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中药化学成分与CYP2C19相互作用预测研究——基于定量构效关系(QSAR)模型 被引量:2
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作者 雷蕾 王新洲 +4 位作者 张黎 朱永亮 杨策 崔蒙 钱向平 《中国现代中药》 CAS 2015年第5期424-426,430,共4页
目的:使用随机森林(RF)算法和支持向量机(SVM)算法构建定量构效关系模型(QSAR),并筛选出最优模型,对部分有毒中药包含的化学成分对CYP2C19可能的作用进行了预测,为临床应用和药物开发提供参考。方法:本文使用Mold2软件(version 2.0.0)... 目的:使用随机森林(RF)算法和支持向量机(SVM)算法构建定量构效关系模型(QSAR),并筛选出最优模型,对部分有毒中药包含的化学成分对CYP2C19可能的作用进行了预测,为临床应用和药物开发提供参考。方法:本文使用Mold2软件(version 2.0.0)对收集到的130个化学成分进行分子描述符计算,对其进行初步筛选后,分别采用RF和SVM进行预测模型的构建,最后筛选出最优预测模型,并对中药化学成分进行预测。结果:根据预测模型的准确度和接收器操作特征(ROC)值筛选出最优分子描述符为6个,合并SVM和Leave-10%-out交叉验证方法模型为最优预测模型。对《中华人民共和国药典》2010版10个大毒中药,例如斑蝥、马钱子、天仙子等包含的化学成分进行了预测,得到一些有意义的结果。结论:定量构效关系模型(QSAR)对中药化学成分进行预测研究可以为联合用药和进一步研究提供参考。 展开更多
关键词 定量构效关系模型 CYP2C19 中药化学成分
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绝缘气体介电强度的构效关系 被引量:20
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作者 侯华 余小娟 +2 位作者 周文俊 罗运柏 王宝山 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第11期2477-2484,共8页
提出了一种全新的构效关系模型,基于中性分子的静电势参数,包括总表面积、正负静电势的分离度、局域极性、分子密度及约化正静电势面积等具有明确物理意义的描述符,直接获得各种类型气体的介电强度.研究结果表明,理论值与实验值的平均... 提出了一种全新的构效关系模型,基于中性分子的静电势参数,包括总表面积、正负静电势的分离度、局域极性、分子密度及约化正静电势面积等具有明确物理意义的描述符,直接获得各种类型气体的介电强度.研究结果表明,理论值与实验值的平均绝对偏差仅为0. 06,且相关系数达到0. 993.基于构效关系模型,分析了气体的宏观介电强度受微观电子结构影响的规律,发现了提高气体介电强度的分子设计思路. 展开更多
关键词 介电强度 绝缘气体 六氟化硫 构效关系模型 静电势
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基于分子对接和QSAR方法预测B-Raf Ⅱ型抑制剂活性 被引量:10
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作者 刘海春 卢帅 +6 位作者 冉挺 张艳敏 徐金星 熊潇 徐安阳 陆涛 陈亚东 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第11期2191-2206,共16页
B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对... B-Raf激酶在促分裂素原活化蛋白激酶(MAPK)信号转导通路中起着重要作用,已被确定为癌症治疗非常有吸引力的靶标.新型高效B-Raf抑制剂的开发成为癌症治疗的一个热门研究领域.本文以结构多样的B-Raf II型抑制剂为研究对象,联合应用分子对接和定量构效关系(QSAR)模型研究其定量构效关系去探讨抑制活性的起源.两个主题作为研究重点:生物活性构象和描述符.首先对分子对接方法(Glide、Gold、Ligand Fit、Cdocker和Libdock)进行准确性评价,后将研究的对象分子对接到B-Raf活性位点并获得生物活性构象.基于准确的对接结果,计算得到16个打分评价函数和21个能量描述符,以此构建定量构效关系模型.QSAR结果表明模型具有高度精确的拟合和强的预测能力(模型M1:r2=0.852,=0.790,=0.864;模型M2:r2=0.738,=0.812,=0.8605).同时探讨了对抑制活性有重要影响的描述符,结果表明打分评价函数(G_Score,-ECD,Dock_Score,PMF)与能量描述符(S(hb_ext),DE(int),Emodel)对抑制活性影响非常大.通过虚拟筛选和QSAR模型理论预测,一些新的具有潜在抑制活性的化合物作为B-Raf II型抑制剂被获得.上述信息对于进一步设计新颖高效的B-Raf II型抑制剂提供了有用的指导. 展开更多
关键词 B-RAF Ⅱ型抑制剂 分子对接 打分评价函数 对接能量描述符 定量构效关系模型
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六氟化硫替代气体绝缘强度的官能团加和理论方法 被引量:10
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作者 侯华 王宝山 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2021年第12期3709-3715,共7页
绝缘强度是设计与发现新型SF6替代气体的关键参数,预测未知气体的绝缘强度通常采用基于量子化学计算建立的构效关系模型,计算过程复杂、误差大、且无法正确描述具有特殊化学键的气体分子.为了能够直观反映绝缘强度随结构的变化规律,提... 绝缘强度是设计与发现新型SF6替代气体的关键参数,预测未知气体的绝缘强度通常采用基于量子化学计算建立的构效关系模型,计算过程复杂、误差大、且无法正确描述具有特殊化学键的气体分子.为了能够直观反映绝缘强度随结构的变化规律,提出了官能团加和方法,将分子结构分解为独立的官能团,在一级近似下,将优化后的官能团绝缘强度直接加和,即可获得气体的绝缘强度.与65种已知气体的实验绝缘强度对比,官能团加和方法计算的绝缘强度与实验值相吻合,平均绝对与相对偏差分别为0.0656与6.28%,理论预测值与实验值的相关系数达到0.9879,优于构效关系模型方法.研究结果表明,引入不饱和键或形成环结构,同时避免孤立的CHx,CF等基团,而用CF3,OCF3,SCF3等基团取代,则有利于获得绝缘性能优异的气体分子. 展开更多
关键词 绝缘强度 六氟化硫替代气体 官能团加和 构效关系模型 分子设计
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