浙江两地产索氏桃花水母核糖体小亚基rRNA基因序列分析 被引量：13

1

作者 胡义波 姜乃澄 《浙江大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期559-566,共8页

采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序.经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99.61%和99.45%;与索氏桃... 采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序.经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99.61%和99.45%;与索氏桃花水母的遗传距离均为0.001;经分子系统树分析,杭州与绍兴产桃花水母与索氏桃花水母的分支置信度高达100%.综上分析,杭州与绍兴产桃花水母均为索氏桃花水母(Craspe-dacusta sowerbyi),该结论与其形态学分类相一致. 展开更多

关键词 索氏桃花水母 RRNA基因 核糖体小亚基 分类学

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胖尾刺虫(纤毛门,旋毛纲,下毛目)16s小亚基单位核糖体RNA基因的序列测定及其系统地位初探 被引量：1

2

作者 陈子桂 商慧敏 宋微波 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2002年第2期98-102,共5页

对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出... 对分离自青岛沿岸的下毛目纤毛虫 胖尾刺虫 (Uronychiatransfuga)的 16s小亚基单位核糖体RNA(16s likeSmallSubunitrRNA)基因进行了序列测定 ,通过与目内其它相近属多种纤毛虫的比较分析 ,认为游仆虫属 (Euplotes)首先从下毛目中分离出来 ,其次是属刺虫属和双眉虫属 (Diophrys) ,其间邻近的遗传距离共同构成了下毛目内最为进化的类群 游仆亚目 (Euplotina)。同时 ,序列分析也支持该目其它三个亚目的划分 :散毛亚目 (Sporadortrichina) ,排毛亚目 (Stichotrichina)和尾柱亚目 (Urostylina)。这与形态学资料是吻合的。 展开更多

关键词 纤毛门 旋毛纲 下毛目 RNA基因 纤毛虫 胖尾刺虫 16s小亚基单位核糖体 序列测定

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家蚕微粒子病原虫(Nosema bombycis)小亚基核糖体RNA全基因的克隆及其二级结构的构建 被引量：15

3

作者 王见杨 黄可威 陆长德 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期290-295,共6页

在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的... 在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的全序列共 12 33bp。用RnaViz、Forcon、DCSE等生物软件构建了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA的二级结构 ,与其它微孢子虫及真核生物小亚基核糖体RNA的二级结构相比 ,该二级结构缺乏螺旋 10、E10 1、 11、 18、E2 3 n和43。 展开更多

关键词 家蚕微粒子病原虫 SSP-PCR 小亚基核糖体RNA SSUrRNA 全基因 二级结构 螺旋

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光肩星天牛核糖体蛋白基因AgRpS8功能及表达特征分析

4

作者 马晓乾 高宇 +1 位作者 孙妍 尚尔雨 《林业科技》 2022年第4期1-5,共5页

为解析AglaRpS8功能特征及在光肩星天牛生长发育过程中的作用机制,通过克隆核糖体蛋白基因AgRpS8的ORF全长序列,采用生物学信息方法分析AglaRpS8基因的理化性质、结构及功能特征;利用荧光定量PCR检测该基因在不同发育阶段的表达特征。... 为解析AglaRpS8功能特征及在光肩星天牛生长发育过程中的作用机制,通过克隆核糖体蛋白基因AgRpS8的ORF全长序列,采用生物学信息方法分析AglaRpS8基因的理化性质、结构及功能特征;利用荧光定量PCR检测该基因在不同发育阶段的表达特征。结果表明:AglaRpS8基因ORF区长度627 pb,编码个208氨基酸,无跨膜区螺旋结构,具6个Motif结构域,该基因等电点5.21,分子量大小为49.99 KDa,与AmRpS8基因同源性最高,与TcRpS8-like和TcRpS8基因亲缘性最近。AglaRpS8基因在光肩星天牛不同发育阶段存在显著的差异性表达,在幼虫1~2龄期,3~4龄期,5龄期相对表达量较平稳,在光肩星天牛成虫期相对表达量较低,而在光肩星天牛雌虫交配后怀卵的阶段相对表达量达到最高值。 展开更多

