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3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物对三亚水环境样品的物种检出效果比较
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作者 郭瑶杰 万武波 +2 位作者 王海山 叶乐 陈治 《南方水产科学》 北大核心 2025年第1期66-76,共11页
环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、... 环境DNA (Environmental DNA, eDNA)宏条形码技术是一种高效率、高灵敏度且无侵入性的物种调查工具。目前基于eDNA宏条形码技术调查鱼类多样性的研究众多,但是该技术发展尚不完善,对不同引物的实际使用效果缺乏共识。为降低测序成本、筛选出实际使用效果最优的通用引物,选取三亚市鱼市场和亚特兰蒂斯水族馆共8个站位的水样,比较了3组常用鱼类eDNA宏条形码通用引物(MiFish-U、AcMDB07、Ac12S)在检测鱼类多样性方面的差异。结果表明:1) 3组引物在质控后总序列数、鱼类序列数、总可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)数、鱼类OTUs数和鱼类序列占比方面均存在极显著性差异(p<0.01),MiFish-U的扩增成功率和对鱼类物种的靶向性最高;2) MiFish-U检出的物种数最多(140种),AcMDB07和Ac12S则分别检出128和97种;3) Ac12S和AcMDB07的参考数据库尚不完善,两者分别有72.76%和42.11%的OTUs无法注释到种水平;4) Ac12S检出的特有鱼类很少(仅4种),暗示在实际使用过程中更容易被另外2组引物替代,而MiFish-U的可替代性最低;5) 3组引物反映鱼类丰度的总趋势相似,但对具体物种却存在一定差异。结果表明,综合OTUs注释等多种因素,特别是现有参考数据条件下,MiFish-U的物种检出效果优于AcMDB07和Ac12S。 展开更多
关键词 环境DNA宏条形码 鱼类多样性 通用引物 MiFish-U 海南
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DNA条形码技术在蛇类鉴别中的应用
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作者 李晓冰 方来杉 +4 位作者 陈洪博 吴琼 尹会方 林秀娇 李焰 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期35-40,共6页
从NCBI中GenBank数据库下载蛇类细胞色素b基因(Cytb)序列7329条,以MT765098.1序列为标准进行对比和修剪,获得蛇类Cytb序列4665条。对蛇类Cytb序列进行核苷酸饱和度、遗传多样性、种内和种间遗传距离计算,构建系统发育树。结果表明,基于K... 从NCBI中GenBank数据库下载蛇类细胞色素b基因(Cytb)序列7329条,以MT765098.1序列为标准进行对比和修剪,获得蛇类Cytb序列4665条。对蛇类Cytb序列进行核苷酸饱和度、遗传多样性、种内和种间遗传距离计算,构建系统发育树。结果表明,基于Kimura–2–Parameter模型,蛇类平均种内遗传距离为3.3%,普遍小于6.7%,而平均种间遗传距离为19.96%,普遍高于9.3%,说明蛇类物种间遗传距离存在较大差异。根据蛇类物种间遗传距离,识别出蛇类23个物种的亚种,Pareas和Hydrophis属物种含有复合体,Atractus dunni、A.iridescen和A.occidentali互为姐妹物种。 展开更多
关键词 细胞色素B基因 DNA条形码 遗传距离
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基于DNA条形码ITS对西藏不同地理居群红景天的鉴定研究
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作者 刘青 钟迎春 +5 位作者 顿珠 王化东 郑雷 尕藏卓玛 索朗次仁 白玛次旦 《西部中医药》 2024年第9期42-45,共4页
