该研究为进一步的银杏转基因研究工作奠定了基础。 展开更多

关键词 银杏胚 农杆菌介导 遗传转化 GUS基因 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶(DXR) 表达载体

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PARP-1与NF-κB在卵巢上皮性肿瘤组织中的表达及意义 被引量：5

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作者 王哲 李燕 +1 位作者 吕树卿 田永杰 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期676-679,共4页

目的:研究卵巢上皮性肿瘤组织中聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶-1(PARP-1)、核转录因子κB(NF-κB)的表达及意义。方法:采用免疫组织化学SP法检测10例正常卵巢组织、30例卵巢良性肿瘤、30例卵巢交界性肿瘤和50例卵巢癌原发灶中的PARP-1和NF-... 目的:研究卵巢上皮性肿瘤组织中聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶-1(PARP-1)、核转录因子κB(NF-κB)的表达及意义。方法:采用免疫组织化学SP法检测10例正常卵巢组织、30例卵巢良性肿瘤、30例卵巢交界性肿瘤和50例卵巢癌原发灶中的PARP-1和NF-κBp65蛋白表达。结果:①PARP-1蛋白和NF-κBp65蛋白在卵巢癌组织中阳性表达率均高于卵巢交界性肿瘤、卵巢良性肿瘤和正常卵巢组织,差异均有统计学意义(P<0.05);而两者的阳性表达率在卵巢交界性肿瘤、卵巢良性肿瘤及正常卵巢组织间比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。②PARP-1和NF-κBp65蛋白与卵巢癌的病理分级、临床分期和有无淋巴结转移有关(P<0.05)。③卵巢癌组织中PARP-1与NF-κBp65表达呈正相关(r=0.596,P<0.05)。结论:PARP-1和NF-κB在卵巢癌组织中过表达,与卵巢癌的发生、发展有关。PARP-1可能通过作用于NF-κB促进卵巢上皮性肿瘤细胞的恶性转化。 展开更多

关键词 卵巢上皮性肿瘤 聚腺苷酸二磷酸核糖聚合酶-1 核转录因子κb 免疫组织化学技术

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GLP-1类似物利拉鲁肽对糖尿病神经病变大鼠坐骨神经PARP-1/NF-κB表达的影响 被引量：2

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作者 曹晓红 徐勇 陈平 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1425-1433,共9页

目的:通过构建大鼠糖尿病周围神经病变(diabetic peripheral neuropathy,DPN)模型探究胰高血糖素样肽1(glucagonlike peptide 1,GLP-1)类似物利拉鲁肽对DPN大鼠坐骨神经聚腺苷二磷酸核糖聚合酶/激活核因子-κB(poly ADP-ribose polymera... 目的:通过构建大鼠糖尿病周围神经病变(diabetic peripheral neuropathy,DPN)模型探究胰高血糖素样肽1(glucagonlike peptide 1,GLP-1)类似物利拉鲁肽对DPN大鼠坐骨神经聚腺苷二磷酸核糖聚合酶/激活核因子-κB(poly ADP-ribose polymerase/nuclear factor kappa-B,PARP/NF-κB)表达的影响。方法:SD大鼠84只,随机选12只作为正常组;其余大鼠均采用链脲佐菌素诱导建立DPN模型。建模成功后,抽取72只大鼠随机分为模型组,胰岛素组,甲钴胺组,利拉鲁肽低、中、高剂量组。正常组和模型组皮下注射等体积生理盐水,胰岛素组给予胰岛素治疗,甲钴胺组给予甲钴胺治疗,给药组给予不同剂量利拉鲁肽治疗,共治疗8周。记录各组大鼠体质量和血糖,测定神经反应速度,ELISA检测炎症因子,流式细胞术检测细胞凋亡,Western blot检测PARP-1、NF-κB蛋白表达,EMSA检测NF-κB转录活性。选择RSC96细胞建立高糖环境下细胞损伤模型,应用基因芯片预测PARP-靶基因,并通过转染PARP-1进行检验。结果:与模型组比较,利拉鲁肽治疗后大鼠体质量显著增加,血糖显著降低,神经反应速度提高(P<0.05);大鼠实验和细胞实验显示利拉鲁肽给药后细胞炎症因子含量及PARP和NF-κB蛋白表达较模型组显著降低,高剂量组降低幅度更明显(P<0.05);大鼠神经细胞凋亡率较模型组显著降低(P<0.05);利拉鲁肽抑制了NF-κB的转录活性;PARP-1转染组炎症因子和PARP-1、NF-κB蛋白水平显著高于中剂量组(P<0.05),PARP-1/NF-κB是GLP-1对糖尿病神经病变大鼠抗炎症作用的重要靶点。结论:利拉鲁肽可以降低DPN大鼠坐骨神经PARP-1和NF-κB的表达水平,从而降低大鼠坐骨神经损伤,起到防治糖尿病周围神经病变损伤的作用。 展开更多

