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基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
1
作者
乔军
刘婧
+1 位作者
李素文
王利英
《华北农学报》
北大核心
2025年第3期44-50,共7页
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实...
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实硬度分离呈正态分布。在F2群体中分别选取30株软肉和30株硬肉单株构建极端混合池,对混合池样本和双亲材料分别开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序。重测序共获得1891040个单核苷酸多态性(SNPs)标记及376603个插入缺失(InDels)标记,用于果实硬度性状的全基因组定位。BSA定位峰值位于茄子第6号染色体,从72610411到75329951 bp,共计2.71 Mb。根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因Smechr0601726.1和Smechr0601735.1。综上,通过基因组重测序BSA分析可知,茄子果实硬度可能由2个重要的候选基因进行调控,Smechr0601726.1编码多聚半乳糖醛酸酶基因,与果实硬度直接相关;Smechr0601735.1与抗坏血酸和阿糖二酸代谢密切相关,编码抗坏血酸过氧化物酶,与果实发育和硬度形成有关,可以延缓果实软化。
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关键词
茄子
极端混合池
全基因组重测序
果实硬度
基因定位
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职称材料
大麦钩芒突变体的遗传解析
被引量：
1
2
作者
安朝丹
高广奇
+2 位作者
杨平
程小毛
蒋枞璁
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期1725-1735,共11页
大麦(Hordeum vulgare L.)的芒是其穗部小花的外稃上端延伸出的针状特化结构,内部有绿色组织细胞和维管组织。芒在大麦的防御、光合作用、籽粒自然脱落后在土壤中的固着和萌发出土等方面均具有重要作用。在禾谷类作物中,大麦是少数仍保...
大麦(Hordeum vulgare L.)的芒是其穗部小花的外稃上端延伸出的针状特化结构,内部有绿色组织细胞和维管组织。芒在大麦的防御、光合作用、籽粒自然脱落后在土壤中的固着和萌发出土等方面均具有重要作用。在禾谷类作物中,大麦是少数仍保留着芒结构的栽培作物,在自然群体中其形态变异丰富。研究大麦芒形态的遗传调控与变异分布,具有重要的理论与应用价值。本研究鉴定了1个大麦的钩芒突变体M7966,通过分离群体遗传分析证实该突变由单个显性遗传位点控制;随后利用遗传群体的分离单株混池测序分析,定位和克隆了引起钩芒表型的目标基因HvKNOX3。在突变体中,该基因第4内含子中的一处305 bp序列原位重复与钩芒突变表型共分离;HvKNOX3为homeobox类转录因子,在发育早期1~1.5 cm长的幼穗及播种后35 d的穗轴中特异性表达,在大麦泛基因组包含的20个品种间保守性高,仅在其外显子区域发现少数核苷酸序列变异,其余序列变异均位于非编码区域。通过设计共显性分子标记对我国不同地区来源的238份栽培大麦地方品种进行了基因型鉴定,结果发现该305 bp突变在西藏地方品种中具有较高的分布比例,为钩芒突变起源于喜马拉雅地区的理论假设提供了证据。
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关键词
栽培大麦
芒
突变体
极端
单株
混合
池
分析
地方品种
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职称材料
题名
基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
1
作者
乔军
刘婧
李素文
王利英
机构
天津市农业科学院蔬菜研究所
蔬菜生物技术育种国家重点实验室
天津市蔬菜遗传育种企业重点实验室
天津科润蔬菜研究所
出处
《华北农学报》
北大核心
2025年第3期44-50,共7页
基金
蔬菜生物技术育种国家重点实验室项目(24ZXZSSS00210)
天津市蔬菜现代农业产业技术体系创新团队项目(ITTVRS2024007)。
文摘
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实硬度分离呈正态分布。在F2群体中分别选取30株软肉和30株硬肉单株构建极端混合池,对混合池样本和双亲材料分别开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序。重测序共获得1891040个单核苷酸多态性(SNPs)标记及376603个插入缺失(InDels)标记,用于果实硬度性状的全基因组定位。BSA定位峰值位于茄子第6号染色体,从72610411到75329951 bp,共计2.71 Mb。根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因Smechr0601726.1和Smechr0601735.1。综上,通过基因组重测序BSA分析可知,茄子果实硬度可能由2个重要的候选基因进行调控,Smechr0601726.1编码多聚半乳糖醛酸酶基因,与果实硬度直接相关;Smechr0601735.1与抗坏血酸和阿糖二酸代谢密切相关,编码抗坏血酸过氧化物酶,与果实发育和硬度形成有关,可以延缓果实软化。
关键词
茄子
极端混合池
全基因组重测序
果实硬度
基因定位
Keywords
Eggplant
Extreme mixing pool
Whole-genome resequencing
Fruit hardness
Gene mapping
分类号
S641.1 [农业科学—蔬菜学]
Q343.1 [生物学—遗传学]
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职称材料
题名
大麦钩芒突变体的遗传解析
被引量：
1
2
作者
安朝丹
高广奇
杨平
程小毛
蒋枞璁
机构
西南林业大学园林园艺学院
中国农业科学院作物科学研究所
出处
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期1725-1735,共11页
基金
兴滇英才支持计划“青年人才”专项(YNWR-QNBJ-2019-280)。
文摘
大麦(Hordeum vulgare L.)的芒是其穗部小花的外稃上端延伸出的针状特化结构,内部有绿色组织细胞和维管组织。芒在大麦的防御、光合作用、籽粒自然脱落后在土壤中的固着和萌发出土等方面均具有重要作用。在禾谷类作物中,大麦是少数仍保留着芒结构的栽培作物,在自然群体中其形态变异丰富。研究大麦芒形态的遗传调控与变异分布,具有重要的理论与应用价值。本研究鉴定了1个大麦的钩芒突变体M7966,通过分离群体遗传分析证实该突变由单个显性遗传位点控制;随后利用遗传群体的分离单株混池测序分析,定位和克隆了引起钩芒表型的目标基因HvKNOX3。在突变体中,该基因第4内含子中的一处305 bp序列原位重复与钩芒突变表型共分离;HvKNOX3为homeobox类转录因子,在发育早期1~1.5 cm长的幼穗及播种后35 d的穗轴中特异性表达,在大麦泛基因组包含的20个品种间保守性高,仅在其外显子区域发现少数核苷酸序列变异,其余序列变异均位于非编码区域。通过设计共显性分子标记对我国不同地区来源的238份栽培大麦地方品种进行了基因型鉴定,结果发现该305 bp突变在西藏地方品种中具有较高的分布比例,为钩芒突变起源于喜马拉雅地区的理论假设提供了证据。
关键词
栽培大麦
芒
突变体
极端
单株
混合
池
分析
地方品种
Keywords
cultivated barley(Hordeum vulgare L.)
awn
mutant
bulked-segregants-analysis(BSA)
landrace
分类号
S512.3 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位
乔军
刘婧
李素文
王利英
《华北农学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
大麦钩芒突变体的遗传解析
安朝丹
高广奇
杨平
程小毛
蒋枞璁
《植物遗传资源学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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