检索结果-维普期刊中文期刊服务平台

染色体构象捕获技术在造血分化调控研究中的进展: 1; 作者谭云刘静秋王侃侃《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1369-1372,共4页; 最新研究显示基因组空间结构对转录调控起着关键的作用。以造血分化过程为例,三维调控网络能更真实、精确地呈现造血特异的关键转录因子调控的组织方式和动态过程。革新的染色体构象捕获技术的发展和延伸为解析不同染色体间的调控元件... 展开更多; 关键词染色体构象捕获造血分化染色质空间结构; 在线阅读下载PDF 职称材料

DLO Hi-C染色体构象捕获技术被引量：1: 2; 作者林达洪萍 +1 位作者李国亮曹罡《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期577-579,共3页; 基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发... 展开更多; 关键词三维基因组染色体构象捕获 Hi-C DLO Hi-C(酶切酶连Hi-C) 染色体易位; 在线阅读下载PDF 职称材料

染色体空间构象研究:技术、应用与挑战: 3; 作者王仁杰胡梦梦杨坤《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期921-933,共13页; 染色体在细胞核中的空间构象对于基因的表达、DNA的复制、DNA的损伤修复以及基因的稳定性具有至关重要的作用,了解染色体在细胞核中的空间构象是研究疾病发生发展的关键所在。但目前对于染色体空间构象的变化规律的认识依然不足,束缚了... 展开更多; 关键词染色体构象染色体构象捕获荧光显微镜; 在线阅读下载PDF 职称材料

融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构被引量：1: 4; 作者赵凤娇钟诚《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2023年第4期724-730,共7页; 通过卷积神经网络建模,利用染色体的原始相互作用频率(IF)矩阵中的值推断矩阵邻近区域,以降低矩阵的稀疏程度形成相对稠密矩阵;将相对稠密矩阵转换为距离矩阵,构建加权无向图,计算图中任意两个顶点之间的最短路径,以补全矩阵剩余未知部... 展开更多; 关键词染色体三维重构卷积神经网络最短路径多维缩放高通量染色体构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

家养动物空间基因组学研究进展: 5; 作者常江浩黄永震 +4 位作者岳怡冰张国文高雪雷初朝张君《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(flu... 展开更多; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术遗传改良; 在线阅读下载PDF 职称材料

β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析被引量：1: 6; 作者肖亦舒许兰 +4 位作者刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成《海南医学院学报》 CAS 2022年第24期1841-1847,共7页; 目的:研究表明β-珠蛋白基因在发育过程中呈现选择表达的转换机制,其上游的基因座位点控制区(LCR)调控了β-珠蛋白基因家族的表达模式。为了深入探究β-珠蛋白基因表达调控的分子网络,本文对其他可能参与调控β-珠蛋白基因表达的远程调... 展开更多; 关键词 Β-珠蛋白基因环形染色体构象捕获染色质相互作用染色体构象捕获; 在线阅读下载PDF 职称材料

