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藻类rDNA特异性片段长度多态性在溺死鉴定中的应用 被引量:4
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作者 袁文勇 汤晓蕙 +1 位作者 周顺平 俞卫东 《法医学杂志》 CAS CSCD 2018年第5期516-519,共4页
目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被... 目的通过检验水体和人体器官中硅藻核糖体DNA(rDNA) 5.8S部分序列、第二内转录间隔区(second internal transcribed spacer,ITS2)序列(5.8S+ITS2)的长度多态性差异,判断溺水死亡案件中受害人的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水。方法以南京市公安局法医中心受理的2例硅藻检验鉴定案例为对象,利用5.8S+ITS2分子标记的长度多态性,分析藻类生物在水体、人体组织中种群结构的差异。结果案例1中,在受害人肺、肝组织和水体样本中均检出种类相近的硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织和水体样本中均检出330 bp和376 bp两种DNA片段,确定受害人系生前溺水。案例2中,在死者肺、肝组织中均未检出硅藻,利用5.8S+ITS2分子标记在死者肺组织中仅获得1条DNA片段,长度为331 bp,相对荧光单位值非常低,确定受害人系死后抛尸入水。结论本方法检验两案例的实验结果符合实际案情和硅藻镜检的结论,利用5.8S+ITS2分子标记研究水体和人体组织中特定微生物的种群结构差异,从而判断溺水死亡的落水地点以及受害人系生前落水还是死后被抛尸入水等问题具有可行性。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻类 dna 核糖体 第二内转录间隔区 片段长度多态性分析 溺死
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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 被引量:72
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作者 赵勇 周志华 +3 位作者 李武 刘彬彬 潘迎捷 赵立平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期854-860,共7页
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限... 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。 展开更多
关键词 土壤dna提取 dna质量 PCR 限制性片段长度多态性分析 温度梯度凝胶电泳分析
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3种检测乙型肝炎病毒YMDD变异方法比较及结果分析 被引量:4
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作者 汪小娟 刘香萍 +2 位作者 罗尧都 叶国强 谢春英 《中国感染控制杂志》 CAS 2006年第2期102-104,112,共4页
目的对检测乙型肝炎病毒(HBV)YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者,测定其治疗前HBV DNA水平,定期随访,分别以通用模板信号扩增(UT-PCR)、限制性片段长度多态性分析(PCR—RFLP)和DNA... 目的对检测乙型肝炎病毒(HBV)YMDD变异的3种方法进行比较并分析结果。方法对101例用拉米夫定治疗的HBV感染者,测定其治疗前HBV DNA水平,定期随访,分别以通用模板信号扩增(UT-PCR)、限制性片段长度多态性分析(PCR—RFLP)和DNA测序法检测病毒YMDD变异。结果UT—PCR和PCR-RFLP的检测结果与DNA测序结果的符合率均为98.11%。按治疗前HBV DNA水平分为5×10^2~5×10^4拷贝/mL,5×10^4~5×10^6拷贝/mL,5×10^6~5×10^8拷贝/mL,〉5×10^8拷贝/mL4个组,YMDD变异率分别为10%,12.90%,32.43%和53.85%。YMDD突变后,HBV DNA水平显著降低,其中WDD突变株的HBV DNA水平高于YIDD突变株(P〈0.01)。结论UT-PCR法适合临床检测HBV YMDD变异。乙型肝炎患者用拉米夫定治疗时,病毒DNA水平越高,发生YMDD变异的几率越大。突变株的复制能力低于野生株,YVDD突变株复制能力强于YIDD突变株。 展开更多
关键词 肝炎病毒 乙型 YMDD变异 通用模板信号 限制性片段长度多态性分析 dna测序
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金钗石斛内生细菌的组成及多样性分析 被引量:16
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作者 吴庆珊 雷珣 +3 位作者 雷友梅 蒲星 刘颖 翁庆北 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期79-90,共12页
采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARD... 采用9种培养基对贵州省的赤水市旺隆镇(P1)、贵阳市贵州师范大学生命科学学院大棚(P2)和金沙县台金生态农业观光园(P3)内栽培的金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl.)根、茎和叶中的内生细菌进行了分离,并采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)法对分离的内生细菌进行了多样性分析。结果表明:从3个样地金钗石斛的根、茎和叶中共分离出1 081株内生细菌,隶属2门5科12属40种1亚种,可分成41个OTUs;其中,芽孢杆菌属(Bacillus)和短芽孢杆菌属(Brevibacillus)为优势属,Bacillus subtilis subsp.subtilis和Brevibacillus invocatus为优势种(亚种)。金钗石斛的内生细菌在不同器官中的分布存在差异,根中内生细菌的菌株数量最多(695),且根中内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数(2.20)和Margalef丰富度指数(5.81)均高于茎和叶中内生细菌,而叶中内生细菌的Pielou均匀度指数却最高(0.69);并且,茎和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数最高(0.82),显著高于根和茎间以及根和叶间内生细菌的Sorenson相似性系数。3个样地金钗石斛内生细菌的共有OTUs有14个,分离菌株数占金钗石斛内生细菌分离菌株总数的96.5%;并且,3个样地金钗石斛内生细菌的Shannon-Wiener多样性指数和Pielou均匀度指数差异较小,仅P1样地金钗石斛内生细菌的Margalef丰富度指数明显高于P2和P3样地。NA、TSA、LB、KB、R2A和TB培养基从金钗石斛中分离出的内生细菌菌落数和OTU数量均高于YPD、YT和YG培养基。研究结果显示:金钗石斛体内含有丰富的内生细菌资源,并且,其内生细菌的组成和多样性与分离器官、种植地和培养基密切相关。 展开更多
