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基于最新参考序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱
1
作者
周鑫
杨铖
+5 位作者
朱桂名
何黔蓉
李岩
樊新忠
宁超
王丹
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第4期1660-1670,共11页
【目的】核内线粒体DNA序列(nuclear mitochondrial DNA segments, NUMTs)是线粒体DNA插入并整合到核基因组形成的。本研究基于家兔最新参考基因组序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱,分析NUMTs的分布特征、基因组环境偏好性并预测...
【目的】核内线粒体DNA序列(nuclear mitochondrial DNA segments, NUMTs)是线粒体DNA插入并整合到核基因组形成的。本研究基于家兔最新参考基因组序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱,分析NUMTs的分布特征、基因组环境偏好性并预测其生物学功能,从而解析家兔基因组中的NUMTs信息。【方法】将家兔最新版参考基因组UM_NZW_1.0的染色体DNA序列与线粒体DNA序列进行比对,获得NUMTs信息,并统计NUMTs序列长度及在染色体上的分布情况。将NUMTs片段整合为NUMTs区域分析插入事件,分析NUMTs插入核基因组位置的GC含量、重复序列比例,以及NUMTs插入基因组的环境偏好性;统计NUMTs同源序列在线粒体基因组的分布情况,对NUMTs覆盖的基因进行功能注释,并推测NUMTs生物功能。【结果】在兔基因组中共检测到237条NUMTs序列,其中3、5、6、8、10号染色体上不存在NUMTs,总长度311 549 bp,占参考基因组总大小的0.015512%,这些NUMTs可能由87个NUMTs插入事件形成。NUMTs在兔基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域更易形成,表明家兔基因组NUMTs的形成不是随机性的。整个线粒体基因组序列都形成过NUMTs,其中COX1、COX2、ND2、tRNA-C、tRNA-A、tRNA-W、tRNA-V等基因覆盖次数≥20。通过功能注释NUMTs及其上、下游1 000 bp区域覆盖的基因,推测NUMTs可能与生殖和神经系统等功能有关。【结论】在家兔进化过程中,线粒体基因组序列都曾插入整合到染色体形成NUMTs,但并不是所有染色体都存在NUMTs, NUMTs倾向在基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域形成,NUMTs可能与家兔生殖和神经系统等功能有关。本研究结果为家兔分子育种提供了遗传信息。
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关键词
核
内线粒体
dna
序列
(
numts
)
家兔
核
基因组
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职称材料
基于线粒体和核基因DNA序列分析的大河乌猪群体结构和遗传多样性研究
2
作者
Tang L
晋大鹏
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014年第4期112-112,共1页
为了研究大河乌猪的遗传多样性和群体结构,试验选取5个地理种群的175个大河乌猪样品,分析所有个体的线粒体细胞色素b和主要组织相容性复合体(MHC)DRB基因序列。AMOVA、系统进化树和基因流分析结果显示,在5个种群间检测到高水平的基因流...
为了研究大河乌猪的遗传多样性和群体结构,试验选取5个地理种群的175个大河乌猪样品,分析所有个体的线粒体细胞色素b和主要组织相容性复合体(MHC)DRB基因序列。AMOVA、系统进化树和基因流分析结果显示,在5个种群间检测到高水平的基因流,尤其是从大河镇(Pop1)或营上镇(Pop2)到其他种群(Pop3、Pop4和Pop5)间。遗传多样性分析结果显示,5个种群间多样性指数无显著性变化,但较低于其他中国猪种。结果表明,不同的基因流、不稳定的种群格局和较低的遗传多样性主要受以经济效益为前提的人为引入的影响。本试验对其遗传信息的检测和分析,可用于大河乌猪遗传资源的保存及进一步的遗传改良,为该品种遗传资源的保护、利用和评价提供重要参考。
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关键词
线粒体
细胞色素B
遗传多样性
大河乌猪
群体结构
dna
序列
分析
主要组织相容性复合体
核
基因
地理种群
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职称材料
基于DNA序列的石斛属药用植物鉴定研究进展
被引量：
4
3
作者
周红
马双姣
+1 位作者
杨培
姚辉
《世界科学技术-中医药现代化》
2015年第5期950-957,共8页
本文从核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组三方面,综述了目前常用DNA序列在石斛属药用植物的分子鉴定和物种分类研究中的进展。文献显示,目前用于石斛属物种分子鉴定研究的DNA序列主要有核ITS/ITS2、LEAFY,叶绿体rbc L、mat K、trn H...