目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序... 目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序列信息;运用MEGA7.0对所有样品的ITS序列及GenBank共21条进行比对、计算种内种间遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果:编号为A1~A14的大花红景天聚为一支,编号为K1~K7的长鞭红景天聚为一支;同时发现ITS序列信息变化与地域和环境明显相关。结论:将ITS序列作为DNA条形码能准确、快速地鉴别大花红景天,可为其种质资源鉴定及物种鉴别提供依据。 展开更多
关键词 大花红景天 长鞭红景天 DNA条形码 ITS 鉴定
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中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
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作者 程静 陈玉佩 +3 位作者 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期257-265,共9页
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和... 为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(P.volitans)与斑鳍蓑鲉(P.miles)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(P.antennata)、辐蓑鲉(P.radiate)和黑颊蓑鲉(P.mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(D.zebra)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。 展开更多
关键词 蓑鲉亚科 COⅠ基因 DNA条形码 系统进化
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DNA条形码技术在桃蚜寄生蜂鉴定上的应用
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作者 孙星星 陈永成 +7 位作者 王凡 蒋颖洁 王凯 胡积祥 高波 李红阳 顾慧玲 张礼生 《浙江农业科学》 2024年第9期2147-2151,共5页
桃蚜(Myzus persicae)是桃树上最重要的害虫之一,为明确其寄生性天敌的物种多样性,该研究对江苏沿海地区桃园内桃蚜僵蚜进行采集,待僵蚜中寄生蜂成虫羽化后采用形态学和DNA条形码的方法相结合进行鉴定。目前调查共发现该地区桃蚜寄生蜂... 桃蚜(Myzus persicae)是桃树上最重要的害虫之一,为明确其寄生性天敌的物种多样性,该研究对江苏沿海地区桃园内桃蚜僵蚜进行采集,待僵蚜中寄生蜂成虫羽化后采用形态学和DNA条形码的方法相结合进行鉴定。目前调查共发现该地区桃蚜寄生蜂有2科5种,分别为蚜小蜂科(Aphelinidae)的短矩蚜小蜂(Aphelinus abdominalis)和褐带蚜小蜂(Aphelinus maculatus);茧蜂科(Braconidae)的细长径蚜茧蜂(Lipolexis gracilis)、棉蚜茧蜂(Binodoxys communis)和烟蚜茧蜂(Aphidius gifuensis)。该研究提取了5种寄生蜂的COI基因,通过构建进化树的方法,发现分子鉴定与形态学鉴定结果一致,证明了DNA条形码技术在鉴定寄生蜂这类小型昆虫中的准确性和广阔的应用前景。 展开更多
关键词 DNA条形码 寄生蜂 COI基因 鉴定 生物防治 桃蚜
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药用植物DNA条形码与分子标记技术的研究进展 被引量:1
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作者 张占平 陆佳欣 +4 位作者 徐姣 任伟超 王震 马伟 刘秀波 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第5期653-661,共9页
