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一种基于背景知识的本体注释方法: 1; 作者王孝满毛宇光 +1 位作者王文胜周晓明《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2011年第12期2405-2410,共6页; 本体采用基于语法词汇的表述方式,使本体自身表示可能存在模糊性、错误理解等问题,部分本体的概念可以通过自身的上下文信息推测出其含义,但是有些本体根据已有信息不能清晰表达其概念的确切含义.针对这个问题,提出基于背景知识的本体... 展开更多; 关键词本体注释 WORDNET WEB搜索引擎本体; 在线阅读下载PDF 职称材料

MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台被引量：8: 2; 作者郭靖文杨晟 +4 位作者史涪仁邵晨张璐璐王恒杨啸林《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期557-564,共8页; 在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应... 展开更多; 关键词生物医学本体 MedPortal 数据库本体映射本体注释; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于序列功能注释的蛋白质相互作用预测方法研究: 3; 作者陈霞陈浩文《安徽农业科学》 CAS 2015年第28期352-353,392,共3页; 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)是大多数细胞过程和生物功能的基础。该研究基于蛋白质功能注释方法(FNM)首次提出了结合蛋白的重要性的方法、结构域相互作用、基因本体论注释序列和注释;然后融合不同的策略,分别建立了3种方法结合的蛋白质... 展开更多; 关键词蛋白质相互作用多源信息融合功能预测本体注释; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于转录组分析CSFV感染猪睾丸支持细胞对屏障功能相关基因的影响: 4; 作者马尧丹俞晖 +4 位作者陈海恩杨阳开心葛书君吴江康恺《中国兽医杂志》北大核心 2025年第5期22-32,共11页; 为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对... 展开更多; 关键词猪瘟病毒(CSFV) 猪睾丸支持细胞 mRNA差异表达基因本体论(GO)功能注释京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

拟南芥NBS1互作蛋白的筛选和鉴定被引量：2: 5; 作者吴钒漳孙旭东徐慧妮《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第4期558-565,共8页; 【目的】筛选拟南芥中NBS1的互作蛋白,探究NBS1蛋白的新功能,为后续研究奠定基础。【方法】利用酵母双杂交技术筛选拟南芥c DNA文库,对得到的序列进行BLAST比对、亚细胞定位分析和基因本体注释。【结果】共有221个阳性克隆,测序后通过BL... 展开更多; 关键词拟南芥 NBS1 蛋白互作酵母双杂交基因本体注释; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于网络药理学探讨香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制被引量：33: 6; 作者高娜姚涛 +3 位作者赵赟李少康张平安车志英《世界中医药》 CAS 2022年第4期460-465,共6页; 目的:运用网络药理学的技术分析香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索香砂六君子汤的药物成分及靶点,绘制中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM数据库筛选疾病相关基因... 展开更多; 关键词网络药理学香砂六君子汤慢性萎缩性胃炎核心基因基因本体功能注释京都基因和基因组百科全书富集分析 “炎-癌”转化; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种基于背景知识的本体注释方法: 1; 作者王孝满毛宇光王文胜周晓明; 机构信息系统工程重点实验室南京航空航天大学信息科学与技术学院空军驻沪宁地区军代室; 出处《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2011年第12期2405-2410,共6页; 基金国家重点实验室创新基金项目(9140C8301011001)资助; 文摘本体采用基于语法词汇的表述方式,使本体自身表示可能存在模糊性、错误理解等问题,部分本体的概念可以通过自身的上下文信息推测出其含义,但是有些本体根据已有信息不能清晰表达其概念的确切含义.针对这个问题,提出基于背景知识的本体注释方法,对本体本身进行注释和澄清.包括基于WordNet和Web搜索引擎的注释方法,利用WordNet查找本体概念的正确词义,利用Web搜索引擎搜索本体概念的snippets,分别将词义和snippets作为其属性注释到本体中.实验表明本体注释率达到99.12%,表明本文方法的是可行的,本体注释正确率达到80.76%,比同类方法更高.; 关键词本体注释 WORDNET WEB搜索引擎本体; Keywords ontology annotation WordNet Web search engine ontology; 分类号 TP393 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台被引量：8: 2; 作者郭靖文杨晟史涪仁邵晨张璐璐王恒杨啸林; 机构中国医学科学院基础医学研究所; 出处《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期557-564,共8页; 基金国家国际科技合作专项(2014DFB30030); 文摘在过去10余年中,本体广泛应用于生物医学数据分析、检索、整合和再利用中。