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核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用 被引量:5
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作者 沙伟 赵子峰 《生物学教学》 北大核心 2007年第6期4-5,共2页
本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。
关键词 核糖体dna 内转录间隔序列 植物系统与进化
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我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析 被引量:5
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作者 靳元春 李芬 +2 位作者 刘进辉 刘梦婷 吴昌义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期6-9,共4页
本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程... 本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 核糖体dna 第一内转录间隔(ITS-1 rdna) 序列分析
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植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用 被引量:13
3
作者 王川易 郭宝林 《武汉植物学研究》 CSCD 北大核心 2008年第4期417-423,共7页
目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分... 目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。 展开更多
关键词 核基因组核糖体dna 5S rdna基因间隔 IGS 系统发育
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西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析
4
作者 邹勇 吴飞 +5 位作者 郭雅旭 耿晓蕊 张文慧 王玉霞 李希来 林青 《动物医学进展》 北大核心 2016年第6期35-39,共5页
为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1... 为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp^453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。 展开更多
关键词 猪蛔虫 核糖体dna 转录间隔 序列测定 遗传变异
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不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 被引量:5
5
作者 向极钎 李锡香 +3 位作者 王萌 殷红清 帅超群 朱云芬 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第19期4737-4740,共4页
堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结... 堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0-0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。 展开更多
关键词 碎米荠(Cardamine hirsuta L.) 核糖体nr dna 内转录间隔(ITS) 序列分析
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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量:58
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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 rdna 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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淡色库蚊rDNA-ITS2基因的克隆分析 被引量:7
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作者 耿艺介 高世同 +3 位作者 黄达娜 庾蕾 宋红改 张仁利 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期887-890,共4页
目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS... 目的克隆并鉴定淡色库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(rDNA-ITS2)基因并应用于现场孽生蚊媒的种属鉴定,从而为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。方法设计淡色库蚊诊断性引物分别对淡色库蚊实验室标准株及从现场采集的蚊虫的rDNA-ITS2序列进行PCR扩增,PCR产物纯化后连接到pGEM-Teasy载体上并转化到DH5α菌中,然后对其进行DNA序列测定及分析。结果成功克隆了淡色库蚊的rDNA-ITS2基因。序列分析结果表明,实验中所克隆到的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列与GenBank所登录的淡色库蚊的rDNA-ITS2序列同源性均为98%以上,同时发现孽生现场存在淡色库蚊。结论rDNA-ITS2序列在淡色库蚊中具有种属特异性,可为孽生现场的蚊媒预警提供分子生物学依据。 展开更多
关键词 淡色库蚊 核糖体dna 内转录第二间隔 聚合酶链反应
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基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别 被引量:7
8
作者 郑传进 赵树进 +1 位作者 赵振华 呙军 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期74-78,83,共6页
对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列进行了测序分析.结果表明:何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6.91%、18.10%和42.20%,ITS2区的差异率分别为10.00%、19.40%和43... 对何首乌及其常见混淆品的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列进行了测序分析.结果表明:何首乌与其混淆品毛脉蓼、翼蓼及耳叶牛皮消ITSI区的差异率分别为6.91%、18.10%和42.20%,ITS2区的差异率分别为10.00%、19.40%和43.90%;而何首乌种内各居群间ITS1和ITS2区的差异率分别为0.00%~2.13%和0.00%~1.03%.基于何首乌及其混淆品的rDNAITS序列的差异,找出一个位于ITS2间隔区的何首乌特征性M6I酶切位点,用M6I酶对何首乌rDNAITS序列扩增产物酶切后得到含约531bp和109bp的两片段的聚合酶链反应一限制性片段长度多态性(PCR—RFLP)图谱,而其混淆品的rDNAITS序列扩增产物不能被NsbI酶切,故图谱呈单一条带.利用建立的PCR.RFLP方法可以很好地区分何首乌及其混淆品. 展开更多