SYBR Green荧光定量PCR法对BCL11B基因座位相互作用位点的验证分析: 7; 作者任立成孙元田 +3 位作者张云霞苏振宇杨智李冬娜《海南医学院学报》 CAS 2013年第1期1-4,共4页; 目的:研究在不同类型细胞核中,位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用关系。方法:通过SYBR Green荧光实时定量PCR法,分别对MCF-7和Jurkat细胞的3C(染色体构象捕获)样品进行定量分析,分析分别位于不同染色体上的BCL11B... 展开更多; 关键词 BCL11B基因座位染色体构象捕获 TaqMan探针法定量PCR SYBR Green荧光实时定量PCR; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名染色体构象捕获技术在造血分化调控研究中的进展: 1; 作者谭云刘静秋王侃侃; 机构上海交通大学医学院附属瑞金医院、上海血液学研究所; 出处《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期1369-1372,共4页; 文摘最新研究显示基因组空间结构对转录调控起着关键的作用。以造血分化过程为例,三维调控网络能更真实、精确地呈现造血特异的关键转录因子调控的组织方式和动态过程。革新的染色体构象捕获技术的发展和延伸为解析不同染色体间的调控元件、同一染色体内的不同调控元件以及核内染色质功能性组分之间的转录调控的空间结构提供了研究手段。本文详细介绍了染色体构象捕获技术和在此基础上衍生的高通量组学技术的发展,以及这些技术在造血分化过程中的应用。; 关键词染色体构象捕获造血分化染色质空间结构; Keywords chromosome conformation capture hematopoiesis chromatin structure; 分类号 R343.2 [医药卫生—基础医学] Q462 [生物学—生理学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名DLO Hi-C染色体构象捕获技术被引量：1: 2; 作者林达洪萍李国亮曹罡; 机构华中农业大学农业微生物学国家重点实验室华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室; 出处《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期577-579,共3页; 基金国家重点基础研究专项基金(2016YFA0102500) 国家自然科学基金项目(31771402); 文摘基因组三维结构在DNA复制、DNA损伤修复、基因转录调控中扮演着重要的角色。Hi-C是目前研究基因组三维结构的主要手段之一,但是存在背景噪音大、试验成本高、试验流程繁琐,缺乏对随机连接噪音的评价等缺陷,因而限制了三维基因组学的发展。为此,我们开发了一种简单经济的染色体构象捕获技术,即DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C)。该技术去掉了生物素标记的步骤,只需要2轮简单的酶切酶连反应即可构建高质量的DLO Hi-C测序文库。为了评价文库中的随机连接噪音的比例,我们在文库构建步骤中加入了噪音评价的步骤。研究结果显示,与当前的in situ Hi-C等方法比较,我们的DLO Hi-C试验时间短、试验成本低、测序成本低,有更多的有效交互数据。将DLO Hi-C应用于肿瘤细胞系,我们找到了已知和新的基因组结构变异。所以,我们希望DLO Hi-C技术将对研究染色体的三维构象、基因的转录调控及基因组的组装有重要的促进作用。; 关键词三维基因组染色体构象捕获 Hi-C DLO Hi-C(酶切酶连Hi-C) 染色体易位; Keywords 3D genome chromosome conformation capture Hi-C DLO Hi-C(digestion-ligation-only Hi-C) chromosomal translocation; 分类号 Q756 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名染色体空间构象研究:技术、应用与挑战: 3; 作者王仁杰胡梦梦杨坤; 机构河南工业大学材料科学与工程学院河南中医药大学第一附属医院; 出处《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第7期921-933,共13页; 基金国家自然科学基金青年基金项目(No.32000388) 河南省科技厅自然科学项目(No.232102310010) +2 种基金河南省中医药科学研究专项(No.2022JDZX095)资助。; 文摘染色体在细胞核中的空间构象对于基因的表达、DNA的复制、DNA的损伤修复以及基因的稳定性具有至关重要的作用,了解染色体在细胞核中的空间构象是研究疾病发生发展的关键所在。但目前对于染色体空间构象的变化规律的认识依然不足,束缚了对染色体空间构象与疾病关系的研究。其主要原因在于高分辨率研究染色体空间构象的技术有待进一步发展与完善。本文简要介绍了染色体的基本空间组织结构,并详细介绍了非活体细胞染色体空间构象研究技术荧光原位杂交技术(FISH)和染色体构象捕获技术(3C及其衍生技术)的应用及相关研究成果。为了能够更加准确地实时观察染色体的空间构象及其动态变化,采用活体细胞进行研究势在必行,因此,本文又详细介绍了基于荧光显微技术的定位追踪技术,以及染色体动力学追踪技术在染色体空间构象研究方面的应用及相关成果。最后,针对各种技术的优缺点,本文对目前各种技术研究染色体空间构象存在的问题以及对今后的研究方向给出了建议。; 关键词染色体构象染色体构象捕获荧光显微镜; Keywords chromosome conformation chromosome conformation capture(3C) fluorescence microscope; 分类号 Q7 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构被引量：1: 4; 作者赵凤娇钟诚; 机构广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2023年第4期724-730,共7页; 基金国家自然科学基金项目(61962004,61462005)资助。; 文摘通过卷积神经网络建模,利用染色体的原始相互作用频率(IF)矩阵中的值推断矩阵邻近区域,以降低矩阵的稀疏程度形成相对稠密矩阵;将相对稠密矩阵转换为距离矩阵,构建加权无向图,计算图中任意两个顶点之间的最短路径,以补全矩阵剩余未知部分的值,形成完整距离矩阵;运用多维缩放方法在完整距离矩阵上推断出染色体三维结构.在高通量染色体构象捕获(Hi-C)数据上的实验结果表明,相较于已有的代表性同类算法,本文给出的算法能够获得更小的均方根误差值、更大的Pearson相关系数值,所重构的染色体三维结构与真实结构更相似.; 关键词染色体三维重构卷积神经网络最短路径多维缩放高通量染色体构象捕获; Keywords chromosome three-dimensional reconstruction convolution neural network shortest path multidimensional scaling high-throughput chromosome conformation capture; 分类号 TP301 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名家养动物空间基因组学研究进展: 5; 作者常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君; 机构西北农林科技大学动物科技学院青海大学畜牧兽医科学院中国农业科学院北京畜牧兽医研究所; 出处《中国牛业科学》 2025年第3期66-71,共6页; 基金国家重点研发计划项目(2022YFD1602310) 科技创新2030-重大项目(2023ZD040480206) 国家现代农业产业技术体系项目(CARS-37)。