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Bowtie 2-NUMA:具有NUMA体系结构适应性的基因序列比对应用
1
作者
王强
孙彦洁
+1 位作者
齐星云
徐佳庆
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2024年第12期2117-2127,共11页
Bowtie 2作为生物信息领域使用最广泛的二代测序软件之一,具有计算密集的特点。如何根据多核平台的体系结构进行适应性优化以提高并行效率,成为亟待解决的问题。首先分析了非一致性访存架构的多样性,以及Bowtie 2在多种非一致性访存架...
Bowtie 2作为生物信息领域使用最广泛的二代测序软件之一,具有计算密集的特点。如何根据多核平台的体系结构进行适应性优化以提高并行效率,成为亟待解决的问题。首先分析了非一致性访存架构的多样性,以及Bowtie 2在多种非一致性访存架构下内存访问拥塞和最后一级缓存命中率低的结构性瓶颈。然后,基于Bowtie 2在不同非一致性访存平台的表现特点,在复制索引、内存分配以及数据划分3个方面进行优化,提出了Bowtie 2-NUMA。最后,通过实验表明,Bowtie 2-NUMA面向不同计算平台,能够基于体系结构进行适应性优化,实现并行效率的提升。
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关键词
非一致性访存
Bowtie
2
适应性优化
体系结构
内存带宽
最后一级缓存
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职称材料
访问驱动下的Cache侧信道攻击研究综述
被引量:
9
2
作者
苗新亮
蒋烈辉
常瑞
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2020年第4期824-835,共12页
近年来,海量异构的物联网终端设备承载着核心功能,更易成为攻击者的直接目标.Cache侧信道攻击越来越多地出现在终端设备和云平台中,该攻击通过构建细粒度、高隐蔽性的Cache侧信道从目标设备中提取加密密钥等敏感数据,打破设备的隔离保...
近年来,海量异构的物联网终端设备承载着核心功能,更易成为攻击者的直接目标.Cache侧信道攻击越来越多地出现在终端设备和云平台中,该攻击通过构建细粒度、高隐蔽性的Cache侧信道从目标设备中提取加密密钥等敏感数据,打破设备的隔离保护机制.在综述中,针对访问驱动下的Cache侧信道攻击技术展开研究,介绍了Cache侧信道攻击技术的基本原理和研究现状,通过理论分析和实例验证的方式重点研究了“清除+重载”攻击、“填充+探测”攻击、“刷新+重载”攻击的攻击原理、攻击过程和攻击效果.以攻击特点、攻击范围和对应的防御方案为切入点,对上述3种攻击进行对比分析,指出不同攻击的优缺点和适用场景;进一步探讨攻击过程中存在的问题,提出了攻击最后一级缓存(last-level cache,LLC)和噪声处理方面面临的挑战.最后结合万物互联时代下,从Cache层次结构的逐步转变、云平台的海量数据存储、以及终端设备上可信应用环境的广泛部署等现状,讨论了未来可能的研究方向.
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关键词
访问驱动
Cache侧信道攻击
物联网设备
云平台
最后一级缓存
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职称材料
基于多级磁自旋存储器的Cache调度策略的设计
被引量:
2
3
作者
朱艳娜
王党辉
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018年第B06期513-517,共5页
多级磁自旋存储器(Multi-Level Cell Spin-Transfer Torque RAM,MLC STT-RAM)可在一个存储单元中存储多个比特位,有望取代SRAM用于构建大容量低功耗的最后一级Cache(Last Level Cache,LLC)。MLC STT-RAM的静态功耗在理论上为0,且拥有高...
