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曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析
1
作者
丁锐
周英泽
+3 位作者
许晟华
许华
曲波
陈旭辉
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期23-29,共7页
为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素,从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列,利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果...
为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素,从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列,利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果显示:曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的第3位碱基多为A或T,GC_(3)仅为29%,远低于GC_(1)(46%)和GC_(2)(39%);有效密码子数(ENC)介于42~60之间,密码子偏好性较弱,ENC与GC_(3)呈极显著正相关.结合中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析,结果表明,曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择压力的影响,突变压力的作用有限.同义密码子相对使用度(RSCU)数据分析共筛选出7个最优密码子,分别为UUG、CUU、UCA、ACA、AAU、AGA和GGA.对应性分析结果显示,曲唇羊耳蒜不同类型基因的密码子使用模式不同,其中光合系统基因具有相似的密码子使用模式,而其他类型基因的偏好性差异较大.
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关键词
曲唇羊耳蒜
叶绿体基因组
密码子偏好性
自然选择
兰科
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职称材料
曲唇羊耳蒜在中国东北分布的真实性研究
被引量：
4
2
作者
张淑梅
王云锁
+1 位作者
李东良
孙峰
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期118-119,共2页
曲唇羊耳蒜分布于日本、朝鲜和俄罗斯远东地区,中国东北的黑龙江、吉林和辽宁也有报道,但是《中国植物志》认为,该种在中国东北是否存在尚有很大的疑问。本研究证明曲唇羊耳蒜的确在中国东北有分布。
关键词
曲唇羊耳蒜
羊
耳
蒜
属
兰科
中国东北
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职称材料
题名
曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析
1
作者
丁锐
周英泽
许晟华
许华
曲波
陈旭辉
机构
沈阳农业大学土地与环境学院
沈阳农业大学生物科学技术学院
武汉轻工大学硒科学与工程现代产业学院
出处
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期23-29,共7页
基金
国家林业和草原局兰科植物野生资源专项调查项目(2021070710)
沈阳农业大学大学生创新创业训练计划项目(X202310157020)。
文摘
为了解兰科植物曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的使用偏好性及主要影响因素,从GenBank数据库下载曲唇羊耳蒜完整的叶绿体基因组序列并筛选得到51条符合分析要求的蛋白编码序列,利用CodonW软件和EMBOSS在线程序分析其密码子使用模式.结果显示:曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子的第3位碱基多为A或T,GC_(3)仅为29%,远低于GC_(1)(46%)和GC_(2)(39%);有效密码子数(ENC)介于42~60之间,密码子偏好性较弱,ENC与GC_(3)呈极显著正相关.结合中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析,结果表明,曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择压力的影响,突变压力的作用有限.同义密码子相对使用度(RSCU)数据分析共筛选出7个最优密码子,分别为UUG、CUU、UCA、ACA、AAU、AGA和GGA.对应性分析结果显示,曲唇羊耳蒜不同类型基因的密码子使用模式不同,其中光合系统基因具有相似的密码子使用模式,而其他类型基因的偏好性差异较大.
关键词
曲唇羊耳蒜
叶绿体基因组
密码子偏好性
自然选择
兰科
Keywords
Liparis kumokiri
chloroplast genome
codon usage bias
natural seletion
Orchidaceae
分类号
Q943 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
曲唇羊耳蒜在中国东北分布的真实性研究
被引量：
4
2
作者
张淑梅
王云锁
李东良
孙峰
机构
大连自然博物馆
辽宁仙人洞国家级自然保护区
出处
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期118-119,共2页
文摘
曲唇羊耳蒜分布于日本、朝鲜和俄罗斯远东地区,中国东北的黑龙江、吉林和辽宁也有报道,但是《中国植物志》认为,该种在中国东北是否存在尚有很大的疑问。本研究证明曲唇羊耳蒜的确在中国东北有分布。
关键词
曲唇羊耳蒜
羊
耳
蒜
属
兰科
中国东北
Keywords
Liparis kumokiri
Liparis L. C. Rich.
Orchidaceae
eastnorth of China
分类号
Q949 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
曲唇羊耳蒜叶绿体基因组密码子偏好性分析
丁锐
周英泽
许晟华
许华
曲波
陈旭辉
《天津师范大学学报（自然科学版）》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
曲唇羊耳蒜在中国东北分布的真实性研究
张淑梅
王云锁
李东良
孙峰
《植物研究》
CAS
CSCD
北大核心
2009
4
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