本文从核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组三方面,综述了目前常用DNA序列在石斛属药用植物的分子鉴定和物种分类研究中的进展。文献显示,目前用于石斛属物种分子鉴定研究的DNA序列主要有核ITS/ITS2、LEAFY,叶绿体rbc L、mat K、trn H-psb A、rpo B、rpo C1、trn L-F、rbl16、trnl intron和线粒体基因组nad1 intron2,这些DNA序列均对石斛属药用植物鉴定具有借鉴意义。笔者对叶绿体全基因组序列作为"超级条形码"在石斛属植物中应用的可行性进行了展望,以期为石斛属药用植物的鉴定研究提供参考。
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关键词
石斛属
dna
序列
分子鉴定
核
基因组
叶绿体基因组
线粒体
基因组
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职称材料
题名
基于最新参考序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱
1
作者
周鑫
杨铖
朱桂名
何黔蓉
李岩
樊新忠
宁超
王丹
机构
山东农业大学动物科技学院
山东农业大学生命科学学院
农业农村部人力资源开发中心/中国农学会
出处
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025年第4期1660-1670,共11页
基金
国家自然科学基金(32102526、32370675)
山东省重点研发计划(2021LZGC002)。
文摘
【目的】核内线粒体DNA序列(nuclear mitochondrial DNA segments, NUMTs)是线粒体DNA插入并整合到核基因组形成的。本研究基于家兔最新参考基因组序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱,分析NUMTs的分布特征、基因组环境偏好性并预测其生物学功能,从而解析家兔基因组中的NUMTs信息。【方法】将家兔最新版参考基因组UM_NZW_1.0的染色体DNA序列与线粒体DNA序列进行比对,获得NUMTs信息,并统计NUMTs序列长度及在染色体上的分布情况。将NUMTs片段整合为NUMTs区域分析插入事件,分析NUMTs插入核基因组位置的GC含量、重复序列比例,以及NUMTs插入基因组的环境偏好性;统计NUMTs同源序列在线粒体基因组的分布情况,对NUMTs覆盖的基因进行功能注释,并推测NUMTs生物功能。【结果】在兔基因组中共检测到237条NUMTs序列,其中3、5、6、8、10号染色体上不存在NUMTs,总长度311 549 bp,占参考基因组总大小的0.015512%,这些NUMTs可能由87个NUMTs插入事件形成。NUMTs在兔基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域更易形成,表明家兔基因组NUMTs的形成不是随机性的。整个线粒体基因组序列都形成过NUMTs,其中COX1、COX2、ND2、tRNA-C、tRNA-A、tRNA-W、tRNA-V等基因覆盖次数≥20。通过功能注释NUMTs及其上、下游1 000 bp区域覆盖的基因,推测NUMTs可能与生殖和神经系统等功能有关。【结论】在家兔进化过程中,线粒体基因组序列都曾插入整合到染色体形成NUMTs,但并不是所有染色体都存在NUMTs, NUMTs倾向在基因组中GC含量较低、重复序列较多的区域形成,NUMTs可能与家兔生殖和神经系统等功能有关。本研究结果为家兔分子育种提供了遗传信息。
关键词
核
内线粒体
dna
序列
(
numts
)
家兔
核
基因组
Keywords
nuclear mitochondrial
dna
segments(
numts
)
rabbits
nuclear genome
分类号
S829.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
基于线粒体和核基因DNA序列分析的大河乌猪群体结构和遗传多样性研究
2
作者
Tang L
晋大鹏
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014年第4期112-112,共1页
文摘
为了研究大河乌猪的遗传多样性和群体结构,试验选取5个地理种群的175个大河乌猪样品,分析所有个体的线粒体细胞色素b和主要组织相容性复合体(MHC)DRB基因序列。AMOVA、系统进化树和基因流分析结果显示,在5个种群间检测到高水平的基因流,尤其是从大河镇(Pop1)或营上镇(Pop2)到其他种群(Pop3、Pop4和Pop5)间。遗传多样性分析结果显示,5个种群间多样性指数无显著性变化,但较低于其他中国猪种。结果表明,不同的基因流、不稳定的种群格局和较低的遗传多样性主要受以经济效益为前提的人为引入的影响。本试验对其遗传信息的检测和分析,可用于大河乌猪遗传资源的保存及进一步的遗传改良,为该品种遗传资源的保护、利用和评价提供重要参考。
关键词
线粒体
细胞色素B
遗传多样性
大河乌猪
群体结构
dna
序列
分析
主要组织相容性复合体
核
基因
地理种群
分类号
S828.8 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
基于DNA序列的石斛属药用植物鉴定研究进展
被引量：
4
3
作者
周红
马双姣
杨培
姚辉
机构
中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所
出处
《世界科学技术-中医药现代化》
2015年第5期950-957,共8页
基金
科学技术部国家科技支撑计划(2011BAI07B08):中药材质量评价体系建立及其质量标准示范研究
负责人:杨秀伟
+3 种基金
子课题:中药种子种苗DNA条形码鉴定及流通管理平台的建立
负责人:陈士林
国家自然科学基金委面上项目(81073001):石斛属药用植物DNA条形码复合序列鉴定研究
负责人:姚辉
文摘
本文从核基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组三方面,综述了目前常用DNA序列在石斛属药用植物的分子鉴定和物种分类研究中的进展。文献显示,目前用于石斛属物种分子鉴定研究的DNA序列主要有核ITS/ITS2、LEAFY,叶绿体rbc L、mat K、trn H-psb A、rpo B、rpo C1、trn L-F、rbl16、trnl intron和线粒体基因组nad1 intron2,这些DNA序列均对石斛属药用植物鉴定具有借鉴意义。笔者对叶绿体全基因组序列作为"超级条形码"在石斛属植物中应用的可行性进行了展望,以期为石斛属药用植物的鉴定研究提供参考。
关键词
石斛属
dna
序列
分子鉴定
核
基因组
叶绿体基因组
线粒体
基因组
Keywords
Dendrobium species
dna
sequence
molecular identification
nuclear genome
chloroplast genome
mitochondrial genome
分类号
R282.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于最新参考序列UM_NZW_1.0绘制家兔基因组NUMTs图谱
周鑫
杨铖
朱桂名
何黔蓉
李岩
樊新忠
宁超
王丹
《中国畜牧兽医》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于线粒体和核基因DNA序列分析的大河乌猪群体结构和遗传多样性研究
Tang L
晋大鹏
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于DNA序列的石斛属药用植物鉴定研究进展
周红
马双姣
杨培
姚辉
《世界科学技术-中医药现代化》
2015
4
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