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元宝枫KCS基因家族的鉴定及时空表达分析 被引量:5
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作者 马建文 顾锡亭 +3 位作者 王珊 陈转香 张博勇 李玲俐 《经济林研究》 北大核心 2022年第2期201-214,共14页
【目的】为深入研究元宝枫KCS基因与神经酸生物合成中功能的关联性及高神经酸元宝枫分子育种提供参考。【方法】采用改良的CTAB法提取元宝枫根、茎、叶、花及发育各时期种子的总RNA,利用转录组测序数据及Hmmer-3.0软件、Tbtools1_0692... 【目的】为深入研究元宝枫KCS基因与神经酸生物合成中功能的关联性及高神经酸元宝枫分子育种提供参考。【方法】采用改良的CTAB法提取元宝枫根、茎、叶、花及发育各时期种子的总RNA,利用转录组测序数据及Hmmer-3.0软件、Tbtools1_0692软件、Pfam数据库鉴定元宝枫KCS基因家族成员。利用元宝枫、蒜头果、文冠果、拟南芥、甘蓝型油菜的KCS基因家族成员数据,使用MEGA_X软件构建物种系统发育树。使用Expasy、plantCARE、GAIL、SWISS-MODEL等在线工具对元宝枫KCS家族基因成员进行蛋白质理化特性分析、染色体定位分析、基因结构分析、顺式作用元件分析及亚细胞定位预测。根据转录组数据进行基因表达特异性分析。【结果】从元宝枫基因组中共鉴定了35个AceKCS基因家族成员,分别命名为AceKCS1~AceKCS35,其编码蛋白质长度为156~571个氨基酸,保守结构域及Motif分析结果显示几乎所有AcerKCS均含有FAE1_CUT1_RppA和ACP_syn_Ⅲ_C蛋白保守结构域,启动区含多种与植物生长发育、激素响应、胁迫响应相关的顺式作用元件。亚细胞定位预测结果显示,AceKCS大多位于质膜、叶绿体和细胞质中。将21个蒜头果MoKCS基因、17个文冠果XsKCS基因、21个拟南芥AtKCS基因和58个甘蓝型油菜BnKCS基因共同构建了5个物种152个KCS基因的物种系统发育树,并将其分成了8个亚组,分别为α、β、γ、δ、ε、ζ、η、θ,元宝枫AceKCS仅分布于7个亚组,且大多分布于ε、η和θ亚组。基因表达谱分析结果表明,AceKCS15和AceKCS17在种仁中表达量较高,而在根、茎、叶和花中不表达,在4个发育时期的种仁中表达量变化趋势基本一致,在授粉后100 d时表达量最高,之后逐渐降低。【结论】AceKCS基因在不同组织及不同发育阶段种仁中以不同的水平表达,表现出较高的时空特异性。 展开更多
关键词 元宝枫 KCS基因家族 超长链单不饱和脂肪酸 神经酸 时空表达分析
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多星韭AwANSs基因的克隆与表达分析
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作者 彭婷 林颖 +6 位作者 谭圆圆 饶英 黄覃 张文娥 汪波 田瑞丰 刘国锋 《生物技术通报》 北大核心 2025年第3期230-239,共10页
【目的】多星韭(Allium wallichii)是极具特色的高山花卉,花青苷合成酶(ANS)是类黄酮代谢途径下游合成花青苷的关键酶,研究ANS基因在紫花和白花多星韭花色形成中发挥的作用。【方法】采用p H示差法检测多星韭紫花和白花不同发育时期总... 【目的】多星韭(Allium wallichii)是极具特色的高山花卉,花青苷合成酶(ANS)是类黄酮代谢途径下游合成花青苷的关键酶,研究ANS基因在紫花和白花多星韭花色形成中发挥的作用。【方法】采用p H示差法检测多星韭紫花和白花不同发育时期总花青苷含量;利用RT-PCR技术克隆紫花和白花Aw ANS基因,并对其进行表达模式分析。【结果】紫花多星韭花朵总花青苷含量随花发育逐渐增加,在S4达到峰值,白花花瓣中均检测不到花青苷含量。从紫花中克隆到2条ANS基因序列(Aw ANS^(pa)和Aw ANS^(pb)),CDS长度均为1074 bp,编码357个氨基酸;从白花中克隆到5条ANS序列(Aw ANS^(wa)、Aw ANS^(wb)、Aw ANS^(wc)、Aw ANS^(wd)、Aw ANS^(we)),Aw ANS^(wa)和Aw ANS^(wd)CDS长度分别为1074 bp和1077 bp,分别编码357、358个氨基酸,另外3条序列出现大片段缺失导致蛋白翻译提前终止。系统进化树分析显示Aw ANSs与洋葱亲缘关系最近。RT-q PCR分析显示,紫花Aw ANSs在花瓣中表达量最高,在根、雌蕊和果实中表达量极低;Aw ANSs在紫花多星韭的表达随花发育而逐渐升高,在S5达到峰值;而在白花中几乎检测不到Aw ANSs表达。【结论】Aw ANSs的表达具有明显的时空表达特异性,在花瓣中表达量最高。与紫花相比,白花多星韭的花瓣中不积累花青素,其Aw ANSs基因在整个花发育过程中也几乎不表达,表明Aw ANSs基因对多星韭紫色花的形成起着重要作用。 展开更多
