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家蚕含染色质域基因Bm-msl3的克隆和转录活性检测
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作者 孔卫青 杨金宏 +1 位作者 艾均文 朱勇 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第2期181-186,共6页
染色质域是从酵母到哺乳动物的真核生物中普遍存在的一个保守的基因元件,参与染色质重组和基因表达调节。根据NCB I登录的果蝇和人的MSL3序列以及家蚕的基因组与EST数据库克隆了家蚕含染色质域的基因Bm-msl3(GenBank登陆号:DQ887343)。... 染色质域是从酵母到哺乳动物的真核生物中普遍存在的一个保守的基因元件,参与染色质重组和基因表达调节。根据NCB I登录的果蝇和人的MSL3序列以及家蚕的基因组与EST数据库克隆了家蚕含染色质域的基因Bm-msl3(GenBank登陆号:DQ887343)。该基因mRNA序列全长2 356 bp,在2 168 bp处有1个AAATATTA加尾信号,基因的编码区长1 665 bp,包括13个外显子。推定的蛋白质编码554个氨基酸,序列的N端含有一个保守染色质域。RT-PCR检测表明该基因在所调查的家蚕发育时期和组织中均有表达。 展开更多
关键词 家蚕 Bm-msl3基因 染色质域 转录活性
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CHD蛋白家族两类染色质域CD1和CD2的进化差异研究
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作者 卢从德 杨金宏 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第11期5528-5530,5545,共4页
[目的]研究CHD蛋白家族2类染色质域CD1和CD2的进化差异。[方法]对获得的19个CHD蛋白基因的2类染色质域CD1和CD2进行氨基酸序列多态性、GC含量、密码子偏性差异和相对进化速率分析,并构建NJ系统进化树,研究不同CHD基因之间和CD1、CD2之... [目的]研究CHD蛋白家族2类染色质域CD1和CD2的进化差异。[方法]对获得的19个CHD蛋白基因的2类染色质域CD1和CD2进行氨基酸序列多态性、GC含量、密码子偏性差异和相对进化速率分析,并构建NJ系统进化树,研究不同CHD基因之间和CD1、CD2之间的发生关系。[结果]发现2类染色质域之间存在进化的差异是由所受选择性压力的不同造成的,其中CD1由于功能上的选择压力小而比CD2进化的快。[结论]在不同的物种和基因中CD1和CD2的进化差异存在普遍性。 展开更多
关键词 CHD家族蛋白 染色质域 进化差异
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基于绝缘密度HiCID算法的染色质接触域边界检测 被引量:1
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作者 黄月月 丰继华 +1 位作者 刘珂 范力栋 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期105-111,共7页
针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋... 针对现有基于Hi-C数据的接触域边界检测算法进行改进,提出用绝缘密度统计量来表征接触域边界强度变化的绝缘密度算法(Hi-C insulation density,HiCID)。HiCID算法将网络增强技术嵌入预处理过程对原始Hi-C数据进行降噪,根据绝缘子结合蛋白(CTCF)与组蛋白修饰的富集丰度确定域边界筛选阈值,同时为不同分辨率Hi-C数据优化选择滑动窗口的大小和数量。实验结果表明,提出的接触域边界检测算法在一致性和准确性上均优于HiCDB算法,具有不依赖于特定物种的可移植性特点,且算法随Hi-C数据分辨率提高表现出更好的性能。 展开更多
关键词 染色质接触 定向分化 网络增强 绝缘密度算法 绝缘子结合蛋白
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家蚕Bm-mrg15基因的克隆与序列分析
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作者 孔卫青 杨金宏 朱勇 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期56-61,共6页
