限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）技术的优点

1

作者 新展 《现代渔业信息》 2007年第11期31-31,共1页

限制性片段长度多态性（RFLP）技术是最早开发成功、建立在Southern杂交技术上的DNA分子遗传标记技术。RFLP技术的优点：

关键词 限制性片段长度多态性 分子遗传标记技术 Southern杂交技术 rflp技术 DNA

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利用12S rRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性鉴定动物种类 被引量：9

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作者 汪琦 张昕 +3 位作者 赵大贺 马海萍 陈广全 张惠媛 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期214-219,共6页

目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种... 目的:建立一种精确可靠的鉴定常见的10种动物(猪、狗、牛、山羊、绵羊、马、鸡、鼠、三文鱼和鹿)的方法。方法:利用12SrRNA基因的限制性酶切末端片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)鉴别动物种类。将线粒体12S rRNA基因通过引物的5'端用FAM荧光标记,从基因组DNA中扩增450bp的目的片段。引物对1(下游引物FAM标记,上游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶AluⅠ酶切。引物对2(上游引物FAM标记,下游引物不标记)扩增的PCR产物用限制性内切酶Tru9Ⅰ酶切。得到的酶切产物分别在遗传分析仪ABI3100上进行毛细管电泳,片段大小用Peak Scanner 1.0软件分析。结果:根据AluⅠ酶切图谱能够区分鸡、马、猪和三文鱼,而鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗因酶切图谱相同无法分开。根据Tru9Ⅰ酶切图谱,能够进一步将鹿和牛、山羊和绵羊、鼠和狗分开。同一种动物不同个体的酶切图谱完全相同,结果具有可重复性。没有出现物种内多态的现象。大多数情况下,实际得到的末端片段长度与理论值非常接近,只存在2～5bp的差异。结论:该方法操作简单、结果精确,适用于鉴定动物种类。 展开更多

关键词 限制性酶切末端片段长度多态性t—rflp 种类鉴定 12S RRNA

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DNA多态性分析技术及其在蚕业上的应用 被引量：1

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作者 周泽扬 鲁成 +1 位作者 夏庆友 向仲怀 《蚕学通讯》 1996年第4期16-20,共5页

现代分子生物学的迅猛发展,使整个生命科学研究发生了深刻的革命.由之而孕育出的以基因组DNA多态性分析为核心的分子标记(molecular marker)技术,使人们对于生物遗传差异的认识,由表型(产物)特征深入到了分子水平,产生了由现象到本质的... 现代分子生物学的迅猛发展,使整个生命科学研究发生了深刻的革命.由之而孕育出的以基因组DNA多态性分析为核心的分子标记(molecular marker)技术,使人们对于生物遗传差异的认识,由表型(产物)特征深入到了分子水平,产生了由现象到本质的飞跃.DNA多态性是指基因组DNA在漫长的生命繁演历程中所发生的自然突变(DNA片断的插入、缺失、重排或碱基置换)状况的差异性.这种差异反映了基因组的本质特征。 展开更多

关键词 DNA多态性 分析技术 基因组DNA 分子标记 多态性分析 限制性片段长度多态性(rflp) 模板DNA 蚕业 限制性内切酶 遗传标记

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T-RFLP技术在厌氧氨氧化菌群结构分析中的应用 被引量：4

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作者 储昭瑞 李相昆 +1 位作者 孟令威 张杰 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第2期26-30,共5页

为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选... 为实现对样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析,提出一种基于末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)分析环境样品中厌氧氨氧化菌群结构的方法.通过对SILVA(R108)SSU Ref数据库中已知厌氧氨氧化菌16S rD-NA序列的模拟PCR和酶切分析,选取合适的PCR引物(Amx368f-Amx820r)和限制性内切酶(MspI和RsaI),使得不同厌氧氨氧化菌属对应不同末端片段长度(T-RFs),从而完成对厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析.重复性和灵敏性检验结果表明,该方法能够有效、稳定地应用于环境样品中厌氧氨氧化菌群落组成的快速分析. 展开更多

关键词 厌氧氨氧化 末端限制性片段长度多态性技术 菌群结构分析 模拟聚合酶链式反应 环境样品

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基于T-RFLP和因子分析的香蒲根际细菌群落研究 被引量：7

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作者 马栋山 熊薇 +3 位作者 张琼琼 郭羿宏 赵文吉 郭逍宇 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第10期2684-2691,共8页