目的对药用植物DNA条形码技术和分子标记技术的研究进展进行综述,为药用植物鉴定、遗传育种及种质资源保护的进一步研究奠定基础。方法查阅总结近年来国内外文献,对DNA条形码技术和分子标记技术的特征、种类及在药用植物中的应用情况进... 目的对药用植物DNA条形码技术和分子标记技术的研究进展进行综述,为药用植物鉴定、遗传育种及种质资源保护的进一步研究奠定基础。方法查阅总结近年来国内外文献,对DNA条形码技术和分子标记技术的特征、种类及在药用植物中的应用情况进行总结。结果DNA条形码和分子标记技术已经被广泛应用于药用植物中。DNA条形码技术能够迅速且精确地对药用植物进行鉴定,克服了传统鉴别方式的缺陷;分子标记技术则以其操作简便、敏感度高、结果精确等优势,在促进药用植物的科学研究中获得了广泛的应用。结论DNA条形码和分子标记技术的出现对药用植物的鉴定产生了积极的影响,为种质资源的保护、鉴定、亲缘关系分析和遗传进化提供了依据,随着科技的不断进步,DNA条形码和分子标记技术也将不断精确,并对中医药现代化产生更加深远的影响。 展开更多
关键词 生物技术 DNA条形码 分子标记 药用植物 分子鉴定
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DNA条形码技术在食品鉴定中的应用 被引量:31
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作者 吕冬梅 黄原 +2 位作者 文慧 赵晓铃 黄冲 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第9期248-253,共6页
近年来,国内外不断出现有关食品掺假造假等食品安全问题的报道。产品与标签不符,肉类掺假,以次充好等商业欺诈问题影响着人们的利益与健康。食品掺假造假问题越来越受到重视,而传统的检测方法已不能满足食品鉴定的需要。DNA条形码技术... 近年来,国内外不断出现有关食品掺假造假等食品安全问题的报道。产品与标签不符,肉类掺假,以次充好等商业欺诈问题影响着人们的利益与健康。食品掺假造假问题越来越受到重视,而传统的检测方法已不能满足食品鉴定的需要。DNA条形码技术是从分子水平上对食品进行鉴定,弥补了传统鉴定方法的不足,其准确、高效、简单的特点为食品鉴定领域带来了新的革命。本文在简要介绍DNA条形码研究现状的基础上,主要总结目前国内外关于DNA条形码技术在食品鉴定中的应用情况,包括在渔类产品、肉类产品、可食用植物、加工食品鉴定中的应用,最后讨论DNA条形码技术在食品鉴定中的优缺点以及发展趋势。 展开更多
关键词 食品鉴定 DNA条形码 复合条形码 微型条形码
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基于水体及胃含物DNA宏条形码技术的斑鳠幼鱼食性分析 被引量:1
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作者 蒙庆米 马兰 +3 位作者 陈继位 莫显义 姚俊杰 杨立 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期149-158,共10页
为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生... 为摸清斑鳠(Mystus guttatus)幼鱼的食性和生物学特征,为其资源保护和种群恢复提供科学依据,采用DNA宏条形码技术分析了贵州省罗甸县斑鳠保种场河道中的斑鳠幼鱼胃含物及水体的物种特征。结果显示:1)在斑鳠幼鱼胃含物中共鉴定出109种生物,分属于15个门,12大类。从门水平看,节肢动物门相对丰度最高,其次是轮虫动物门、绿藻门、脊索动物门。从属水平看,中镖水蚤属(Sinodiaptomus)相对丰度最高,其次是臂尾轮虫属(Brachionus)、鲃属(Barbus)和Paralamyctes。2)在斑鳠幼鱼生存的河道中,共获得193个物种,分属于18个门。从门水平来看,节肢动物门相对丰度最高,其次是绿藻门。从属水平来看,中镖水蚤属的相对丰度最高,其次是衣藻属(Chlamydomonas),占比较高的还有臂尾轮虫属、筒壳虫属(Tintinnidium)和单壳缝藻属(Monoraphidium)。节肢动物门、轮虫动物门和绿藻门在斑鳠幼鱼胃含物中和水体中都是相对丰度较高的类群。在水体中,脊索动物门相对丰度较低(第15位),而在胃含物中列第4位。研究揭示了斑鳠幼鱼食性选择受水域环境食物的易得性及其喜好性两方面的影响。从能量收支效益的角度来看,斑鳠幼鱼在摄食过程中遵循以最小的能量投入获取最大收益的原则,利于幼鱼存活与生长。 展开更多
关键词 斑鳠 幼鱼 胃含物 食性 DNA宏条形码技术
