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弓形虫硫氧还蛋白密码子偏好性分析
1
作者
卢頔
郑若函
+5 位作者
陈慧钦
高鑫丽
于春琳
程子文
杨宝玲
王大为
《现代畜牧兽医》
2024年第12期1-7,共7页
试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性。试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件...
试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性。试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件、Hemi软件以及MEGA软件对Trx密码子的碱基组成、偏好性指标、同义密码子相对使用度(RSCU)、影响因素以及系统发育进化树等进行比较分析。结果显示:弓形虫Trx密码子碱基组成中G3、C3、GC3含量偏高,分别为46.03%、53.7%和77.18%;而GC1和GC2含量处于平均水平;密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)、最佳密码子频率(FOP)、有效密码子数(ENC)、RSCU均处于较高水平,证明弓形虫Trx密码子在使用过程中产生了明显偏好;相关性分析结果显示,自然选择是产生密码子偏好性使用的主要原因。研究表明,在自然选择的进化过程中,密码子碱基组成、CAI、CBI、ENC、RSCU等因素是导致弓形虫Trx密码子产生偏好性的主要原因。
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关键词
弓形虫
硫氧还蛋白
密码子
使用偏好性
同义
密码子
相对使用度
有效密码子数
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职称材料
里氏木霉基因组密码子偏好性研究
被引量：
2
2
作者
杨鑫
秦丽娜
江贤章
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022年第6期141-149,共9页
在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,...
在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,GC3的平均含量为70.4%。中性分析与ENC-plot分析表明,里氏木霉密码子的使用主要受选择压力的影响。相关性分析结果显示,基因组GC含量与GC1、GC2和GC3显著相关(P<0.05),有效密码子数与GC3显著相关(P<0.05)。此外,在里氏木霉使用频率较高的24个密码子中,有22个均是以GC结尾的。进一步确定了21个高表达优越密码子和4个高表达最优密码子(CUC、GCC、CGC和GGC)。里氏木霉与长梗木霉、粗糙脉孢霉在密码子使用频率上差异较小,与酿酒酵母的差异相对较大。本研究为里氏木霉中的密码子优化提供了理论依据,对开发高效的里氏木霉基因表达宿主以及开发里氏木霉作为合成生物学基盘细胞具有重要的意义。
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关键词
里氏木霉
密码子
偏好性
有效密码子数
相对同义
密码子
使用度
异源表达
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职称材料
莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：
7
3
作者
张扬
孙曙光
+1 位作者
李晴
魏珍
《河南农业科学》
北大核心
2022年第10期114-124,共11页
为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣...
为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%,富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数(ENC)都在36.61~61.00,密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明,2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守,选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明,2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示,2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子,除亮氨酸外,2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近,但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的,也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关。
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关键词
莴苣
线粒体基因组
密码子
偏好性
有效密码子数
最优
密码子
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职称材料
题名
弓形虫硫氧还蛋白密码子偏好性分析
1
作者
卢頔
郑若函
陈慧钦
高鑫丽
于春琳
程子文
杨宝玲
王大为
机构
锦州医科大学畜牧兽医学院
锦州医科大学基础医学院
出处
《现代畜牧兽医》
2024年第12期1-7,共7页
基金
锦州医科大学大学生创新创业训练计划项目(X202210160022、X202210160050)
锦州医科大学-博泽青年科技人才托举项目(JYQT202303、JYBZQT2109)
+1 种基金
辽宁省教育厅基本科研项目(JYTQN2023435、JYTQN2023433)
辽宁省自然科学基金博士科研启动基金计划项目(2022-BS-323、2022-BS-325)。
文摘