关键词 金钗石斛 内生细菌 核糖体dna限制性分析(ardra) 组成分析 多样性分析
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刺参消化道中蛭弧菌类的生物多样性分析 被引量:1
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作者 韩民泳 陈慧黠 +2 位作者 斯晗 刘洋 陈亚东 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第6期44-48,共5页
研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖... 研究了刺参消化道中蛭弧菌类生物多样性。用刺参肠道内容物提取微生物总DNA,分别使用蛭弧菌类生物特异性引物Bd、Bac扩增获得16S r DNA目的片段,连接p MD19-T载体,转化到大肠埃希菌DH5α感受态细胞,经蓝白斑筛选及阳性克隆筛选,通过核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析(ARDAR)对阳性克隆进行分型,使用HaeⅢ和MspⅠ双酶切各60个阳性克隆,选取不同ARDAR型的阳性克隆测序,并进行生物学分析。结果显示:引物Bd、Bac的16S r DNA扩增产物分别分离获得3个和2个差异性序列,各属于一个类群,分属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)和噬菌弧菌属(Bacteriovorax)。这些序列与数据库中相应菌株序列的最大相似性均为95.0%,这5个序列的菌株可能为潜在的新种。 展开更多
关键词 蛭弧菌类生物 刺参 肠道 核糖体dna片段限制性内切酶分析(ardra) 双酶切 多样性
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蕙兰根部内生细菌多样性及季节动态变化 被引量:13
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作者 杨娜 杨波 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期156-163,共8页
为了研究蕙兰(Cymbidium faberi)根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析(ARDRA)研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增... 为了研究蕙兰(Cymbidium faberi)根部内生细菌群落结构在不同季节里的变化,于不同季节从蕙兰根部分离出内生细菌207株,采用核糖体DNA扩增片段限制性分析(ARDRA)研究了蕙兰根部内生细菌群落组成的季节动态变化。将内生细菌纯培养物扩增近全长的16S rDNA,并用ARDRA对所分离的菌株进行分型,根据酶切图谱的差异,将其分成25个ARDRA型,并选取代表性菌株进行16S rDNA序列测定。结果表明,分离出来的内生细菌分为9个属,包括芽孢杆菌属(Bacillus)、伯克氏属(Burkholderia)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、假单胞属(Pseudomonas)、微杆菌属(Microbacterium)、根瘤菌属(Rhizobium)、Lysinibacillus、Cohnella和短杆菌属(Bre-vibacterium),其中优势种群为Bacillus,次优势种群为Paenibacillus和Burkholderia。秋季分离出的内生细菌种类最多,夏季分离出的种类最少。在不同季节蕙兰内生细菌群落结构差异极显著(p<0.001),但在不同季节里蕙兰根部内生细菌优势种群没有差异。 展开更多
关键词 蕙兰 内生细菌 群落结构 核糖体dna片段限制性分析(ardra) 季节变化
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金钗石斛提取物对便秘模型小鼠通便功能的影响 被引量:4
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作者 王微微 范红结 +5 位作者 杨文红 夏开艳 黎华贵 李晓丽 王诗满 张艳 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第20期342-347,共6页
目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采... 目的:探讨金钗石斛提取物对小鼠便秘的改善作用及其对肠道中乳酸杆菌多样性的影响。方法:构建复方地芬诺酯便秘小鼠模型,灌胃高(300 mg/kg)、中(100 mg/kg)、低(30 mg/kg)三个剂量的金钗石斛提取物,观察小鼠的排便功能和小肠推进率;采集小鼠粪便,提取微生物基因组DNA,采用特异性引物PCR扩增后进行扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)分析乳酸杆菌多样性的变化。结果:金钗石斛提取物可显著地缩短小鼠首次排黑便时间(P<0.01),增加排出粪便颗粒数,显著地增加粪便含水量(P<0.01),高、中剂量组可显著地增加小鼠小肠推进率(P<0.05)。金钗石斛提取物增加了小鼠肠道乳酸杆菌的多样性且高剂量组小鼠肠道中乳酸杆菌均匀度更稳定。结论:金钗石斛提取物通过提高小鼠的粪便含水量,促进肠道蠕动,调节了小鼠肠道中乳酸杆菌,在本实验中表现出对小鼠便秘症状的改善作用。 展开更多
关键词 金钗石斛 便秘 通便功能 乳酸杆菌 核糖体dna 限制性分析
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