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基于ITS条形码的滇鸡血藤及混伪品分子鉴定 被引量:1
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作者 刘心雨 姜丹 +5 位作者 杨楚楚 徐庆一 徐裕彬 陈绪军 任广喜 刘春生 《中国现代中药》 CAS 2024年第1期10-17,共8页
目的:基于内转录间隔区(ITS)序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法:以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DN... 目的:基于内转录间隔区(ITS)序列,运用DNA条形码技术对滇鸡血藤药材及其混伪品进行序列比对分析,根据单核苷酸多态性位点构建滇鸡血藤单倍型数据库,建立快速、准确鉴定滇鸡血藤的分子鉴定方法。方法:以滇鸡血藤及其混伪品为材料,利用DNA提取试剂盒,分别提取滇鸡血藤及其混伪品的总DNA,对ITS序列进行聚合酶链式反应扩增及测序分析,使用DNAMAN软件统计其片段长度及变异位点个数,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算Kimura2-parameter遗传距离,并利用邻接法建立系统发育树进行分析。结果:滇鸡血藤ITS序列片段长度为675 bp,共包括19种单倍型,与其主要混伪品的差异位点为212、223、224 bp,系统发育树显示,ITS序列能够区分滇鸡血藤及其混伪品。结论:ITS条形码可以作为区分鉴定滇鸡血藤及其混伪品的分子条形码,包含19个单倍型的单倍型数据库覆盖了滇鸡血藤全部的单倍型。 展开更多
关键词 滇鸡血藤 内转录间隔区序列 DNA条形码 单核苷酸多态性 单倍型数据库
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麦田杂草节节麦与圆柱山羊草的DNA条形码鉴定
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作者 姜翠兰 黄红娟 +4 位作者 李龙龙 吴凯蝶 黄兆峰 崔海兰 魏守辉 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期164-172,182,共10页
麦田恶性杂草节节麦Aegilops tauschii Coss.和圆柱山羊草Aegilops cylindrica Host.均为我国检疫性有害生物,二者形态极其相似,导致生产中难以采取针对性的防控措施。为快速、准确地进行区分鉴定,本研究利用DNA条形码技术,对采自河北... 麦田恶性杂草节节麦Aegilops tauschii Coss.和圆柱山羊草Aegilops cylindrica Host.均为我国检疫性有害生物,二者形态极其相似,导致生产中难以采取针对性的防控措施。为快速、准确地进行区分鉴定,本研究利用DNA条形码技术,对采自河北、河南、山东等9省的52份样品进行了鉴定。针对4个DNA条形码序列区段rbcL、matK、trnH-psbA和ITS2,测序并计算种内、种间的双参数遗传距离,采用邻接法构建系统发育树。结果表明,matK扩增测序结果不理想;rbcL序列无差异;ITS2序列种内遗传距离0.0007,种间遗传距离0.0096;trnH-psbA序列存在15个差异位点,种内遗传距离0,种间平均遗传距离0.0051,NJ树支持率为96.0%,能明显区分二者。特异性检测中,节节麦和圆柱山羊草均存在特异性碱基,进一步证明trnH-psbA为最优鉴定序列。本研究为快速、准确鉴定这2种检疫性杂草提供了新的分子检测技术。 展开更多
关键词 节节麦 圆柱山羊草 DNA条形码 TRNH-PSBA
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沪地龙COⅠ条形码和特征序列鉴定
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作者 李雷 史建伍 +4 位作者 李奇璋 吴宇 李耀昕 张汉明 张磊 《中国现代中药》 CAS 2024年第10期1654-1662,共9页
