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全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制被引量：8: 1; 作者张香媛何超 +6 位作者叶丙雨谢德健师明磊张彦沈文龙李平赵志虎《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期847-855,共9页; Hi-C(highest-throughput chromosome conformation capture)技术是近年出现的一种研究染色质相互作用的关键技术。该技术步骤多、耗时长,涉及的试剂耗材繁杂,目前常规流程还有较多可以改进优化的步骤。本研究以GM12878细胞为材料,通过... 展开更多; 关键词 Hi-C技术染色质相互作用高通量测序; 在线阅读下载PDF 职称材料

β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析被引量：1: 2; 作者肖亦舒许兰 +4 位作者刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成《海南医学院学报》 CAS 2022年第24期1841-1847,共7页; 目的:研究表明β-珠蛋白基因在发育过程中呈现选择表达的转换机制,其上游的基因座位点控制区(LCR)调控了β-珠蛋白基因家族的表达模式。为了深入探究β-珠蛋白基因表达调控的分子网络,本文对其他可能参与调控β-珠蛋白基因表达的远程调... 展开更多; 关键词 Β-珠蛋白基因环形染色体构象捕获染色质相互作用染色体构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

染色质构象捕获及其衍生技术被引量：3: 3; 作者翟侃武治印于典科《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期939-944,共6页; 染色质的构象在基因表达调节方面起重要作用.介绍了染色质构象捕获、环状染色质构象捕获、3C碳拷贝、ChIP-loop、ChIA-PET和Hi-C等技术的基本原理及发展历程,对影响实验结果准确性的主要因素进行了分析.目的是为在三维层面研究基因的表... 展开更多; 关键词染色质空间构象染色质构象捕获基因表达调控染色质相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

lnc1343对小鼠胚胎干细胞多能性的影响及其基因座潜在作用机制: 4; 作者陈绍恢苏光松 +1 位作者陈军吕万革《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期258-269,共12页; 哺乳动物基因组可以转录数以千计的长非编码RNA(longnon-coding RNA,lncRNA),lncRNA能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控.尽管lncRNA在基因表达调控过程中的作用已经毋庸置疑,但目前只有少数lncRNA的功能和作用机制得到了研究... 展开更多; 关键词 lnc1343 lncRNA 胚胎干细胞 Capture C 染色质长远距离相互作用; 在线阅读下载PDF 职称材料

三维基因组学在神经精神疾病领域的研究进展被引量：1: 5; 作者彭文竹陈颀 +2 位作者薛敏玥孙戴静江燕《生理科学进展》 CAS 北大核心 2024年第5期393-401,共9页; 神经精神疾病影响着全球数千万人的生活,成为日益严重的社会问题。遗传是介导神经精神疾病发生的重要因素之一。但是,人群全基因组关联研究(genome-wide association studies, GWAS)检测出的疾病风险位点大多位于基因组的非编码区域,是... 展开更多; 关键词三维基因组神经精神疾病染色质相互作用染色质空间构象; 在线阅读下载PDF 职称材料

