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金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析 被引量:4
1
作者 牟希东 白俊杰 +1 位作者 汪学杰 罗建仁 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2008年第1期74-76,43,共4页
对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBan... 对金鱼(Carassius auratus)核糖体转录间隔区(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示,克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp,其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17.0%、14.6%、33.0%、35.4%;与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示,其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低,在26.0%~61.6%之间;根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。 展开更多
关键词 金鱼(Carassius auratus) 核糖体 转录间隔1(ITS-1) 基因克隆 基因序列
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香蕉枯萎病菌4个生理小种核糖体DNA内转录间隔区的RFLP分析 被引量:1
2
作者 舒灿伟 曾蕊 +1 位作者 杨媚 周而勋 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期52-56,共5页
【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶... 【目的】明确香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense 4个生理小种的系统发育关系。【方法】利用PCR扩增该病菌4个生理小种的核糖体DNA内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS),利用AIu I、Hpa II和Taq I 3种限制性内切酶对这些小种的ITS产物进行RFLP分析。【结果】PCR扩增结果表明:来自4个生理小种的8个菌株均可扩增得到568 bp的ITS单一片段,但这些生理小种间的片段没有明显的多态性;对这些生理小种ITS产物进行RFLP分析发现,不同生理小种之间的差异很小。【结论】PCR-RFLP技术不适用香蕉枯萎病菌生理小种的分析鉴定。 展开更多
关键词 香蕉枯萎病菌 生理小种 内部转录间隔 聚合酶链式反应 限制性片段长度多态性
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核糖体DNA内转录间隔区序列在植物系统学研究中的应用 被引量:5
3
作者 沙伟 赵子峰 《生物学教学》 北大核心 2007年第6期4-5,共2页
本文介绍了植物核糖体DNA内转录间隔区序列的分布组成、特点以及在植物系统学中的应用现状。
关键词 核糖体DNA 转录间隔序列 植物系统与进化
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放养型和野生型柞蚕的核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)的克隆与序列比较
4
作者 王振东 武松 +5 位作者 曲泽岚 齐永红 朱绪伟 李喜升 秦利 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期60-65,共6页
核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传... 核糖体基因转录间隔区Ⅱ(ITS-2)在物种间甚至种内群体间均表现出较高的差异,被用于种内或近缘种的研究。测定了放养型和野生型柞蚕(Antheraea pernyi)的rDNA ITS-2全长序列(GenBank登录号:GU073314、GU073315),并分析了二者之间的遗传差异。放养型和野生型柞蚕的rDNA ITS-2全长分别为1 111、1 112 bp,2个序列的GC含量达到61%,相似性高达98%。序列比对后得到1 117 bp的对齐序列,共鉴定变异位点19个,其中转换位点8个,无颠换,有11处发生核苷酸的插入/缺失。基于K2P模型计算的2条rDNA ITS-2序列的遗传距离为0.007,这一数值与估算的鳞翅目昆虫rDNA ITS-2序列种内平均遗传距离(0.009)基本一致。 展开更多
关键词 柞蚕 放养型 野生型 核糖体基因转录间隔 遗传变异
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我国人源蛔虫和猪源蛔虫核糖体第一内转录间隔区的扩增克隆及序列分析 被引量:5