目的:补充线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)条形码鉴定沪地龙的种内、种间遗传信息并提取特征序列用于辅助鉴别,提高COⅠ条形码鉴定沪地龙基原的准确度。方法:收集不同产地沪地龙和其他品种蚯蚓,采用COⅠ条形码方法鉴定并获得鉴定序列,使用... 目的:补充线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)条形码鉴定沪地龙的种内、种间遗传信息并提取特征序列用于辅助鉴别,提高COⅠ条形码鉴定沪地龙基原的准确度。方法:收集不同产地沪地龙和其他品种蚯蚓,采用COⅠ条形码方法鉴定并获得鉴定序列,使用MEGA 7.0软件对所得序列进行系统发育树分析,计算各品种的种内、种间遗传距离,提取沪地龙3个基原的特征序列。结果:通俗环毛蚓与威廉环毛蚓的遗传距离为0.074,两者与栉盲环毛蚓间的遗传距离分别为0.187、0.194。经筛选整理后,共获得22个蚯蚓种类的271条序列,其中测序合并后得到序列218条、GenBank下载参考序列53条。发育树结果表明,不同蚯蚓种类在科与种一级均单独聚为一类,而属一级中,巨蚓科(Megascolecidae)腔蚓属(Metaphire)与远盲蚓属(Amynthas)未能较好区分。在通俗环毛蚓中提取了2条特征序列,威廉环毛蚓和栉盲环毛蚓中各提取了1条特征序列。结论:COⅠ条形码能够鉴定沪地龙与其他蚯蚓,特征序列能辅助提高沪地龙基原鉴定的效率和准确度。 展开更多
关键词 沪地龙 DNA条形码 特征序列 分子鉴定
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败酱草及其近缘种叶绿体全基因组分析和DNA条形码构建
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作者 孟文娜 浦香东 +5 位作者 蒲婧哲 申传璞 陈庆 张磊 吕雄文 马陶陶 《中国现代中药》 CAS 2024年第10期1645-1653,共9页
目的:基于败酱类药材基原植物的叶绿体基因组序列分析开发特定的DNA条形码,准确鉴别败酱草及其近缘种。方法:采用Illumina高通量测序技术对败酱科败酱属植物白花败酱、黄花败酱和异叶败酱的叶绿体基因组进行测序;采用生物信息学软件对... 目的:基于败酱类药材基原植物的叶绿体基因组序列分析开发特定的DNA条形码,准确鉴别败酱草及其近缘种。方法:采用Illumina高通量测序技术对败酱科败酱属植物白花败酱、黄花败酱和异叶败酱的叶绿体基因组进行测序;采用生物信息学软件对基因组进行组装注释、特征分析、序列比较和系统发育分析;基于叶绿体基因组高突变区构建特异性DNA条形码进行验证。结果:3种败酱属植物叶绿体基因组呈四分体结构,全长分别为159585、158919、158919 bp,编码的基因数分别为130、132、132,包含8个rRNA基因和37个tRNA基因,蛋白质编码基因数分别为85、87、87。ccsA、ndhG、rpl23、ndhF序列作为特异性DNA条形码成功扩增16份样品,黄花败酱、白花败酱和少蕊败酱聚类在同一支,异叶败酱和糙叶败酱聚类在另一支。通过ccsA、ndhG、ndhF序列可进一步鉴别糙叶败酱和异叶败酱。结论:ccsA、ndhG、rpl23、ndhF序列可作为补充特异性DNA条形码区分败酱草及其近缘种。 展开更多
关键词 败酱草 叶绿体基因组 分子鉴定 DNA条形码 系统发育分析
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基于环境DNA宏条形码的辽东半岛重要河口鱼类多样性特征
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作者 崔晓玉 张云雷 +3 位作者 张金勇 孙艺 王媛 李宏俊 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期578-588,共11页
为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)... 为了从分子技术水平探讨渤海与北黄海重要河口鱼类构成及多样性分布情况,利用环境DNA宏条形码技术对渤海与北黄海的12个重要河口进行了鱼类群落多样性研究。结果表明:渤海海域共检测出鱼类74种,隶属于2纲19目41科57属,其中,鲈形目(45%)占比最大,北黄海共检测出鱼类76种,隶属于2纲19目42科59属,其中鲈形目(42%)占比最大;渤海与北黄海鱼类多样性指数变化趋势相似,但渤海的多样性指数低于北黄海,表明北黄海具有较丰富的鱼类多样性;基于Bray-Curtis距离的NMDS分析和ANOSIM检验显示,渤海与北黄海鱼类群落组间差异大于组内差异(P=0.001);相比于传统鱼类多样性调查方法,环境DNA宏条形码调查在灵敏性、非破坏性和成本效益方面具有显著优势,适用于鱼类多样性调查。研究表明,北黄海相较于渤海具有更高的鱼类多样性;环境DNA宏条形码技术适用于鱼类多样性调查,可对渔业资源调查结果进行补充,在鱼类多样性调查中具备大范围业务化应用前景。 展开更多