关键词 光肩星天牛 核糖体小亚基蛋白S8 序列结构 荧光定量 功能特征

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香蕉rbcS基因启动子的克隆及序列分析 被引量：10

5

作者 刘德兵 魏军亚 +4 位作者 李飞 贺军虎 魏守兴 谢子四 陈业渊 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期237-242,共6页

以巴西香蕉为材料,根据已经获得的香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因的全长cDNA序列设计1对专一引物,通过PCR扩增得到了香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基的基因组全长,序列长811 bp,含有2个内含子。根据其基因组序列设... 以巴西香蕉为材料,根据已经获得的香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因的全长cDNA序列设计1对专一引物,通过PCR扩增得到了香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基的基因组全长,序列长811 bp,含有2个内含子。根据其基因组序列设计引物,采用SEFA-PCR方法,以总DNA为模板克隆了香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因的启动子序列,长1 681 bp。用PLACE软件分析发现该序列具有启动子的基本元件TATA-box、CAAT-box,包含多个胁迫诱导元件,如光诱导元件、赤霉素、低温诱导元件、昼夜节律调控元件等。该序列的克隆与分析为进一步研究香蕉1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因的表达调控奠定了基础。 展开更多

关键词 香蕉1 5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因 启动子 序列分析

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香蕉枯萎病菌线粒体小亚基(mtSSU)rDNA的克隆及序列分析 被引量：2

6

作者 郑荔 兰成忠 +2 位作者 姚锦爱 阮宏椿 陈福如 《福建农业学报》 CAS 2012年第8期826-830,共5页

为探讨镰刀菌属的系统发育情况,采用真核生物线粒体中核糖体小亚基基因(mtSSU rDNA)的通用引物,PCR扩增了2株不同生理小种(小种4和小种1)的香蕉枯萎病菌mtSSU rDNA序列,并对PCR产物进行了序列分析,同时利用MEGA4软件中的Neighbor-joinin... 为探讨镰刀菌属的系统发育情况,采用真核生物线粒体中核糖体小亚基基因(mtSSU rDNA)的通用引物,PCR扩增了2株不同生理小种(小种4和小种1)的香蕉枯萎病菌mtSSU rDNA序列,并对PCR产物进行了序列分析,同时利用MEGA4软件中的Neighbor-joining(N-J)法,对2个样品序列以及GenBank中登陆的镰刀菌属不同种及尖镰孢种不同专化型的mtSSU rDNA序列,构建聚类分析树状图。结果显示,所测的2株香蕉枯萎病菌mtSSU rDNA全长685bp,两者之间同源性为99.70%。聚类分析表明,所测的2个样品和Fusarium oxysporumf.sp.cubense专化型在一个聚类组中,镰刀菌不同种及同种不同专化型间的mtSSU rDNA序列变异较大,说明该菌不同种及同种不同专化型间的遗传多样性丰富。 展开更多

关键词 香蕉枯萎病菌 线粒体小亚基基因 基因克隆 序列分析 同源性

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普通白菜1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因Bcrbc S的克隆及表达分析 被引量：1

7

作者 刘东让 侯喜林 肖栋 《中国蔬菜》 北大核心 2019年第1期20-25,共6页

利用RACE技术,从普通白菜抗霜霉病品种苏州青叶片克隆到1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit,Bcrbc S)基因的全长c DNA序列。采用q RT-PCR分析该基因在普通白菜不同组织... 利用RACE技术,从普通白菜抗霜霉病品种苏州青叶片克隆到1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基(ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit,Bcrbc S)基因的全长c DNA序列。采用q RT-PCR分析该基因在普通白菜不同组织的表达模式。利用SDS-PAGE技术分析了该基因的原核表达特征。序列分析结果表明,Bcrbc S基因的c DNA序列全长为733 bp,其中开放阅读框长度为543 bp,共编码181个氨基酸,分子质量为20.3×10~3 Da,理论等电点为8.23。氨基酸同源系统进化分析表明,普通白菜Bcrbc S基因与同科植物的进化关系相近。实时定量分析结果表明,Bcrbc S基因在普通白菜叶中表达最强;在SA和Na Cl处理下,Bcrbc S基因表达量均在处理24 h后达到峰值。原核表达载体经IPTG诱导表达出分子质量约为20×10~3 Da的融合蛋白。 展开更多

