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基于基因组的生菜软腐病原鉴定与遗传变异分析
1
作者
林智
张静静
+3 位作者
张硕
安帅霖
王金辉
陈雪蛟
《中南农业科技》
2025年第1期14-19,共6页
为分析2022年云南省昆明市温室生菜软腐病,对从生菜软腐病株中分离的2株极地果胶杆菌(Pectobacterium polaris)CM22112和CM22123进行了高通量测序。通过16S rDNA序列分析和生理生化代谢分析,确认了CM22112、CM22132菌株与极地果胶杆菌菌...
为分析2022年云南省昆明市温室生菜软腐病,对从生菜软腐病株中分离的2株极地果胶杆菌(Pectobacterium polaris)CM22112和CM22123进行了高通量测序。通过16S rDNA序列分析和生理生化代谢分析,确认了CM22112、CM22132菌株与极地果胶杆菌菌株NIBIO1006^(T)联系较近,并进一步确定为极地果胶杆菌。通过全基因组测序技术,得到CM22112和CM22132基因组序列长度分别为5 223 707 bp和5 043 792 bp,GC含量分别为54.16%和52.11%,并对测序结果进行了注释与致病系统分析。对极地果胶杆菌种内28个菌株进行比较基因组分析揭示了种内的基因组变异,为制定具有针对性的病害防治方案提供理论支撑,也为揭示果胶杆菌的遗传进化机制提供理论基础。
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关键词
极地
果胶
杆菌
(
pectobacterium
polaris)
生菜软腐病
全基因组测序
病原鉴定
遗传变异
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题名
基于基因组的生菜软腐病原鉴定与遗传变异分析
1
作者
林智
张静静
张硕
安帅霖
王金辉
陈雪蛟
机构
河北农业大学植物保护学院
出处
《中南农业科技》
2025年第1期14-19,共6页
基金
河北农业大学校级创新训练项目(2023030)。
文摘
为分析2022年云南省昆明市温室生菜软腐病,对从生菜软腐病株中分离的2株极地果胶杆菌(Pectobacterium polaris)CM22112和CM22123进行了高通量测序。通过16S rDNA序列分析和生理生化代谢分析,确认了CM22112、CM22132菌株与极地果胶杆菌菌株NIBIO1006^(T)联系较近,并进一步确定为极地果胶杆菌。通过全基因组测序技术,得到CM22112和CM22132基因组序列长度分别为5 223 707 bp和5 043 792 bp,GC含量分别为54.16%和52.11%,并对测序结果进行了注释与致病系统分析。对极地果胶杆菌种内28个菌株进行比较基因组分析揭示了种内的基因组变异,为制定具有针对性的病害防治方案提供理论支撑,也为揭示果胶杆菌的遗传进化机制提供理论基础。
关键词
极地
果胶
杆菌
(
pectobacterium
polaris)
生菜软腐病
全基因组测序
病原鉴定
遗传变异
分类号
S436.341.13 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
Q939.1 [生物学—微生物学]
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出处
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被引量
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1
基于基因组的生菜软腐病原鉴定与遗传变异分析
林智
张静静
张硕
安帅霖
王金辉
陈雪蛟
《中南农业科技》
2025
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