本体作为一种特殊类型的数据资源,数据量也在迅速增加。为了促进精准医疗领域数据集的整合,并为国内用户提供本体数据资源服务,构建MedPortal本体资源存储和应用平台。通过复用NCBO BioPortal技术,搭建MedPotal软件框架。遴选精准医学相关本体,建立本体资源库。对原框架中的代码和本体处理工具进行修正和完善,使之能够在本体稳定运行的基础上满足大批量数据的自动化处理。目前,该平台已整合42个生物医学本体,建立了本体之间术语映射关系,通过页面和REST API方式,提供术语检索、本体映射、数据标准化注释等本体应用服务(http://medportal.bmicc.cn)。MedPortal本体平台将为生物医学数据整合提供帮助。; 关键词生物医学本体 MedPortal 数据库本体映射本体注释; Keywords biomedical ontology MedPortal database ontology mapping ontology annotation; 分类号 R318 [医药卫生—生物医学工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于序列功能注释的蛋白质相互作用预测方法研究: 3; 作者陈霞陈浩文; 机构长沙航空职业技术学院湖南大学信息科学与工程学院; 出处《安徽农业科学》 CAS 2015年第28期352-353,392,共3页; 基金湖南省教育厅资助科研项目(12C0921); 文摘蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)是大多数细胞过程和生物功能的基础。该研究基于蛋白质功能注释方法(FNM)首次提出了结合蛋白的重要性的方法、结构域相互作用、基因本体论注释序列和注释;然后融合不同的策略,分别建立了3种方法结合的蛋白质序列特征与FNM功能注释功能。利用蛋白质相互作用预测构建蛋白质相互作用网络是进一步理解蛋白质功能的必要前提,也是理解细胞新陈代谢及复杂疾病形成发生的基础和关键。; 关键词蛋白质相互作用多源信息融合功能预测本体注释; Keywords Protein interaction Multi-source information fusion Functional prediction Ontology annotation; 分类号 S126 [农业科学—农业基础科学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于转录组分析CSFV感染猪睾丸支持细胞对屏障功能相关基因的影响: 4; 作者马尧丹俞晖陈海恩杨阳开心葛书君吴江康恺; 机构广东海洋大学滨海农业学院; 出处《中国兽医杂志》北大核心 2025年第5期22-32,共11页; 基金广东省自然科学基金(2020A1515110362) 广东省科技厅海外名师项目(K23438) 湛江市科学技术局海洋生物方向基金(2021E05028)。; 文摘为探究猪瘟病毒(CSFV)感染对猪睾丸支持细胞(ST)mRNA表达谱的影响,本试验以感染CSFV 24和48 h的ST细胞和未感染ST细胞为模型,通过蛋白免疫印迹试验(WB)和间接免疫荧光(IIF)染色检测CSFV E2蛋白的表达;构建4个cDNA文库进行转录组测序,对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析并筛选血睾屏障相关DEGs,通过实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)、WB和IIF对DEGs进行验证。结果显示,CSFV感染24和48 h后,ST细胞均表达了E2蛋白;与Control 24 h相比,CSFV 24 h的ST细胞共鉴定出86个显著差异DEGs(P <0.05);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的ST细胞共鉴定出1 481个显著差异DEGs(P <0.05)。DEGs极显著富集在27个GO功能条目上,主要包括生物学过程、细胞组分和分子功能(P <0.01);极显著富集的KEGG信号通路主要包括肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、晚期糖基化终产物受体(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等(P <0.01)。DEGs的qPCR验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的CLDN11、H2AFX和CDH2表达量极其或极显著上调(P<0.001或P <0.01),TJP1、OCLN和GJA1表达量显著下调(P <0.05);与Control48 h相比,CSFV 48 h的FASLG、TGFB1、IL-6和H2AFX表达量极其或极显著上调(P <0.001或P <0.01),TJP1、OCLN、GJA1、CLDN11和CDH2表达量极显著下调(P <0.01)。差异表达蛋白WB验证结果显示,与Control 24 h相比,CSFV 24 h的TJP1、CLDN11和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01),CLDN11蛋白表达量极其显著上调(P <0.001);与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1、CLDN11、OCLN和GJA1蛋白表达量极其或极显著下调(P <0.001或P <0.01)。IIF结果显示,与Control 48 h相比,CSFV 48 h的TJP1蛋白相对荧光面积极显著下调(P <0.01),CLDN11、OCLN和GJA1蛋白相对荧光面积显著下调(P <0.05)。以上验证结果与转录组测序结果基本一致。结果表明,CSFV感染24和48 h均会影响ST细胞屏障功能相关基因的表达,本试验为进一步探究CSFV对ST细胞屏障的影响机制提供了数据支持。