基于大球盖菇基因组的SSR分子标记开发及指纹数据库应用 被引量：5

1

作者 李雪松 孙达锋 +4 位作者 刘绍雄 张俊波 岳万松 李建英 华蓉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期84-93,共10页

以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供... 以13个大球盖菇菌株及其已公布的基因组为试材,采用生物信息学和试验验证相结合的方法,研究了大球盖菇基因组上的SSR类型及分布,设计了100对SSR引物开展试验验证,以期为大球盖菇的种质资源鉴定、品种选育、分子标记辅助育种等研究提供参考依据。结果表明:总计检索到6种SSR类型的2 124条序列,其中主要以三核苷酸类型为主,共计704,占SSR总数的33.15%;五、六碱基重复类型较多,但总和只占全部SSR数量的14.59%。由验证试验获得16对引物,其中引物DQGSSR020、DQGSSR031、DQGSSR077的多态性较高、特异性好、无杂峰、荧光亮度高、区分度好。同时,基于16对SSR引物进行大球盖菇DNA指纹编码构建,获得了13个大球盖菇菌株的32位数分子指纹数据库编码。 展开更多

关键词 大球盖菇 基因组 SSR分子标记开发

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甘蓝BoFLCs基因标记开发及优异单倍型聚合 被引量：1

2

作者 王娇 张斌 +7 位作者 吴元康 杨丽梅 庄木 吕红豪 王勇 季家磊 闫超 张扬勇 《中国蔬菜》 北大核心 2024年第5期40-50,共11页

开花抑制因子FLOWERING LOCUS C(FLC)编码MADS-box家族蛋白,在拟南芥的春化途径中起关键作用。为了探究甘蓝BoFLCs在春化过程中的作用,利用CRISPR/Cas9技术对甘蓝自交系GL的BoFLCs基因进行编辑,显著提早了其开花时间,明确了BoFLCs的基... 开花抑制因子FLOWERING LOCUS C(FLC)编码MADS-box家族蛋白,在拟南芥的春化途径中起关键作用。为了探究甘蓝BoFLCs在春化过程中的作用,利用CRISPR/Cas9技术对甘蓝自交系GL的BoFLCs基因进行编辑,显著提早了其开花时间,明确了BoFLCs的基因功能。以晚花甘蓝自交系20-2221(P_(1),BoFLCs-w)和中早花甘蓝自交系20-2229(P_(2),BoFLCs-z)为亲本,构建BC_(1-2)P_(2)和BC_(2)F_(1)分离群体。通过序列比对分析,发现BoFLC_(1)、BoFLC3和BoFLC5在双亲间均存在序列差异,并根据这些差异序列开发了其特异性分子标记。利用BoFLCs特异性分子标记对BC_(2)F_(1)群体进行筛选,最终获得1个包含BoFLC_(1)-w/w、BoFLC5-w/w纯合单倍型以及BoFLC3-w/z杂合单倍型的植株(BC_(2)F_(1)-29),其抽薹时间和开花时间分别比回交亲本20-2229晚8.00 d和13.00 d;4个包含BoFLC_(1)-w/w、BoFLC3-w/w纯合单倍型以及BoFLC5-w/z杂合单倍型的植株(BC_(2)F_(1)-55、BC_(2)F_(1)-119、BC_(2)F_(1)-121和BC_(2)F_(1)-163),平均抽薹时间和开花时间比20-2229分别晚9.75 d和(13.50 d;3个包含BoFLC_(1)-w/w、BoFLC3-w/w)和BoFLC5-w/w纯合单倍型的植株(BC_(2)F_(1)-82、BC_(2)F_(1)-106和BC_(2)F_(1)-192),平均抽薹时间和开花时间分别比20-2229晚11.33 d和15.67 d。本研究开发了BoFLCs特异性分子标记,并实现了BoFLCs优异基因型的高效聚合,改良了亲本20-2229的抽薹性。 展开更多

关键词 甘蓝 FLC 晚抽薹 标记开发 单倍型聚合

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基于灰树花基因组的SSR分子标记开发 被引量：1

3

作者 高章会 华蓉 +3 位作者 孙达锋 李雪松 岳万松 刘绍雄 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期27-36,共10页