多级磁自旋存储器(Multi-Level Cell Spin-Transfer Torque RAM,MLC STT-RAM)可在一个存储单元中存储多个比特位,有望取代SRAM用于构建大容量低功耗的最后一级Cache(Last Level Cache,LLC)。MLC STT-RAM的静态功耗在理论上为0,且拥有高密度和优秀的读操作特性,但它的缺陷在于低效的写操作。针对这一问题,在MLC STT-RAM Cache hard/soft逻辑分区结构的基础上,实现了MLC STT-RAM LLC写操作密集度预测技术以及相应Cache结构的设计。通过动态预测写操作密集度较高的Cache块,帮助MLC STT-RAM LLC减少执行写操作的代价。预测的基本思想是利用访存指令地址与相应Cache块行为特征的联系,根据预测结果决定数据在LLC中的放置位置。实验结果显示,在MLC STT-RAM LLC中应用写操作密集度预测技术,使得写操作动态功耗降低6.3%的同时,系统性能有所提升。
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关键词
多级磁自旋存储器
最后
一级
高速
缓存
低功耗
预测机制
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职称材料
消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略
4
作者
尹巍
吴俊敏
朱小东
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2012年第6期1337-1342,共6页
设计一种被称之为消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略ELRRIP.根据多核处理器的共享最后一级高速缓存中低重用块占用资源时间较长这一特点,ELRRIP策略:1)通过感知最后一级共享高速缓存的上一级Cache中的数据历史访问信息预测出...
设计一种被称之为消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略ELRRIP.根据多核处理器的共享最后一级高速缓存中低重用块占用资源时间较长这一特点,ELRRIP策略:1)通过感知最后一级共享高速缓存的上一级Cache中的数据历史访问信息预测出低重用块并优先将其淘汰;2)通过改进的访问间隔预测技术预测出潜在的低重用块并将其优先淘汰.同时,本文还基于ELRRIP提出了TADELRRIP.实验表明,对于4核多核处理器而言,TADELRRIP可以将加权加速比平均提高9.14%.
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关键词
多核处理器
最后
一级
高速
缓存
访问间隔预测
淘汰
低重用块
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职称材料
题名
Bowtie 2-NUMA:具有NUMA体系结构适应性的基因序列比对应用
1
作者
王强
孙彦洁
齐星云
徐佳庆
机构
国防科技大学计算机学院
出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2024年第12期2117-2127,共11页
基金
国家重点研发计划(2021YFB0300101)。
文摘
Bowtie 2作为生物信息领域使用最广泛的二代测序软件之一,具有计算密集的特点。如何根据多核平台的体系结构进行适应性优化以提高并行效率,成为亟待解决的问题。首先分析了非一致性访存架构的多样性,以及Bowtie 2在多种非一致性访存架构下内存访问拥塞和最后一级缓存命中率低的结构性瓶颈。然后,基于Bowtie 2在不同非一致性访存平台的表现特点,在复制索引、内存分配以及数据划分3个方面进行优化,提出了Bowtie 2-NUMA。最后,通过实验表明,Bowtie 2-NUMA面向不同计算平台,能够基于体系结构进行适应性优化,实现并行效率的提升。
关键词
非一致性访存
Bowtie
2
适应性优化
体系结构
内存带宽
最后一级缓存
Keywords
non-uniform memory access(NUMA)
Bowtie 2
adaptive optimization
computer architecture
memory bandwidth
last level cache(LLC)
分类号
TP303 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
访问驱动下的Cache侧信道攻击研究综述
被引量:
9
2
作者
苗新亮
蒋烈辉
常瑞
机构
数学工程与先进计算国家重点实验室(战略支援部队信息工程大学)
浙江大学计算机科学与技术学院
出处
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2020年第4期824-835,共12页
基金
国家自然科学基金项目(61802431)。
文摘
近年来,海量异构的物联网终端设备承载着核心功能,更易成为攻击者的直接目标.Cache侧信道攻击越来越多地出现在终端设备和云平台中,该攻击通过构建细粒度、高隐蔽性的Cache侧信道从目标设备中提取加密密钥等敏感数据,打破设备的隔离保护机制.在综述中,针对访问驱动下的Cache侧信道攻击技术展开研究,介绍了Cache侧信道攻击技术的基本原理和研究现状,通过理论分析和实例验证的方式重点研究了“清除+重载”攻击、“填充+探测”攻击、“刷新+重载”攻击的攻击原理、攻击过程和攻击效果.以攻击特点、攻击范围和对应的防御方案为切入点,对上述3种攻击进行对比分析,指出不同攻击的优缺点和适用场景;进一步探讨攻击过程中存在的问题,提出了攻击最后一级缓存(last-level cache,LLC)和噪声处理方面面临的挑战.最后结合万物互联时代下,从Cache层次结构的逐步转变、云平台的海量数据存储、以及终端设备上可信应用环境的广泛部署等现状,讨论了未来可能的研究方向.