关键词 何首乌 分子鉴别 核糖体dna内转录间隔 PCR—RFLP
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高良姜及其混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别 被引量:8
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作者 庞启华 严萍 赵树进 《华南理工大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期63-68,共6页
用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种... 用聚合酶链式反应(PCR)直接测序法测定和分析不同产地野生和农家品种的高良姜及其3种混淆品(山姜、华山姜和大高良姜)的核糖体DNA内转录间隔区(rDNAITS)序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据.ITS序列分析结果表明:高良姜种内序列同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,且广西样品杂合位点的两个碱基所占的比例与其它地方样品的不同.高良姜及其混淆品经测序、比对、排序得到的812 bp序列中有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2区中的11个位点在高良姜及其混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜及其混淆品.同时发现,基于DNA序列的高良姜及其混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步研究探讨. 展开更多
关键词 高良姜 混淆品 核糖体dna内转录间隔 序列分析 鉴别
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几种帘形目贝类rDNA ITS序列的比较 被引量:4
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作者 刘相全 包振民 +3 位作者 胡景杰 王师 方建光 王如才 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期435-440,共6页
扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类(外群)核糖体DNA的转录间隔区(ITS)序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2... 扩增并测序了4种帘形目和1种蚶目贝类(外群)核糖体DNA的转录间隔区(ITS)序列。帘形目贝类序列长度在874bp到1466bp之间,GC含量在62%到67%之间,ITS序列在相近的3种帘蛤科贝类之间表现出长度保守性和碱基组成的相似性。采用ITS1,ITS2,以及ITS1与ITS2的连接序列进行聚类,结果表明:2种蛤仔聚为一枝,表现出较近的亲缘关系,帘蛤科的3种贝类聚在一起,再与同属帘形目的缢蛏相聚。研究的结果揭示了帘形目贝类的系统发生关系。 展开更多
关键词 帘形目 核糖体dna 转录间隔 系统发生
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rDNA ITS序列在果树真菌病害研究中的应用 被引量:4
11
作者 索相敏 王献革 +3 位作者 李学营 郝婕 鄢新民 冯建忠 《江西农业学报》 CAS 2015年第5期22-24,共3页
介绍了r DNA ITS序列的结构和特点、分析技术原理。在此基础上综述了r DNA ITS序列在果树真菌病害种间亲缘关系研究、果树病原真菌的检测以及未知菌的鉴定等方面的应用,同时对其应用前景进行了展望。
关键词 果树 病原真菌 核糖体dna 内转录间隔 应用
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基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系 被引量:5
12
作者 卢松茂 陈振东 +2 位作者 林秀香 郑少缘 余智城 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第1期62-67,共6页
芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进... 芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从Gen Bank下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树。系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在I组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.asparagi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.asparagi的系统学关系最远。 展开更多
关键词 天门冬拟茎点霉 拟茎点霉属 核糖体dna内转录间隔 分子系统学
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硬软蒺藜rDNA-ITS基因序列的测定和比较 被引量:2
13
作者 张素军 瞿伟菁 李进 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2006年第5期792-795,共4页
用CTAB法提取总DNA,合成位于18 S rDNA和26 S rDNA上的两条各20 bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestrisL.)和软蒺藜(Atriplex centralasiaticaIljin)的核糖体RNA基因—rDNA内转录间... 用CTAB法提取总DNA,合成位于18 S rDNA和26 S rDNA上的两条各20 bp的引物,通过PCR扩增ITS的全序列,对PCR产物直接测序,分别获得了硬蒺藜(Tribulus terrestrisL.)和软蒺藜(Atriplex centralasiaticaIljin)的核糖体RNA基因—rDNA内转录间隔区(ribosomal DNA internal transcribed spacer,rDNA-ITS)的序列643 bp和607bp,其碱基总差异率为36.16%,其中,ITS1的碱基差异率为55.81%;5.8 S的碱基差异率为6.59%;ITS2的碱基差异率为56.77%。这种差异,以及基因序列本身,为硬软蒺藜的区别和种质资源鉴定提供了分子依据。 展开更多
关键词 硬蒺藜 软蒺藜 核糖体dna内转录间隔 PCR扩增 种质鉴定
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长爪沙鼠源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列测定及分析 被引量:1
14
作者 李自慧 冯宪敏 +3 位作者 卢思奇 张帆 王凤云 黄松 《首都医科大学学报》 CAS 2006年第1期135-136,共2页
关键词 长爪沙鼠 肺孢子虫 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna) 内转录间隔(ITS)
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大熊猫蛔虫ITS及5.8SrDNA序列的克隆与分析 被引量:3
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作者 陈绚姣 唐志玲 +1 位作者 陈武 金超宇 《野生动物》 2011年第6期332-335,共4页