关键词 环境DNA宏条形码 渤海 北黄海 鱼类多样性 辽东半岛河口
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试析档案与图书条形码技术的应用 被引量:3
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作者 张珊 《河南科技》 2014年第12X期271-272,共2页
条形码技术,是随着计算机与信息技术的发展和应用而诞生的,它是集编码、印刷、识别、数据采集和处理于一身的新型技术。使用条形码扫描,是今后市场流通的大趋势。为了使商品能够在全世界自由、广泛地流通,企业无论是设计制作、申请注册... 条形码技术,是随着计算机与信息技术的发展和应用而诞生的,它是集编码、印刷、识别、数据采集和处理于一身的新型技术。使用条形码扫描,是今后市场流通的大趋势。为了使商品能够在全世界自由、广泛地流通,企业无论是设计制作、申请注册,还是使用商品条形码,都必须遵循商品条形码管理的有关规定。应用条形码是进行档案管理与实现图书管理的现代化的重要手段。 展开更多
关键词 条形码 档案管理 档案条形码 图书条形码
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基于DNA条形码的食用菌与其易混有毒真菌的鉴定 被引量:1
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作者 郑梦迪 于佳琦 王明珞 《食品安全质量检测学报》 CAS 2024年第1期102-109,共8页
目的利用DNA条形码技术对常见可食用真菌与其易混的野生有毒真菌进行分子鉴定。方法使用MEGA7.0软件对GenBank中获得菌类的ITS2、nrLSU及EF1-α基因序列进行分析和序列比对,计算各分类群种内与种间的kimura 2-parameter(K2P)遗传距离、... 目的利用DNA条形码技术对常见可食用真菌与其易混的野生有毒真菌进行分子鉴定。方法使用MEGA7.0软件对GenBank中获得菌类的ITS2、nrLSU及EF1-α基因序列进行分析和序列比对,计算各分类群种内与种间的kimura 2-parameter(K2P)遗传距离、构建相邻结合法(neighbor joining,NJ)系统聚类树,利用ITS2数据库预测各物种的ITS2二级结构。利用4Sale软件进行ITS2二级结构比对,运用ProfDistS软件构建剖面邻接(profile neighbor joining,PNJ)进化树。结果遗传距离结果表明各分类群存在明显的条形码间隔(barcoding gap);NJ树结果显示各物种均可独立分支,具有良好的单系性;PNJ树同样可以区分食用菌与易混有毒真菌;各物种的ITS2二级结构均存在明显差异。结论ITS2、nrLSU和EF1-α可作为DNA条形码用于可食用真菌与其易混的野生有毒真菌的鉴定,为推动真菌的分子鉴别在食品安全管理中广泛应用,保障食品安全与公众健康提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 分子鉴定 食用菌 有毒真菌 DNA条形码
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八角茴香及其易混品的DNA条形码鉴别
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作者 郑梦迪 张琪 +1 位作者 张寒 汪兴军 《食品研究与开发》 CAS 2024年第23期158-165,共8页
该研究利用ITS2、psbA-trnH和matK序列对八角茴香及其易混品进行鉴别。通过提取八角茴香药材的基原植物八角茴香的总DNA,PCR扩增序列并进行测序;另外从GenBank数据库中下载其常见易混品共8个物种80条序列。采用隐马可夫模型(Hidden Mark... 该研究利用ITS2、psbA-trnH和matK序列对八角茴香及其易混品进行鉴别。通过提取八角茴香药材的基原植物八角茴香的总DNA,PCR扩增序列并进行测序;另外从GenBank数据库中下载其常见易混品共8个物种80条序列。采用隐马可夫模型(Hidden Markov Model,HMM)注释获得标准的ITS2序列;根据GenBank数据库中同属物种psbA-trnH和matK的注释,获得标准的psbA-trnH和matK片段。