5
作者 靳元春 李芬 +2 位作者 刘进辉 刘梦婷 吴昌义 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2018年第5期6-9,共4页
本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程... 本研究旨为研究人蛔虫和猪蛔虫核糖体第一内转录间隔区(ITS-1 r DNA)的遗传变异,应用聚合酶链式反应(PCR)对人蛔虫和猪蛔虫分离株ITS-1 r DNA序列进行扩增、克隆、测序,将获得的序列用Clustal X 1.83程序进行比对分析,再用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。本结果显示,人蛔虫和猪蛔虫的ITS-1 r DNA序列长度分别为447~448 bp和447~451 bp;人蛔虫和猪蛔虫ITS-1 r DNA序列的差异性为0.4%~1.6%。种系发育树表明,人蛔虫和猪蛔虫分离株位于两个不同分支。本研究结果支持人蛔虫和猪蛔虫可能为同一个种不同基因型的结论。 展开更多
关键词 人蛔虫 猪蛔虫 核糖体DNA 第一内转录间隔(ITS-1 rDNA) 序列分析
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转录激活因子1(ATF1)内部核糖体进入位点的鉴定及活性分析 被引量:2
6
作者 李琪 高文青 +1 位作者 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期937-943,共7页
蛋白质翻译起始通常有两种机制,一是依赖帽结构的翻译,另一种是依赖5'非翻译区的内部核糖体进入位点(IRES).在后一种方式中,在某些IRES反式作用因子,如La蛋白、多聚嘧啶串结合蛋白1等的参与下,直接招募核糖体小亚基到mRNA的翻译起... 蛋白质翻译起始通常有两种机制,一是依赖帽结构的翻译,另一种是依赖5'非翻译区的内部核糖体进入位点(IRES).在后一种方式中,在某些IRES反式作用因子,如La蛋白、多聚嘧啶串结合蛋白1等的参与下,直接招募核糖体小亚基到mRNA的翻译起始位点,启始翻译.研究发现,参与细胞生长、分化、细胞周期进程、凋亡和压力调控的相关蛋白中通常含有IRES元件.基于功能,我们提出假说:转录激活因子1(ATF1)的5'-UTR可能具有IRES活性.为验证假说,首先构建了含全长ATF1 5'-UTR的双荧光素酶报告质粒;质粒转染结合报告酶活性分析显示,ATF1 5'-UTR在Bel7402、HCT-8和HEK293细胞中表现出不同的IRES活性;而此IRES活性与5'-UTR中的隐藏启动子无关.同时还发现,ATF1 5'-UTR在NIH3T3细胞中却没有IRES活性.与此结果相一致,Western印迹检测ATF1在这几种细胞系中的表达.结果显示,Bel7402、HCT-8和HEK293中ATF1蛋白质表达水平较高,而在NIH3T3中却极低.ATF1 5'-UTR的系列5'-删除突变及报告酶分析证明,ATF1 5'-UTR的完整性对其IRES活性大小发挥重要作用;其中5'端的204 bp序列对其IRES活性贡献较大.RNA-蛋白免疫共沉淀实验揭示,ATF1 5'-UTR可与La和PTBP1蛋白结合;抑制La和PTBP1蛋白质的表达,并可减低HEK293细胞中ATF1蛋白质表达水平.这些结果提示,La和PTBP1蛋白(两种ITAFs)为ATF1 5'-UTR发挥IRES活性所必需.总之,上述结果证明,ATF1 5'-UTR具有IRES活性,其活性发挥依赖与La和PTBP1蛋白的结合.上述发现为进一步研究La和PTBP1表达及亚细胞定位对ATF1 IRES调控机制的影响奠定了基础. 展开更多
关键词 转录激活因子1(ATF1) 5'-非编码(5'-UTR) 内部核糖体进入位点(IRES) IRES反式作用因子(ITAFs)
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内部核糖体进入位点(IRES)调控多种癌细胞系中尾型同源盒转录因子2的翻译 被引量:1
7
作者 高文青 李琪 +2 位作者 陈蕴 朱瑞宇 金坚 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期260-268,共9页
尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'unt... 尾型同源盒转录因子2(caudal type homeobox transcription factor 2,CDX2)促进肠癌细胞增殖,并具有致瘤的潜能。然而,对于CDX2翻译水平的调控机制研究甚少。本研究基于转染及报告酶活性分析结果,首次证明CDX2 5'非翻译区(5'untranslated region,5'-UTR)存在内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES),并通过IRES在HEK293细胞以及肝癌、肠癌和卵巢癌等肿瘤细胞株中介导翻译起始。