目的:采用网络药理学方法探讨杞蓉片治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:在中药药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platfor...目的:采用网络药理学方法探讨杞蓉片治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:在中药药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中获取杞蓉片的有效成分及相应靶点,同时查询人类基因数据库(Genecards)等数据库,获取疾病相关的靶点,并利用韦恩图(Venn)图与药物作用靶点取交集,筛选杞蓉片治疗POI的关键靶点。利用STRING平台建立预测靶蛋白之间的相互关系网络,根据联系密切程度筛选出核心靶标,用R语言进行核心靶标的基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)。结果:收集到符合筛选条件的杞蓉片活性成分102个,染料木素、槲皮素、芹菜素、β-谷固醇等化合物可能为其作用的主要活性成分,药物与POI共同靶点243个,其中肿瘤蛋白p53基因、丝氨酸/苏氨酸激酶1、转录激活因子3、肿瘤坏死因子、表皮生长因子受体、白细胞介素6在促分裂素原活化蛋白激酶、血管内皮生长因子为核心靶基因,通过KEGG通路分析显示,杞蓉片治疗POI的生物信号通路主要集中在磷脂酰肌醇3激酶和蛋白激酶B、缺氧诱导因子1等。分子对接结果显示大部分靶点与成分结合活性较强。结论:杞蓉片通过多种成分、多核心靶点参与了一系列通路,通过发挥多种生物、分子过程来治疗POI。展开更多
目的:采用网络药理学及分子对接技术探究葛根素治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and ...目的:采用网络药理学及分子对接技术探究葛根素治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、STITCH数据库、SwissTargetPrediction数据库、Sea数据库和比较毒理基因组学数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)检索葛根素的潜在作用靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)和DisGeNet数据库检索获得早发性卵巢功能不全相关基因靶点;利用Cytoscape软件构建葛根素治疗POI的化合物-靶点-疾病网络,通过STRING平台构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络,并利用核心靶基因导入基因功能注释数据库(the database for annotation visualization and integrated discovery,DAVID)进行基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genesand genomes,KEGG)信号通路富集分析;利用AutoDock Vina以及PyMol对葛根素与核心靶点进行分子对接验证。结果:共获得176个葛根素潜在作用靶点,478个P0I相关基因;葛根素治疗P0I的潜在靶点共54个,核心靶点29个,包括Akt1、IL-6、VEGFA、EGF、MAPK1、IGF1、TNF、ESR1、TGFB1、ALB等靶点;GO和KEGG富集分析显示生物过程及信号通路主要集中于细胞增殖、炎症反应、免疫反应、对雌二醇的反应、生殖细胞发展、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、TGFβ信号通路、mTOR信号通路、雌激素信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示葛根素与靶蛋白具有较好结合活性及较稳定构象。结论:葛根素治疗POI具有多成分、多靶点、多通路特点。展开更多
文摘目的:采用网络药理学方法探讨杞蓉片治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:在中药药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中获取杞蓉片的有效成分及相应靶点,同时查询人类基因数据库(Genecards)等数据库,获取疾病相关的靶点,并利用韦恩图(Venn)图与药物作用靶点取交集,筛选杞蓉片治疗POI的关键靶点。利用STRING平台建立预测靶蛋白之间的相互关系网络,根据联系密切程度筛选出核心靶标,用R语言进行核心靶标的基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)。结果:收集到符合筛选条件的杞蓉片活性成分102个,染料木素、槲皮素、芹菜素、β-谷固醇等化合物可能为其作用的主要活性成分,药物与POI共同靶点243个,其中肿瘤蛋白p53基因、丝氨酸/苏氨酸激酶1、转录激活因子3、肿瘤坏死因子、表皮生长因子受体、白细胞介素6在促分裂素原活化蛋白激酶、血管内皮生长因子为核心靶基因,通过KEGG通路分析显示,杞蓉片治疗POI的生物信号通路主要集中在磷脂酰肌醇3激酶和蛋白激酶B、缺氧诱导因子1等。分子对接结果显示大部分靶点与成分结合活性较强。结论:杞蓉片通过多种成分、多核心靶点参与了一系列通路,通过发挥多种生物、分子过程来治疗POI。
文摘目的:采用网络药理学及分子对接技术探究葛根素治疗早发性卵巢功能不全(premature ovarian insufficiency,POI)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)、STITCH数据库、SwissTargetPrediction数据库、Sea数据库和比较毒理基因组学数据库(comparative toxicogenomics database,CTD)检索葛根素的潜在作用靶点;利用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man,OMIM)、人类基因数据库(the human gene database,GeneCards)和DisGeNet数据库检索获得早发性卵巢功能不全相关基因靶点;利用Cytoscape软件构建葛根素治疗POI的化合物-靶点-疾病网络,通过STRING平台构建蛋白-蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)网络,并利用核心靶基因导入基因功能注释数据库(the database for annotation visualization and integrated discovery,DAVID)进行基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genesand genomes,KEGG)信号通路富集分析;利用AutoDock Vina以及PyMol对葛根素与核心靶点进行分子对接验证。结果:共获得176个葛根素潜在作用靶点,478个P0I相关基因;葛根素治疗P0I的潜在靶点共54个,核心靶点29个,包括Akt1、IL-6、VEGFA、EGF、MAPK1、IGF1、TNF、ESR1、TGFB1、ALB等靶点;GO和KEGG富集分析显示生物过程及信号通路主要集中于细胞增殖、炎症反应、免疫反应、对雌二醇的反应、生殖细胞发展、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、TGFβ信号通路、mTOR信号通路、雌激素信号通路、催乳素信号通路等;分子对接结果显示葛根素与靶蛋白具有较好结合活性及较稳定构象。结论:葛根素治疗POI具有多成分、多靶点、多通路特点。
