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题名个体单体型问题参数化算法研究
被引量：4
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作者
谢民主
陈建二
王建新
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机构
中南大学信息科学与工程学院
湖南师范大学物理与信息科学学院
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出处
《计算机学报》
EI
CSCD
北大核心
2009年第8期1637-1650,共14页
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基金
国家自然科学基金(60773111)
国家"九七三"重点基础研究发展规划前期研究专项基金(2008CB317107)
+3 种基金
长江学者和创新团队发展计划(IRT0661)
湖南省自然科学基金(09JJ3116)
中国博士后科学基金
中南大学博士后科学基金资助~~
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文摘
个体单体型问题指如何利用个体DNA测序片断数据,根据不同的优化准则确定该个体单体型的计算问题.因为技术上的限制,DNA测序实验中能直接测定的片断长度是有限的,一个片断所覆盖的最大SNP位点数k1通常小于10;出于时间和金钱的考虑,覆盖一个SNP位点的最大片断数k2也不是很大,通常约为10左右;与要测定的单体型SNP位点总数n及所测序的DNA片断总数m相比,k1和k2均很小.在此基础上,文中对个体单体型问题最少SNP位点删除MSR和最少片段删除MFR模型进行了参数化,提出了时间复杂度分别为O(nk1k2+mlogm+mk1)和O(mk22+mk1k2+mlogm+nk2)求解无空隙MSR和MFR的精确算法.和Bafna等提出的时间复杂度为O(mn2)和O(m2n+m3)的精确算法相比,文中的算法效率提高了很多,具有较高的实用价值.
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关键词
单核苷酸多态性
单体型
参数化算法
最少snp位点删除
最少片断删除
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Keywords
snps （Single-Nucleotide Polymorphisms）
haplotype
parameterized algorithm
Minimum snp Removal （MSR）
Minimum Fragment Removal （MFR）
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分类号
TP301
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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