关键词 普通白菜 1 5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶小亚基基因 序列分析 QRT-PCR 原核表达

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酒色着色菌Chromatium vinosum膜结合态氢酶基因hupSL的克隆及分析 被引量：2

8

作者 陈志锋 刘晶晶 龙敏南 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第B06期162-166,共5页

光合细菌酒色着色菌(Chromatiumvinosum)含有Hup膜结合态氢酶.根据同科的桃红荚硫菌(Thiocapsaroseopersicina)Hup氢酶同源序列,在结构基因小亚基hups和hupC的保守框上设计1对简并引物:Ps:5’CCGACCAC(C/G)TACAACGCCTG3’和Pc:5’CG(G/C... 光合细菌酒色着色菌(Chromatiumvinosum)含有Hup膜结合态氢酶.根据同科的桃红荚硫菌(Thiocapsaroseopersicina)Hup氢酶同源序列,在结构基因小亚基hups和hupC的保守框上设计1对简并引物:Ps:5’CCGACCAC(C/G)TACAACGCCTG3’和Pc:5’CG(G/C)GACATGATGTC(T/C)TCGCG3’.通过PCR扩增获得2.6kb的扩增片段,克隆后进行序列分析.结果表明,该片段包含部分的小亚基hupS序列、大亚基hupL的全序列及hupC部分序列.从已知的hupS序列选取适当位点合成引物AS2:5’CTACGACCATGTCACCGACA3’,并利用接头寡核苷酸序列P6:5’CCTTGTGAAATTGTTATCCGCT3’,通过PCR扩增获得1.2kb的扩增片段,克隆后进行序列分析.结果表明,该片段包含完整的膜结合态氢酶的小亚基基因hupS. 展开更多

关键词 酒色着色菌 结合态 克隆 酶基因 PCR扩增 膜 序列分析 扩增片段 核苷酸序列 小亚基 光合细菌 同源序列 简并引物 结构基因 氢酶 全序列 大亚基 位点 桃

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非洲鸵鸟源芽囊原虫基因型鉴定及分析 被引量：2

9

作者 陈俊蓉 谢昕言 +6 位作者 徐翠蓉 衡昭君 徐聪 王俊祥 杨建发 贺君君 吴志蕾 《动物医学进展》 北大核心 2023年第12期42-46,共5页

芽囊原虫是一种呈世界性分布的常见机会致病性原虫,为鉴定云南某非洲鸵鸟养殖专业合作社芽囊原虫感染情况及其基因型,对采集的90份鸵鸟粪便样品,通过套式PCR扩增芽囊原虫SSU rRNA基因。结果发现,62份样本为阳性,芽囊原虫感染率为68.89%(... 芽囊原虫是一种呈世界性分布的常见机会致病性原虫,为鉴定云南某非洲鸵鸟养殖专业合作社芽囊原虫感染情况及其基因型,对采集的90份鸵鸟粪便样品,通过套式PCR扩增芽囊原虫SSU rRNA基因。结果发现,62份样本为阳性,芽囊原虫感染率为68.89%(62/90);其中,90日龄感染率最高,为86.36%(19/22),60日龄感染率最低,为6.25%(20/32),但不同日龄鸵鸟芽囊原虫的感染率差异不显著(P>0.05,χ^(2)=6.67,df=3);基于SSU rRNA基因的序列分析,鉴定出ST5、ST7及ST20共3种芽囊原虫亚型,ST5为优势亚型。其中,ST5、ST7属人兽共患亚型。研究结果丰富了云南地区养殖非洲鸵鸟感染芽囊原虫的情况背景及基因分型的数据,为芽囊原虫的防控工作提供了参考。 展开更多

