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不同力场对B-DNA到A-DNA构型转变的影响 被引量:1
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作者 张宏 蔡文生 邵学广 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1205-1211,共7页
采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的DNA最稳定结构存在差... 采用分子动力学模拟方法比较了最新版CHARMM和AMBER(包括bsc1和OL15)力场对水溶液中B-DNA到A-DNA转化过程的影响,利用扩展自适应偏置力(eABF)方法计算了转化过程的自由能变化.研究结果表明,在不同力场下,水环境中的DNA最稳定结构存在差异,AMBER力场比CHARMM力场更符合实验结果.AMBER力场下DNA最稳定结构的小沟较窄,稳定于B构型;而CHARMM力场下DNA最稳定结构的小沟较宽,介于B构型与A构型之间.通过分析DNA周围离子及水的分布情况发现,CHARMM力场下DNA小沟周围的离子密度明显低于AMBER力场,不能很好地抵消2条磷酸骨架之间的排斥作用,这是CHARMM力场下小沟较宽且趋向A构型的主要原因. 展开更多
关键词 B-DNA A-DNA 构型转变 CHARMM力场 AMBER力场 自由能计算
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受约束条件下矿物相图构型转变中的一种现象——镜像对称构型的稳定性互换及其热力学解释
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作者 史训立 胡家文 《岩石学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1541-1555,共15页
实验或计算相图及野外观察表明,同一体系在不同但却相近的物理化学条件下常常会呈现出许多截然不同的相组合或经历截然不同的反应途径。为了分析这一现象的原因,本文作者计算了不同温度、压力条件下CaO-FeO-SiO_(2)-O_(2)体系(铁橄榄石... 实验或计算相图及野外观察表明,同一体系在不同但却相近的物理化学条件下常常会呈现出许多截然不同的相组合或经历截然不同的反应途径。为了分析这一现象的原因,本文作者计算了不同温度、压力条件下CaO-FeO-SiO_(2)-O_(2)体系(铁橄榄石、钙铁橄榄石、钙铁辉石、磁铁矿、钙铁榴石、赤铁矿、硅灰石)的氧逸度-硅活度[log f(O_(2))-log a(SiO_(2))]相图。结果表明,随着约束条件的变化,该体系所包含的两个不同一级多体系(由一个无变度组合加上一相所形成的子体系)的相图先后经历了构型转变;在每次转变中,同一个一级多体系中每条单变度线上的两个无变度点都会同时经历彼此靠近、重合于一点、再沿原来方向彼此远离的过程。因此,原来相对稳定的无变度点在新的条件下全部同时变为介稳,而原来介稳的无变度点在新的条件下全部同时变为相对稳定的点,其中每一构型中稳定部分与介稳部分的关系是互补的。因此,整个一级多体系的拓扑构型(包含稳定和介稳部分)呈现镜像对称。对于受约束条件下的多相、多组分体系,这种构型转变现象比较常见。它伴随着一系列相组合和反应的突变,因而可以影响相关地质过程的演化途径;而构型转变的条件可用来确定相组合突变所需要的条件变量的范围,其计算只涉及一级多体系(而不是整个体系)中的相。需要注意的是,在一级多体系中,某个“相对”稳定的无变度点在其它一级多体系中可能会变为介稳点。因此,一级多体系中“相对”稳定的无变度点在高级多体系中可能只有一部分依旧能够保持稳定。另外,受约束条件的变化常会导致新相的产生或已有相的消失,从而使得原有的一级多体系可能还未来得及发生相图构型转变就已经转变为一个新的体系。这种情况会大幅度地减少原有的一级多体系相图构型发生转变的机会。本文利用相图的拓扑分析理论对上述现象做了很好的热力学分析和解释。 展开更多
关键词 相图 拓扑 构型转变 多体系 稳定 介稳
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几种多态含能材料构型转变的DFT研究
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作者 姚如意 张树海 +1 位作者 苟瑞君 李连强 《火炸药学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第2期139-144,共6页
为了从分子层面上对含能材料不同分子构型间的转变情况有一个直观认识,借助Gaussian 09软件,运用密度泛函理论(DFT),采用TS算法搜寻β-RDX→α-RDX、γ-HMX→β-HMX、ε-CL-20→β-CL-20及β-FOX-7→α-FOX-7在分子构型转变过程中的过... 为了从分子层面上对含能材料不同分子构型间的转变情况有一个直观认识,借助Gaussian 09软件,运用密度泛函理论(DFT),采用TS算法搜寻β-RDX→α-RDX、γ-HMX→β-HMX、ε-CL-20→β-CL-20及β-FOX-7→α-FOX-7在分子构型转变过程中的过渡态结构,确定了它们的构型转变过程;并通过计算吉布斯自由能随构型转变路径的变化,比较多态含能材料分子构型转变的难易程度。结果表明,由亚稳晶型到稳定晶型的转变首先会越过过渡态,克服自由能能垒转变为亚稳态结构,实现β-RDX→α-RDX、γ-HMX→β-HMX、ε-CL-20→β-CL-20及β-FOX-7→α-FOX-7分子构型转变分别需要克服的自由能能垒分别为5.25、22.21、9.69和10.24kJ/mol。因此,常温常压下β-RDX→α-RDX、γ-HMX→β-HMX、ε-CL-20→β-CL-20及β-FOX-7→α-FOX-7构型转变的难度大小排序为:HMX>>FOX-7>CL-20>RDX。 展开更多
关键词 量子化学 RDX HMX CL-20 FOX-7 过渡态结 构型转变 吉布斯自由能
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DTA研究二水二草酸合铬酸钾的顺、反异构化 被引量:1
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作者 冯增媛 潘云祥 《无机化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1990年第1期99-101,共3页
顺—反异构体的研究,在配合物化学中占有重要的地位。二水二草酸合铬酸钾这一配合物顺、反异构体的制备和异构化现象的研究已有报导,但多限于水溶液体系。也有关于该配合物热稳定性和热分解动力学研究的报导但对固相中该配合物异构体转... 顺—反异构体的研究,在配合物化学中占有重要的地位。二水二草酸合铬酸钾这一配合物顺、反异构体的制备和异构化现象的研究已有报导,但多限于水溶液体系。也有关于该配合物热稳定性和热分解动力学研究的报导但对固相中该配合物异构体转变的研究尚未见报导。本文利用DTA方法,对二水二草酸合铬酸钾顺。 展开更多
关键词 铬酸钾 二水二草酸 构型转变
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L-丙谷二肽/水滑石(Mg-Al-LDH)复合药物的制备与结构表征
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作者 王永燎 吴平霄 《矿物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第S1期52-53,共2页
近年来,多肽及蛋白类药物在疾病诊断、治疗或预防方面日益发挥重要作用。此类药物大多数为手性药物,稳定性极差,受外界紫外光照射容易发生化学变化或构型转变,一旦消旋化,药效尽失;该类药物还具有生物膜穿透性差。
关键词 手性药物 生物利用度 二肽 消旋化 蛋白类 紫外光照射 疾病诊断 构型转变 生物膜 制备
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