; 关键词猪瘟病毒(CSFV) 猪睾丸支持细胞 mRNA差异表达基因本体论(GO)功能注释京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析; Keywords classical swine fever virus(CSFV) sertoli cells differential mRNA expression Gene ontology(GO)function annotation Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)enrichment analysis; 分类号 S855.3 [农业科学—临床兽医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名拟南芥NBS1互作蛋白的筛选和鉴定被引量：2: 5; 作者吴钒漳孙旭东徐慧妮; 机构昆明理工大学生命科学与技术学院中国科学院昆明植物研究所; 出处《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第4期558-565,共8页; 基金国家自然科学基金项目(31760582)。; 文摘【目的】筛选拟南芥中NBS1的互作蛋白,探究NBS1蛋白的新功能,为后续研究奠定基础。【方法】利用酵母双杂交技术筛选拟南芥c DNA文库,对得到的序列进行BLAST比对、亚细胞定位分析和基因本体注释。【结果】共有221个阳性克隆,测序后通过BLAST比对得到97个与NBS1互作的蛋白,包括膜蛋白、转运蛋白和折叠蛋白等,它们主要定位于细胞质、细胞核和叶绿体等,主要富集于4个分子功能、5个细胞组分和13个生物过程。【结论】拟南芥中与NBS1互作的蛋白在刺激响应、信号转导和细胞代谢等方面发挥着重要作用,也证明NBS1是一种多功能蛋白,但其功能及分子机制还需进一步研究。; 关键词拟南芥 NBS1 蛋白互作酵母双杂交基因本体注释; Keywords Arabidopsis thaliana NBS1 protein interaction yeast two-hybrid gene ontology; 分类号 Q949.748.306 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于网络药理学探讨香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制被引量：33: 6; 作者高娜姚涛赵赟李少康张平安车志英; 机构河南中医药大学北京中医药大学; 出处《世界中医药》 CAS 2022年第4期460-465,共6页; 基金 2018年河南省科技攻关计划项目(182102310272) 河南省中医药科学研究专项课题(20-21ZY2154) 2020年河南中医药大学重点学科建设项目(15102044-2020-2)。; 文摘目的:运用网络药理学的技术分析香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索香砂六君子汤的药物成分及靶点,绘制中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM数据库筛选疾病相关基因,绘制韦恩图,获取共同基因并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行网络拓扑分析获取核心基因;对核心基因进行进一步的基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:经过筛选得到香砂六君子汤中药活性成分137个,潜在作用靶点162个,慢性萎缩性胃炎疾病702个相关靶点,药物-疾病共同靶点51个,经过网络拓扑分析得到PTGS2、TNF、VEGFA、IL1B、CAT等18个核心靶点,通过GO、KEGG主要富集于对活性氧的反应、细胞对氧化应激的反应等生物过程和肿瘤坏死因子、IL-17、Toll样受体、C型凝集素受体信号通路等通路上。结论:香砂六君子汤可以通过多成分-多靶点-多通路的机制,抑制“炎-癌”转化治疗慢性萎缩性胃炎。; 关键词网络药理学香砂六君子汤慢性萎缩性胃炎核心基因基因本体功能注释京都基因和基因组百科全书富集分析 “炎-癌”转化; Keywords Network pharmacology Xiangsha Liujunzi Decoction Chronic atrophic gastritis Core gene GO gene function annotation KEGG enrichment analysis “Inflammation-cancer”transformation; 分类号 R285 [医药卫生—中药学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	一种基于背景知识的本体注释方法	王孝满毛宇光王文胜周晓明	《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心	2011	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	MedPortal:面向精准医学的生物医学本体资源存储和应用平台	郭靖文杨晟史涪仁邵晨张璐璐王恒杨啸林	《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心	2017	8	在线阅读下载PDF 职称材料
3	基于序列功能注释的蛋白质相互作用预测方法研究	陈霞陈浩文	《安徽农业科学》 CAS	2015	0	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于转录组分析CSFV感染猪睾丸支持细胞对屏障功能相关基因的影响	马尧丹俞晖陈海恩杨阳开心葛书君吴江康恺	《中国兽医杂志》北大核心	2025	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	拟南芥NBS1互作蛋白的筛选和鉴定	吴钒漳孙旭东徐慧妮	《云南农业大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心	2023	2	在线阅读下载PDF 职称材料
6	基于网络药理学探讨香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制	高娜姚涛赵赟李少康张平安车志英	《世界中医药》 CAS	2022	33	在线阅读下载PDF 职称材料