植物核基因组核糖体基因间隔区序列的结构特点及其在系统发育研究中的应用 被引量：13

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作者 王川易 郭宝林 《武汉植物学研究》 CSCD 北大核心 2008年第4期417-423,共7页

目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分... 目前,在植物系统发育研究中应用较多的核基因组的核糖体DNA基因间隔区序列主要有5S rDNA基因间隔区、内转录间隔区ITS和基因间间隔区IGS。虽然这些间隔区序列在长度、结构等方面各不相同,但都具有进化速率较快的特点,在植物属及属下分类水平的系统发育关系研究中非常有用。本文重点就核基因组的5S rDNA基因间隔区以及IGS在植物中的特点以及各自在植物系统发育研究中的应用进行了综述。 展开更多

关键词 核基因组核糖体DNA 5S rDNA基因间隔区 IGS 系统发育

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基于核基因组的樟科檬果樟属亚洲类群系统发育关系的重建

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作者 李启少 屈亚亚 +4 位作者 辛雅萱 唐军荣 曹正英 余青富 辛培尧 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期43-55,共13页

【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富,果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少,人们对该属植物了解甚少,极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用,因此,... 【目的】樟科Lauraceae檬果樟属Caryodaphnopsis Airy Shaw植物种子含油量丰富,果实和木材极具开发潜力。由于该属亚洲类群种间差异小、种间关系混乱、现存标本量少,人们对该属植物了解甚少,极大地阻碍了檬果樟属物种的开发利用,因此,构建檬果樟属亚洲类群的系统发育关系迫在眉睫。【方法】为了深入了解檬果樟属亚洲类群,采用二代测序技术分别获得44个檬果樟属植物的核糖体基因组(nrG)序列构建高支持的系统发育关系,并综合系统发育结果与形态性状比较论证。【结果】使用nrDNA序列矩阵构建ML树和贝叶斯树,ML树和贝叶斯树的分组完全一致。对比ITS树发现除檬果樟和宽叶檬果樟外的系统发育结构基本一致,老挝檬果樟、缘毛檬果樟和河口檬果樟依然共同聚成在一个大分支下,且宽叶檬果樟和檬果樟2个物种也聚在一起。ITS序列和nrDNA序列树都表明:宽叶檬果樟和檬果樟亲缘关系较近;老挝檬果樟、河口檬果樟和缘毛檬果樟的亲缘关系较近,推测这2个物种之间可能发生过杂交或基因交流。综合形态性状辅助论证,将44个檬果樟属样本分为9组,依次为小花檬果樟C.henryi、赤毛檬果樟C.poilanei、二药室檬果樟C.bilocellata、麻栗坡檬果樟C.malipoensis、宽叶檬果樟C.latifolia、檬果樟C.tonkinensis、河口檬果樟C.hekouensis、缘毛檬果樟C.metallica和老挝檬果樟C.laotica。【结论】研究结果不仅揭示了檬果樟属亚洲类群的种间亲缘关系,还对檬果樟属系统发育关系和性状的研究具有重要的生态意义和经济意义。 展开更多

关键词 檬果樟属 系统发育关系 形态学性状 核糖体基因组(nrg)

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鸡NRG4基因组及转录本结构分析 被引量：1

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作者 高智慧 黄佳新 +7 位作者 罗昊玉 徐海冬 娄明 宁博林 邢晓旭 牟芳 李辉 王宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期447-458,共12页

