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一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析
1
作者
陈俊薇
冯昌增
+4 位作者
楚昭阳
刘煜菡
张名
李丽
马绍辉
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1061-1069,共9页
目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplo...
目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。
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关键词
柯萨奇病毒a组4型
全基因
组
序列
系统进化分析
19
4
R3/YN/CHN/2022
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职称材料
深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
被引量：
10
2
作者
姚相杰
何雅青
+2 位作者
蔡春林
卓菲
杨贵清
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期565-568,573,共5页
目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV...
目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVAl6）、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株（AB268278）、以及台湾2008年分离株（AB571570）核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株（AB571563）、吉林2006年分离株（JQ715709）同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株（GQ253375）同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株（HQ728260）,共有6个氨基酸突变位点：N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。
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关键词
疱疹性咽峡炎
柯萨奇病毒a组4型
VP1序列分析
亚
型
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职称材料
中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
被引量：
7
3
作者
姚学君
姜仁杰
+1 位作者
管书慧
刘秀兰
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第11期1021-1025,共5页
目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核...
目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%～84.1%和92.5%～98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%～100.0%和91.5%～100.0%。结论针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。
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关键词
柯萨奇病毒a组4型
序列分析
分子流行病学
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职称材料
题名
一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析
1
作者
陈俊薇
冯昌增
楚昭阳
刘煜菡
张名
李丽
马绍辉
机构
云南大学生命科学学院
中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室
昆明市妇幼保健院检验科
出处
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1061-1069,共9页
基金
云南省重大科技专项计划项目(202202AA100016)。
文摘
目的了解中国云南2022年分离到的一株柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CVA4)病毒株的全基因组序列特征,探讨CVA4系统发育特征。方法对CVA4分离株194R3/YN/CHN/2022进行全基因组序列扩增测序,并应用Mega 7.0、Geneious 9.1.4及Simplot 3.5.1等软件拼接比对,构建CVA4分离株系统进化树,分析其全基因组序列特征。结果194R3/YN/CHN/2022分离株为CVA4,属于C2基因亚型,与我国近年的优势基因亚型一致。重组分析显示,在P2、P3非结构编码区,CVA4病毒分离株可能与EVA114原型株V13-0285、CVA16原型株G-10、CVA14原型株G-14发生过重组。结论云南分离的194R3/YN/CHN/2022属于CVA4中国流行的C2基因亚型,但发生了一定变异。
关键词
柯萨奇病毒a组4型
全基因
组
序列
系统进化分析
19
4
R3/YN/CHN/2022
Keywords
Coxsackievirus A
4
whole genome sequence
phylogenetic analysis
19
4
R3/YN/CHN/2022
分类号
R373.23 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
被引量：
10
2
作者
姚相杰
何雅青
蔡春林
卓菲
杨贵清
机构
深圳市疾病预防控制中心重大传染病监控实验室
深圳市罗湖区疾病预防控制中心微生物检验科
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第6期565-568,573,共5页
基金
广东省医学科研基金(No.A2013602)~~
文摘
目的对2014年深圳市罗湖区一起疱疹性咽峡炎疫情的病原体进行鉴定,并对鉴定的柯萨奇A4病毒（CVA4）的VP1基因进行序列测定和遗传进化特征分析。方法采集疫情中患儿的咽拭子样本8份,提取病毒核酸,利用荧光RTPCR法检测样本总肠道病毒（EV）、人肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVAl6）、CVA4、CVA6和CVAl0等,对CVA4阳性样本采用RT-PCR方法扩增其VP1区全长序列,并进行核苷酸序列测定和遗传进化分析。结果引起此次疱疹性咽峡炎暴发的病原体为GIB亚型的CVA4病毒。同源性分析显示,深圳2014年CVA4病毒株与云南2004年分离株（AB268278）、以及台湾2008年分离株（AB571570）核苷酸同源性达94.1%~94.8%,而与CVA4原型株HIGHPOINT同源性最低,为84.3%。在氨基酸序列上与台湾2006年分离株（AB571563）、吉林2006年分离株（JQ715709）同源性最高,达99.3%;而与山东省2006年分离株（GQ253375）同源性最低,为97.1%。相比深圳2009年分离株（HQ728260）,共有6个氨基酸突变位点：N22S,T34A,N63S,A165D,T200A和V126A;而进化树分析显示,深圳2014年CVA4病毒株虽属于CVA4的GIB亚型,但在进化走势上,已经不同于GIB亚型中其他地区早期的分离株。结论 2014年深圳地区CVA4病毒属于GIB亚型,但在VP1区变异较大。
关键词
疱疹性咽峡炎
柯萨奇病毒a组4型
VP1序列分析
亚
型
Keywords
herpangina
coxsackievirus A
4
VP1sequence analysis
subtypes
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
被引量：
7
3
作者
姚学君
姜仁杰
管书慧
刘秀兰
机构
盐城市疾病预防控制中心
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第11期1021-1025,共5页
文摘
目的分析中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)流行毒株基因特征和进化规律。方法利用Mega6.0软件对GenBank核苷酸数据库收录的分离于中国大陆地区CV-A4毒株VP1区基因序列进行分析,构建系统进化树,并计算分离毒株核苷酸和氨基酸同源性。结果纳入中国大陆地区CV-A4毒株合计116株,中国大陆地区16个省份CV-A4流行毒株潜在的优势基因型为F。与原型株High Point相比,中国大陆地区CV-A4毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为79.9%～84.1%和92.5%～98.7%,收录中国大陆地区CV-A4毒株间核苷酸和氨基酸同源性分别为82.6%～100.0%和91.5%～100.0%。结论针对中国大陆地区CV-A4毒株流行特征和进化规律,采取有效措施防控手足口病。
关键词
柯萨奇病毒a组4型
序列分析
分子流行病学
Keywords
coxsackievirus A
4
sequence analysis
molecular epidemiology
分类号
R373.2 [医药卫生—病原生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株柯萨奇病毒A组4型云南株的全基因组分析
陈俊薇
冯昌增
楚昭阳
刘煜菡
张名
李丽
马绍辉
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
深圳地区2014年柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
姚相杰
何雅青
蔡春林
卓菲
杨贵清
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
10
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
中国大陆地区柯萨奇病毒A组4型VP1区基因特征分析
姚学君
姜仁杰
管书慧
刘秀兰
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
7
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职称材料
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