试验旨在分析并比较弓形虫(Toxoplasma gondii)与部分顶复门原虫、模式生物的硫氧还蛋白(thioredoxin,Trx)密码子的使用偏好性。试验获取弓形虫、疟原虫、新孢子虫、球虫、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇、人等的Trx碱基序列,利用CodonW软件、Hemi软件以及MEGA软件对Trx密码子的碱基组成、偏好性指标、同义密码子相对使用度(RSCU)、影响因素以及系统发育进化树等进行比较分析。结果显示:弓形虫Trx密码子碱基组成中G3、C3、GC3含量偏高,分别为46.03%、53.7%和77.18%;而GC1和GC2含量处于平均水平;密码子适应指数(CAI)、密码子偏好指数(CBI)、最佳密码子频率(FOP)、有效密码子数(ENC)、RSCU均处于较高水平,证明弓形虫Trx密码子在使用过程中产生了明显偏好;相关性分析结果显示,自然选择是产生密码子偏好性使用的主要原因。研究表明,在自然选择的进化过程中,密码子碱基组成、CAI、CBI、ENC、RSCU等因素是导致弓形虫Trx密码子产生偏好性的主要原因。
关键词
弓形虫
硫氧还蛋白
密码子
使用偏好性
同义
密码子
相对使用度
有效密码子数
Keywords
Toxoplasma gondii
Thioredoxin
Codon preference
Relative usage of synonymous codon
Number of valid codons
分类号
S855.9 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
里氏木霉基因组密码子偏好性研究
被引量：
2
2
作者
杨鑫
秦丽娜
江贤章
机构
福建师范大学生命科学学院
工业微生物发酵技术国家地方联合工程研究中心
出处
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022年第6期141-149,共9页
基金
国家自然科学基金(31800060)
福建省自然科学基金(2019I0009,2020J01177)。
文摘
在不同物种中,密码子偏好性存在一定程度的差异。为了研究纤维素酶主要工业生产菌株——里氏木霉(Trichoderma reesei)基因组密码子的偏好性,对里氏木霉9352个基因的编码区进行密码子分析。结果显示,里氏木霉97%的基因GC含量为50%~68%,GC3的平均含量为70.4%。中性分析与ENC-plot分析表明,里氏木霉密码子的使用主要受选择压力的影响。相关性分析结果显示,基因组GC含量与GC1、GC2和GC3显著相关(P<0.05),有效密码子数与GC3显著相关(P<0.05)。此外,在里氏木霉使用频率较高的24个密码子中,有22个均是以GC结尾的。进一步确定了21个高表达优越密码子和4个高表达最优密码子(CUC、GCC、CGC和GGC)。里氏木霉与长梗木霉、粗糙脉孢霉在密码子使用频率上差异较小,与酿酒酵母的差异相对较大。本研究为里氏木霉中的密码子优化提供了理论依据,对开发高效的里氏木霉基因表达宿主以及开发里氏木霉作为合成生物学基盘细胞具有重要的意义。
关键词
里氏木霉
密码子
偏好性
有效密码子数
相对同义
密码子
使用度
异源表达
Keywords
Trichoderma reesei
codon usage bias
effective number of codon
relative synonymous codon usage
heterologous expression
分类号
Q939.9 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析
被引量：
7
3
作者
张扬
孙曙光
李晴
魏珍
机构
河南省农业科学院
河南省作物分子育种研究院
郑州大学生命科学学院
出处
《河南农业科学》
北大核心
2022年第10期114-124,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31700175)
河南省重点研发专项(221111110800)
郑州大学青年教师基础研究培育基金项目(JC21343014)。
文摘
为了分析栽培莴苣Lactuca sativa‘Salinas’和野生莴苣Lactuca saligna的线粒体基因组密码子使用特征差异,对2种莴苣的线粒体基因组编码序列进行密码子使用偏好性研究,比较其密码子偏好性形成的影响因素和演化过程。结果表明:栽培莴苣和野生莴苣线粒体编码基因的总GC含量分别为43.43%和42.54%,富含A/T碱基。2种莴苣的有效密码子数(ENC)都在36.61~61.00,密码子偏好性较弱。中性绘图分析表明,2种莴苣线粒体编码基因的第1、2位和第3位碱基GC含量较为保守,选择是影响2种莴苣线粒体基因密码子使用偏好性的主要因素。PR2-plot分析表明,2种莴苣线粒体基因第3位碱基更偏好使用嘧啶碱基。ENC-plot分析结果显示,2种莴苣的线粒体基因密码子偏好性主要受到选择压力影响。对2种莴苣的相对同义密码子使用度(RSCU)分析表明,栽培莴苣和野生莴苣分别有28个和29个高频密码子,除亮氨酸外,2种莴苣的高频密码子均以A/U结尾。2种莴苣线粒体编码基因的密码子使用偏好性总体上较接近,但最优密码子存在较大差异。这种差异可能是因为2种莴苣的低表达基因库差异造成的,也可能与选择压力及人工育种对栽培莴苣线粒体基因组进化的影响有关。
关键词
莴苣
线粒体基因组
密码子
偏好性
有效密码子数
最优
密码子
Keywords
Lettuce
Mitochondrial genome
Codon usage bias
ENC
Optimal codon
分类号
S636.2 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
弓形虫硫氧还蛋白密码子偏好性分析
卢頔
郑若函
陈慧钦
高鑫丽
于春琳
程子文
杨宝玲
王大为
《现代畜牧兽医》
2024
0
在线阅读
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职称材料
2
里氏木霉基因组密码子偏好性研究
杨鑫
秦丽娜
江贤章
《食品工业科技》
CAS
北大核心
2022
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
莴苣线粒体基因组密码子使用偏好性分析
张扬
孙曙光
李晴
魏珍
《河南农业科学》
北大核心
2022
7
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