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用比较分子力场和比较分子相似性指数分析方法对氮蒽类化合物抗癌活性的三维定量构效关系研究(英文) 被引量：2
1
作者 栾锋 姚小军 +1 位作者 张海霞 刘满仓 《兰州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期71-78,共8页
用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建... 用比较分子力场(CoMFA)和比较分子相似性指数分析方法(CoMSIA)对一系列与DNA结合的氮蒽类化合物的潜在抗癌活性进行了3D定量构效关系的研究,对模型中的一些参数进行了优化以期得到最好的三维定量构效关系模型,优化结果显示用CoMSIA构建的模型优于用CoMFA构建的模型．通过CoMSIA分析,用训练集所建立的模型有较好的统计性(20个化合物,q2=0．666,r2=0．916),测试集化合物的预测活性与实验值有很好的一致性．本文还给出了主要分子力场的等势线图． 展开更多
关键词 比较分子力场 比较分子相似性指数分析方法 三维定量构效关系
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基于Topomer CoMFA方法对芳基硫代吲哚衍生物的分子建模与设计 被引量：1
2
作者 仝建波 吴鲁阳 +2 位作者 曹旭 雷珊 马养民 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第4期541-545,共5页
采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和... 采用Topomer CoMFA方法对30个芳基硫代吲哚衍生物进行三维定量关系研究,建立了3D-QSAR模型,所得模型的交叉验证相关系数q2,非交叉验证相关系数r2,外部验证的复相关系数Qext2分别为0.562,0.878,0.985,结果表明该模型具有较好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面提供的立体场与静电场可视化图像,直观的揭示了这一系列化合物中不同取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了5个具有较高活性的新化合物,该QSAR的实验结果可为合成新药提供理论参考. 展开更多
关键词 易位体比较分子场分析 芳基硫代吲哚衍生物 三维定量构效关系 分子设计
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3D-QSAR和分子对接研究吲哚咔唑类细胞周期蛋白激酶抑制剂的选择性 被引量：3
3
作者 孙倪悦 陆涛 +3 位作者 陈亚东 郝兰虎 许岩 李瑞君 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第4期645-654,共10页
细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA... 细胞周期蛋白激酶(cyclin-dependent kinases,CDKs)是近年来治疗肿瘤的重要靶标.由于大多数激酶ATP结合位点的保守性,CDK选择性激酶抑制剂的开发成为当前的研发难点和热点.针对吲哚咔唑类CDK抑制剂,我们采用比较分子力场分析方法(CoMFA)建立了CDK2-QSAR(quantitative structure-activity relationship)和CDK4-QSSR(quantitative structure-selectivity relationship)模型.所建模型的交叉验证系数q2分别为0.722和0.703;非交叉验证系数r2分别为0.977和0.946,表明其具有较好的预测能力.同时,用分子对接的方法分析了这类化合物与CDK4同源模建结构的作用模式,根据这两个模型发现,吲哚咔唑类化合物的R5和R6位长链取代对CDK4的选择性具有一定的影响,而且结合其作用模式比较合理地解释了这类抑制剂的选择性原因,这对CDKs的选择性研究具有一定的指导意义. 展开更多
关键词 细胞周期蛋白激酶 吲哚咔唑衍生物 3D-QSAR 3D-QSSR 比较分子力场分析方法 分子对接
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HIV-1逆转录酶抑制剂的3D-QSAR研究及分子设计 被引量：4
4
作者 仝建波 占培 吴英纪 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1397-1402,共6页
采用Topomer Co MFA方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3DQSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能... 采用Topomer Co MFA方法对24个二芳基苯胺衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3DQSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.928,0.654和0.940,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力。采用分子对接技术对药物与受体的作用机制进行了研究,结果显示,药物与HIV-1逆转录酶的LYS172,GLU138,LYS101等位点作用明显。运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性的新的二芳基苯胺类抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考。 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子对接 分子设计 二芳基苯胺衍生物
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吲哚衍生物的3D-QSAR研究和分子设计
5
作者 仝建波 占培 +2 位作者 李凌霄 吴英纪 李康南 《陕西科技大学学报（自然科学版）》 2016年第5期137-141,共5页
采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测... 采用Topomer CoMFA方法对52个吲哚衍生物进行了三维定量构效关系研究,建立3D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉验证相关系数、交叉验证相关系数以及外部验证的复相关系数分别为0.996、0.651和0.764,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.Topomer CoMFA模型等势面图提供的立体场和静电场可视化图像,直观地揭示了这一系列化合物中不同的取代基结构对其生物活性的影响,运用这些信息进行分子设计,在理论上获得了一些具有较高活性新的吲哚衍生物抗艾滋病药物,该QSAR的研究结果可为实验工作者合成新药提供理论参考. 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子设计 吲哚衍生物
