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利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类 被引量:9
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作者 汪琦 张昕 +3 位作者 赵大贺 马海萍 陈广全 张惠媛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期214-219,共6页
目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种... 目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2~5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。 展开更多
关键词 限制性酶切末端片段长度多态性T—RFLP 种类鉴定 12S RRNA
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链霉菌JD211对水稻幼苗促生作用及土壤细菌多样性的影响 被引量:17
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作者 王世强 魏赛金 +4 位作者 杨陶陶 李庆蒙 涂国全 倪国荣 潘晓华 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期673-681,共9页
以春光1号水稻为供试种子,链霉菌JD211为供试菌,通过浅盘试验研究链霉菌JD211对水稻生物量和土壤细菌多样性的影响。结果表明:菌剂用量10 g kg-1对水稻幼苗的生长有极显著的促进作用,幼苗总干重、地上部分干重、地下部分干重与对照相比... 以春光1号水稻为供试种子,链霉菌JD211为供试菌,通过浅盘试验研究链霉菌JD211对水稻生物量和土壤细菌多样性的影响。结果表明:菌剂用量10 g kg-1对水稻幼苗的生长有极显著的促进作用,幼苗总干重、地上部分干重、地下部分干重与对照相比分别提高52.15%、44.56%、65.55%,植株全氮、全磷分别提高90.10%、58.51%。与CK土壤相比,菌剂用量10 g kg-1的土壤速效氮、有效磷均有显著提高,分别提高了37.49%、40.62%。细菌多样性的末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)分析表明链霉菌JD211能促进一些稀有或生态势较弱的细菌生长,使参与土壤营养循环、改善土壤质地及防治植物病害的功能菌成为优势菌群。土壤功能微生物类群的变化,加速了N、P等土壤养分循环,增强了水稻对N、P等矿质养分的吸收,从而促进水稻生长。 展开更多
关键词 链霉菌JD211 秧苗生长 功能细菌 群落结构 末端限制性片段长度多样性
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不同连作年限野生地黄根际土壤微生物群落多样性分析 被引量:61
3
作者 吴林坤 黄伟民 +5 位作者 王娟英 吴红淼 陈军 秦贤金 张重义 林文雄 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期308-317,共10页
以野生地黄为试验材料,设置野生地黄头茬土壤、重茬土壤和原茬土壤处理,未种植任何作物为对照,于块根膨大中期采集土样,通过磷脂脂肪酸法(PLFA)和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术,分析不同连作年限野生地黄的根际微生物生物量和... 以野生地黄为试验材料,设置野生地黄头茬土壤、重茬土壤和原茬土壤处理,未种植任何作物为对照,于块根膨大中期采集土样,通过磷脂脂肪酸法(PLFA)和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术,分析不同连作年限野生地黄的根际微生物生物量和群落结构变化。PLFA分析结果表明,不同处理情况下地黄根际土壤微生物群落结构存在明显差异,与头茬地黄根际土壤相比,重茬地黄土壤微生物总量显著下降,并且细菌/真菌比例下降。T-RFLP分析结果表明,不同连作年限地黄根际土壤细菌群落结构存在一定差异,野生状态地黄土壤和头茬土壤菌群较为相似,变形菌门和厚壁菌门占据优势地位。野生状态地黄和头茬地黄根际富含Bacillus、Pseudomonas等有益生防菌,而重茬地黄根际土壤滋生大量病原菌如Clostridium sp.、Flexibacter polymorphus和Clostridium ghoni,有益菌群和纤维素降解菌群减少,q RT-PCR定量分析也显示,野生状态地黄和头茬地黄土壤中假单胞菌数量都显著高于重茬地黄土壤。总之,野生地黄存在连作障碍问题,导致野生地黄根际有益菌数量减少而病原菌大量滋生,从而降低了野生地黄抵御病害的能力,使重茬野生地黄生长发育差,产量大幅降低。 展开更多
关键词 地黄 磷脂脂肪酸 末端限制性片段长度多态性 微生物多样性 植物根际