神经调节蛋白4(neuregulin 4,NRG4)是一个重要的脂肪细胞因子,在维持哺乳动物能量平衡、调节糖脂代谢和预防非酒精性脂肪性肝病中起着非常重要的作用。目前,人NRG4基因的基因组结构、转录异构体和蛋白异构体等已有深入的研究。本实验室... 神经调节蛋白4(neuregulin 4,NRG4)是一个重要的脂肪细胞因子,在维持哺乳动物能量平衡、调节糖脂代谢和预防非酒精性脂肪性肝病中起着非常重要的作用。目前,人NRG4基因的基因组结构、转录异构体和蛋白异构体等已有深入的研究。本实验室前期研究显示,鸡脂肪组织也表达NRG4,但是目前有关鸡NRG4(chicken NRG4,cNRG4)基因的基因组结构、转录异构体和蛋白异构体尚不清楚。为此,本研究采用RACE(rapid-amplification of cDNA ends)和RT-PCR(reverse transcription-PCR)等技术,系统开展了cNRG4基因的基因组和转录本的结构分析。结果发现,cNRG4基因编码区很小,但该基因却非常复杂,存在选择性转录起始位点、选择性拼接、内含子滞留、隐匿外显子和选择性多聚腺苷酸化,这导致cNRG4基因产生4种不同的5ʹUTR异构体(cNRG4 A、cNRG4 B、cNRG4 C和cNRG4 D)和6种不同的3ʹUTR异构体(cNRG4 a、cNRG4 b、cNRG4 c、cNRG4 d、cNRG4 e和cNRG4 f)。基因组结构分析发现,cNRG4基因跨越基因组21,969 bp(Chr.10:3,490,314~3,512,282),由11个外显子和10个内含子构成。与NCBI数据库中的cNRG4基因mRNA序列(NM_001030544.4)相比,本研究发现了cNRG4基因的2个新外显子和1个隐匿外显子。生物信息学分析、RT-PCR、克隆和测序分析发现,cNRG4基因能编码3种蛋白异构体(cNRG4-1、cNRG4-2和cNRG4-3)。本研究为进一步开展cNRG4基因的功能和调控研究奠定了基础。 展开更多

关键词 鸡 nrg4 基因组结构 转录异构体 蛋白异构体

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基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类 被引量：11

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作者 王鹏 梁君荣 +5 位作者 高亚辉 高杨 吕颂辉 齐雨藻 李雪松 俞志明 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期437-440,共4页

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序... 采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻,本文简称:东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序,并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本文简称:CCMP株系)的同源序列进行分析比较.结果表明,两者710 bp的LSU rDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异,遗传相似度高达99.01%,遗传差异为0.99%.进一步与Genebank其他3种原甲藻即P.mexicanum、P.micans和P.minimum的同源序列进行比较,发现其他3种原甲藻两两间的种间遗传相似度在91.1%～95.5%之间,而P.micans和P.minimum种内不同株系的遗传相似度为99.4%～99.9%,均为99%以上.综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0.99%的遗传差异应视为种内差异,原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种.因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P.dentatum)的原甲藻同为一种的观点. 展开更多

关键词 核糖体DNA 大亚基 分子分类 东海海域 赤潮 片断 遗传相似度 东海原甲藻 具齿原甲藻 CCMP 基因组DNA 同源序列 遗传差异 中国东海 扩增技术 分析比较 分子水平 试验结果 种内差异 株系 PCR 测序 碱基 异名

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口蹄疫病毒基因组结构及其功能 被引量：17

5

作者 刘庆军 张永光 《动物医学进展》 CSCD 2005年第5期1-5,共5页

口蹄疫病毒的基因组结构和功能是开展口蹄疫其他研究如鉴别诊断、新型疫苗研制和疫源追踪等工作的基础。口蹄疫病毒的基因组由5′UTR、ORF和3′UTR及Po ly(A)组成,全长约8 500 nt。VPg可能充当RNA合成引物的作用, 5′UTR 内的Poly(C)和... 口蹄疫病毒的基因组结构和功能是开展口蹄疫其他研究如鉴别诊断、新型疫苗研制和疫源追踪等工作的基础。口蹄疫病毒的基因组由5′UTR、ORF和3′UTR及Po ly(A)组成,全长约8 500 nt。VPg可能充当RNA合成引物的作用, 5′UTR 内的Poly(C)和内部核糖体进入位点(internalribosomaentrysite, IRES)是当前研究的热点之一。Poly(C)可能与病毒的感染性有关,IRES 对翻译的起始有重要作用。一般认为Poly(A)越长,病毒的感染性越强。病毒的ORF包括P1、P2、P3基因。L、P2、P3研究的相对较少,其中3A与病毒的宿主嗜性有关,3D为RNA聚合酶,可作为免疫和自然感染动物的鉴别诊断抗原。P1 为口蹄疫病毒的抗原结构,是研究口蹄疫免疫机制和新型疫苗的基础。VP1 可以作为分子流行病学调查,被很多国家所采用。 展开更多

