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多序列星比对算法的改进及其在Spark中的并行化研究
1
作者
董改芳
付学良
李宏慧
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2017年第10期55-58,84,共5页
多序列星比对算法在确定中心序列时需要计算任意两个输入序列的距离及分数,其较高的时间复杂度耗费了大量时间,因此提出了通过综合计算每个序列产生的k-mers及各个k-mer在各序列中出现的次数来确定k-mers的拼接选择,由k-mers进行拼接从...
多序列星比对算法在确定中心序列时需要计算任意两个输入序列的距离及分数,其较高的时间复杂度耗费了大量时间,因此提出了通过综合计算每个序列产生的k-mers及各个k-mer在各序列中出现的次数来确定k-mers的拼接选择,由k-mers进行拼接从而得到中心序列。进而,在双序列比对过程中采用搜索两个序列最大相似子串的思想,改进的星比对算法的精度在一定程度上得到了明显提升。接着,将改进的星比对算法在Spark中进行并行化设计与实现。采用Spark的Yarn-Client运行模式,对正常人线粒体的多组数据进行实验,分析了算法性能上的不足及改进方向。
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关键词
多序列
比对
星比对算法
K-mer
SPARK
RDD
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职称材料
题名
多序列星比对算法的改进及其在Spark中的并行化研究
1
作者
董改芳
付学良
李宏慧
机构
内蒙古农业大学计算机与信息工程学院
出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2017年第10期55-58,84,共5页
基金
国家自然科学基金(61063004
61363006)
+5 种基金
内蒙古自然科学基金(2015MS0605
2015MS0626
2015MS0627)
内蒙古教育厅高校研究项目(NJZC059)
教育部留学人员基金([2014]1685)
内蒙古自治区科技计划项目:穿透降水量GSM网络在线监测与数据传输系统的研制资助
文摘
多序列星比对算法在确定中心序列时需要计算任意两个输入序列的距离及分数,其较高的时间复杂度耗费了大量时间,因此提出了通过综合计算每个序列产生的k-mers及各个k-mer在各序列中出现的次数来确定k-mers的拼接选择,由k-mers进行拼接从而得到中心序列。进而,在双序列比对过程中采用搜索两个序列最大相似子串的思想,改进的星比对算法的精度在一定程度上得到了明显提升。接着,将改进的星比对算法在Spark中进行并行化设计与实现。采用Spark的Yarn-Client运行模式,对正常人线粒体的多组数据进行实验,分析了算法性能上的不足及改进方向。
关键词
多序列
比对
星比对算法
K-mer
SPARK
RDD
Keywords
Mul t iple sequence al ignment, Ce n te r s ta r me th o d, K -me r, S p a rk, R D D
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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作者
出处
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1
多序列星比对算法的改进及其在Spark中的并行化研究
董改芳
付学良
李宏慧
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2017
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