采用MEGA软件统计碱基G、C含量、序列长度等序列特征信息,计算种内、种间K2P遗传距离,构建NJ进化树。同时利用ITS2 Database预测各物种的ITS2二级结构,并利用4sale软件比对一级结构和二级结构的联合矩阵,最终采用ProfDist软件基于距离法构建PNJ进化树。结果表明,八角茴香与其易混品的种间遗传距离明显大于其种内遗传距离;进化树显示八角茴香独立分支;各物种的ITS2二级结构各不相同;PNJ树比NJ树分辨率更高。虽然ITS2、psbA-trnH和matK序列均可以准确鉴别八角茴香与其易混品,但是在同属物种间的区分上,matK序列并不占优势。因此,该研究建立出以ITS2和psbA-trnH为主、matK为辅的分子鉴定方法。 展开更多
关键词 八角茴香 DNA条形码 分子鉴定 药食同源 易混品
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基于改进的YOLOv8算法的二维码和条形码检测方法
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作者 黄勇 陈明 《信息技术与信息化》 2024年第3期196-199,共4页
基于改进的YOLOv8算法的二维码和条形码检测方法是一种高效的图像处理技术,旨在快速准确地识别和定位图像中的二维码和条形码。改进的YOLOv8是一种实时目标检测系统,有着快速、准确和高效的特点。首先,通过预处理图像来提高二维码和条... 基于改进的YOLOv8算法的二维码和条形码检测方法是一种高效的图像处理技术,旨在快速准确地识别和定位图像中的二维码和条形码。改进的YOLOv8是一种实时目标检测系统,有着快速、准确和高效的特点。首先,通过预处理图像来提高二维码和条形码的可识别性,例如调整对比度和亮度。接着,对处理过的图像进行分析,以便快速定位图像中的二维码和条形码。改进的YOLOv8算法的一个关键特点是其使用了深度学习技术,这使得算法能够在各种条件下有效地识别和检测目标,不仅能处理标准形状和尺寸的二维码和条形码,还能识别被部分遮挡或处于不利角度的码。此外,算法的实时处理能力使其非常适合需要快速响应的应用场景,如零售业的快速结账和物流行业的包裹跟踪。总的来说,基于改进的YOLOv8算法的二维码和条形码检测方法提供了一种高效、灵活且可靠的解决方案,适用于多种商业和工业应用。 展开更多
关键词 改进的YOLOv8算法 二维码检测 条形码检测
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鲨鱼翅种属DNA条形码鉴定方法的建立及应用
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作者 蒋晓霞 沙才华 +6 位作者 罗宝正 邵建宏 徐博文 黄海超 赵福振 周傲白雪 陈轩 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期920-929,共10页
精准鉴别鲨鱼翅的种属来源,是海关等执法部门履行《濒危野生动植物种国际贸易公约》(Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora,CITES)时面临的一项重大挑战。本研究建立了鲨鱼物种的细胞色素... 精准鉴别鲨鱼翅的种属来源,是海关等执法部门履行《濒危野生动植物种国际贸易公约》(Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora,CITES)时面临的一项重大挑战。本研究建立了鲨鱼物种的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)基因DNA条形码鉴定方法,并应用此技术对珠澳口岸截获的113个鲨鱼翅样本进行分析。结果表明:本研究共鉴定出19个物种,以大青鲨(Prionace glauca)和镰状真鲨(Carcharhinus falciformis)等真鲨科物种为主;被列入2019版CITES附录Ⅱ的样本数占比56.64%,被列入2023版CITES附录Ⅱ的样本数占比90.27%。所建立的方法对全部样本均产生特异性扩增,并测得有效序列;所测得物种的种内遗传距离≤2.08%,均值为0.63%,种间遗传距离为2.42%~27.27%,均值为15.37%,最小种间遗传距离大于最大种内遗传距离,种间平均遗传距离约为种内的24倍。所有物种依据亲缘关系在系统发育树内得以有效聚类,同科物种进一步聚集成小支,小支间未见物种交叉分布。综上所述,基于COⅠ基因的DNA条形码技术能够准确鉴定鲨鱼翅的物种来源,对鲨鱼的多样性保护具有重要意义。 展开更多
