浙江两地产索氏桃花水母核糖体小亚基rRNA基因序列分析 被引量：13

1

作者 胡义波 姜乃澄 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期559-566,共8页

采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序.经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99.61%和99.45%;与索氏桃... 采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序.经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99.61%和99.45%;与索氏桃花水母的遗传距离均为0.001;经分子系统树分析,杭州与绍兴产桃花水母与索氏桃花水母的分支置信度高达100%.综上分析,杭州与绍兴产桃花水母均为索氏桃花水母(Craspe-dacusta sowerbyi),该结论与其形态学分类相一致. 展开更多

关键词 索氏桃花水母 rrna基因 核糖体小亚基 分类学

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九种微孢子虫核糖体小亚单位RNA(SSUrRNA)基因拷贝数的研究 被引量：1

2

作者 王见杨 黄可威 +1 位作者 赵昀 陆长德 《蚕业科学》 CAS CSCD 2001年第3期200-205,共6页

以已克隆测序的家蚕微孢子虫 (镇江株 ,Nosemabombycis)的核糖体小亚单位RNA(SSUrRNA)编码基因(12 0 5bp)为模板 ,用随机引物合成法标记的探针 ,在与 9种微孢子虫及家蚕基因组DNA的 6种限制性内切酶的酶切产物的Southern杂交图谱中 ,9... 以已克隆测序的家蚕微孢子虫 (镇江株 ,Nosemabombycis)的核糖体小亚单位RNA(SSUrRNA)编码基因(12 0 5bp)为模板 ,用随机引物合成法标记的探针 ,在与 9种微孢子虫及家蚕基因组DNA的 6种限制性内切酶的酶切产物的Southern杂交图谱中 ,9种微孢子虫基因组DNA酶切产物的杂交图谱极为相似 ,而与家蚕基因组DNA的任何一种酶的酶切产物均无杂交信号 ,表明微孢子虫和家蚕的SSUrRNA基因同源性很低或没有同源性。同时还证实了已克隆的SSUrRNA基因来源于微孢子虫基因组DNA ,不是从家蚕基因组DNA扩增而来。在酶解较为完全的酶切产物的杂交图谱中 ,微孢子虫基因组DNA中SSUrRNA基因的拷贝数至少在 展开更多

关键词 微孢子虫 SSUrrna基因 拷贝数 核糖体小亚单位rna 基因克隆 家蚕

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核糖体RNA基因在蕈菌分子系统学研究中的应用 被引量：2

3

作者 盛伟 方晓阳 潘传奇 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第6期453-456,共4页

蕈菌的核糖体RNA(rRNA)基因既存在于细胞核内,又存在于线粒体中,均由高度保守区和可变区组成,由于其中包含了丰富的遗传变异信息,近年来成为蕈菌分子系统学研究的热点。本文综述了蕈菌核糖体RNA基因的组成和性质及其近些年来在蕈菌分子... 蕈菌的核糖体RNA(rRNA)基因既存在于细胞核内,又存在于线粒体中,均由高度保守区和可变区组成,由于其中包含了丰富的遗传变异信息,近年来成为蕈菌分子系统学研究的热点。本文综述了蕈菌核糖体RNA基因的组成和性质及其近些年来在蕈菌分子系统学方面研究中的应用。 展开更多

关键词 核糖体rna(rrna)基因 蕈菌 分子系统

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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究 被引量：9

4

作者 门荣新 杨官品 +1 位作者 刘永健 管晓菁 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期88-96,共9页

采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足... 采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足类18SrDNA变异类型文库,并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明,VspI限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0.17、0.23和0.6的3种操作分类单元(OTUs),遗传多样性指数达到0.95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75.4—97.8之间,而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲,其中,AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区,其GC%分别为47.37%、48.16%和48.57%。研究结果表明,混合DNA提取方法简单,设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18SrDNA,根据18SrDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18SrDNA序列奠定了基础。 展开更多

关键词 18S核糖体rna基因 桡足类 序列变异

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家蚕微粒子病原虫(Nosema bombycis)小亚基核糖体RNA全基因的克隆及其二级结构的构建 被引量：15

