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植物三维染色质构型研究进展
被引量：
2
1
作者
董芊里
王金宾
+1 位作者
李晓宠
宫磊
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期73-86,共14页
染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质...
染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质构型的研究中,并以新的角度定义了包括:染色体(质)域(chromosome territory)、A/B染色质区室(compartment A/B)、拓扑偶联结构域(topological associated domains,TADs)、染色质环(chromatin loops)等在内的多个更为精细的染色质构型。利用以上两种主流技术,越来越多的植物物种染色质构型特征被鉴定、分析和比较。本文系统分析和总结了近年来以植物细胞为模型的细胞核染色构型领域取得的重要成果,包括各级染色质构型特征的组成、建立机制和主要影响因素等。在此基础上,分析了目前研究植物染色质构型技术的瓶颈和突破性的技术进展,并对后续研究主要关注的问题和研究内容进行了展望,以期为相关领域的研究提供更多的理论参考和依据。
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关键词
染色质
构型
高通量
染色质
构象捕获测序
末端配对标签测序
染色质
区室
拓扑
偶联
结构域
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职称材料
原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
被引量：
15
2
作者
翟亚男
许泉
+1 位作者
郭亚
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期323-336,共14页
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)...
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。
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关键词
原钙粘蛋白基因簇
转录因子CTCF
CTCF结合位点
染色质拓扑结构域ccd
基因表达调控
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职称材料
题名
植物三维染色质构型研究进展
被引量：
2
1
作者
董芊里
王金宾
李晓宠
宫磊
机构
东北师范大学生命科学学院分子表观遗传学教育部重点实验室
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第1期73-86,共14页
基金
国家重点研发计划项目(编号：2016YFD0101004)
国家自然科学基金项目(编号：31670220)
2015“长白山学者计划”特聘教授专项资助~~
文摘
染色质在细胞核内的缠绕、折叠及其在细胞核内的空间排布是真核生物染色质构型的主要特征。在经典DNA探针荧光原位杂交显微观察的基础上,基于新一代测序技术的Hi-C及ChIA-PET染色质构型捕获技术已经被广泛应用于动物及植物细胞核染色质构型的研究中,并以新的角度定义了包括:染色体(质)域(chromosome territory)、A/B染色质区室(compartment A/B)、拓扑偶联结构域(topological associated domains,TADs)、染色质环(chromatin loops)等在内的多个更为精细的染色质构型。利用以上两种主流技术,越来越多的植物物种染色质构型特征被鉴定、分析和比较。本文系统分析和总结了近年来以植物细胞为模型的细胞核染色构型领域取得的重要成果,包括各级染色质构型特征的组成、建立机制和主要影响因素等。在此基础上,分析了目前研究植物染色质构型技术的瓶颈和突破性的技术进展,并对后续研究主要关注的问题和研究内容进行了展望,以期为相关领域的研究提供更多的理论参考和依据。
关键词
染色质
构型
高通量
染色质
构象捕获测序
末端配对标签测序
染色质
区室
拓扑
偶联
结构域
Keywords
chromatin architecture
high-throughput chromosome conformation capture(Hi-C)
chromatin interaction analysis by paired-end tag sequencing(ChIA-PET)
compartment A/B
topological associated domains(TAD)
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
被引量：
15
2
作者
翟亚男
许泉
郭亚
吴强
机构
上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学研究中心
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第4期323-336,共14页
基金
国家自然科学基金项目(编号:91519302)资助~~
文摘
哺乳动物中原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多个串联排列的基因,这些基因形成3个紧密相连的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所编码的原钙粘蛋白质群在神经元多样性(Neuronal diversity)和单细胞特异性(Single cell identity)以及神经突触信号转导中发挥重要作用。前期的工作已证实转录因子CTCF(CCCTC-binding factor)与CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)的方向性结合能够决定增强子和启动子环化的方向以及其远距离交互作用的特异性,并进一步在Pcdh基因座(Locus)形成两个(Pcdh?和Pcdh?)染色质拓扑结构域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色质拓扑结构域对于控制基因表达调控至关重要。本文通过生物信息学方法对比人类和小鼠序列,发现Pcdh??染色质拓扑结构域调控区域中的DNase I超敏位点(DNase I hypersensitive sites,HSs)较为保守。染色质免疫沉淀及大规模测序实验(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位点在Pcdh??调控区域中成簇分布并且具有相同的方向。凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)确定Pcdh??调控区域内具体的42 bp CBS位点并且发现一个CTCF峰包含两个CBS位点。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。
关键词
原钙粘蛋白基因簇
转录因子CTCF
CTCF结合位点
染色质拓扑结构域ccd
基因表达调控
Keywords
protocadherin
transcription factor CTCF
CTCF-binding site
CTCF/cohesin-mediated chromatin domain
regulation of gene expression
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
植物三维染色质构型研究进展
董芊里
王金宾
李晓宠
宫磊
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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职称材料
2
原钙粘蛋白基因簇调控区域中成簇的CTCF结合位点分析
翟亚男
许泉
郭亚
吴强
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2016
15
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