关键词 多星韭 花青苷合成酶 基因克隆 时空表达分析 花青苷
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黄鳝csf1r基因的克隆及时空表达特征分析
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作者 仲旭晴 阮瑞 +4 位作者 李勇智 岳华梅 叶欢 李忠 李创举 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第2期51-59,69,共10页
【目的】克隆黄鳝csf1r基因,并对其时空表达特性进行分析,为探明csf1r基因在黄鳝不同体色形成中的作用奠定基础。【方法】采用RACEs(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从黄鳝皮肤cDNAs中克隆得到csf1r基因的全长cDNA序列,对其编码... 【目的】克隆黄鳝csf1r基因,并对其时空表达特性进行分析,为探明csf1r基因在黄鳝不同体色形成中的作用奠定基础。【方法】采用RACEs(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从黄鳝皮肤cDNAs中克隆得到csf1r基因的全长cDNA序列,对其编码蛋白进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测csf1r基因在黄鳝不同组织、不同发育时期胚胎或个体及3种体色黄鳝(黄黑斑鳝、碎花斑鳝和隐花斑鳝)皮肤和肾脏中的相对表达量,分析该基因的表达特征。测定3种体色黄鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)活性和总抗氧化能力(T-AOC)。【结果】黄鳝csf1r cDNA序列全长为4430 bp(GenBank收录号:OP589303),其编码区长度为2937 bp,编码978个氨基酸,存在免疫球蛋白结构域和蛋白激酶催化结构域2个保守结构域。荧光定量PCR结果表明,csf1r基因在黄鳝脑、精巢、卵巢、肠、心脏、肾脏、肝脏、肌肉、皮肤和脾脏等组织中均有表达,在脾脏和心脏中表达量较高,其次是肾脏、皮肤和肌肉,卵巢中表达量最低;csf1r在胚胎眼晶体形成期开始大量表达,显微观察发现该时期胚胎的躯干上开始有色素颗粒出现。在3种体色黄鳝皮肤和肾脏中,csf1r基因在黄黑斑鳝的皮肤中表达量最低,而在其肾脏中表达量最高。3种体色黄鳝肝脏氧化应激指标测定结果发现,黄黑斑鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)活性和总抗氧化能力比其他2种体色黄鳝高,但是差异未达显著水平。【结论】csf1r基因可能不仅参与了黄鳝体色的形成,还与黄鳝非特异性免疫相关。 展开更多
关键词 黄鳝 csf1r 时空表达分析 体色
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橡胶草SRPP2基因克隆及表达分析 被引量:1
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作者 张睿珠 江羽宸 +1 位作者 黄俊 闫洁 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期9-14,共6页
TkSRPP2是橡胶草SRPP基因家族的成员,在天然橡胶生物合成和橡胶粒子稳定方面起重要作用。采用PCR技术从橡胶草中克隆得到TkSRPP2基因全长序列,对其进行生物信息学分析、烟草亚细胞定位及定量表达分析。结果显示,TkSRPP2基因全长633 bp,... TkSRPP2是橡胶草SRPP基因家族的成员,在天然橡胶生物合成和橡胶粒子稳定方面起重要作用。采用PCR技术从橡胶草中克隆得到TkSRPP2基因全长序列,对其进行生物信息学分析、烟草亚细胞定位及定量表达分析。结果显示,TkSRPP2基因全长633 bp,编码210个氨基酸,蛋白质相对分子质量为23.15 kD,理论等电点(pI)8.51。系统进化分析表明TkSRPP2蛋白与莴苣SRPP3蛋白亲缘关系最近。烟草亚细胞定位显示TkSRPP2蛋白位于细胞质中。TkSRPP2基因在主要在根中表达,在6月龄橡胶草根部表达量最高。 展开更多
关键词 橡胶草 小橡胶粒子蛋白(SRPP) 生物信息学分析 时空表达分析 亚细胞定位
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