雷帕霉素诱导β-珠蛋白家族基因座位重塑调控该基因的转换表达被引量：1: 6; 作者许兰肖亦舒 +4 位作者刘春亚贾炳豪杜乐李冬娜任立成《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1322-1331,共10页; β-珠蛋白基因编码异常导致的β-地中海贫血是许多亚洲国家最常见的血红蛋白病。深入研究珠蛋白基因表达的分子基础和表观遗传机制,是探索治疗地中海贫血新方案的关键。本研究利用FAIRE、3C及ChIP等主要技术方法,探讨雷帕霉素诱导CD4^(... 展开更多; 关键词 β-珠蛋白家族基因染色质重塑染色质相互作用染色质可及性基因表达调控; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制被引量：8: 1; 作者张香媛何超叶丙雨谢德健师明磊张彦沈文龙李平赵志虎; 机构聊城大学生命科学学院军事医学科学院生物工程研究所河南师范大学生命科学学院省部共建细胞分化调控国家重点实验室培育基地; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期847-855,共9页; 基金国家自然科学基金项目(编号:31370762 81372218)资助~~; 文摘 Hi-C(highest-throughput chromosome conformation capture)技术是近年出现的一种研究染色质相互作用的关键技术。该技术步骤多、耗时长,涉及的试剂耗材繁杂,目前常规流程还有较多可以改进优化的步骤。本研究以GM12878细胞为材料,通过优化常规Hi-C实验中的交联、酶切、限制性内切酶的失活、末端生物素标记、原位连接等关键步骤,建立了稳健的Hi-C流程,制备了相应的Hi-C文库。文库经初步的Sanger测序等质量控制以后,两个生物学重复文库进行了高通量测序。测序结果利用生物信息学处理发现:原始测序数据中可比对率和配对率分别达到90%和72%左右。此外,去除自连片段(self-circular ligation)和dangling-ends片段以后,可获得超过96%的有效相互作用对,其中染色体内相互作用数据达到60%。进一步的染色体相互作用热图分析可见清晰拓扑学相关结构域TADs(topologically associated domains),与已发表的文献报道一致。而两次生物学重复之间的相关性分析则表明bin coverage和all bin pairs的相关性都极强。上述结果表明通过对常规Hi-C流程关键步骤的优化,本研究建立了高效、稳健、可靠的Hi-C流程,对Hi-C技术的进一步使用与推广具有重要的参考价值。; 关键词 Hi-C技术染色质相互作用高通量测序; Keywords Hi-C chromatin interaction high-throughput sequencing; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析被引量：1: 2; 作者肖亦舒许兰刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成; 机构海南医学院生物学教研室; 出处《海南医学院学报》 CAS 2022年第24期1841-1847,共7页; 基金国家自然科学基金项目(31660318) 海南省自然科学基金高层次人才项目(820RC638) 海南省研究生创新课题(Hys2020-377)。; 文摘目的:研究表明β-珠蛋白基因在发育过程中呈现选择表达的转换机制,其上游的基因座位点控制区(LCR)调控了β-珠蛋白基因家族的表达模式。为了深入探究β-珠蛋白基因表达调控的分子网络,本文对其他可能参与调控β-珠蛋白基因表达的远程调控元件进行筛选,对β-珠蛋白基因动态调控转换机制进行深入研究。方法:早幼粒细胞经全反式维甲酸诱导分化,以β-珠蛋白基因启动子区及LCR作为环形染色体构象捕获(4C)技术分析的靶位点,通过测序技术与调控元件分析结合,在全基因组筛选与β-珠蛋白家族基因座位发生相互作用关系的位点。结果:根据4C测序结果,筛选出与HBD启动子区及LCR存在相互作用关系的位点。通过染色体构象捕获(3C)验证,结果与测序结果一致。通过甲醛辅助分离调控元件技术及Epiregio在线网站对调控元件功能性分析,结果表明筛选位点AC105129.4、AL354707.17、AC078785.22及AC021646.35均为潜在的参与β-珠蛋白基因调控元件。结论:4C筛选位点与锚定位点相互作用表明了β-珠蛋白家族基因座位在细胞核内复杂的空间组织形式。; 关键词 Β-珠蛋白基因环形染色体构象捕获染色质相互作用染色体构象捕获; Keywords Globin gene Circular chromosome conformation capture Chromatin interaction Chromosome conformation capture; 分类号 R346 [医药卫生—基础医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名染色质构象捕获及其衍生技术被引量：3: 3; 作者翟侃武治印于典科; 机构中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所病因及癌变研究室中国生物技术发展中心; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第9期939-944,共6页; 文摘染色质的构象在基因表达调节方面起重要作用.介绍了染色质构象捕获、环状染色质构象捕获、3C碳拷贝、ChIP-loop、ChIA-PET和Hi-C等技术的基本原理及发展历程,对影响实验结果准确性的主要因素进行了分析.目的是为在三维层面研究基因的表达调控介绍新的研究手段,为功能研究提供新思路,也为相关技术的应用提供理论参考.; 关键词染色质空间构象染色质构象捕获基因表达调控染色质相互作用; Keywords chromosome conformation, chromosome conformation capture, gene regulation, chromatin interaction; 分类号 Q75 [生物学—分子生物学] Q-33 [生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名lnc1343对小鼠胚胎干细胞多能性的影响及其基因座潜在作用机制: 4; 作者陈绍恢苏光松陈军吕万革; 机构南开大学生命科学学院; 出处《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期258-269,共12页; 基金国家自然科学基金项目(31530027,31470779,31701129).; 文摘哺乳动物基因组可以转录数以千计的长非编码RNA(longnon-coding RNA,lncRNA),lncRNA能够在多种层次以灵活的方式对基因表达进行调控.尽管lncRNA在基因表达调控过程中的作用已经毋庸置疑,但目前只有少数lncRNA的功能和作用机制得到了研究.lnc1343是一条由小核仁RNA宿主基因3所转录的lncRNA,其表达失调与许多人类疾病有密切关联.