以12个灰树花(Grifola frondosa)菌株及已公布的灰树花基因组为基础,采用生物信息学和实验验证相结合的方法,设计192对SSR引物研究灰树花基因组SSR类型及分布。结果表明:总计检索到5种SSR类型的666个位点,其中,三核苷酸重复的SSR位点最... 以12个灰树花(Grifola frondosa)菌株及已公布的灰树花基因组为基础,采用生物信息学和实验验证相结合的方法,设计192对SSR引物研究灰树花基因组SSR类型及分布。结果表明:总计检索到5种SSR类型的666个位点,其中,三核苷酸重复的SSR位点最多(52.70%),是灰树花SSR的主要类型;二核苷酸SSR位点占比为32.43%;四、五、六核苷酸重复类型较多,但数量较少。由验证实验得到15对SSR引物,共检测到55个等位基因位点,15对SSR引物的平均Shannon’s信息指数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量分别为0.817、0.506、0.442和0.397。基于15对SSR引物进行灰树花DNA指纹编码构建,获得12个灰树花菌株唯一的30位数分子指纹数据库编码,可对每一个灰树花菌株进行精准鉴定。 展开更多

关键词 灰树花 基因组 SSR 标记开发

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水杉基因组微卫星分析及标记开发 被引量：9

4

作者 张新叶 张亚东 +2 位作者 彭婵 宋丛文 杨彦伶 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第6期160-166,共7页

微卫星（microsatellite）又称简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）,是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个... 微卫星（microsatellite）又称简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）,是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中。基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性, 展开更多

关键词 水杉 基因组 微卫星 标记开发

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大白菜EST-SSR标记开发中非SSR标记的鉴别 被引量：1

5

作者 周新成 刘立峰 +1 位作者 李化银 高建伟 《山东农业科学》 2010年第4期1-3,7,共4页

EST-SSR标记开发过程中经常会遇到一些问题,例如引物重复设计等。本试验对从大白菜EST序列中开发的30个多态性SSR标记产生的多态性条带进行测序,结果发现有一些标记的多态性并不是由于其所含有的简单重复序列重复次数的改变引起的,这类... EST-SSR标记开发过程中经常会遇到一些问题,例如引物重复设计等。本试验对从大白菜EST序列中开发的30个多态性SSR标记产生的多态性条带进行测序,结果发现有一些标记的多态性并不是由于其所含有的简单重复序列重复次数的改变引起的,这类标记约占鉴定标记总数的13%。这些标记实际上属于EST-SCAR标记。在进行SSR变异对基因表达及功能影响方面的研究时,这类非SSR标记应该被排除。 展开更多

关键词 EST—SSR 标记开发 多态性 测序 大白菜

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基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定 被引量：15

6

作者 洪文娟 郝兆祥 +5 位作者 刘康佳 罗华 毕润霞 苑兆和 宗世祥 王君 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期38-47,共10页

【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷... 【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10~252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007~0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。 展开更多

关键词 石榴 基因组 SSR 标记开发 多态性

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普通小麦TaPAPA1基因克隆与特异性标记开发

7

作者 吕广德 高明刚 +2 位作者 李洪娜 郭营 李斯深 《山东农业科学》 2015年第11期12-17,共6页

研究发现锌指(Zinc-finger HIT,Zf-HIT)蛋白在植物的抗逆性方面有重要的调控作用。本研究从普通小麦中克隆到一个含有PAPA-1-like[Pim-1-associated protein-1(PAP-1)-associated protein-1-like]和Zf-HIT结构域的蛋白质基因,命名为Ta P... 研究发现锌指(Zinc-finger HIT,Zf-HIT)蛋白在植物的抗逆性方面有重要的调控作用。本研究从普通小麦中克隆到一个含有PAPA-1-like[Pim-1-associated protein-1(PAP-1)-associated protein-1-like]和Zf-HIT结构域的蛋白质基因,命名为Ta PAPA1。通过测序和序列分析,得到三条g DNA和三条c DNA序列,均包含6个外显子和5个内含子。根据序列间的差异位点设计基因组特异引物,用中国春小麦缺体—四体系将该基因定位在小麦第五同源群。Ta PAPA1-5A、Ta PAPA1-5B和Ta PAPA1-5D的编码序列长度分别为1 473、1 473 bp和1 470 bp,分别编码490、490和489个氨基酸。在5B染色体检测到该基因的一个SNP位点,并开发AS-PCR标记Ta PAPA1-5B-AS1/2。利用RIL(Recombinant inbred line)群体,把该标记定位在D-1207571和D-1100783之间,遗传距离分别是0.51 c M和0.71 c M。 展开更多

关键词 普通小麦 TaPAPA1 锌指蛋白 SNP位点 标记开发 连锁分析

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榧树基因组SSR分子标记开发 被引量：2

8

作者 焦云 邬玉芬 舒巧云 《浙江农业科学》 2020年第11期2336-2337,2341,共3页

基于榧树(Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之... 基于榧树(Torreya grandis)基因组DNA测序数据开发SSR分子标记,利用MISA和Primer 3.0脚本设计SSR引物,从中选择合成20对SSR引物并在10个榧树品种中进行多态性扩增,其中6对引物成功扩增并鉴定到多态性,各个位点的等位基因数量介于4~9个之间,平均等位基因数约为6个,多态信息含量PIC平均值为1.7792。本研究开发的SSR引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建提供依据。 展开更多