5

作者 王见杨 黄可威 陆长德 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期290-295,共6页

在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的... 在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的全序列共 12 33bp。用RnaViz、Forcon、DCSE等生物软件构建了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA的二级结构 ,与其它微孢子虫及真核生物小亚基核糖体RNA的二级结构相比 ,该二级结构缺乏螺旋 10、E10 1、 11、 18、E2 3 n和43。 展开更多

关键词 家蚕微粒子病原虫 SSP-PCR 小亚基核糖体rna SSUrrna 全基因 二级结构 螺旋

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海链藻目核糖体RNA基因片段的扩增及多样性分析 被引量：1

6

作者 李海涛 杨官品 刘永健 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期40-44,共5页

海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州... 海链藻目(Thalassiosirales)的海链藻属(Thalassiosira)和骨条藻属(Skeletonema)微藻是形成春季赤潮的主要种类。为利用分子生物学方法分析表层海水主要赤潮形成藻的动态变化、快速鉴定赤潮形成藻种,设计了海链藻目特异引物,扩增了胶州湾近岸表层海水海链藻目18S核糖体RNA基因片断。随机测定10个序列,其中4个与海链藻属的Thalassiosi-ra concaviuscula的完全相同,其余的可确定属于海链藻属。表明该引物对能选择性地扩增海链藻目18S核糖体RNA基因片断。 展开更多

关键词 海链藻目(Thalassiosirales) 18S核糖体rna基因 多样性

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胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量：1

7

作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多

关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 rna基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定

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真核生物核糖体RNA基因的转录调控 被引量：1

8

作者 李敏 周兴涛 《江西农业学报》 CAS 2008年第11期14-16,共3页

综述了真核生物核糖体RNA串联基因调控机制、转录预起始复合物的形成及核糖体RNA基因转录起始调控机制。

关键词 真核生物 核糖体rna基因 转录调控 转录起始

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海洋动物核糖体RNA基因的结构特征和功能进化 被引量：1

9

作者 张筠 王明昌 +2 位作者 李妍 隋娜 董长永 《安徽农学通报》 2008年第5期30-32,128,共4页

核糖体普遍存在于各种细胞中,由大小两个亚基组成,是细胞中进行合成蛋白质的场所。核糖体组成成分为核糖体RNA以及蛋白质。核糖体RNA基因被广泛应用于海洋动物研究中,本文着重介绍海洋动物核糖体RNA基因的结构特征以及功能进化,供生物... 核糖体普遍存在于各种细胞中,由大小两个亚基组成,是细胞中进行合成蛋白质的场所。核糖体组成成分为核糖体RNA以及蛋白质。核糖体RNA基因被广泛应用于海洋动物研究中,本文着重介绍海洋动物核糖体RNA基因的结构特征以及功能进化,供生物进化、分子系统学、系统发育以及海洋动物分类和种质鉴定等研究者参考。 展开更多

关键词 核糖体rna基因 海洋动物 结构特征 功能进化

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长臂缨鲆核糖体RNA基因序列多态性特征分析

10

作者 杨敏 孔晓瑜 +1 位作者 时伟 龚理 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期55-66,共12页

为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombuskobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚... 为了解鲽形目Pleuronectiformes鲆科Bothidae长臂缨鲆Crossorhombuskobensis(Jordan&Starks,1906)核糖体RNA基因的序列多态性特征,本研究共获得该鱼类包括18S、5.8S、ITS1和ITS2全长及28S部分序列的128条克隆序列。经序列比对、聚类分析以及重组检测,结果显示5.8S (158bp)无长度变异,而其他4个基因片段则表现出较高的长度多态性,并可分为不同序列类型:18S (1856～1893 bp)有4种序列类型A、B、C和R; 28S (967～974bp)和ITS1 (407～505bp)均有3种类型A、B和R;ITS2(423～447bp)存在2种类型A和B。此外5个基因片段在碱基组成中均表现出GC偏倚,并且ITS2(71.14%)>ITS1(65.37%)>28S(62.22%)>5.8S(57.67%)>18S(54.95%)。对具有不同序列类型的18S、28S和ITS进行真、假基因推断时,通常的判别特征不足以提供有力依据,因此增加了与4种鲆科近缘鱼类长冠羊舌鲆Arnoglossus macrolophus、青缨鲆Crossorhombus azureus、大鳞短额鲆Engyprosopongrandisquama以及冠毛鲆Lophonectes gallus相应基因片段的比对。各基因片段的插入/缺失以及特异性碱基差异位点比对结果显示:18S和28S的短序列类型A与4种鲆科鱼类序列一致,而其他序列类型则不同; ITS1序列类型A与4种鲆科鱼类在类型B的缺失位点均无缺失,因此推测18S、28S和ITS1的A类型为真基因,而其他类型为假基因。ITS2的A和B类型在差异位点上与4个鲆科鱼类不存在一致性,没有足够的依据对两个类型做出真、假基因的推断。长臂缨鲆核糖体RNA基因中, 5.8S序列最为保守遵循协同进化的方式,而其他4个基因片段为非协同进化的方式。 展开更多