IRES介导的翻译机制与经典的帽依赖翻译途径(cap-dependent translation)不同,在一些IRES反式作用因子(IRES trans-acting factors,ITAFs)的作用下,不需要帽状结构,IRES可以直接招募核糖体小亚基,起始翻译。同时,肿瘤细胞内IRES介导的翻译方式可能是引起蛋白质异常表达的原因之一。通过Western印迹检测CDX2在4种肿瘤细胞系中的表达,发现CDX2的IRES活性与其在肿瘤细胞中蛋白质表达量正相关,其活性在耐药型卵巢肿瘤细胞株中最高。此外,CDX2 IRES元件的5'端截短及报告酶活性分析证明,CDX2 5'-UTR的活性中心位于68~147碱基之间,而位于5'末端的67个碱基形成一个远端茎环,抑制全长IRES的活性。定点突变68~147活性区域的实验结果揭示,3个茎环结构域(68GCCGGC73,88GCCAG92和114CUCUG118)是IRES元件中不可或缺的部分。上述结果证明,CDX2 5'-UTR具有IRES活性,其活性依赖于二级茎环结构。因此,可以针对特殊的茎环结构域进行研究,使之成为肿瘤药物作用靶点。 展开更多
关键词 尾型同源盒转录因子2 5'非编码 内部核糖体进入位点
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棉花疫病菌和辣椒疫病菌核糖体基因ITS区域的克隆和序列分析 被引量:16
8
作者 王源超 丁国云 +1 位作者 马志超 李德葆 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期33-36,共4页
采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 ... 采用真菌核糖体基因转录间隔区域 (ITS)通用引物 ,PCR扩增棉花疫病菌、辣椒疫病菌核糖体基因的ITS1和ITS2 ,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。结果表明 :棉花疫病菌的ITS1和ITS2分别由 2 0 6和 45 3个碱基组成 ,而辣椒疫病菌则分别由 174和 432个碱基组成。棉花疫病菌两个菌株之间ITS1和ITS2的同源性均高达 10 0 % ,而棉花疫病菌和辣椒疫病菌ITS1同源性为 70 9% ,其中中间区域 5 2~ 178bp在两种间变异丰富 ,同源性只有 5 4 3% ;ITS2在两种疫霉菌间的同源性为 70 9% 。 展开更多
关键词 棉花疫病菌 辣椒疫病菌 核糖体基因转录间隔
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兔痒螨和水牛痒螨第二转录间隔区(ITS-2)基因序列分析 被引量:8
9
作者 贾小勇 杨光友 +1 位作者 古小彬 赖松家 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期545-550,共6页
为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别... 为了探讨水牛痒螨株和兔痒螨株的分类地位,采用PCR技术扩增了四川水牛痒螨株和四川兔痒螨株的第二内部转录间隔区(ITS-2)基因,并与GenBank中注册的5个国外痒螨株的同源基因进行了比较。序列分析发现:兔痒螨株和水牛痒螨株的序列长度分别为277bp和281bp,两序列间存在多处转换、颠换和缺失。四川水牛痒螨株同四川兔痒螨株间及国外痒螨分离株间的ITS-2基因同源性较低(87.1%~88.0%);而四川兔痒螨株与国外痒螨分离株的同源性较高(95.5%~100.0%)。用痒螨ITS-2基因构建的MP,NJ,ME及UPGM树中,兔痒螨株和水牛痒螨株在不同的系统树中其位置比较固定,且两者相距均较远。根据痒螨ITS-2基因同源性分析和系统树构建结果以及其他已报道的相关证据,作者认为:兔痒螨株和水牛痒螨株可能为痒螨属Psoroptes中两个不同的种,兔痒螨分离株为马痒螨P.equi;而水牛痒螨株与来自兔、山羊、绵羊和黄牛等痒螨株亲缘关系较远,可能为痒螨属中的另一个独立有效种。 展开更多
关键词 痒螨 痒螨株 分类地位 水牛 第二内部转录间隔(ITS-2) 系统发育
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西瓜炭疽菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析 被引量:12
10
作者 唐建辉 王伟 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2007年第9期2566-2568,2658,共4页
采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp... 采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增4个来自不同地方的西瓜炭疽病菌核糖体基因的ITS1和ITS2,并对PCR产物进行了克隆和序列分析。结果表明:西瓜炭疽病菌的ITS全长481 bp,其中ITS1长163 bp,5.8 S长153 bp,ITS2长165 bp,各碱基A、T、G、C的个数分别为1101、061、181、47,GC含量为55.1%。用Mega3软件对此4个序列以及GeneBank中登录的炭疽属其他24个种的ITS1和ITS2聚类分析,结果显示:Colletotrichum属可以分为13个聚类组,各聚类组间存在着一定的遗传多样性,其中Colletotrichum orbicu-lare、Colletotrichum lindemuthiana在ITS1I、TS2上都聚为一组,这就为用ITS作为靶序列来设计特异性引物将Colletotrichum orbiculare、Colletotrichum lindemuthiana与其他种分开提供了分子依据。 展开更多