关键词 口蹄疫病毒 基因组结构 POLY(A) 内部核糖体进入位点 RNA聚合酶 流行病学调查 RNA合成 鉴别诊断 疫苗研制 IRES 诊断抗原 感染动物 抗原结构 新型疫苗 免疫机制 感染性 VPG VP1 基础 疫源 全长 宿主

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单条固定线虫基因组DNA提取及18S rRNA基因PCR扩增 被引量：8

6

作者 沈锡权 杨官品 廖梅杰 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期33-36,共4页

根据线虫18S核糖体RNA基因PCR扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇+0.05mol/LEDTA(pH8.0)和5%海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备PCR模板DNA,而5%海水福尔马林固定... 根据线虫18S核糖体RNA基因PCR扩增效果比较了丙酮、乙醇、乙醇+0.05mol/LEDTA(pH8.0)和5%海水福尔马林4种固定剂,碱裂解和蛋白酶K处理2种单条线虫基因组DNA提取方法的优劣。用乙醇固定的样品最适合制备PCR模板DNA,而5%海水福尔马林固定的样品能最完整地保持样品形态。蛋白酶K处理获得的DNA较碱裂解获得的更适合PCR扩增。结果有助于分子生物学方法在海洋线虫分类、多样性和生态学研究中的应用。 展开更多

关键词 PCR扩增 基因组DNA提取 RRNA基因 18S DNA提取方法 分子生物学方法 福尔马林 蛋白酶K 模板DNA 生态学研究 效果比较 乙醇固定 海洋线虫 碱裂解 PCB M基因 核糖体 固定剂 样品 多样性 海水

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核糖体肽生物合成中的典型翻译后修饰研究 被引量：2

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作者 汪金秀 张琪 +1 位作者 丁伟 陈拓 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期215-225,共11页

核糖体肽类天然产物(RiPPs)是由核糖体合成,经由翻译后修饰得到的一大类天然产物,具有广泛的结构和生物活性多样性。综述了核糖体肽的类别及种类众多的翻译后修饰机理,探讨了翻译后修饰对结构多样性的意义,并对生物信息学背景下利用基... 核糖体肽类天然产物(RiPPs)是由核糖体合成,经由翻译后修饰得到的一大类天然产物,具有广泛的结构和生物活性多样性。综述了核糖体肽的类别及种类众多的翻译后修饰机理,探讨了翻译后修饰对结构多样性的意义,并对生物信息学背景下利用基因组挖掘技术来开发更多RiPPs做了展望。 展开更多

关键词 核糖体肽 后修饰 生物合成途径 基因组挖掘

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特异性克隆编码多肽合成酶还原结构域基因的PCR方法

8

作者 张华 赵群飞 +2 位作者 虞沂 陆大年 刘文 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期189-192,共4页

目的采用基因组扫描的手段发现新型还原性多肽合成酶基因,并指导具有新型结构的还原性多肽抗生素的发现。方法根据NRPS的PCP和RE结构域的保守氨基酸序列设计引物,采用PCR扩增的方法克隆还原性多肽合成酶潜在基因。结果成功地克隆了与抗... 目的采用基因组扫描的手段发现新型还原性多肽合成酶基因,并指导具有新型结构的还原性多肽抗生素的发现。方法根据NRPS的PCP和RE结构域的保守氨基酸序列设计引物,采用PCR扩增的方法克隆还原性多肽合成酶潜在基因。结果成功地克隆了与抗肿瘤抗生素阿嗪霉素B生物合成相关的NRPS基因I;对实验室保存的15株不同细菌菌株进行了基因组扫描,获得了5个新型的还原性多肽合成酶潜在基因。结论建立了一种特异性克隆还原性多肽合成酶基因的PCR方法。 展开更多

