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基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究
被引量：
1
1
作者
饶榕
丁彦蕊
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期78-84,共7页
水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络...
水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络中节点的度、聚类系数、接近中心性和节点中心性,发现水的这些参数均与木聚糖酶耐热性成正相关关系。耐热木聚糖酶中度为2的hub水数量要比常温酶多,可见水在耐热木聚糖酶中参与了更多的相互作用。以度为2的水为聚类中心,以氨基酸残基节点的度18为阈值进行聚类。子网表明hub水多与hub残基聚为一类,即网络存在"富人俱乐部"现象。这表明,水不仅参与了耐热木聚糖酶的残基-水相互作用,还加强了残基-残基相互作用,更有利于酶形成稳定的结构来抵御高温。
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关键词
残基-水相互作用网络
网络拓扑特征
网络聚类
木聚糖酶热稳定性
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职称材料
题名
基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究
被引量：
1
1
作者
饶榕
丁彦蕊
机构
江南大学物联网工程学院
江南大学数字媒体学院
江南大学工业生物技术教育部重点实验室
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期78-84,共7页
基金
国家自然科学基金项目(21541006)
文摘
水在蛋白质折叠、相互作用、分子识别、动力学及耐热性方面发挥着重要作用。利用Voronoi算法识别出与耐热和常温木聚糖酶存在相互作用的水。以氨基酸残基和水为节点,残基-残基及残基-水相互作用为边,构建残基-水相互作用网络。计算网络中节点的度、聚类系数、接近中心性和节点中心性,发现水的这些参数均与木聚糖酶耐热性成正相关关系。耐热木聚糖酶中度为2的hub水数量要比常温酶多,可见水在耐热木聚糖酶中参与了更多的相互作用。以度为2的水为聚类中心,以氨基酸残基节点的度18为阈值进行聚类。子网表明hub水多与hub残基聚为一类,即网络存在"富人俱乐部"现象。这表明,水不仅参与了耐热木聚糖酶的残基-水相互作用,还加强了残基-残基相互作用,更有利于酶形成稳定的结构来抵御高温。
关键词
残基-水相互作用网络
网络拓扑特征
网络聚类
木聚糖酶热稳定性
Keywords
residue-water interaction network
network topological characteristics
network clustering
the thermal stability of xylanase
分类号
Q81 [生物学—生物工程]
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职称材料
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作者
出处
发文年
被引量
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1
基于残基-水作用网络的木聚糖酶耐热性研究
饶榕
丁彦蕊
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
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