关键词 鲨鱼翅 种属鉴定 DNA条形码 鉴定方法
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不同产地铁皮石斛的DNA条形码特征分析
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作者 田中佳 胡欢 +3 位作者 何芋岐 李昊 秦琳 王倩 《沈阳药科大学学报》 CAS CSCD 2024年第7期949-956,共8页
目的为了探讨不同省份基地栽培的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是否存在分子水平的遗传差异,为种质筛选和栽培选育提供参考。方法通过采集5个省份的30份人工栽培铁皮石斛样品,并利用ITS及叶绿体条形码标记对其进行种... 目的为了探讨不同省份基地栽培的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是否存在分子水平的遗传差异,为种质筛选和栽培选育提供参考。方法通过采集5个省份的30份人工栽培铁皮石斛样品,并利用ITS及叶绿体条形码标记对其进行种水平遗传分析。结果在种水平上,部分叶绿体条形码在不同产地的铁皮石斛上可以检测到变异,而ITS片段的种内变异少。其中trnH-psbA长度为790 bp(1 indel,2 SNP),pbsI-pbsK为473 bp(3 indel,1 SNP),trnF-ndhJ为682 bp(1 SNP);而ITS为551 bp(2 SNP)。在叶绿体的NETWORK图和NJ树上可以看出,贵州的铁皮石斛样品具有特有的单倍型,而部分贵州安龙铁皮石斛样品的遗传距离与金钗石斛最接近,ITS分析的结果显示浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛遗传距离更近。结论贵州的铁皮石斛样品具有更高的遗传多样性,提示其可能具有多个种质来源,而贵州和浙江的铁皮石斛样品与金钗石斛的遗传距离更近,说明其在种源上可能属于进化过程中较早的一支,其他样本更有可能是由其发展而来。研究结果表明,虽然目前不能依靠种内的遗传变异对各地区的铁皮石斛进行产地区分,但可用于揭示不同地区铁皮石斛在种质来源上的遗传差异性,为铁皮石斛的栽培选育提供一定的科学依据。 展开更多
关键词 铁皮石斛 DNA 条形码 单倍型 遗传资源 种质
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基于DNA条形码技术的佛手及其近缘种的鉴定研究
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作者 袁春红 朱敏凤 林海霞 《食品与药品》 CAS 2024年第2期121-128,共8页
目的从常用DNA条形码序列中筛选合适的序列对佛手及其近缘种进行鉴定,并对其亲缘关系进行简单探讨。方法分别采用4对通用引物对佛手和枸橼样品的ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL序列进行PCR扩增,再从GenBank和BOLD数据库下载相似度高的DNA... 目的从常用DNA条形码序列中筛选合适的序列对佛手及其近缘种进行鉴定,并对其亲缘关系进行简单探讨。方法分别采用4对通用引物对佛手和枸橼样品的ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL序列进行PCR扩增,再从GenBank和BOLD数据库下载相似度高的DNA序列。采用MEGA-X软件对所有序列进行比对分析,计算遗传距离并构建系统发育树。同时利用ITS2数据库预测各样本的ITS2二级结构,比较各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果佛手和枸橼遗传差异小,系统发育树常聚为一支,二级结构也基本一致,4个序列均不能将两者区分;matK序列对佛手的鉴别能力优于其他3个序列;psbA-trnH序列在佛手和其他亲缘关系较远的柑橘属物种间表现出较高的种间差异。结论matK序列和psbA-trnH序列可鉴别佛手与其遗传距离较远的近缘种,佛手和枸橼亲缘关系最近,还需筛选其他DNA片段对二者进行鉴别。 展开更多
关键词 佛手 枸橼 DNA条形码 近缘种 鉴定
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