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茶树EST-SSR的信息分析与标记建立
被引量:
87
1
作者
金基强
崔海瑞
+4 位作者
陈文岳
卢美贞
姚艳玲
忻雅
龚晓春
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期17-23,共7页
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,...
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。
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关键词
茶树
EST
SSR信息
标记建立
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职称材料
题名
茶树EST-SSR的信息分析与标记建立
被引量:
87
1
作者
金基强
崔海瑞
陈文岳
卢美贞
姚艳玲
忻雅
龚晓春
机构
浙江大学原子核农业科学研究所
杭州市农业科学院
出处
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006年第1期17-23,共7页
文摘
在1589条茶树EST中,共发掘出了281个EST-SSR,分布于246条EST中,出现频率是17.68%,平均长度为33.06bp,平均分布频率是1/2.61kb。在茶树EST-SSR中,二核苷酸重复是主要的重复类型,出现最多的重复基元类型是AG/CT重复。设计了19对SSR引物,在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。以衍生绝大多数EST-SSR的龙井43DNA为模板,对引物进行了筛选,有16对引物显示扩增,可用率为84.2%;进一步在10个茶树品种中进行多态性测试,显现出多态性的引物占可扩增引物的62.5%。本文研究结果证明了根据茶树EST建立SSR标记是有效、可行的。
关键词
茶树
EST
SSR信息
标记建立
Keywords
tea plant, ESTs, SSR information, marker development
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
Q523 [生物学—生物化学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
茶树EST-SSR的信息分析与标记建立
金基强
崔海瑞
陈文岳
卢美贞
姚艳玲
忻雅
龚晓春
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2006
87
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