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树生黄单胞杆菌脂蛋白生物信息学分析
1
作者
喻红稠
覃悦
韩长志
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2022年第2期230-237,共8页
具有脂蛋白信号肽的蛋白参与细胞膜结构构建、细胞膜稳定性维护、信号转导和转运等过程,在维持细菌生理功能、致病性和耐药性等方面发挥重要作用.树生黄单胞杆菌是杧果生产中的重要病原之一,目前尚缺乏有关该菌脂蛋白信号肽蛋白的研究....
具有脂蛋白信号肽的蛋白参与细胞膜结构构建、细胞膜稳定性维护、信号转导和转运等过程,在维持细菌生理功能、致病性和耐药性等方面发挥重要作用.树生黄单胞杆菌是杧果生产中的重要病原之一,目前尚缺乏有关该菌脂蛋白信号肽蛋白的研究.本研究基于树生黄单胞杆菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线程序分析,获取了175条具有脂蛋白信号肽的蛋白序列,并对这些蛋白开展了包括保守结构域、信号肽、跨膜区结构域、亚细胞定位和理化性质等的生物信息学分析.结果表明:144个脂蛋白氨基酸序列长度集中于100~500个之间;163条蛋白序列具有信号肽,仅有13条蛋白序列具有明显的保守结构域;90个蛋白定位在线粒体;这些蛋白在亲(疏)水性最强氨基酸残基及其位置方面存在较大的差异.此外,通过遗传关系分析进一步明确了与树生黄单胞杆菌中脂蛋白信号肽蛋白具有较高同源性和较近亲缘关系的其他物种,而大部分脂蛋白信号肽间的同源性并不高.
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关键词
脂蛋白信号肽
树生黄单胞杆菌
遗传关系
生物信息学
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职称材料
题名
树生黄单胞杆菌脂蛋白生物信息学分析
1
作者
喻红稠
覃悦
韩长志
机构
西南林业大学生物多样性保护学院
西南林业大学研究生院
云南省森林灾害预警与控制重点实验室
出处
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2022年第2期230-237,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31960314)
云南省“兴滇英才支持计划”青年人才专项(YNWR-QNBJ-2020-188)。
文摘
具有脂蛋白信号肽的蛋白参与细胞膜结构构建、细胞膜稳定性维护、信号转导和转运等过程,在维持细菌生理功能、致病性和耐药性等方面发挥重要作用.树生黄单胞杆菌是杧果生产中的重要病原之一,目前尚缺乏有关该菌脂蛋白信号肽蛋白的研究.本研究基于树生黄单胞杆菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线程序分析,获取了175条具有脂蛋白信号肽的蛋白序列,并对这些蛋白开展了包括保守结构域、信号肽、跨膜区结构域、亚细胞定位和理化性质等的生物信息学分析.结果表明:144个脂蛋白氨基酸序列长度集中于100~500个之间;163条蛋白序列具有信号肽,仅有13条蛋白序列具有明显的保守结构域;90个蛋白定位在线粒体;这些蛋白在亲(疏)水性最强氨基酸残基及其位置方面存在较大的差异.此外,通过遗传关系分析进一步明确了与树生黄单胞杆菌中脂蛋白信号肽蛋白具有较高同源性和较近亲缘关系的其他物种,而大部分脂蛋白信号肽间的同源性并不高.
关键词
脂蛋白信号肽
树生黄单胞杆菌
遗传关系
生物信息学
Keywords
lipoprotein signal peptide
Xanthomonas arboricola
genetic relationship
bioinformatics
分类号
S435.1 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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作者
出处
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被引量
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1
树生黄单胞杆菌脂蛋白生物信息学分析
喻红稠
覃悦
韩长志
《福建农林大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2022
0
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