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持续干旱对樱桃根际土壤细菌数量及结构多样性影响 被引量:28
4
作者 刘方春 邢尚军 +3 位作者 马海林 陈波 丁延芹 杜秉海 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期642-649,共8页
以1年生吉塞拉实生容器苗为试材,采用绿色荧光蛋白基因标记技术,研究了干旱胁迫(连续干旱0、7、14、21、28 d和35 d)对樱桃根际促生细菌YT3的标记菌YT3-gfp数量的影响,同时结合平板计数法和末端限制性片段长度多态性分析(terminal restr... 以1年生吉塞拉实生容器苗为试材,采用绿色荧光蛋白基因标记技术,研究了干旱胁迫(连续干旱0、7、14、21、28 d和35 d)对樱桃根际促生细菌YT3的标记菌YT3-gfp数量的影响,同时结合平板计数法和末端限制性片段长度多态性分析(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术,研究了干旱对樱桃土壤中的微生物数量及细菌群落结构多样性影响。结果表明:樱桃根际土壤中的YT3-gfp数量是非根际土壤中的8.75—28.77倍,随着持续干旱强度的增加,YT3-gfp的数量先增加后减小。干旱对根际土壤中YT3-gfp数量的影响大于对非根际土壤的影响,分别在持续干旱至第21天和28天时,YT3-gfp的数量达到最大值。随着持续干旱强度的增加,根际土壤中细菌和放线菌数量先增加后减小,而真菌的数量一直减少。此外,持续干旱至第21天或28天时,樱桃根际土壤具有最高的丰富度指数、多样性指数和最低的优势度指数。基于T-RFLP的主成分分析结果显示持续干旱14—35 d时,其细菌群落结构成为一个相对独立的群,群落结构趋于多样性;而持续干旱7 d和42 d构成另外两个相对独立的群,群落结构趋于简单。以上分析可知,干旱对土壤微生物影响显著,一定强度的干旱可提高细菌和放线菌数量,提高细菌群落结构多样性,适当干旱对维持根际土壤细菌群落结构多样性是有益的。 展开更多
关键词 干旱 根际 微生物 樱桃 群落结构 绿色荧光蛋白 末端限制性片段长度多态性
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青海湖裸鲤mtDNA遗传多样性的初步研究 被引量:27
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作者 赵凯 李军祥 +4 位作者 张亚平 罗静 李太平 吴华 田海宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第5期445-448,共4页
本文用BclⅠ、AvaⅠ、BamHⅠ、PstⅠ、KpnⅠ、PvuⅡ共 6种限制性内切核酸酶 ,分析了 15尾青海湖裸鲤mtDNA的限制性片段长度多态性 ,共检测出 2 0个酶切位点 ,发现BclⅠ、BamHⅠ和PvuⅡ三种酶切类型具有多态性。根据不同个体mtDNA的酶切... 本文用BclⅠ、AvaⅠ、BamHⅠ、PstⅠ、KpnⅠ、PvuⅡ共 6种限制性内切核酸酶 ,分析了 15尾青海湖裸鲤mtDNA的限制性片段长度多态性 ,共检测出 2 0个酶切位点 ,发现BclⅠ、BamHⅠ和PvuⅡ三种酶切类型具有多态性。根据不同个体mtDNA的酶切类型 ,青海湖裸鲤存在 4种mtDNA单倍型 ,计算mtDNA多态度π值为 0 .0 0 43,初步认为青海湖裸鲤在线粒体DNA上存在较丰富的群体内变异。 展开更多
关键词 青海湖裸鲤 MTDNA 限制性片段长度多态性 遗传多样性
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RFLP法研究接种对农业废物堆肥微生物多样性的影响 被引量:10
6
作者 喻曼 许育新 +6 位作者 曾光明 肖华 张棋 陈耀宁 张嘉超 黄红丽 蒋荣清 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期396-399,共4页
用限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法研究了在农业废物堆肥一次发酵和二次发酵期间添加黄孢原毛平革菌(P.chrysosporium)对微生物多样性的影响。结果表明,在不同发酵期接种P.chrysosporium对堆... 用限制性片段长度多态性(Restriction fragment length polymorphism,RFLP)方法研究了在农业废物堆肥一次发酵和二次发酵期间添加黄孢原毛平革菌(P.chrysosporium)对微生物多样性的影响。结果表明,在不同发酵期接种P.chrysosporium对堆肥进程的影响不同。3种典型的限制性内切酶AluⅠ、HaeⅢ和TaqⅠ在分析堆肥细菌微生物多样性的灵敏性上,HaeⅢ效果最好,AluⅠ次之,TaqⅠ则并不很适用于分析堆肥细菌微生物多样性。接种黄孢对堆肥细菌群落的影响非常显著且迅速,二次接种可起到巩固一次接种效果的作用。 展开更多