以北京市永定河王平湿地为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)对王平湿地再生水补水口及其远离补水口的香蒲根际细菌和氨氧化细菌(AOB)的群落结构及多样性变化进行分析,在此基础上结合MiCA3比对、典范对应分析(CCA)和多元... 以北京市永定河王平湿地为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)对王平湿地再生水补水口及其远离补水口的香蒲根际细菌和氨氧化细菌(AOB)的群落结构及多样性变化进行分析,在此基础上结合MiCA3比对、典范对应分析(CCA)和多元统计中因子分析(FA),解析湿地不同空间细菌群落功能特性的变化.结果显示再生水补水口细菌群落各多样性指数均明显低于远离补水口细菌群落,而氨氧化细菌群落则呈现相反趋势.基于传统的T-RFLP片段MiCA3比对、CCA和FA相结合的分析表明:对细菌群落,占再生水补水口细菌群落总丰度55.6%的菌群与150bp代表的鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)具相似净化功能,并与总有机碳生物化学循环过程具密切关系,其次占再生水补水口上游细菌群落总丰度75.5%的菌群与81bp为代表的假单胞菌属(Pseudomonas sp.)和Geitlerinema sp.具相似净化功能,并与氮的生物化学循环过程具密切关系.占再生水补水口下游细菌群落总丰度68.7%的菌群与138bp代表的小单孢菌属(Micromonospora sp.)具相似净化功能,同时与重金属Cu、V、和Ti生物化学循环具密切关系.对氨氧化细菌,266bp受铵态氮影响较大,占再生水补水口氨氧化细菌群落总丰度65.5%的菌群与266bp代表的Nitrosomonas sp.具相似的生境特征,适合在高氨环境中生长;与58bp所代表的Nitrosospira sp.具相似功能特性菌群丰度在远离补水口样点中较前者呈现显著增加趋势,表征该类菌群适合在相对低氨环境中生长. 展开更多

关键词 因子分析(FA) 末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术 再生水 根际细菌

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污水处理工艺对氨氧化菌及细菌群落的影响 被引量：12

6

作者 王晓慧 文湘华 +2 位作者 杨宁宁 许美兰 丁鵾 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第6期622-628,共7页

采用针对氨氧化菌(AOB)功能基因氨单加氧酶(amoA)的末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)、克隆测序等方法,研究了北京市2个污水处理厂的4个污水处理系统中AOB的群落结构,同时采用针对16SrRNA基因的T-RFLP技术分析了总细菌的群落结构.T... 采用针对氨氧化菌(AOB)功能基因氨单加氧酶(amoA)的末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP)、克隆测序等方法,研究了北京市2个污水处理厂的4个污水处理系统中AOB的群落结构,同时采用针对16SrRNA基因的T-RFLP技术分析了总细菌的群落结构.T-RFLP指纹图谱分析表明,4个污水处理系统中AOB的优势限制性片段(T-RF)均为291bp和354bp,细菌的优势T-RF为115,117,166,455,465,468,471,482,800,893bp等.说明污水处理工艺对系统中AOB及细菌的群落结构影响很小.对功能基因amoA的系统发育分析表明,4个污水处理系统中优势AOB均属于Nitrosomonas europaea cluster和Nitrosomonas oligotropha culster. 展开更多

关键词 氨氧化菌(AOB) 末端限制性片段长度多态性技术(t—rflp) 氨单加氧酶(amoA)处理工艺

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南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节变化及其与环境因子的关系 被引量：25

7

作者 沈烽 赵大勇 +5 位作者 黄睿 王司辰 曹新益 徐慧敏 曾巾 余钟波 《湖泊科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第3期662-669,共8页

应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielo... 应用16S rRNA基因末端限制性片段长度多态性技术和多元统计方法,探究了南京玄武湖浮游细菌群落结构的季节性变化,并找出了浮游细菌群落组成分布的主要影响因子.结果表明,玄武湖4个季节中夏季Invsimpson指数、Shannon-Wiener指数和Pielou指数最高,而春季最低.非度量多维尺度分析结果显示浮游细菌群落结构存在着明显的季节性变化.Mantel检验、典范对应分析、变量分割分析表明影响玄武湖细菌群落结构最显著的环境因子为温度,其次为pH.营养盐浓度对玄武湖细菌群落结构的影响不显著.总的来说,本研究将有助于更好地理解富营养化水体中的浮游细菌群落组成的季节变化规律. 展开更多