关键词 非核糖体聚肽合成酶 PCR克隆 阿嗪霉素B 基因组扫描

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心脏圆锥动脉干发育相关基因的筛选研究

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作者 刘芳 陈树宝 +3 位作者 刘晓青 顾学范 蒋明华 陈冠仪 《上海第二医科大学学报》 CSCD 北大核心 2005年第5期478-482,共5页

目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA... 目的检测剔除心脏神经嵴心脏组织与正常心脏组织之间表达差异基因,筛选心脏圆锥动脉干发育相关基因。方法用电刺激方法建立鸡胚实验模型;用抑制消减杂交法筛选出实验组和对照组心脏组织之间存在的差异表达基因;构建减数杂交文库,用cDNA基因芯片技术验证,并进行测序。结果31.8%克隆在实验组表达显著减少。经检验确定13种不同基因片段,有7种与已知鸡基因序列完全匹配,分别为心脏αactin、DEADboxRNA解旋酶、核糖体蛋白L7a、线粒体基因组、GAPDH、肽延长因子-1;有4种基因片段与人、鼠等种属已知基因存在83%～89%的同源性,分别为核糖体蛋白S3、L10a、SNX1、CIRBP等;有2种在公共数据库未查到同源序列。结论有多种基因参与心脏圆锥动脉干胚胎发育;抑制消减杂交和基因芯片技术是筛选差异表达基因的有效方法。 展开更多

关键词 圆锥动脉干 相关基因 筛选 差异表达基因 基因芯片技术 抑制消减杂交法 Α-ACTIN 核糖体蛋白 心脏组织 RNA解旋酶 线粒体基因组 基因片段 心脏神经嵴 GAPDH 差异基因 实验模型 方法建立 cDNA 基因序列 延长因子 同源序列

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基因工程

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《生物技术通报》 CAS CSCD 1990年第3期28-42,共15页

900573 通过电激作用对类肠膜明串珠菌的质粒转化及其在分子克隆中的用途[英]/David. S. …∥ Appl. Environ. Microbiol.-1989,55(6)-1483～1489[译自DBA,1989,8(15),89-08707] 报道了利用电激对类肠膜明串珠菌(Leuconostoc paramesent... 900573 通过电激作用对类肠膜明串珠菌的质粒转化及其在分子克隆中的用途[英]/David. S. …∥ Appl. Environ. Microbiol.-1989,55(6)-1483～1489[译自DBA,1989,8(15),89-08707] 报道了利用电激对类肠膜明串珠菌(Leuconostoc paramesenteroides)的转化。 展开更多

关键词 类肠膜明串珠菌 分子克隆 限制性位点 粘性末端 启动子 核糖体结合位点 基因组文库 报道基因 电激 基因融合

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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量：58

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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页

核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多

关键词 外生菌根菌 RDNA 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列

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利用异源表达挖掘纤维堆囊菌So0157-2的新型天然产物 被引量：1

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作者 周海波 申琪瑶 +4 位作者 陈汉娜 王宗杰 李越中 张友明 卞小莹 《合成生物学》 CSCD 2021年第5期837-849,共13页