关键词 农业废物堆肥 接种 微生物多样性 限制性片段长度多态性分析
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不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响 被引量:11
7
作者 张永婧 刘强 +3 位作者 张文明 张志静 王伟兰 庄苏 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期3275-3283,共9页
本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回... 本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P<0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P<0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P<0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P<0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P<0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。 展开更多
关键词 生长猪 饲粮纤维 细胞壁降解酶 肠道微生物 末端限制性片段长度多态性
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不同水系绒螯蟹线粒体DNA的遗传差异和群体遗传多样性研究 被引量:8
8
作者 胡鹏飞 李晓东 +2 位作者 戴伟 王茜 王晓梅 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第3期50-55,共6页
对中国大陆6水系10个地区中华绒鳌蟹和合浦绒螯蟹自然群体及1个俄罗斯地区日本绒鳌蟹群体中共289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ进行了RFLP分析。选用8种能识别4碱基的限制性内切酶AluⅠ,DpnⅡ,HaeⅢ,MspⅠ,MseⅠ,RsaⅠ,Taq... 对中国大陆6水系10个地区中华绒鳌蟹和合浦绒螯蟹自然群体及1个俄罗斯地区日本绒鳌蟹群体中共289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ进行了RFLP分析。选用8种能识别4碱基的限制性内切酶AluⅠ,DpnⅡ,HaeⅢ,MspⅠ,MseⅠ,RsaⅠ,TaqⅠ和TasⅠ及3种能识别6碱基的限制性内切酶ApaⅠ,NdeⅠ和VspⅠ对该基因片段酶切后,在11个群体中共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒鳌蟹以外的群体所共有,并均以该复合单倍型为主(46.4%~96.7%),复合单倍型4在合浦绒鳌蟹群体中占有很大比例(91.7%);合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹北方水系(黄河、海河、辽河)的遗传差异最为明显(Pnet=0.060~0.061);不同水系中华绒螯蟹及合浦绒螯蟹、日本绒螯蟹具有一定的群体内遗传多态性(π=0.0002~0.0167),但并不高。 展开更多
关键词 绒鳌蟹 遗传差异 遗传多样性 线粒体CO Ⅰ基因 限制性片段长度多态性
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霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)扰动对表层沉积物细菌群落结构和多样性的影响 被引量:4
9
作者 郭亮 姚思鹏 邢鹏 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期973-978,共6页
为研究大型底栖动物霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)对表层沉积物中细菌群落结构和多样性的影响,设计了沉积物-水微宇宙的实验,模拟太湖梅梁湾霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)的自然分布特征,运用末端限制性片段长度多态性... 为研究大型底栖动物霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)对表层沉积物中细菌群落结构和多样性的影响,设计了沉积物-水微宇宙的实验,模拟太湖梅梁湾霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)的自然分布特征,运用末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)比较了有无霍甫水丝蚓(Limnodrilus hoffmeisteri)分布的沉积物样品中细菌群落的动态变化。结果表明,水丝蚓组和对照组沉积物细菌群落结构相似性无显著差异(P>0.05),可见太湖梅梁湾目前的水丝蚓生物量引起的生物扰动对表层沉积物细菌群落结构影响不明显;实验中后期只在处理组中出现的206 bp以及处理组含量高于对照组的370 bp T-RFs都可能是Nitrosomonas属的氨氧化细菌,提示大型底栖动物霍甫水丝蚓的存在可能为氨氧化细菌提供了适合的生态位。 展开更多