关键词 核糖体rna 基因 长臂缨鲆 多态性 假基因 非协同进化 重组

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胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因序列变异分析

11

作者 门荣新 杨官品 +2 位作者 沈锡权 廖梅杰 管晓菁 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期392-396,共5页

设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单... 设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU) ,并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0 .96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。 展开更多

关键词 桡足亚纲 生物多样性 18S核糖体rna基因

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桃花水母的核糖体RNA基因ITS区序列分析及物种鉴定 被引量：3

12

作者 迟艳红 陈华增 +4 位作者 杨翠华 孙玉苗 齐继光 刘光兴 王玮 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期35-40,共6页

利用PCR扩增和DNA测序技术,获得了青岛野外采集到的桃花水母(Craspedacusta)核糖体RNA基因ITS区序列。序列比对以及系统进化分析显示,在青岛采集到的桃花水母与索氏桃花水母(Craspedacusta sowerbyi)的ITS区序列相似度最高,同源性在93%... 利用PCR扩增和DNA测序技术,获得了青岛野外采集到的桃花水母(Craspedacusta)核糖体RNA基因ITS区序列。序列比对以及系统进化分析显示,在青岛采集到的桃花水母与索氏桃花水母(Craspedacusta sowerbyi)的ITS区序列相似度最高,同源性在93%以上;同时,在系统发育树中也与索氏桃花水母聚为一支。研究结果表明,青岛采集到的桃花水母为索氏桃花水母,这也是青岛地区桃花水母的新记录。 展开更多

关键词 桃花水母(Craspedacusta) 核糖体rna基因ITS区 基因克隆 序列分析

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小核糖体管家基因RNA 1转染对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖及凋亡的影响 被引量：1

13

作者 左淑飞 吕书龙 +3 位作者 吴洁 马玲 付冬冬 范文强 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2020年第6期826-830,共5页

目的:探讨转染小核糖体管家基因RNA 1(SNHG1)对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖、凋亡的影响及其机制。方法:以10μg/L的IL-1β刺激大鼠软骨细胞6、12和24 h(以未刺激细胞为对照),采用实时荧光定量PCR法检测SNHG1的表达。将体外培养的软... 目的:探讨转染小核糖体管家基因RNA 1(SNHG1)对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖、凋亡的影响及其机制。方法:以10μg/L的IL-1β刺激大鼠软骨细胞6、12和24 h(以未刺激细胞为对照),采用实时荧光定量PCR法检测SNHG1的表达。将体外培养的软骨细胞分为正常对照组(正常培养)、IL-1β组(以10μg/L IL-1β刺激24 h)、IL-1β+空载体组(转染pcDNA3.1空载体后以10μg/L IL-1β刺激24 h)和IL-1β+SNHG1组(转染pcDNA3.1-SNHG1后以10μg/L IL-1β刺激24 h),采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞中SNHG1的表达,MTT法和Annexin V-FITC/PI双染法检测细胞增殖和凋亡情况,Western blot法检测细胞中PI3K/AKT信号通路相关蛋白PI3K、AKT、p-AKT、Bcl-2和Bax的表达。结果:与未刺激细胞比较,IL-1β刺激6、12和24 h,大鼠软骨细胞中SNHG1表达水平逐渐降低(P<0.05)。与正常对照组比较,IL-1β组细胞中SNHG1表达水平,细胞增殖率和PI3K、p-AKT、Bcl-2蛋白的表达水平降低,细胞凋亡率和Bax蛋白表达水平升高(P<0.05);与IL-1β组或IL-1β+空载体组比较,IL-1β+SNHG1组细胞中SNHG1表达水平,细胞增殖率和PI3K、p-AKT、Bcl-2蛋白的表达水平均升高,而细胞凋亡率和Bax蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论:SNHG1可促进IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖并抑制其凋亡,其作用机制可能与激活PI3K/AKT信号通路有关。 展开更多

