本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条CDS（coding DNA sequence）利用Codo-nW软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26．9％，即第3位密码子富含A和U，ENC值...本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条CDS（coding DNA sequence）利用Codo-nW软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26．9％，即第3位密码子富含A和U，ENC值在37．11～51．91之间密码子偏好性较弱。相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个，其中以A和U为结尾20个。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0．341，相关性不显著，回归系数为0．4843；单基因ENC比值多分布在-0．05～0．05，即大部分基因ENC值离ENC期望值较近；对应性分析，第一轴显示了12．50％的差异为主要影响因素，第一轴与ENC和GC。的相关系数分别为0．091和-0．092，均相关不显著。综合这几项分析发现蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性主要受到突变的影响，但是并不是唯一的影响因素，其他因素对密码子偏好性也可能有一定的影响。最终通过高表达优越密码子方法确定得出UUA、UUG、CCU等23个密码子为最优密码子，为之后对外源基因进行改造，提高其在叶绿体中的表达效率奠定了基础。展开更多
【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进...【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数的均值为47.18,密码子使用偏性较弱;3种绘图分析结果发现:影响灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素是自然选择,也受到其他因素(如突变)的影响;最优密码子分析中确定了UUU、UUA和UUG等18个最优密码子,且大多数以A和U结尾,有且仅有1个以G结尾。【结论】灯盏花叶绿体基因组密码子第3位偏好性以A或U碱基结尾,密码子使用模式受选择和其他因素共同影响,其中选择的作用较大。该结果可为后续利用基因工程手段对外源基因密码子改造、提高所转基因在灯盏花叶绿体中的表达提供参考。展开更多
为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复...为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC_(1)(47.27%)>GC_(2)(39.49%)>GC_(3)(29.84%),且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36~61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC_(3)间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)间无显著的相关关系(r=0.198,P>0.05),回归系数为0.265 2,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。展开更多
通过分析灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用特征,探讨影响其密码子使用偏性的主要因素。从灰毛浆果楝叶绿体基因组中筛选出54条编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2和CUSP软件计算不同基因密码子各位置的GC含量,以明确灰毛浆果楝叶绿体...通过分析灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用特征,探讨影响其密码子使用偏性的主要因素。从灰毛浆果楝叶绿体基因组中筛选出54条编码序列(CDS),利用Codon W 1.4.2和CUSP软件计算不同基因密码子各位置的GC含量,以明确灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子的使用偏性规律。结果显示:灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子第3位碱基的GC含量为28.95%,即第3位密码子富含A和U,有效密码子数(Nec)在34.60~61.00之间,Nec值大于45的CDS有39个;相对同义密码子使用度(URSC)值大于1的密码子有29个,其中16个以U结尾,12个以A结尾;中性绘图分析结果显示GC 12和GC 3的相关系数为0.0984,相关性不显著,回归系数(对角线斜率)为0.1379;基因N ec比值大多数分布在-0.05~0.05区间外,即大部分基因N ec值与预期值差距较大;相关关系分析显示,GC 3与GC1、GC2均未达到显著相关,Nec与GC3呈极显著相关。综合分析发现灰毛浆果楝叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。结合高表达优越密码子和高频密码子确定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU等13个密码子为最优密码子。展开更多
文摘本文对蒺藜苜蓿叶绿体基因组全序列密码子进行分析，筛选出50条CDS（coding DNA sequence）利用Codo-nW软件进行分析其密码子使用模式。结果显示，蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26．9％，即第3位密码子富含A和U，ENC值在37．11～51．91之间密码子偏好性较弱。相对同义密码子使用度分析显示RSCU值大于1的密码子有23个，其中以A和U为结尾20个。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0．341，相关性不显著，回归系数为0．4843；单基因ENC比值多分布在-0．05～0．05，即大部分基因ENC值离ENC期望值较近；对应性分析，第一轴显示了12．50％的差异为主要影响因素，第一轴与ENC和GC。的相关系数分别为0．091和-0．092，均相关不显著。综合这几项分析发现蒺藜苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性主要受到突变的影响，但是并不是唯一的影响因素，其他因素对密码子偏好性也可能有一定的影响。最终通过高表达优越密码子方法确定得出UUA、UUG、CCU等23个密码子为最优密码子，为之后对外源基因进行改造，提高其在叶绿体中的表达效率奠定了基础。
文摘目的明确3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性,揭示影响其密码子使用偏性的因素,为后续研究奠定基础。方法利用CodonW1.4.2、EMBOSS、SPSS19.0软件对木兰科木莲属植物粗梗木莲Manglietia crassipes Law、大果木莲Manglietia grandis Hu et Cheng、毛果木莲Manglietia ventii N.V.Tiep叶绿体基因组的密码子偏好性进行分析。结果3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子的第3位碱基GC平均含量为30.23%~32.50%,有效密码子数(ENC)均大于35%,表明其密码子的偏性较弱。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子使用偏性主要受自然选择的影响,也有部分基因受突变压力的影响。利用相对同义密码子使用度(RSCU)筛选出GUU、GUA、UCA、CCA、GCA等43个最优密码子,其中有35个以A/U结尾。结论3种木莲属濒危药用植物叶绿体基因组密码子偏好使用A/U结尾,其密码子使用偏性主要受自然选择影响,可为基因表达和基因载体选择等研究提供依据。
文摘【目的】了解灯盏花[Erigeron breviscapus(Vant.)Hand-Mazz]叶绿体基因组密码子的使用偏好性。【方法】以灯盏花叶绿体基因组全序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2软件和CUSP程序等对筛选出的47条CDS(coding DNA sequence)进行分析,并进行中性绘图、ENC-plot绘图和PR2-plot绘图分析。【结果】叶绿体基因组密码子中不同位置的GC碱基含量比值为GC_1>GC_2>GC_3,说明密码子末位碱基偏性以A/T(U)结尾;有效密码子数的均值为47.18,密码子使用偏性较弱;3种绘图分析结果发现:影响灯盏花叶绿体基因组密码子偏好性的主要因素是自然选择,也受到其他因素(如突变)的影响;最优密码子分析中确定了UUU、UUA和UUG等18个最优密码子,且大多数以A和U结尾,有且仅有1个以G结尾。【结论】灯盏花叶绿体基因组密码子第3位偏好性以A或U碱基结尾,密码子使用模式受选择和其他因素共同影响,其中选择的作用较大。该结果可为后续利用基因工程手段对外源基因密码子改造、提高所转基因在灯盏花叶绿体中的表达提供参考。
文摘为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC_(1)(47.27%)>GC_(2)(39.49%)>GC_(3)(29.84%),且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36~61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC_(3)间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)间无显著的相关关系(r=0.198,P>0.05),回归系数为0.265 2,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。