关键词 生物扰动 细菌群落结构 多样性 末端限制性片段长度多态性 氨氧化细菌
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太湖底泥中聚磷菌多样性的垂直分布 被引量:1
10
作者 钱玮 朱艳霞 邱业先 《江苏农业科学》 北大核心 2017年第3期221-224,共4页
以太湖不同深度底泥为研究对象,采用末端限制性片段长度多态性方法,分析底泥中聚磷菌的多样性。结果表明:32~35 cm底泥中聚磷菌多样性最高,物种丰度、Shannon-Weiner多样性指数分别为10、1.94。下层底泥(12~15、22~25、32~35 cm)中聚磷... 以太湖不同深度底泥为研究对象,采用末端限制性片段长度多态性方法,分析底泥中聚磷菌的多样性。结果表明:32~35 cm底泥中聚磷菌多样性最高,物种丰度、Shannon-Weiner多样性指数分别为10、1.94。下层底泥(12~15、22~25、32~35 cm)中聚磷菌的群落结构趋于稳定,表层底泥(0~3、6~8 cm)受泥水界面影响,聚磷菌群落结构与下层底泥有明显差异。研究结果为了解湖泊底泥微生物的分布和聚磷菌多样性积累了有价值的资料。 展开更多
关键词 太湖底泥 聚磷菌 末端限制性片段长度多态性(T-RFLP) 垂直分布 微生物
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人类基因组多样性计划研究进展
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作者 李冬娜 应大君 《海南医学院学报》 CAS 2001年第2期125-128,共4页
关键词 遗传标记 限制性片段长度多态性 基因组多样性 HGDP
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老白干酒曲中酵母菌多样性分析 被引量:7
12
作者 文淑婷 李艳 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第24期175-182,共8页
采用微生物分离培养与分子鉴定相结合的方法,在对酒曲中的酵母菌进行分离、纯化和形态学鉴定基础上,进行菌株核糖体26S rDNA聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析技术结合的分子鉴定。并采用非培养方法,直接提取酒曲中的总DNA进行... 采用微生物分离培养与分子鉴定相结合的方法,在对酒曲中的酵母菌进行分离、纯化和形态学鉴定基础上,进行菌株核糖体26S rDNA聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析技术结合的分子鉴定。并采用非培养方法,直接提取酒曲中的总DNA进行聚合酶链式反应扩增、电泳和切胶与回收,通过聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis,PCR-DGGE)法鉴定酵母菌。结果表明,采用培养方式分离到57株6种不同形态的酵母菌,经鉴定为5种分子类型,分别为奥默毕赤酵母(Pichia kudriavzevii)、葡萄牙棒孢酵母(Clavisporalusitaniae)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomycesanomalus)、胶红酵母(Rhodotorula mucilaginosa)、阿氏丝孢酵母(Trichosporon asahii)。经PCR-DGGE法鉴定得到10株酵母菌,分别为W. anomalus、Wickerhamomyces sp.、T. asahii、热带假丝酵母(Candida tropicalis)和Candida sp.各1株,Hyphopichiaburtonii 2株,另有unculturedSaccharomycopsis3株。培养与非培养两种方式共鉴定得到10株酵母菌,分别属于8个属,包括P. kudriavzevii、C. lusitaniae、W. anomalus、R. mucilaginosa、T. asahii、uncultured Saccharomycopsis、H. burtonii、Wickerhamomyces sp.、C. tropicalis、Candida sp.,该研究结果可为进一步研究酒曲的发酵能力提供参考。 展开更多
关键词 老白干酒曲 酵母菌 多样性 26S rDNA聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳