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吡喃酮类化合物的3D-QSAR及分子对接研究
6
作者 吴鲁阳 王天浩 +2 位作者 冯怡 张星 仝建波 《陕西科技大学学报》 CAS 2020年第6期75-80,86,共7页
采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对18个吡喃酮类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,主要参数分别为N=3,F=23.879,r 2=0.888,q 2=0.554,r 2 stderr=0.20,q 2 stderr=0.40,SEE=0.199,结果表明所建模型具有良好... 采用易位体比较分子场(Topomer CoMFA)方法对18个吡喃酮类化合物进行三维定量构效关系研究,建立了3D-QSAR模型,主要参数分别为N=3,F=23.879,r 2=0.888,q 2=0.554,r 2 stderr=0.20,q 2 stderr=0.40,SEE=0.199,结果表明所建模型具有良好的预测能力.利用Topomer search技术在ZINC分子数据库中进行虚拟筛选,设计出活性优于模板分子的7个化合物.采用分子对接技术研究了新化合物与大分子蛋白1EE0的作用模式,结果表明,配体分子与1EE0的B/ARG274、B/ARG312、B/LYS67等位点作用显著. 展开更多
关键词 吡喃酮类化合物 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子设计 分子对接
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抗HIV融合抑制剂的定量构效关系 被引量：2
7
作者 谭建军 王遥 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期309-313,共5页
利用三维定量构效关系研究抗HIV融合抑制剂和受体(跨膜蛋白gp41)的结构-活性关系.基于具有活性的抑制剂,用易位体比较分子场分析方法(topomer comparative molecular field analysis,Topomer CoMFA)方法建立抑制剂结构与活性之间关系的... 利用三维定量构效关系研究抗HIV融合抑制剂和受体(跨膜蛋白gp41)的结构-活性关系.基于具有活性的抑制剂,用易位体比较分子场分析方法(topomer comparative molecular field analysis,Topomer CoMFA)方法建立抑制剂结构与活性之间关系的数学模型,并利用统计分析,评价与分析模型的预测能力,结果表明该模型具有较好的预测能力.研究结果可为未知化合物的活性预测、苗头化合物的结构改造、新化合物实体的设计提供理论指导. 展开更多
关键词 融合抑制剂 跨膜蛋白gp41 艾滋病病毒 三维定量构效关系 易位体比较分子场分析方法
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HIV-1整合酶抑制剂的3D-QSAR研究 被引量：2
8
作者 仝建波 曹旭 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2019年第6期889-893,共5页
采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.... 采用Topomer CoMFA方法对26个香豆素衍生物进行三维定量构效关系研究,建立了3 D-QSAR模型,所得优化模型的非交叉相关系数、交互验证系数以及外部验证的复相关系数分别为0.973,0.666和0.960,结果表明该模型具有良好的稳定性和预测能力.运用这些信息进行分子对接,在理论上验证所构建的模型具有较高的可信性.此外,QSAR的研究结果可为新药合成提供理论参考. 展开更多
关键词 三维定量构效关系 易位体比较分子场 分子对接
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部分苯酚化合物对梨型四膜虫毒性的三维定量构效关系
9
作者 刘红艳 刘树深 《桂林工学院学报》 北大核心 2006年第4期538-542,共5页
采用比较分子力场分析描述子表征了133个苯酚类化合物对梨型四膜虫的毒性,从133个化合物中随机选取113个作为训练集建立CoMFA模型,其余的20个化合物作为检验集用于评价模型的预测能力,毒性与立体场和静电场的相互关系用三维等高线图直... 采用比较分子力场分析描述子表征了133个苯酚类化合物对梨型四膜虫的毒性,从133个化合物中随机选取113个作为训练集建立CoMFA模型,其余的20个化合物作为检验集用于评价模型的预测能力,毒性与立体场和静电场的相互关系用三维等高线图直观显示,结果表明苯环上取代基给电子能力的大小和取代基团体积的大小对化合物的毒性均有直接影响.模型的交互验证相关系数(q2)为0.660,相关系数(R2)和标准偏差分别为0.924和0.215,最佳主成分数PC为8,F统计值为158.960,具有较好的预测能力. 展开更多
关键词 梨型四膜虫 毒性 比较分子力场分析方法 三维定量构效关系
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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究
10
作者 段家喜 赵赛 +1 位作者 易忠胜 聂瑾芳 《桂林理工大学学报》 CAS 北大核心 2018年第3期529-536,共8页
采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(... 采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r^2=0. 889 2)和交叉验证相关系数(q^2=0. 857 4)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r^2=0. 924,q^2=0. 516; CoMSIA:r^2=0. 944,q^2=0. 531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。 展开更多
关键词 噻唑-2-乙胺类化合物 非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(CoMFA) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)
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