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利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
被引量：
3
1
作者
董小明
郑巍薇
+3 位作者
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期578-584,共7页
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chro...
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.
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关键词
红系分化相关基因(EDAG)
染色体
免疫
共沉淀
-
高通量
测
序
(
chip-seq
)
CD34+细胞
生物信息学分析
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职称材料
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
被引量：
1
2
作者
于志君
袁琼
+5 位作者
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期765-772,共8页
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗...
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。
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关键词
心肌素相关转录因子A
RNA结合蛋白
免疫
共沉淀
-
高通量
测
序
脑缺血再灌注损伤
差异基因分析
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职称材料
题名
利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
被引量：
3
1
作者
董小明
郑巍薇
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
军事医学科学院放射与辐射医学研究所
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期578-584,共7页
基金
优秀青年科学基金(No.81222005)项目资助~~
文摘
为揭示红系分化相关基因(erythroid differentiation-associated gene,EDAG)在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)实验、Western印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate,FDR)小于0.0001.EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能(gene ontology,GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素(EPO)诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.
关键词
红系分化相关基因(EDAG)
染色体
免疫
共沉淀
-
高通量
测
序
(
chip-seq
)
CD34+细胞
生物信息学分析
Keywords
erythroid differentiation
-
associated gene （EDAG）
chip-seq
CD34
cells
bioinformatics
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
被引量：
1
2
作者
于志君
袁琼
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
机构
武汉科技大学医学院
华润武钢总医院
上海健康医学院
出处
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期765-772,共8页
基金
国家自然科学基金(81770377)
湖北省自然科学杰出青年基金(2020CFA076)
湖北省卫生计生委科研项目(WJ2019H164)。
文摘
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。
关键词
心肌素相关转录因子A
RNA结合蛋白
免疫
共沉淀
-
高通量
测
序
脑缺血再灌注损伤
差异基因分析
Keywords
myocardin
-
related transcription factor A
RNA
-
binding protein immunoprecipitation
-
high throughput sequencing
cerebral ischemia/reperfusion injury
differential gene analysis
分类号
Q95-33 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱
董小明
郑巍薇
尹荣华
詹轶群
杨晓明
李长燕
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
于志君
袁琼
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
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职称材料
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