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健康犊牛直肠细菌的多样性
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作者 许强 马勋 +2 位作者 康立超 薄新文 王新华 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期127-132,共6页
【目的】研究分析健康犊牛直肠细菌的多样性。【方法】通过建立直肠菌群16S rRNA基因克隆文库,分别用限制性内切酶Msp I和Hha I对阳性克隆的PCR产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,通过测定16S rRNA基因序列,绘制进化树,确定... 【目的】研究分析健康犊牛直肠细菌的多样性。【方法】通过建立直肠菌群16S rRNA基因克隆文库,分别用限制性内切酶Msp I和Hha I对阳性克隆的PCR产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,通过测定16S rRNA基因序列,绘制进化树,确定健康犊牛直肠菌群的组成。【结果】克隆阳性率达96.45%(488/506),Msp I得到64种分类操作单元(OTU,Operational Taxonomic Unit),Hha I得到45种OTU,综合获得143种OTU。测序比对表明健康犊牛直肠优势菌群分属梭菌属(13%)、双歧杆菌属(8%)、拟杆菌属(3%)、真杆菌属(3%)、乳杆菌属(2%)、普氏菌属(2%)、埃希菌属(4%)、巨型球菌属(5%)和不可培养菌(8%)。【结论】健康犊牛直肠菌群复杂多样,且多为专性厌氧菌,以梭菌属、双歧杆菌属和巨型球菌属为主要类群。此外,巨型球菌属在1~2周龄犊牛直肠中具有独特性。 展开更多
关键词 犊牛直肠 多样性 限制性片段长度多态性(RFLP) 16S RRNA序列
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劳盆地热液喷口沉积物微生物多样性初步研究
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作者 郭文婷 刘晓曦 王鹏 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期23-27,共5页
采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术对劳盆地热液区TVG9站位沉积物中细菌、古菌多样性进行了调查,并构建其细菌、古菌种群的16S rRNA基因文库。研究结果表明,该站位细菌包含变形杆菌(Proteobacteria)、硝化螺旋... 采用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)技术对劳盆地热液区TVG9站位沉积物中细菌、古菌多样性进行了调查,并构建其细菌、古菌种群的16S rRNA基因文库。研究结果表明,该站位细菌包含变形杆菌(Proteobacteria)、硝化螺旋菌(Nitrospira),疣微菌(Verrucomicrobia)等3个类群,其中变形杆菌占据优势地位,由Alphaproteobactria,Gamaproteobactria,Deltaproteobac-tria等3个亚群组成。古菌包含泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中泉古菌占优势,由MGⅠ(Marine GroupⅠ)和MCG(Miscellaneous Crenarchaeotal Group)两类群组成,而广古菌主要由MBGE(Marine Benthic Group E)组成。旨在揭示深海热液区的微生物多样性,为生态环境的研究提供理论支持。 展开更多
关键词 劳盆地 热液喷口 沉积物 微生物多样性 聚合酶链式反应限制性片段长度多态性分析(PCR—RFLP )
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不同水系中华绒螯蟹线粒体COⅠ基因片段的RFLP分析 被引量:4
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作者 王晓梅 邢克智 +3 位作者 戴伟 王茜 曹维维 李晓东 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2007年第1期78-82,共5页