关键词 浮游细菌 末端限制性片段长度多态性技术 多元统计 玄武湖

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石油污染生物修复研究进展 被引量：29

8

作者 黄艺 礼晓 蔡佳亮 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2009年第1期361-367,共7页

石油污染多见于油田附近的土壤污染和海上油轮泄漏造成的海域污染,自1970s便出现了利用微生物降解石油污染物的生物修复研究,总结了1970s至今的相关文献发现石油污染生物修复技术受到越来越多的关注,其目前的主要研究方向包括:添加辅助... 石油污染多见于油田附近的土壤污染和海上油轮泄漏造成的海域污染,自1970s便出现了利用微生物降解石油污染物的生物修复研究,总结了1970s至今的相关文献发现石油污染生物修复技术受到越来越多的关注,其目前的主要研究方向包括:添加辅助营养物质或辅助乳化剂、石油污染降解过程的生物标记研究、菌株具体降解途径、工程示范研究。而由于石油污染成分复杂,不同微生物可利用的石油底物不同,降解途径也不同,因此传统的石油污染生物修复研究存在效率不高、难以维持等问题,而随着1990s以来分子生物学技术的迅速发展,其在石油污染生物修复中得到越来越多的应用,并有效地提高了修复效率。其应用主要包括以下两方面:(1)在掌握已有石油污染物生物降解途径和降解基因的基础上,研究针对石油污染不同底物的高效降解菌株,构建高效基因工程菌或功能互补的混合菌剂。譬如石油污染物的生物降解过程中,一系列的加氧酶/羟化酶起着最重要的作用,其中包括了单加氧酶和双加氧酶等。它们一般作用于降解的加羟基或后续的开环过程。而不同的脱氢酶、脱羧基酶、辅酶A连接酶等,则对底物加氧后的降解起着重要作用。因此本文重点分析整理了一系列典型石油污染物降解途径中的加氧酶及其参考菌株。(2)由于下游多态性分析方法的进步,越来越多的研究利用PCR对修复过程中群落的重要降解基因进行扩增,譬如对芳烃开环有重要作用的儿茶酚1,2-双加氧酶(C12O)、儿茶酚2,3-双加氧酶(C23O)以及对长链烷烃降解起作用的alkB,alkM等基因,并进而应用rDNA扩增及限制性位点分析、梯度凝胶电泳、末端限制性片段长度多态性分析等方法监测研究石油污染的生物降解过程。本文总结了近年来石油污染修复中应用上述方法的研究,为今后的石油污染生物修复工作提供参考。 展开更多

关键词 石油污染 生物降解 分子生物学技术 加氧酶 变性梯度凝胶电泳 末端限制性片段长度多态性分析

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南京内秦淮河浮游细菌群落结构分析 被引量：4

9

作者 徐慧敏 刘为锋 +5 位作者 吴燕 唐启彤 汤新政 黄睿 沈烽 赵大勇 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2016年第S1期1-5,共5页

为探讨城市河流浮游细菌群落结构的组成和多样性,并找出影响浮游细菌群落组成分布的主要环境因子。选取南京市内秦淮河3个采样点采集水样,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析各采样点的浮游细菌群落的随空间、时间的变化规... 为探讨城市河流浮游细菌群落结构的组成和多样性,并找出影响浮游细菌群落组成分布的主要环境因子。选取南京市内秦淮河3个采样点采集水样,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术分析各采样点的浮游细菌群落的随空间、时间的变化规律。结果表明,3个采样点共得到104个不同的片段(T-RFs)。各个采样点的浮游细菌群落组成不同,且不同时期不同采样点的优势细菌类群也不同。多维尺度分析(n MDS)的结果表明:浮游细菌群落按照水温的高低明显分为3个类群。典范对应分析(CCA)的结果表明:水温、溶解氧以及p H等理化指标对浮游细菌群落组成有显著影响(P<0.05)。 展开更多

关键词 浮游细菌 水温 末端限制性片段长度多态性技术 内秦淮河

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内蒙古高原干涸湖泊反硝化及甲烷氧化细菌的群落分析 被引量：7

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作者 白玉涛 周玉 赵吉 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1293-1301,共9页