关键词 COLLETOTRICHUM orbiculare 核糖体基因转录间隔 聚类组
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新疆黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因ITS区的克隆和序列分析 被引量:6
11
作者 马慧宁 陈文霞 张莉 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第3期265-268,共4页
采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的IT... 采用真菌核糖体基因内转录间隔区域(ITS)通用引物ITS1和ITS4扩增黑白轮枝菌与大丽轮枝菌核糖体基因的ITS,并对PCR产物进行了克隆和序列比较。实验结果表明,黑白轮枝菌和大丽轮枝菌的ITS区都由541个碱基组成;供试的2个黑白轮枝菌菌株的ITS碱基序列同源性为100%,供试的2个大丽轮枝菌的ITS碱基序列同源性为99.82%,有1个碱基的差别。黑白轮枝菌和大丽轮枝菌核糖体ITS碱基序列同源性为99.40%,供试的黑白轮枝菌与供试的大丽轮枝菌至少有6个碱基的差别,且差异所在区域较集中。 展开更多
关键词 黑白轮枝菌 大丽轮枝菌 核糖体基因内转录间隔
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黄瓜黑星病菌核糖体基因ITS区段的克隆及序列分析 被引量:2
12
作者 高永洋 高观朋 +1 位作者 王倩倩 王伟 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2009年第8期78-83,共6页
为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,... 为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。 展开更多
关键词 黄瓜黑星病菌 核糖体基因转录间隔 聚类组
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栽培稻种内核糖体基因的ITS序列比较研究 被引量:4
13
作者 戴小军 梁满中 陈良碧 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1874-1878,共5页
以普通野生稻(O.rufipogon)为外类群,对栽培稻(O.sativa)籼亚种(O.sativassp.indicn)和粳亚种(O.sativassp.japonica)18个材料的核糖体基因(rDNA)内转录间隔区(intemal transcribed spacers,ITS)全序列进行比较分... 以普通野生稻(O.rufipogon)为外类群,对栽培稻(O.sativa)籼亚种(O.sativassp.indicn)和粳亚种(O.sativassp.japonica)18个材料的核糖体基因(rDNA)内转录间隔区(intemal transcribed spacers,ITS)全序列进行比较分析。供试材料中有籼亚种品种(系)9个,粳亚种品种(系)6个,爪哇稻2个和陆稻1个。结果发现,栽培稻种内总变异位点23个,占总碱基数的5.41%;8个信息位点,占总碱基数的1.82%。籼亚种ITS全序列的长度为425~430bp,G+C含量为74.25%~75.59%;粳亚种ITS序列总长度为425bp,G+C含量为74.25%~75.59%。以ITS全序列构建的系统树能将栽培稻区分为籼、粳2个亚种群,爪哇稻与籼稻有较近的亲缘关系,这对研究栽培稻的演化有+定的指导意义。 展开更多
关键词 栽培稻 核糖体 转录间隔 系统树
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甄氏外瓶霉的核糖体基因分型研究
14
作者 李东明 李若瑜 +3 位作者 王晓红 万喆 马圣清 王端礼 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期167-171,共5页
目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提... 目的:应用核糖体基因(rDNA)序列对甄氏外瓶霉进行分型研究。方法:试验菌株包括甄氏外瓶霉及其变种 20株(模式株、标准株、临床及自然分离株),丛梗孢外瓶霉 8株,威尼克外瓶霉 1株 (标准株及临床和环境分离株),疣状瓶霉 1株。煮沸冷冻法提取DNA,常规PCR扩增核糖体基因及其转录间隔区,应用DNA多序列分析等方法进行研究。结果:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区变异较大,DNA序列分析显示,不同来源、不同致病性的甄氏外瓶霉可分为 7型,个别菌种与其他甄氏外瓶霉的遗传距离较大。结论:甄氏外瓶霉核糖体基因及其转录间隔区序列变异较大,个别菌株的归属有待于进一步研究。 展开更多