关键词 骨关节炎 小核糖体管家基因rna 1 增殖 凋亡 PI3K/AKT信号通路

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细菌16S rRNA基因芯片的构建及其在细菌鉴定中的应用 被引量：9

14

作者 薛建亚 翁心华 +1 位作者 朱利平 万谟彬 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第8期919-921,共3页

目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建... 目的:构建细菌16SrRNA基因芯片,并将其应用于细菌检测。方法:根据细菌16S rRNA基因保守区设计合成针对革兰阳性细菌、革兰阴性细菌的通用探针,以及针对肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌的特异性探针,并构建基因芯片。利用所构建的芯片检测相应细菌,并观察其特异性及敏感性。结果:成功构建了相应的基因芯片;所构建的基因芯片能准确检出相应细菌,无交叉阳性现象,检测时间约需6 h;所构建的基因芯片能检测出DNA含量为15 fg的大肠埃希菌基因组DNA。结论:细菌16S rRNA基因芯片可用于细菌的检测,具有良好的特异性及敏感性,且耗时少。 展开更多

关键词 rna 核糖体 16S 基因芯片 细菌

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12种石鲈科鱼类线粒体16S rRNA基因的部分序列分析 被引量：14

15

作者 任岗 章群 +2 位作者 钱开诚 徐忠能 林小涛 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期48-52,共5页

分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Ju... 分析了5属12种石鲈科鱼类的线粒体16S rRNA基因部分序列特征,并参照RNA二级结构模型区分配对区和非配对区。结果表明,配对区对G有偏好(33.5%),非配对区对A有偏好(38.5%);与配对区相比,非配对区存在更多的变异和系统发育信息。从序列的Jukes-Cantor遗传距离结果看,石鲈科胡椒鲷属Plectorhynchus、矶鲈属Parapristipoma、石鲈属Hapalogenys、髭鲷属Pomadasys、Haemulon属5个属属间的差异水平都接近或超过了其与外类群科间的差异水平。从构建的ME系统发育树结果看,石鲈科鱼类分成二大分支,未能形成单一类群。在亲缘关系上,胡椒鲷属和矶鲈属较近,石鲈属和Haemulon属较近,髭鲷属与其它4个属较远,髭鲷属在鲈亚目中的分类地位可能应提高到科的水平。初步确定研究中选用的16S rRNA基因片段基本适用于石鲈科属间和属内种间关系的研究。 展开更多

关键词 石鲈科 线粒体16S rrna基因 rna二级结构 序列分析 系统发育

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核糖体蛋白基因及其与人类疾病的研究进展 被引量：5

16

作者 杨帆 刘卫平 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期354-356,共3页

关键词 人类疾病 蛋白基因 protein 蛋白质合成 核糖体蛋白 rrna 技术手段 疾病发生 生理功能 细胞器 细胞内 RP

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单条固定线虫基因组DNA提取及18S rRNA基因PCR扩增 被引量：8

17

作者 沈锡权 杨官品 廖梅杰 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期33-36,共4页

根据线虫18S核糖体RNA基因PCR扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇+0.05mol/LEDTA(pH8.0)和5%海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备PCR模板DNA,而5%海水福尔马林固定... 根据线虫18S核糖体RNA基因PCR扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇+0.05mol/LEDTA(pH8.0)和5%海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备PCR模板DNA,而5%海水福尔马林固定的样品能最完整地保持样品形态。蛋白酶K处理获得的DNA较碱裂解获得的更适合PCR扩增。结果有助于分子生物学方法在海洋线虫分类、多样性和生态学研究中的应用。 展开更多