基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,... 基于核糖体DNA第一与第二转录间隔序列以及5.8S序列,以分离自广州动物园大熊猫体内的蛔虫为研究对象,用保守引物NC_5和NC_2对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1,ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增,扩增后的片段纯化后克隆至pGEM-Teasy载体,重组质粒通过菌液PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定及分析,鉴定大熊猫蛔虫的种类。结果显示,目的片段总长为910 bp,2个不同样品之间的ITS及5.8S序列没有差异,与GenBank^(TM)中的拜林蛔线虫(Baylisascaris transfuga)、猪蛔虫(Ascaris suum)和人蛔虫(Ascaris lumbricoides)的ITS序列相似性分别为96.6%、82.9%和82.7%。结果表明,此次分离的大熊猫蛔线虫可能为拜林蛔线虫。 展开更多
关键词 大熊猫 蛔虫 内转录间隔 5.8S核糖体dna 序列分析
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小熊猫蛔虫ITS及5.8S rDNA序列的克隆与分析 被引量:1
16
作者 彭仕明 李少基 +1 位作者 肖建雄 陈武 《野生动物》 2012年第2期91-96,共6页
以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种... 以广州动物园小熊猫体内分离出的蛔虫为研究对象,运用PCR方法,以保守引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)和5.8S序列,并对扩增后的片段进行纯化、克隆至pGEM-Teasy载体、转化、测序和序列分析,以鉴定小熊猫蛔虫的种类。结果显示2条蛔虫样品的ITS及5.8S rDNA序列基本一致,总长为913 bp,样品间序列相似性为99.7%。将序列与GenBank^(TM)公布的相关序列进行比较分析,结果显示2条蛔虫的ITS及5.8S序列与黑熊横走贝蛔虫(Baylisascaris transfuga注册号AB571304)相似性分别为98.1%、98.4%,与大熊猫西氏贝蛔虫(Baylisascaris schroederi注册号JN210912)相似性分别为96.9%、97.1%,与猪蛔虫(Ascaris suum注册号AB571302)相似性分别为89.9%、90.1%,与人蛔虫(Ascaris lumbricoides注册号AB571296)相似性分别为89.8%、90.1%,ITS-1序列与浣熊贝蛔虫(Baylisascaris procyonis注册号AB053230)相似性分别为92.0%、92.3%。研究结果表明小熊猫体内分离的蛔虫可能为贝蛔属蛔虫,从而为蛔虫的进一步分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础。 展开更多
关键词 小熊猫 蛔虫:内转录间隔(ITS) 5.8S核糖体dna PCR扩增 序列分析
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长爪沙鼠和新西兰白兔源肺孢子虫ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列的测定与分析
17
作者 李自慧 卢思奇 +3 位作者 冯宪敏 张帆 王凤云 黄松 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期975-977,共3页
目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感... 目的测定长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列,并与大鼠源肺孢子虫的相应序列进行比较分析。方法用地塞米松免疫抑制法诱导长爪沙鼠和新西兰白兔感染肺孢子虫;制作肺印片进行瑞-姬氏复合染色,通过镜检初步了解感染情况;提取肺孢子虫总DNA,设计合成引物进行PCR扩增;纯化扩增产物后克隆测序;与登录Gen-Bank的大鼠源肺孢子虫相关序列进行比较分析。结果长爪沙鼠源肺孢子虫的ITS1、5.8S rDNA和ITS2基因序列长分别为158、157和172bp,新西兰白兔源肺孢子虫的相应序列分别为129、158和178bp。结论本实验测得的长爪沙鼠及新西兰白兔源肺孢子虫的ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列以往未曾报道,此结果为肺孢子虫的遗传学研究提供了新的资料。 展开更多
关键词 肺孢子虫 内转录间隔(ITS) 5.8S核糖体RNA基因(5.8S rdna)
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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究
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作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页
目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多
关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 dna序列分析 PCR扩增 间隔 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床
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华南虎绦虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与序列分析 被引量:4
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作者 张新高 侯杰 +2 位作者 陈武 程田 林瑞庆 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2011年第8期205-209,共5页
以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落... 以从广州动物园华南虎体内采集的2条绦虫作为研究对象,利用核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区序列(ITS)的遗传标记特点,用保守引物BD1和BD2对提取的DNA进行PCR扩增,经胶回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上,然后转化并鉴定出阳性菌落,对菌落进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank公布的相关绦虫ITS序列进行对比分析,结果显示,采自广州动物园华南虎的2条绦虫ITS及5.8S rDNA序列总长均为1387bp,序列相似性为100%,与猬迭宫绦虫(Spirometra erinaceieuropaei)、舌形属绦虫(Diphyllobothrium ligula)、宽节双叶槽绦虫(Diphyllobothriumlatum)的ITS及5.8S rDNA序列相似性分别为96.7%、66.5%、71.5%,结果显示,此次分离的绦虫属于迭宫属的猬迭宫绦虫,所测得的华南虎猬迭宫绦虫的ITS序列为首次报道。 展开更多
关键词 华南虎 绦虫 核糖体dna 内转录间隔序列 鉴定
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藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用 被引量:4
20
作者 袁文勇 汤晓蕙 +1 位作者 周顺平 俞卫东 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期516-519,共4页
目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被... 目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻类 dna 核糖体 第二内转录间隔 扩增片段长度多态性分析 溺死
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