以内蒙古高原半干旱草原区干涸湖泊为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术对湿地土壤中的反硝化和甲烷氧化关联菌群的关键功能基因nosZ和pmoA进行了研究,根据末端限制性片段(T-RFs)分析了两种菌群的群落结构及多样性变化... 以内蒙古高原半干旱草原区干涸湖泊为研究对象,应用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术对湿地土壤中的反硝化和甲烷氧化关联菌群的关键功能基因nosZ和pmoA进行了研究,根据末端限制性片段(T-RFs)分析了两种菌群的群落结构及多样性变化,以及环境因素所产生的影响,并探讨了土壤微生物群落对湖泊干涸的响应机制.结果表明:干涸湖泊的湖心、湖底土壤反硝化和甲烷氧化细菌多样性指数较高,群落结构较复杂;而较早干涸的湖坡以及相邻草原对照区,两个菌群多样性指数较低,群落结构相对单一.从湖心到相邻草原,反硝化和甲烷氧化细菌的群落相似度逐渐降低,显示两个菌群处于动态演替中.湖泊干涸过程中,水分含量和有机质含量对反硝化和甲烷氧化细菌的群落结构影响显著;高pH值和高铵态氮分别对反硝化和甲烷氧化细菌有抑制作用.随着湖泊干涸,土壤微生物群落因环境扰动而受到胁迫,这一过程会加剧CO2等温室气体的排放. 展开更多

关键词 反硝化细菌 甲烷氧化细菌 末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术 干涸湖泊 草原湿地

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河流水体与滨岸土壤微生物群落特征差异分析 被引量：2

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作者 刘睿 周孝德 +1 位作者 吴巍 贾如宾 《西安理工大学学报》 北大核心 2017年第4期384-389,共6页

本文采用末端限制性片段长度多态性技术,对比了渭河中游表层水、沉积物及滨岸土壤中总体细菌和氨氧化古菌(AOA)、氨氧化细菌(AOB)群落的物种丰度、均匀度与多样性,分析了不同样本中微生物群落结构的相似度和优势菌群的构成差异。结果表... 本文采用末端限制性片段长度多态性技术,对比了渭河中游表层水、沉积物及滨岸土壤中总体细菌和氨氧化古菌(AOA)、氨氧化细菌(AOB)群落的物种丰度、均匀度与多样性,分析了不同样本中微生物群落结构的相似度和优势菌群的构成差异。结果表明,河流滨岸土壤中微生物群落的整体物种丰度和多样性高于表层水和沉积物;土壤与表层水中共有的末端限制性片段(T-RF)数量及微生物群落结构的相似度,高于沉积物与表层水;不同类型样本间AOA、AOB各自的群落相似度,均高于不同类型样本间总体细菌群落相似度;表层水、沉积物和土壤中细菌优势物种构成差异显著,而AOA、AOB各自的优势物种构成相对一致但存在丰度差异。由分析结果推测,渭河滨岸土壤很可能是河流浮游微生物群落重要的源,对稳定氨氧化功能细菌和古菌优势群落、维持水体细菌群落多样性具有积极意义。 展开更多

关键词 渭河 微生物群落 末端限制性片段长度多态性技术 AOA AOB

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南京莫愁湖与紫霞湖浮游细菌群落结构的季节性变化及其与环境因子的关系 被引量：7

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作者 曹新益 徐慧敏 +5 位作者 王司辰 黄睿 沈烽 何肖微 余钟波 赵大勇 《化学与生物工程》 CAS 2016年第12期19-26,30,共9页

应用16SrRNA基因末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术和多元统计方法研究了南京莫愁湖和紫霞湖浮游细菌群落结构的季节性变化及其与环境因子的关系。结果表明,莫愁湖和紫霞湖的浮游细菌群落alpha多样性指数在夏季和秋季时最高,在春季... 应用16SrRNA基因末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术和多元统计方法研究了南京莫愁湖和紫霞湖浮游细菌群落结构的季节性变化及其与环境因子的关系。结果表明,莫愁湖和紫霞湖的浮游细菌群落alpha多样性指数在夏季和秋季时最高,在春季和冬季时最低;紫霞湖冬季浮游细菌群落alpha多样性指数显著大于莫愁湖。非度量多维尺度(NMDS)分析结果显示,莫愁湖和紫霞湖浮游细菌群落结构存在明显的季节性变化。Mantel检验、典范对应分析(CCA)表明,影响莫愁湖和紫霞湖浮游细菌群落结构最显著的环境因子是温度和pH值,营养物对莫愁湖和紫霞湖浮游细菌群落结构的影响程度取决于湖泊的营养水平。为进一步研究不同程度富营养化水体中的浮游细菌群落结构差异提供了帮助。 展开更多

关键词 莫愁湖 紫霞湖 浮游细菌 群落结构 季节性变化 环境因子 多元统计 末端限制性片段长度多态性技术

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