关键词 榧树 基因组 SSR 标记开发

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与位点PbBa8.1紧密连锁分子标记的开发及甘蓝型油菜根肿病抗性育种 被引量：33

9

作者 战宗祥 江莹芬 +11 位作者 朱紫媛 张春沙 杨庆勇 李倩 侯照科 龚建芳 程雨贵 吴江生 傅廷栋 周永明 朴钟云 张椿雨 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期766-771,共6页

为培育抗根肿病的甘蓝型油菜新品系,提高油菜抗根肿病能力,以抗病芜菁ECD04(Brassica rapa,AA,2n=20)为供体,结合回交及分子标记辅助选择,将ECD04中抗根肿菌4号生理小种的位点Pb Ba8.1定向地转育到油菜常规品种华双5号(Brassica napus,A... 为培育抗根肿病的甘蓝型油菜新品系,提高油菜抗根肿病能力,以抗病芜菁ECD04(Brassica rapa,AA,2n=20)为供体,结合回交及分子标记辅助选择,将ECD04中抗根肿菌4号生理小种的位点Pb Ba8.1定向地转育到油菜常规品种华双5号(Brassica napus,AACC,2n=38)的遗传背景中。通过将所获得的抗病新品系在多个田间天然病圃进行测试,发现该位点对安徽黄山、湖北枝江、巴东地区的生理小种均表现为单基因显性抗病,由此培育出了ZHE-226抗病新品系。此外,通过借助二代测序技术及比较基因组学研究,还开发了与抗病基因更加紧密连锁的分子标记A08-300。 展开更多

关键词 根肿病 甘蓝型油菜 芜菁 标记开发 分子标记辅助选择

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多倍体植物中单核苷酸多态性(SNPs)的开发 被引量：6

10

作者 贺道华 邢宏宜 +3 位作者 赵俊兴 赵艳宁 齐程 王艳婷 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期485-492,共8页

单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发... 单核苷酸多态性(SNP)是指在基因组水平上由单核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性.在人、拟南芥、水稻等二倍体生物中,已经开发出大量的SNP标记并被用于群体结构分析、关联作图等研究,而在棉花、油菜、小麦等多倍体植物中,SNP的开发与应用却进展迟缓.为促进多倍体植物中SNP的开发,本文对多倍体植物中SNP标记开发所遇到的难题进行了阐述,并对多倍体中SNP标记开发方法进行了梳理,包括位点特异性引物的PCR片段直接测序,利用多倍体的近缘二倍体区分SNPs和部分同源序列间的差异(homoeologous sequence variants,HSVs),利用2代测序技术大规模发掘SNPs,基于公共数据库的序列通过生物信息学分析获取候选SNPs,通过遗传(分离)模式的研究验证SNPs等.利用上述方法可实现多倍体植物中SNP标记的大规模开发. 展开更多

关键词 多倍体 单核苷酸多态性 标记开发 部分同源性

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‘永泰’杨梅亲本鉴定及其单核苷酸多态性遗传变异分析 被引量：3

11

作者 陈方永 胡丹 +2 位作者 颜帮国 倪海枝 王引 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期708-717,共10页

采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic sim... 采用基因组重测序和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)系统进化树构建等方法,研究‘永泰’和9个相关品种的亲缘关系,并开发了4025个SNP核心标记用于遗传和育种研究。根据SNP位点的变异性计算遗传相似系数(genetic similarity,GS),得出‘永泰’与亲本‘硬丝’的GS为0.99783。系统进化树构建结果表明,10个品种分为2组,其中:‘黑晶’‘东岙早梅’‘乌紫’‘荸荠’‘木叶’5个品种聚为一组;‘早大梅’‘早佳’‘软丝’‘永泰’‘硬丝’5个品种聚为一组,且‘硬丝’与变异品种‘永泰’聚为一小支。同时,‘永泰’在叶片大小、叶缘、叶脉等形态学性状和果实口感上与亲本存在显著差异。通过‘永泰’与参考基因组对比注释,共得到4660个单核苷酸变异位点。根据研究结果推断,‘永泰’叶片和果实产生显著形态变异的原因可能是SNP位点产生了转换和颠换以及核苷酸序列发生了突变。由此可见,‘永泰’既有亲本‘硬丝’的基本特征,也有与其形态学和果实口感上存在的典型差异。 展开更多

关键词 杨梅 亲缘关系 单核苷酸多态性标记开发 变异

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