含MRG结构域的基因大多在基因的转录调节中起着重要作用.利用电子克隆,在家蚕中得到了一个含MRG结构域的基因Bm-MRG15,并对其进行了克隆测序和序列分析.该基因cDNA长1113bp,有6个外显子,编码区长1020bp,序列的1091bp处有2个重叠的poly(A... 含MRG结构域的基因大多在基因的转录调节中起着重要作用.利用电子克隆,在家蚕中得到了一个含MRG结构域的基因Bm-MRG15,并对其进行了克隆测序和序列分析.该基因cDNA长1113bp,有6个外显子,编码区长1020bp,序列的1091bp处有2个重叠的poly(A)加尾信号.推定的蛋白质编码339个氨基酸,N端含有一个染色质域,序列内有5个保守的结构域.RT-PCR显示该基因在所检测家蚕的各时期和组织中均有表达. 展开更多
关键词 家蚕 MRG 染色质域 外显子/内含子
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CRISPR/Cas9敲除CHD5基因促进前列腺癌细胞增殖 被引量:1
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作者 熊仕琳 严启滔 +2 位作者 彭羿骐 黄胜 赵蕊 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期850-857,共8页
染色质域解旋酶DNA结合蛋白5(chromodomain helicase DNA binding protein 5,CHD5)是人类肿瘤中一个重要的抑癌基因,是肿瘤抑制网络的控制开关,但是它在前列腺癌发生发展中的作用却少有研究。本研究利用CRISPR/Cas9技术敲除前列腺癌细胞... 染色质域解旋酶DNA结合蛋白5(chromodomain helicase DNA binding protein 5,CHD5)是人类肿瘤中一个重要的抑癌基因,是肿瘤抑制网络的控制开关,但是它在前列腺癌发生发展中的作用却少有研究。本研究利用CRISPR/Cas9技术敲除前列腺癌细胞PC-3中CHD5基因,探索敲除CHD5基因对PC-3细胞增殖能力的影响。研究根据CRISPR/Cas9靶点设计规则设计了3组特异性sgRNA,连接到pLenti-U6-sgRNA-SFFV-Cas9-2A-Puro质粒构建表达载体。测序鉴定后将重组表达载体转染293T细胞包装慢病毒。包装慢病毒滴度分别为CHD5-sgRNA-17.84×10^9 TU/mL,CHD5-sgRNA-25.83×10^9 TU/mL,CHD5-sgRNA-35.23×10^9 TU/mL。用CHD5-sgRNA慢病毒感染PC-3细胞,嘌呤霉素筛选阳性细胞,Western印迹检测CHD5蛋白的表达水平,CCK-8、克隆形成实验以及细胞周期检测对PC-3细胞增值能力的影响。Western印迹结果显示,CHD5-sgRNA-1组CHD5蛋白质水平无明显变化,CHD5-sgRNA-2组和CHD5-sgRNA-3组CHD5蛋白质表达水平显著低于空白组和阴性对照组,成功获得稳定敲除CHD5基因的PC-3细胞系,其中感染CHD5-sgRNA-2的PC-3细胞中CHD5蛋白水平最低,用于后续研究。CCK-8结果显示,敲除CHD5促进PC-3细胞的增殖能力。空白组、阴性对照组以及CHD5-gRNA-2组的克隆数分别为(32.50±1.50)、(35.33±2.02)和(50.83±4.25)。细胞周期分析结果显示,G2/M期细胞分别为(7.56±0.59)%、(8.33±0.61)%和(27.21±1.04)%,差异均有统计学意义(P<0.01)。Western印迹证实,CHD5敲除后,G2/M期周期相关蛋白质细胞周期蛋白B1、cdc25C和cdc2的表达量增加,phospho-cdc25C、phospho-cdc2以及p21的表达水平下降(P<0.05)。以上结果表明,CHD5敲除的PC-3细胞系构建成功,CHD5表达缺失通过上调细胞周期蛋白B1、去磷酸化cdc25C、cdc2以及下调p21表达促进前列腺癌PC-3细胞增殖。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 染色质域解旋酶DNA结合蛋白5 慢病毒 前列腺癌
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日观察到DNA在细胞中呈不规则结构的证据
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《生物学教学》 北大核心 2017年第12期70-70,共1页
据2017年7月21日《科技日报》报道,日本国立遗传学研究所前岛一博与野崎慎研究团队,利用设计的超分辨率荧光显微镜观察单个的核小体,并首次发现:细胞核中多数核小体呈不规则折叠,形成直径约为160 nm的紧凑块状物(染色质域)的动态情形... 据2017年7月21日《科技日报》报道,日本国立遗传学研究所前岛一博与野崎慎研究团队,利用设计的超分辨率荧光显微镜观察单个的核小体,并首次发现:细胞核中多数核小体呈不规则折叠,形成直径约为160 nm的紧凑块状物(染色质域)的动态情形,而非有规律的染色质纤维; 展开更多
关键词 细胞核 不规则结构 DNA 证据 《科技日报》 染色质域 显微镜观察 超分辨率
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