关键词 PCR扩增 基因组DNA提取 rrna基因 18S DNA提取方法 分子生物学方法 福尔马林 蛋白酶K 模板DNA 生态学研究 效果比较 乙醇固定 海洋线虫 碱裂解 PCB M基因 核糖体 固定剂 样品 多样性 海水

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18S rRNA基因siRNA表达质粒的构建和鉴定

18

作者 王维 钱建新 董克家 《海南医学院学报》 CAS 2006年第5期393-395,共3页

目的:构建和鉴定水牛18SrRNA干扰真核表达载体,为进一步研究18SrRNA功能奠定基础。方法:人工设计合成水牛18SrRNA-sh565干扰序列,经基因重组定向克隆插入到真核表达载体pGPH1/GFP/Neo,随机挑选2个克隆菌提取质粒并进行酶切和测序鉴定。... 目的:构建和鉴定水牛18SrRNA干扰真核表达载体,为进一步研究18SrRNA功能奠定基础。方法:人工设计合成水牛18SrRNA-sh565干扰序列,经基因重组定向克隆插入到真核表达载体pGPH1/GFP/Neo,随机挑选2个克隆菌提取质粒并进行酶切和测序鉴定。结果:质粒酶切和测序结果显示,siRNA寡核苷酸按正确方向和序列插入质粒。结论:成功构建pGPH1/GFP/Neo-buffalo-18S rRNA-sh565干扰表达质粒。 展开更多

关键词 rna干扰 18S rrna 基因表达 真核细胞 质粒 水牛

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食源性致病菌核糖体RNA高效去除体系的建立

19

作者 黄佳莹 曹林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期358-364,共7页

[目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题。[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交... [目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题。[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交,在RNase H和DNaseⅠ的作用下去除rRNA。以大肠杆菌O157:H7 Sakai、单增李斯特菌EGD-e、肠道沙门氏菌CT18以及铜绿假单胞菌PAO1这4株菌的总RNA为模板,分别使用本研究设计的rRNA去除探针以及建立的rRNA去除体系与Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Bacteria)进行rRNA去除,随后用相同方法进行转录组文库构建,并使用Illumina Hi Seq X测序平台进行相同数据量的测序,最后通过生物信息分析比较rRNA去除效果。[结果]共设计rRNA去除探针541条。当总RNA使用量范围为1～5μg,探针使用量为100 pmol,RNase H使用量为2 U,DNaseⅠ保持过量为10 U时,rRNA去除体系的性能达到最优,去除效率达95%以上。使用本研究构建的rRNA去除体系时,4株食源性致病菌残留rRNA平均占总数据量的1.67%,而相同条件下试剂盒残留的rRNA平均占7.61%。此外,本体系对食源性致病菌低表达丰度基因的检出数目是试剂盒的1.90倍。[结论]该体系可以有效去除9种常见食源性致病菌的核糖体RNA,同时也大大降低了试验成本。 展开更多

关键词 食源性致病菌 核糖体rna(rrna) 文库构建 转录组

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小RNA病毒基因表达调控研究进展 被引量：3

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作者 姜明国 信爱国 杨立芳 《动物医学进展》 CSCD 2006年第3期54-58,共5页

小RNA病毒科属于正链RNA病毒,该科各属病毒基因组结构和基因表达机制具有保守性。文章对小RNA病毒科病毒基因表达调控,包括非依赖帽状结构的翻译起始、宿主细胞翻译的关闭、病毒多聚蛋白的加工处理和RNA的复制研究进行综述,为阐明该科... 小RNA病毒科属于正链RNA病毒,该科各属病毒基因组结构和基因表达机制具有保守性。文章对小RNA病毒科病毒基因表达调控,包括非依赖帽状结构的翻译起始、宿主细胞翻译的关闭、病毒多聚蛋白的加工处理和RNA的复制研究进行综述,为阐明该科病毒的致病机理和研究真核生物的基因表达调控提供可借鉴的资料。 展开更多

关键词 小rna病毒 基因表达 内部核糖体进入位点 rna结构元件

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