应用PCR-RFLP技术分析了长江、瓯江和辽河3个水系中华绒螯蟹的线粒体COⅠ的基因片段遗传多样性,应用11种限制性内切酶对COⅠ基因片段进行限制性片段长度多态分析,共检测出6种复合单倍型,其中瓯江群体检测出5种复合单倍型,长江和辽河均有... 应用PCR-RFLP技术分析了长江、瓯江和辽河3个水系中华绒螯蟹的线粒体COⅠ的基因片段遗传多样性,应用11种限制性内切酶对COⅠ基因片段进行限制性片段长度多态分析,共检测出6种复合单倍型,其中瓯江群体检测出5种复合单倍型,长江和辽河均有2种复合单倍型。经数理统计分析,3个群体内线粒体DNA的核苷酸多样性指数分别为0.006 7(长江)、0.016 7(瓯江)和0.000 3(辽河),瓯江群体的遗传多态度最高,其次为长江群体,而辽河群体在3个群体中遗传多态度最低。结果说明,中华绒螯蟹具有一定群体内遗传多样性:瓯江群体>长江群体>辽河群体。在群体间,辽河与瓯江群体的净遗传距离最大为0.023 7,长江与瓯江群体间的净遗传距离次之为0.020 7,而长江与辽河群体间的净遗传距离最小为0.004 3,说明3个种群中长江与瓯江种群间的亲缘关系最近,而辽河与瓯江种群间的亲缘关系最远。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 线粒体细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ基因 限制性片段长度多态性 遗传多样性
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端粒长度检测方法及其应用 被引量:5
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作者 张彬 王长利 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期93-98,共6页
人类的衰老与肿瘤的发生是影响人寿命的重要因素,几十年来的研究表明端粒长度的变化在这两个进程中扮演了极其重要的角色,因此熟知分析端粒长度的方法就显得非常重要。目前,有多种端粒长度检测的方法,包括端粒末端限制性片段分析(termin... 人类的衰老与肿瘤的发生是影响人寿命的重要因素,几十年来的研究表明端粒长度的变化在这两个进程中扮演了极其重要的角色,因此熟知分析端粒长度的方法就显得非常重要。目前,有多种端粒长度检测的方法,包括端粒末端限制性片段分析(terminal restriction fragment,TRF),定量PCR(q PCR),荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)和单链端粒长度分析(single telomere length analysis,STELA)等。但每种方法都有适用的范围,在研究和应用过程中需要熟知各种方法的原理、优势和局限,从而选择合适的检测方法,才能达到我们的研究目的,解决具体问题。因此将对目前常用的端粒长度检测方法进行综述。 展开更多
关键词 端粒长度 端粒末端限制性片段分析 定量PCR 荧光原位杂交 单链端粒长度分析
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施氮肥对华北平原土壤氨氧化细菌和古菌数量及群落结构的影响 被引量:33
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作者 杨亚东 张明才 +3 位作者 胡君蔚 张凯 胡跃高 曾昭海 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期3636-3646,共11页
利用荧光定量PCR、末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)和基因克隆文库技术,比较了4种施氮水平(不施氮肥,0 kg N/hm^2,CK;施低水平氮肥,75 kg N/hm^2,N1;施中水平氮肥,150 kg N/hm^2,N2;施高水平氮肥,225 kg N/hm^2,N3)下华北平原地区小... 利用荧光定量PCR、末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)和基因克隆文库技术,比较了4种施氮水平(不施氮肥,0 kg N/hm^2,CK;施低水平氮肥,75 kg N/hm^2,N1;施中水平氮肥,150 kg N/hm^2,N2;施高水平氮肥,225 kg N/hm^2,N3)下华北平原地区小麦季表层(0—20 cm)土壤总细菌、氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)的丰度和群落结构。结果表明,土壤总细菌、AOB和AOA数量分别在每克干土5.74×10~9—7.50×10~9、8.89×10~6—2.66×10~7和3.83×10~8—7.78×10~8之间。不同施氮量土壤AOA数量均高于AOB数量,AOA/AOB值在81.72—14.38之间。增施氮肥显著显著提高AOB数量(P<0.05),对总细菌和AOA数量的影响不显著(P>0.05)。与CK相比,处理N1、N2和N3中AOB数量分别提高了0.64、1.50和1.99倍。增施氮肥显著改变了AOB和AOA的群落结构,且不同施氮量处理中AOB群落结构差异更大。系统进化分析显示,施氮肥小麦土壤AOB主要为Nitrosospira属类群,分布在Cluster 3的两个分支中;AOA分布在Cluster S的4个分支中。相关性分析显示,AOB数量与全氮和铵态氮含量呈显著正相关关系,与土壤pH和碳氮比呈显著负相关关系(P<0.05);AOA数量与硝态氮含量和土壤pH呈显著正相关关系,与铵态氮含量呈显著负相关关系(P<0.05)。研究结果表明:增施氮肥可显著改变华北平原地区碱性土壤AOB数量与群落结构,该地区小麦土壤中AOB比AOA对氮肥响应更敏感。 展开更多