黏细菌是天然产物的重要来源。纤维堆囊菌So0157-2是抗癌药物埃博霉素的产生菌,并且是已知基因组最大的原核生物。生物信息学分析发现该菌一共含有35个次级代谢产物生物合成基因簇,除了已知的埃博霉素基因簇和其他两个萜类化合物生物合... 黏细菌是天然产物的重要来源。纤维堆囊菌So0157-2是抗癌药物埃博霉素的产生菌,并且是已知基因组最大的原核生物。生物信息学分析发现该菌一共含有35个次级代谢产物生物合成基因簇,除了已知的埃博霉素基因簇和其他两个萜类化合物生物合成基因簇与已知基因簇的相似度为100%之外,其他基因簇与已知化合物基因簇相似度均较低,其中包括17个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)、非核糖体肽合成酶(nonribosomal peptide synthetase,NRPS)及其杂合的基因簇。由于纤维堆囊菌So0157-2生长缓慢、培养困难且难以在本源菌中进行遗传改造。因此,将其生物合成基因簇转移到简单宿主中,利用异源表达策略是挖掘该菌中新颖天然产物的一个有效途径。本文利用直接克隆技术从纤维堆囊菌So0157-2基因组DNA中克隆了1个包含NRPS和PKS结构域的基因簇BGC18,将其转移至伯克氏菌DSM 7029中进行异源表达。通过液质联用分析,色谱柱靶向分离纯化,进而通过NMR结构鉴定和Marfey反应确定了3个化合物分别为Cyclo(N-Me-L-Leu-L-Val)(1)、Cyclo(N-Me-L-Leu-LLeu)(2)、Cyclo(N-Me-L-Leu-L-Ile)(3)。化合物结构的多样性来源于第1个腺苷化结构域对底物识别的宽泛性(Val/Leu/Ile)。生物合成途径分析推测由于缺少硫醇化结构域导致PKS模块被跳过,从而只获得了NRPS指导合成的环二肽产物1~3,这可能是细菌中一种实现化合物多样性的方式。本论文以基因簇直接克隆与异源表达相结合的策略,成功实现了一个来源于纤维堆囊菌So0157-2中的NRPS-PKS杂合基因簇的异源表达,分离并鉴定了3个该基因簇对应的表达产物。本研究为后续从该菌株中挖掘更多活性天然产物奠定了技术基础,也为其他难培养菌株的次级代谢产物的挖掘提供了思路。 展开更多

关键词 异源表达 纤维堆囊菌 基因组挖掘 非核糖体肽 二酮哌嗪

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基于ITS和LSU序列对一株野生鹅膏菌的分类鉴定 被引量：8

13

作者 渠文思 石家祺 石亚伟 《山西农业科学》 2018年第12期2073-2076,共4页

以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和... 以山西左权地区一株野生的鹅膏菌作为研究材料,提取鹅膏菌基因组DNA后,将r DNA的ITS和LSU区段进行克隆后连接到T载体上进行测序。通过GenBank核酸数据库对测序得到的ITS和LSU序列进行同源性比对,并从GenBank检索获得7个相似物种的ITS和LSU序列,与测序得到的ITS和LSU序列分别做系统发育树。测序结果表明,ITS序列有666 bp,LSU序列有968 bp;系统发育树结果显示,ITS序列以100%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起,LSU序列以98%的支持值与拟橙盖鹅膏菌聚在一起。结合形态学观察,将山西左权鹅膏菌鉴定为拟橙盖鹅膏菌(Amanita caesareoides)。 展开更多

关键词 鹅膏菌 RDNA 内转录间隔区 核糖体大亚基基因组序列 分类鉴定

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DNA分析与扩增

14

《生物技术通报》 CAS CSCD 1992年第6期36-40,共5页

关键词 DNA分析 载体转化 乳球菌 基因组文库 定序 凝胶电泳 人基因组 模板浓度 核糖体结合位点 聚合酶链反应

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用PCR检测犬急性埃里希氏体感染

15

作者 李凯年 《畜牧兽医科技信息》 1998年第6期5-6,共2页

美国J.W.McBride等人研制了一种可以特异性检测急性感染犬中犬埃里希氏体(E.canis)的PCR测定法。用E.canis 16S核糖体RNA基因区作为PCR扩增的靶并与一个互补内在287碱基对(bp)寡核苷酸探针进行化学发光杂交(CH)。

关键词 PCR检测 16S核糖体RNA 化学发光 试验感染 体感 犬急 细胞培养 寡核苷酸探针 PCR测定法 基因组DNA

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