关键词 甄氏外瓶霉 核糖体基因 分型研究 DNA序列分析 PCR扩增 间隔 遗传距离 序列变异 标准株 分离株 冷冻法 转录 致病性 步研究 菌株 临床
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库布齐沙漠生物结皮蓝藻和绿藻物种多样性及分子生物学鉴定
15
作者 刘悦 徐杰 +4 位作者 杜玲 何玉萍 刘雪锋 尹强 孟元发 《生态环境学报》 北大核心 2025年第3期421-431,共11页
人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运... 人工培育生物结皮技术是荒漠化防治的一项新技术,优良藻种选育为构建人工生物结皮的关键。采集库布齐沙漠生物结皮蓝藻门、绿藻门的物种进行形态鉴定,采用计数法统计不同植被、不同季节生物结皮蓝藻和绿藻物种的丰富度及优势藻组成,运用分子生物学方法验证20个纯化藻株的系统发育位置,为库布齐沙漠人工构建生物结皮优良藻种的筛选提供理论基础。结果显示,1)库布齐沙漠生物结皮共有蓝、绿藻14科27属78种,其中蓝藻5科10属40种,绿藻9科17属38种,不同植被和季节生物结皮藻类物种丰富度存在显著差异。人工修复植被藻类物种丰富度显著高于自然发育植被,围封植被藻类物种丰富度显著低于未围封植被,冬季藻类物种丰富度显著低于春、夏、秋季。2)库布齐沙漠生物结皮优势藻在属水平上基本相似,蓝藻主要为鞘丝藻属(Lyngbya)、颤藻属(Oscillatoria)、微鞘藻属(Microcolus)等,绿藻为小球藻属(Chlorella)、衣藻属(Chlamydomonas)、栅藻属(Scenedesmus)等。其中,蓝藻栖藓鞘丝藻(Lyngbya mucicola)、柔细颤藻(Oscillatoria subtilissima)、具鞘微鞘藻(Microcolus vaginatus)、微鞘藻(Microcolus sp.)和绿藻小球藻(Chlorella vulgaris)、马拉蒙衣藻(Chlamydomonas maramuresensis)、爪哇栅藻(Scenedesmus javaensis)和扁盘栅藻(Scenedesmus platydiscus)为库布齐沙漠优势藻。3)对20个纯化藻株进行了形态特征描述和核糖体内部转录间隔区(ITS)测序,并基于检测数据构建了2株蓝藻和18株绿藻系统发育树,验证了其系统发育的位置。 展开更多
关键词 库布齐沙漠 生物结皮 优势藻 形态 核糖体内部转录间隔(ITS)
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江浙地区披针叶八角植物遗传多样性及ITS序列的分析 被引量:2
16
作者 刘文倩 方向明 +3 位作者 牛瑞鹤 陈驰 郑必平 谈建中 《安徽农业科学》 CAS 2013年第1期198-200,306,共4页
[目的]从基因水平上探讨披针叶八角植物的遗传多样性。[方法]以江浙地区披针叶八角种内12个不同类型的植株为材料,克隆其核糖体DNA内转录间隔区序列,应用相关软件对其序列差异进行了分析。[结果]供试的披针叶八角植物在形态上可以分为1... [目的]从基因水平上探讨披针叶八角植物的遗传多样性。[方法]以江浙地区披针叶八角种内12个不同类型的植株为材料,克隆其核糖体DNA内转录间隔区序列,应用相关软件对其序列差异进行了分析。[结果]供试的披针叶八角植物在形态上可以分为12种类型,其ITS序列长度为634~637 bp,序列差异值为0%~2.4%,ITS1和ITS2的信息位点均达到了6个;聚类分析结果有2组5种供试植株的ITS序列完全一致,而其生物学特征存在一定的差别。[结论]ITS序列同源性与结实性之间具有一定的相关性,而基于ITS序列差异值的种内分类标准并不适用于披针叶八角植物。 展开更多
关键词 ITS序列 遗传多样性 江浙地 八角 针叶 植物 转录间隔 核糖体DNA
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西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析
17
作者 邹勇 吴飞 +5 位作者 郭雅旭 耿晓蕊 张文慧 王玉霞 李希来 林青 《动物医学进展》 北大核心 2016年第6期35-39,共5页
为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1... 为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp^453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。 展开更多
关键词 猪蛔虫 核糖体DNA 转录间隔 序列测定 遗传变异
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不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 被引量:5
