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NIH3T3细胞恶变早期相关新基因的鉴定与功能分析
被引量：
1
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作者
杨劲松
郑新民
陈诗书
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第2期173-181,共9页
利用已建立的蛋白质酪氨酸磷酸酶α(PTPα)诱导表达模型寻找与PTPα高表达导致NIH3T3细胞恶变早期相关的新基因 ,探索肿瘤早期形成的机理 .诱导PTPα表达 2 4h ,用差异显示逆转录PCR获得 65条差异片段 ,利用生物信息学方法分析这些差异...
利用已建立的蛋白质酪氨酸磷酸酶α(PTPα)诱导表达模型寻找与PTPα高表达导致NIH3T3细胞恶变早期相关的新基因 ,探索肿瘤早期形成的机理 .诱导PTPα表达 2 4h ,用差异显示逆转录PCR获得 65条差异片段 ,利用生物信息学方法分析这些差异片段 .发现其中含有 2 9种已知基因 ,12种已知ESTs ,6种未知ESTs .对EST片段 ,利用芯片拼接 (insilicocloning)的方法获得 2条新的带有完整开放阅读框 (ORF)的全长cDNA .利用生物信息学方法分析其同源性、二级结构、功能模体(motif)、保守区、结构域和家族分布情况 ,并且对这 2条新全长cDNA进行部分克隆测序鉴定 ,用半定量RT PCR实验证实其差异表达的真实性 .结果表明 ,这 2条全长cDNA为新基因 (GenBankAY0 35 2 12 ,AY0 35 2 13) ,它们在PTPα诱导表达前后确实存在差异表达 ,并与细胞能量代谢及酶功能相关 。
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关键词
蛋白质酪氨酸磷酸酶α
NIH3T3细胞恶变
肿瘤
早期形成机理
基因
鉴定
功能分析
DDRT-PCR
生物信息学
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题名
NIH3T3细胞恶变早期相关新基因的鉴定与功能分析
被引量：
1
1
作者
杨劲松
郑新民
陈诗书
机构
上海第二医科大学生物化学教研室
美国康奈尔大学分子生物学和遗传学系
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003年第2期173-181,共9页
文摘
利用已建立的蛋白质酪氨酸磷酸酶α(PTPα)诱导表达模型寻找与PTPα高表达导致NIH3T3细胞恶变早期相关的新基因 ,探索肿瘤早期形成的机理 .诱导PTPα表达 2 4h ,用差异显示逆转录PCR获得 65条差异片段 ,利用生物信息学方法分析这些差异片段 .发现其中含有 2 9种已知基因 ,12种已知ESTs ,6种未知ESTs .对EST片段 ,利用芯片拼接 (insilicocloning)的方法获得 2条新的带有完整开放阅读框 (ORF)的全长cDNA .利用生物信息学方法分析其同源性、二级结构、功能模体(motif)、保守区、结构域和家族分布情况 ,并且对这 2条新全长cDNA进行部分克隆测序鉴定 ,用半定量RT PCR实验证实其差异表达的真实性 .结果表明 ,这 2条全长cDNA为新基因 (GenBankAY0 35 2 12 ,AY0 35 2 13) ,它们在PTPα诱导表达前后确实存在差异表达 ,并与细胞能量代谢及酶功能相关 。
关键词
蛋白质酪氨酸磷酸酶α
NIH3T3细胞恶变
肿瘤
早期形成机理
基因
鉴定
功能分析
DDRT-PCR
生物信息学
Keywords
protein tyrosine phosphatase α, bioinformatics, novel genes
分类号
R730 [医药卫生—肿瘤]
Q75 [生物学—分子生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
NIH3T3细胞恶变早期相关新基因的鉴定与功能分析
杨劲松
郑新民
陈诗书
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2003
1
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