关键词 非洲鸵鸟 芽囊原虫 基因分型 核糖体小亚基

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一株寄生于大黄鱼的盾纤毛虫分子鉴定与系统进化分析

10

作者 池洪树 江秋欢 +1 位作者 潘滢 林能锋 《福建畜牧兽医》 2023年第4期1-6,共6页

在大黄鱼稚鱼上发现一种可侵入患鱼体表、肌肉、腹腔和脑的盾纤毛虫,为了进一步明确该盾纤毛虫的分类地位,提取患鱼样品总DNA,对该虫株SSU rDNA和线粒体cox1部分序列进行PCR扩增、测序,与GenBank中纤毛虫的SSU rDNA和线粒体cox1序列进... 在大黄鱼稚鱼上发现一种可侵入患鱼体表、肌肉、腹腔和脑的盾纤毛虫,为了进一步明确该盾纤毛虫的分类地位,提取患鱼样品总DNA,对该虫株SSU rDNA和线粒体cox1部分序列进行PCR扩增、测序,与GenBank中纤毛虫的SSU rDNA和线粒体cox1序列进行同源性分析并构建系统发育树。结果显示,该盾纤毛虫874 bp的SSU rDNA部分序列与显赫针口虫(Porpostoma notata)同源性最高,相似性为98.97%。在基于SSU rDNA构建系统发育树中与显赫针口虫(P.notata)聚为一支,并独立于嗜污科(Philasteridae)的分支;获得该虫1 086 bp的cox1部分序列,与其SSU rDNA序列相比表现出更大的遗传变异度,在基于cox1部分序列构建系统发育树中,该虫株与嗜污科(Philasteridae)、尾丝虫科(Uronematidae)的分支也有一定距离。综上,该盾纤毛虫应是嗜污目(Philasterida)、针口虫属(Porpostoma)的显赫针口虫(P.notata)或其近缘种。 展开更多

关键词 盾纤毛虫 核糖体小亚基基因序列 线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基 大黄鱼

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加拉帕戈斯似殖口虫的形态学、细胞发生学与分子系统学

11

作者 王丽 韩海峰 +3 位作者 王春慧 杜海峰 陈凌云 宁应之 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期222-232,共11页

利用活体观察和蛋白银染色技术对采自甘肃省永昌县马铃薯农田的加拉帕戈斯似殖口虫形态学和细胞发生学特征进行研究,通过提取物种的DNA信息,获得该种的核糖体小亚基基因(SSUrDNA)序列,通过序列比对和构建系统发育树对殖口虫科属间的系... 利用活体观察和蛋白银染色技术对采自甘肃省永昌县马铃薯农田的加拉帕戈斯似殖口虫形态学和细胞发生学特征进行研究,通过提取物种的DNA信息,获得该种的核糖体小亚基基因(SSUrDNA)序列,通过序列比对和构建系统发育树对殖口虫科属间的系统发育关系进行探讨.结果表明,该种形态学特征为:活体大小约为(60~85μm)×(20~25μm),虫体呈长椭圆形,两端收缩钝圆,3列额腹棘毛列,1根口棘毛,横前棘毛、横棘毛和尾棘毛均缺失,大核6~8枚,小核1~4枚附着于大核附近.细胞发生学特征为:老口围带被前仔虫完整保留;第ⅡI~V列棘毛原基以初级发生式发生,第I列棘毛原基单独发生;无横棘毛、横前棘毛和尾棘毛的形成;左右缘棘毛原基产生于老结构;3列背触毛原基产生于老结构.分子系统学分析表明加拉帕戈斯似殖口虫与中华殖口虫和殖口虫属未定种以较高的置信值聚为一支,与殖口虫科其他属形成姐妹支,分子信息再次印证殖口虫科为非单元发生。 展开更多