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作者 向极钎 李锡香 +3 位作者 王萌 殷红清 帅超群 朱云芬 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第19期4737-4740,共4页
堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结... 堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0-0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。 展开更多
关键词 碎米荠(Cardamine hirsuta L.) 核糖体nr DNA 转录间隔(ITS) 序列分析
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一株产凝乳酶变色栓菌鉴定及其凝乳酶的分离纯化与酶学性质研究
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作者 黄武营 李云 +1 位作者 朱慧 周飞 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期243-250,I0008,共9页
微生物凝乳酶具有生产周期短和易于发酵生产的优点,是传统小牛皱胃酶的经济高效替代选择之一。为了筛选新的凝乳酶产生菌,该研究以从传统发酵腐乳分离的霉菌为出发菌株,筛选具有高凝乳活性和低蛋白水解活性的霉菌菌株。采用内源转录区... 微生物凝乳酶具有生产周期短和易于发酵生产的优点,是传统小牛皱胃酶的经济高效替代选择之一。为了筛选新的凝乳酶产生菌,该研究以从传统发酵腐乳分离的霉菌为出发菌株,筛选具有高凝乳活性和低蛋白水解活性的霉菌菌株。采用内源转录区间隔区结合线粒体小亚基核糖体DNA扩增测序的方法对菌株进行了分子鉴定。通过硫酸铵分级盐析沉淀、DEAE-Sepharose Fast Flow阴离子交换柱、Sephadex G100凝胶过滤层析法对酶进行了纯化,并研究了凝乳酶酶学特性。筛选出菌株CQ3具有良好的凝乳活性和低蛋白水解活性,该菌株鉴定为变色栓菌(Trametes versicolor)。CQ3凝乳酶纯化后经SDS-PAGE分析呈现出分子质量为61 kDa的唯一条带。该酶作用的最适温度为45℃,最适pH值为6.5,Ca^(2+)对酶活力有显著的促进作用。该酶在pH值为4.5~7.0和温度低于50℃条件下有良好的稳定性。蛋白酶抑制剂试验表明,该酶为一种天冬氨酸蛋白酶。该研究结果报道了一种新的产凝乳酶菌种资源,为丰富凝乳酶产生菌株资源,进一步评价栓菌凝乳酶在干酪加工适用性的研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 凝乳酶 变色栓菌 酶的分离纯化 内源转录间隔 线粒体小亚基核糖体DNA
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松花江底泥真菌的分离培养及分子鉴定 被引量:7
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作者 刘杰 丁艳丽 +3 位作者 冯伟 王婧妍 毛冠男 王莹莹 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期354-362,共9页
筛选出合适的培养基对底泥真菌进行计数,分析不同培养基的真菌数量与理化环境的差异性,并对典型真菌进行分离鉴定,探讨其解决环境问题的可能性。选用马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)培养基、察氏琼脂(CA)培养基和沙保氏琼脂(SDA)培养基3种真菌培... 筛选出合适的培养基对底泥真菌进行计数,分析不同培养基的真菌数量与理化环境的差异性,并对典型真菌进行分离鉴定,探讨其解决环境问题的可能性。选用马铃薯葡萄糖琼脂(PDA)培养基、察氏琼脂(CA)培养基和沙保氏琼脂(SDA)培养基3种真菌培养基对底泥真菌进行分离培养,通过方差分析和主成分分析比较了各培养基之间可培养真菌数量的差别及其与环境因子的关系,并对代表性真菌分离纯化,进行真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)序列的测序和进化树分析。在同一采样点之间,3种不同培养基的可培养真菌在数量上没有显著差别,而在环境因子的关联上,PDA培养基的可培养真菌数量与沉积物有机质浓度、硝氮、总氮显著相关,CA培养基的可培养真菌数量与硝氮显著相关,SDA培养基的可培养真菌数量与总氮相关,PDA培养基的可培养真菌数量与环境因子的相关性优于其他两种培养基;分离纯化得到20株代表性真菌,系统进化树表明所有的菌株能得到鉴定,实验结果显示ITS序列能很好地应用于真菌的鉴定及生态分析。 展开更多
关键词 松花江 底泥 真菌 分离培养 核糖体基因转录间隔
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