关键词
访问驱动
Cache侧信道攻击
物联网设备
云平台
最后一级缓存
Keywords
access-driven
cache-based side channel attack
IoT devices
cloud platforms
last-level cache
分类号
TP309 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
在线阅读
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职称材料
题名
基于多级磁自旋存储器的Cache调度策略的设计
被引量:
2
3
作者
朱艳娜
王党辉
机构
中国空空导弹研究院
西北工业大学
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018年第B06期513-517,共5页
文摘
多级磁自旋存储器(Multi-Level Cell Spin-Transfer Torque RAM,MLC STT-RAM)可在一个存储单元中存储多个比特位,有望取代SRAM用于构建大容量低功耗的最后一级Cache(Last Level Cache,LLC)。MLC STT-RAM的静态功耗在理论上为0,且拥有高密度和优秀的读操作特性,但它的缺陷在于低效的写操作。针对这一问题,在MLC STT-RAM Cache hard/soft逻辑分区结构的基础上,实现了MLC STT-RAM LLC写操作密集度预测技术以及相应Cache结构的设计。通过动态预测写操作密集度较高的Cache块,帮助MLC STT-RAM LLC减少执行写操作的代价。预测的基本思想是利用访存指令地址与相应Cache块行为特征的联系,根据预测结果决定数据在LLC中的放置位置。实验结果显示,在MLC STT-RAM LLC中应用写操作密集度预测技术,使得写操作动态功耗降低6.3%的同时,系统性能有所提升。
关键词
多级磁自旋存储器
最后
一级
高速
缓存
低功耗
预测机制
Keywords
Multi -Level Cell Spin Transfer Torque RAM
Last level high -speed cache
Energy efficient
Prediction mechanism
分类号
TP332.3 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略
4
作者
尹巍
吴俊敏
朱小东
机构
中国科学技术大学计算机科学与技术学院
中国科学技术大学苏州研究院
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2012年第6期1337-1342,共6页
基金
国家"八六三"高技术研究发展计划项目(2008AA01Z111)资助
文摘
设计一种被称之为消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略ELRRIP.根据多核处理器的共享最后一级高速缓存中低重用块占用资源时间较长这一特点,ELRRIP策略:1)通过感知最后一级共享高速缓存的上一级Cache中的数据历史访问信息预测出低重用块并优先将其淘汰;2)通过改进的访问间隔预测技术预测出潜在的低重用块并将其优先淘汰.同时,本文还基于ELRRIP提出了TADELRRIP.实验表明,对于4核多核处理器而言,TADELRRIP可以将加权加速比平均提高9.14%.
关键词
多核处理器
最后
一级
高速
缓存
访问间隔预测
淘汰
低重用块
Keywords
CMP
last level cache
re-reference interval prediction
evict
low utility data block
分类号
TP303 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Bowtie 2-NUMA:具有NUMA体系结构适应性的基因序列比对应用
王强
孙彦洁
齐星云
徐佳庆
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
访问驱动下的Cache侧信道攻击研究综述
苗新亮
蒋烈辉
常瑞
《计算机研究与发展》
EI
CSCD
北大核心
2020
9
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
基于多级磁自旋存储器的Cache调度策略的设计
朱艳娜
王党辉
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2018
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
消除低重用块和预测访问间隔的Cache管理策略
尹巍
吴俊敏
朱小东
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2012
0
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职称材料
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