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利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
被引量：
3
1
作者
董小明
郑巍薇
+3 位作者
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期578-584,共7页
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chro...
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.
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关键词
红系分化相关基因(EDAG)
染色体
免疫共沉淀-高通量
测
序
(ChIP-seq)
CD34+细胞
生物信息学分析
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职称材料
新方法突破复杂基因组装配瓶颈
2
作者
朱云芬
《中国家禽》
北大核心
2013年第23期1-1,共1页
尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功...
尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功将其应用于复杂基因组。研究者利用这一技术给人类基因组的未完成区域补上了65个DNA片段。相关研究成果2013年11月发表于《Nature Biotechnology》。
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关键词
基因组
序
列
装配过程
DNA
序
列
染色体测序
相互作用
物种特异性
DNA片段
测
序
技术
在线阅读
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职称材料
题名
利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
被引量：
3
1
作者
董小明
郑巍薇
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
军事医学科学院放射与辐射医学研究所
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期578-584,共7页
基金
优秀青年科学基金(No.81222005)项目资助~~
文摘
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.
关键词
红系分化相关基因(EDAG)
染色体
免疫共沉淀-高通量
测
序
(ChIP-seq)
CD34+细胞
生物信息学分析
Keywords
erythroid differentiation-associated gene （EDAG）
ChIP-seq
CD34
cells
bioinformatics
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
新方法突破复杂基因组装配瓶颈
2
作者
朱云芬
出处
《中国家禽》
北大核心
2013年第23期1-1,共1页
文摘
尽管DNA测序技术取得了巨大进步,但复杂基因组的装配仍然面临巨大挑战,特别是在使用短片段测序的情况下,会产大量的短DNA片段。美国麻省大学医学院(UMMS)的研究人员利用DNA相互作用的频率数据,开发了更快更准确的基因组装配方法,并成功将其应用于复杂基因组。研究者利用这一技术给人类基因组的未完成区域补上了65个DNA片段。相关研究成果2013年11月发表于《Nature Biotechnology》。
关键词
基因组
序
列
装配过程
DNA
序
列
染色体测序
相互作用
物种特异性
DNA片段
测
序
技术
分类号
Q987 [生物学—遗传学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
董小明
郑巍薇
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
新方法突破复杂基因组装配瓶颈
朱云芬
《中国家禽》
北大核心
2013
0
在线阅读
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职称材料
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