研究结果表明lnc1343能够通过自身转录本来调控小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells,mESCs)的多能性维持,CRISPR-cas9介导的lnc1343的转录起始位点和基因座的敲除显著降低了多能性基因(Nanog,Sox2,Oct4)的表达,同时也能通过邻近调控相邻基因Rcc1的表达.此外,通过对Chip-seq数据库的分析,发现lnc1343基因座位存在大量的H3K27ac以及H3K4mel的表观遗传修饰,通过Capture C实验捕获与lnc1343基因座位相互作用的DNA区域,发现大部分相互作用区域位于基因的启动子区,表明lnc1343基因座位可能发挥增强子功能,通过长距离染色质相互作用调控基因表达,进而调控mESCs多能性.总之,lnc1343不仅可以通过自身的转录剪切形成的lncRNA来调控mESCs的多能性,同时也能通过其基因座位调控染色质的长远距离相互作用.; 关键词 lnc1343 lncRNA 胚胎干细胞 Capture C 染色质长远距离相互作用; Keywords lnc1343 lncRNA mESCs Capture C long-range chromatin interaction; 分类号 Q753 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名三维基因组学在神经精神疾病领域的研究进展被引量：1: 5; 作者彭文竹陈颀薛敏玥孙戴静江燕; 机构复旦大学脑科学研究院复旦大学基础医学院; 出处《生理科学进展》 CAS 北大核心 2024年第5期393-401,共9页; 基金国家自然科学基金(81971272,32170601) 国家重点研发计划(2021ZD0203000)资助课题。; 文摘神经精神疾病影响着全球数千万人的生活,成为日益严重的社会问题。遗传是介导神经精神疾病发生的重要因素之一。但是,人群全基因组关联研究(genome-wide association studies, GWAS)检测出的疾病风险位点大多位于基因组的非编码区域,是目前进一步鉴定疾病风险基因及推动发病机制研究的瓶颈所在。三维基因组学(three-dimensional genomics)关注染色质空间构象及基因组序列的远程相互作用,相关技术的开发和应用为建立疾病风险位点与靶向基因间的关联提供直接证据,拓展了疾病风险基因的鉴定。与此同时,疾病风险位点与基因相互作用的细胞特异性为理解疾病的发生机制提供了全新思路。最后,染色质空间构象重塑可调控集群基因的转录表达,可能参与介导疾病的表型复杂性及异质性。本文在简单介绍三维基因组学的基础概念和应用的基础上,重点总结及分析其在神经精神疾病领域的研究进展,主要包括精神分裂症(schizophrenia, SCZ)、阿尔茨海默病(Alzheimer's disease, AD)和孤独症谱系障碍(autism spectrum disorder, ASD),为相关疾病的发病机制研究提供新思路。; 关键词三维基因组神经精神疾病染色质相互作用染色质空间构象; Keywords 3D genome neuropsychiatric disorders chromatin interaction chromatin architectures; 分类号 R741 [医药卫生—神经病学与精神病学] R749 [医药卫生—神经病学与精神病学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名雷帕霉素诱导β-珠蛋白家族基因座位重塑调控该基因的转换表达被引量：1: 6; 作者许兰肖亦舒刘春亚贾炳豪杜乐李冬娜任立成; 机构海南医学院生物学教研室; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1322-1331,共10页; 基金海南省自然科学基金项目(No.820RC638) 国家自然科学基金项目(No.31660318) 校级研究生创新科研课题(No.HYYS2020-10)资助。; 文摘 β-珠蛋白基因编码异常导致的β-地中海贫血是许多亚洲国家最常见的血红蛋白病。深入研究珠蛋白基因表达的分子基础和表观遗传机制,是探索治疗地中海贫血新方案的关键。本研究利用FAIRE、3C及ChIP等主要技术方法,探讨雷帕霉素诱导CD4^(+)T细胞核内染色质重塑过程中,β-珠蛋白家族基因座位的三维相互作用网络及其重塑在功能上调控基因表达的分子机制。结果显示,雷帕霉素处理浓度从低到高的变化过程中,珠蛋白基因染色质的开放程度、基因启动子区与调控元件LCR之间的相互作用频率以及CTCF在基因启动子区的富集效率发生不同的改变,这种变化导致了基因表达模式也呈现相同的变化趋势。10 nmol/L浓度处理时,染色质可及性降低,基因表达下降(P<0.05);20 nmol/L和50 nmol/L浓度时,染色质可及性增加,基因表达上调(P<0.05)。本研究通过这种动态的变化过程阐述了β-珠蛋白家族基因表达转换调控的分子机制,为临床精准治疗提供了理论与临床实践基础。; 关键词 β-珠蛋白家族基因染色质重塑染色质相互作用染色质可及性基因表达调控; Keywords β-globin genes family chromatin remodeling chromatin interactions chromatin accessibil-ity regulation of gene expression; 分类号 R556.7 [医药卫生—血液循环系统疾病]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制	张香媛何超叶丙雨谢德健师明磊张彦沈文龙李平赵志虎	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2017	8	在线阅读下载PDF 职称材料
2	β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析	肖亦舒许兰刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成	《海南医学院学报》 CAS	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	染色质构象捕获及其衍生技术	翟侃武治印于典科	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2010	3	在线阅读下载PDF 职称材料
4	lnc1343对小鼠胚胎干细胞多能性的影响及其基因座潜在作用机制	陈绍恢苏光松陈军吕万革	《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2021	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	三维基因组学在神经精神疾病领域的研究进展	彭文竹陈颀薛敏玥孙戴静江燕	《生理科学进展》 CAS 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	雷帕霉素诱导β-珠蛋白家族基因座位重塑调控该基因的转换表达	许兰肖亦舒刘春亚贾炳豪杜乐李冬娜任立成	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料