关键词 加拉帕戈斯似殖口虫 形态学 细胞发生 分子系统学 核糖体小亚基基因

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福建省规模化猪场芽囊原虫的分子流行病学调查和亚型鉴定 被引量：6

12

作者 缪文远 张宁 +4 位作者 吴然 崔琳琳 曹浩轩 祁保民 周东辉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期658-661,共4页

芽囊原虫是一种常见的人畜共患单细胞寄生虫,广泛存在于人类和多种动物肠道中,感染宿主后可引起腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道疾病,严重者可导致死亡。为了解福建省部分地区猪芽囊原虫的感染情况和人兽共患特征,本研究采用芽囊原虫小亚基核... 芽囊原虫是一种常见的人畜共患单细胞寄生虫,广泛存在于人类和多种动物肠道中,感染宿主后可引起腹痛、腹泻、呕吐等胃肠道疾病,严重者可导致死亡。为了解福建省部分地区猪芽囊原虫的感染情况和人兽共患特征,本研究采用芽囊原虫小亚基核糖体RNA(SSU rRNA)常规PCR检测技术对福建省6个地区规模化猪场采集的725份猪粪便样品进行芽囊原虫流行病学调查,结果显示芽囊原虫总感染率为45%(326/725)。在本次调查的地区中漳州市的感染率最高为75.3%(61/81)、其余依次为龙岩市68.3%(82/120)、南平市36.7%(51/139)、莆田市36.3%(53/146)、三明市33.9%(40/118)、福清市32.2%(39/121)。此外,在不同群体猪中芽囊原虫感染率由高到低依次为公猪67.9%(19/28)、母猪65.1%(194/298)、育肥猪61.4%(35/57)、断奶仔猪28.3%(36/127)、哺乳仔猪26.1%(29/111)、保育猪12.5%(13/104)。统计学分析表明,芽囊原虫在不同地区、不同群体猪中感染率差异显著(p<0.05)。在所有阳性样品中共发现ST1、ST5两种人兽共患亚型分别占总阳性率的2.1%(7/326)和97.9%(319/326),表明福建地区猪芽囊原虫存在潜在的人兽共患风险。本研究首次对福建省6地区规模化猪场猪芽囊原虫感染情况进行了调查,对公共卫生学具有重要的意义。 展开更多

关键词 芽囊原虫 猪 小亚基核糖体rRNA 基因亚型1 基因亚型5

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安徽省部分地区猪贾第虫PCR检测及阳性株的分子特性 被引量：3

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作者 方追 贾昌泽 +4 位作者 黄佳敏 任琦 刘欣超 顾有方 李文超 《动物医学进展》 北大核心 2020年第6期55-58,共4页

为了解安徽省规模化猪场贾第虫感染情况及分子特性,从安徽省多地共采集500份新鲜猪粪样,提取基因组DNA,首先采用基于蓝氏贾第虫SSUrRNA基因套式PCR对所有粪便进行检测,并对获得的阳性样本分别基于贾第虫TPI和GDH基因的PCR扩增,然后对获... 为了解安徽省规模化猪场贾第虫感染情况及分子特性,从安徽省多地共采集500份新鲜猪粪样,提取基因组DNA,首先采用基于蓝氏贾第虫SSUrRNA基因套式PCR对所有粪便进行检测,并对获得的阳性样本分别基于贾第虫TPI和GDH基因的PCR扩增,然后对获得的PCR产物进行测序和分析,确定贾第虫的聚集体。结果显示,500份猪粪便样品中,SSUrRNA基因套式PCR仅在利辛猪场检测出1例贾第虫阳性样本,猪贾第虫阳性率为0.20%。TPI和GDH基因的测序分析显示该贾第虫基因型为聚集体E。 展开更多

关键词 蓝氏贾第虫 小亚基核糖体rRNA基因 磷酸丙糖异构酶 谷氨酸脱氢酶 猪

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