关键词 利拉鲁肽 糖尿病周围神经病变 坐骨神经损伤 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1 核因子-κb

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NF-κB相关信号通路在肾缺血-再灌注损伤中作用的研究进展 被引量：6

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作者 张瑞波 申开文 +2 位作者 袁强 王强 沈俊 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期349-355,共7页

肾缺血-再灌注损伤(IRI)是肾移植和肾部分切除术后预后不佳的主要原因,同时也是急性肾损伤的重要病理生理过程,因此,肾IRI的防治对于改善肾移植预后具有重要意义。然而,IRI的机制较为复杂,其具体机制尚未明确。炎症反应作为IRI主要发病... 肾缺血-再灌注损伤(IRI)是肾移植和肾部分切除术后预后不佳的主要原因,同时也是急性肾损伤的重要病理生理过程,因此,肾IRI的防治对于改善肾移植预后具有重要意义。然而,IRI的机制较为复杂,其具体机制尚未明确。炎症反应作为IRI主要发病机制之一,在IRI导致的肾损伤中具有重要意义。核因子(NF)-κB作为一种快速反应转录因子,被证实在肾IRI中参与炎症反应的调控。因此,本文将从NF-κB的结构组成、NF-κB信号通路的激活途径及肾IRI中NF-κB上游信号通路和下游信号通路的调控机制进行综述,探讨NF-κB相关信号通路在肾IRI中的作用,为肾IRI的防治提供新的临床思路。 展开更多

关键词 肾移植 核因子-Κb 炎症反应 缺血-再灌注损伤 多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1 Toll样受体4 NOD样受体蛋白3 缺氧诱导因子-1Α

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SIRT3抑制PARP-1活性缓解多巴胺能神经元炎症损伤 被引量：2

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作者 蒋德旗 梁瑞兰 +2 位作者 蒋丽林 勾玲 徐兰程 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1510-1516,共7页

目的研究多巴胺能神经元SIRT3表达对小胶质细胞活化所致其炎症损伤的抵抗作用及相关机制。方法建立多巴胺能神经元MN9D细胞与小胶质细胞BV-2共培养体外炎症损伤模型。将MN9D细胞分为对照组、模型组、SIRT3组、SIRT3+PJ34(PARP-1抑制剂)... 目的研究多巴胺能神经元SIRT3表达对小胶质细胞活化所致其炎症损伤的抵抗作用及相关机制。方法建立多巴胺能神经元MN9D细胞与小胶质细胞BV-2共培养体外炎症损伤模型。将MN9D细胞分为对照组、模型组、SIRT3组、SIRT3+PJ34(PARP-1抑制剂)组。实时定量聚合酶链式反应分析mRNA水平,流式细胞术检测细胞凋亡率,JC-1法检测线粒体膜电位变化,酯化钙黄绿素与氯化钴共孵育法分析线粒体通透性转运孔(mPTP)开放情况,Western blot检测蛋白表达情况。结果与模型组比较,SIRT3过表达则使SIRT3组MN9D细胞的凋亡率明显降低,SIRT3和SOD_(2)基因表达明显增多,PARP-1、TNF-α及IL-1β蛋白表达明显减少,p-NF-κB p65/NF-κB p65比值明显变小,线粒体膜电位上升,mPTP开放和ROS生成减少,组间比较差异均具有统计学意义(P<0.05);SIRT3+PJ34组MN9D细胞PARP-1活性抑制后,除SIRT3和IL-1β蛋白表达变化不明显外,其它考察指标的变化趋势在SIRT3组基础上进一步增大,两组间比较差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论SIRT3表达能够缓解小胶质细胞激活所致多巴胺能神经元的炎症损伤,机制可能与其改善线粒体功能,减少ROS生成抑制PARP-1活性及NF-κB信号通路有关。 展开更多

关键词 多巴胺能神经元 SIRT3 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶-1 神经炎症 核转录因子-Κb 活性氧

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