; 文摘介绍了空间基因组学的基本概念及其在家养动物研究中的应用价值,简述了染色体构象捕获(chromosome conformation capture,3C)技术、高通量染色体构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)、超分辨成像和原位测序等技术的研究原理及其进展,回顾了上述技术在揭示基因组三维构象与基因调控、细胞代谢及疾病机制中的作用,分析了空间基因组学在家养动物(如牛、羊、猪、鸡)中的具体应用,例如Hi-C技术解析牛肌肉发育的染色质动态重组,以及FISH技术助力猪胚胎发育的空间基因组重编程研究。指出尽管数据处理复杂和技术要求高,空间基因组学仍为家畜遗传改良和疾病治疗提供了全新视角,未来可通过提升技术分辨率和降低成本,进一步拓展其在家畜育种中的应用。分析表明,空间基因组学不仅深化了对家养动物遗传机制的理解,还为高产、抗病品种选育提供了新策略。; 关键词家养动物空间基因组学三维基因组构象高通量染色体构象捕获(Hi-C)技术遗传改良; Keywords domestic animals spatial genomics three-dimensional genome conformation Hi-C technology genetic improvement; 分类号 S813.3 [农业科学—畜牧学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析被引量：1: 6; 作者肖亦舒许兰刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成; 机构海南医学院生物学教研室; 出处《海南医学院学报》 CAS 2022年第24期1841-1847,共7页; 基金国家自然科学基金项目(31660318) 海南省自然科学基金高层次人才项目(820RC638) 海南省研究生创新课题(Hys2020-377)。; 文摘目的:研究表明β-珠蛋白基因在发育过程中呈现选择表达的转换机制,其上游的基因座位点控制区(LCR)调控了β-珠蛋白基因家族的表达模式。为了深入探究β-珠蛋白基因表达调控的分子网络,本文对其他可能参与调控β-珠蛋白基因表达的远程调控元件进行筛选,对β-珠蛋白基因动态调控转换机制进行深入研究。方法:早幼粒细胞经全反式维甲酸诱导分化,以β-珠蛋白基因启动子区及LCR作为环形染色体构象捕获(4C)技术分析的靶位点,通过测序技术与调控元件分析结合,在全基因组筛选与β-珠蛋白家族基因座位发生相互作用关系的位点。结果:根据4C测序结果,筛选出与HBD启动子区及LCR存在相互作用关系的位点。通过染色体构象捕获(3C)验证,结果与测序结果一致。通过甲醛辅助分离调控元件技术及Epiregio在线网站对调控元件功能性分析,结果表明筛选位点AC105129.4、AL354707.17、AC078785.22及AC021646.35均为潜在的参与β-珠蛋白基因调控元件。结论:4C筛选位点与锚定位点相互作用表明了β-珠蛋白家族基因座位在细胞核内复杂的空间组织形式。; 关键词 Β-珠蛋白基因环形染色体构象捕获染色质相互作用染色体构象捕获; Keywords Globin gene Circular chromosome conformation capture Chromatin interaction Chromosome conformation capture; 分类号 R346 [医药卫生—基础医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名SYBR Green荧光定量PCR法对BCL11B基因座位相互作用位点的验证分析: 7; 作者任立成孙元田张云霞苏振宇杨智李冬娜; 机构海南医学院生物学教研室; 出处《海南医学院学报》 CAS 2013年第1期1-4,共4页; 基金国家自然科学基金(31260269) 海南医学院科研培育基金(HY2012007)~~; 文摘目的:研究在不同类型细胞核中,位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用关系。方法:通过SYBR Green荧光实时定量PCR法,分别对MCF-7和Jurkat细胞的3C(染色体构象捕获)样品进行定量分析,分析分别位于不同染色体上的BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率。结果:与TaqMan探针法相比较,基于SYBR Green荧光实时定量PCR法对3C样品的分析同样具有良好的特异性。在MCF-7和Jurkat细胞中,BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用频率存在很大的差异。结论:SYBR Green荧光实时定量PCR法在染色体构象捕获技术中具有很好的特异性;BCL11B与ARHGAP6基因座位间的相互作用具有细胞类型特异性。; 关键词 BCL11B基因座位染色体构象捕获 TaqMan探针法定量PCR SYBR Green荧光实时定量PCR; Keywords BCLllB gene locus chromosome conformation capture TaqMan probe-based quantita-tive PCR SYBR Green-based quantitative PCR; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	染色体构象捕获技术在造血分化调控研究中的进展	谭云刘静秋王侃侃	《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心	2013	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	DLO Hi-C染色体构象捕获技术	林达洪萍李国亮曹罡	《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心	2018	1	在线阅读下载PDF 职称材料
3	染色体空间构象研究:技术、应用与挑战	王仁杰胡梦梦杨坤	《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	融合卷积神经网络和最短路径计算的染色体三维重构	赵凤娇钟诚	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2023	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	家养动物空间基因组学研究进展	常江浩黄永震岳怡冰张国文高雪雷初朝张君	《中国牛业科学》	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
6	β-珠蛋白基因远程相互作用元件的筛选与功能性分析	肖亦舒许兰刘春亚杜乐孙元田李冬娜任立成	《海南医学院学报》 CAS	2022	1	在线阅读下载PDF 职称材料
7	SYBR Green荧光定量PCR法对BCL11B基因座位相互作用位点的验证分析	任立成孙元田张云霞苏振宇杨智李冬娜	《海南医学院学报》 CAS	2013	0	在线阅读下载PDF 职称材料