关键词 氮肥 氨氧化细菌 氨氧化古菌 丰度 群落结构 末端限制性片段长度多样性
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秸秆腐熟剂对水稻秧苗素质及育秧基质微生物的影响 被引量:8
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作者 王津 魏赛金 魏丽梅 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期2413-2422,共10页
为探究接种腐熟剂堆沤秸秆作为育秧基质培育水稻秧苗的可行性及其在生态学方面的机制,本研究结合理化测定并采用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析,探究了浅盘试验条件下的水稻秧苗素质、基质矿质成分及基质微生物多样性。结果表明... 为探究接种腐熟剂堆沤秸秆作为育秧基质培育水稻秧苗的可行性及其在生态学方面的机制,本研究结合理化测定并采用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)分析,探究了浅盘试验条件下的水稻秧苗素质、基质矿质成分及基质微生物多样性。结果表明,与对照组相比,接种腐熟剂堆沤秸秆作为育秧基质使得水稻鲜重、水稻株高、水稻假茎宽、水稻根等形态学指标有所提高;基质中有机质、全氮、有效磷含量增加显著;基质中细菌和霉菌的生物量分别增加了3.61、70.67倍;细菌中参与C循环、S循环、N循环、抗致病微生物、有益微生物、未知功能微生物、营养代谢相关细菌的生物量分别提高了0.80、1.33、4.86、2.62、6.27、3.24、2.69倍;基质中亚硝化细菌、反硝化细菌、好气性纤维素分解菌、硅酸盐细菌、硝化细菌、好气性自身固氮菌、硅酸盐细菌等功能微生物的数量分别提高了136.50、17.61、8.26、5.65、3.99、2.63倍。研究表明,秸秆腐熟剂改变了原始环境的微生物群落结构并有益于水稻生长。本研究为合理利用堆沤秸秆基质育秧提供了科学依据。 展开更多
关键词 秸秆腐熟剂 秧苗素质 群落结构 末端限制性片段长度多样性(T-RFLP)
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TRFLP在微生物群落结构与动态分析中的应用 被引量:23
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作者 任南琪 赵阳国 +1 位作者 高崇洋 王爱杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第4期552-556,共5页
介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构... 介绍了末端限制性片段长度多态性技术(TRFLP)的基本原理和操作要点,综述了该技术在土壤、肠道、受污染环境以及污染物处理工艺微生物群落结构、动态分析中的应用.由于技术整合了自动测序仪的高分辨率和高通量特征,对分析复杂群落的结构较其它指纹技术更具有明显优势和广阔的应用前景.对于无法将特异条带进行测序分析及原位杂交的缺点,可通过与克隆文库序列进行比较,并采用软件将多酶切的末端限制性片段(TRFs)与现有数据库进行叠加比较的方式加以弥补. 展开更多
关键词 微生物群落 群落动态 末端限制性片段长度多态性 rDNA克隆文库 末端限制性片段图谱
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南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节变化及其与环境因子的关系 被引量:25
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作者 沈烽 赵大勇 +5 位作者 黄睿 王司辰 曹新益 徐慧敏 曾巾 余钟波 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第3期662-669,共8页
应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielo... 应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielou指数最高,而春季最低.非度量多维尺度分析结果显示浮游细菌群落结构存在着明显的季节性变化.Mantel检验、典范对应分析、变量分割分析表明影响玄武湖细菌群落结构最显著的环境因子为温度,其次为pH.营养盐浓度对玄武湖细菌群落结构的影响不显著.总的来说,本研究将有助于更好地理解富营养化水体中的浮游细菌群落组成的季节变化规律. 展开更多
关键词 浮游细菌 末端限制性片段长度多态性技术 多元统计 玄武湖
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