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京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释 被引量:13
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作者 韩昆鹏 段炼 +5 位作者 李婷婷 王金玉 张涛 李国辉 张跟喜 薛倩 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第4期854-861,共8页
本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序... 本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。 展开更多
关键词 转录组测序 京海黄鸡 基因结构 SNP 新基因
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基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘 被引量:9
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作者 董新龙 张向前 +4 位作者 韩昆鹏 凌姣姣 张跟喜 王金玉 王永娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第2期497-504,共8页
鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产... 鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成,但由于注释方法的局限性,还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法,该研究利用高通量测序技术对8只(高产组4只、低产组4只)300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据,共发现4 431个新转录本,并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析,发现了很多潜在的新基因并进行功能注释,为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。 展开更多
关键词 转录组测序 京海黄鸡 转录本 新基因 功能注释
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人新基因EOLA1生物信息学分析 被引量:6
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作者 刘月明 刘战立 +3 位作者 刘漪沦 许雪峰 张萍 马兵 《成都医学院学报》 CAS 2010年第1期1-7,共7页
目的预测人类新基因EOLA1的生物学功能。方法基于EOLA1全长cDNA序列,应用生物信息方法,从序列比对、染色体定位、基因结构分析、编码蛋白理化性质分析、蛋白质位点和序列模式预测等几个方面对EOLA1进行分析。结果EOLA1编码的蛋白EOLA1... 目的预测人类新基因EOLA1的生物学功能。方法基于EOLA1全长cDNA序列,应用生物信息方法,从序列比对、染色体定位、基因结构分析、编码蛋白理化性质分析、蛋白质位点和序列模式预测等几个方面对EOLA1进行分析。结果EOLA1编码的蛋白EOLA1经网上同源性比对没有发现与之高度同源的人类已知蛋白;EOLA1与鼠111002L19蛋白高度同源,到目前为止,对鼠111002L19蛋白功能也不清楚;应用辐射杂交细胞系(RH)作图系统发现EOLA1定位于Xq27.4;对其二级结构进行预测发现在EOLA1蛋白分子中存在酪氨酸激酶Ⅱ和蛋白激酶C磷酸化位点以及1个螺旋-转角-螺旋(HTH)基序。结论人新基因EOLA1编码蛋白质的一级和二级结构特征赋予EOLA1信号转导能力,有可能作为信号分子在LPS激活人血管内皮细胞的过程中发挥作用。 展开更多
关键词 新基因 EOLA1 生物信息学
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抗稻瘟病新基因pi-hit-1的克隆与功能研究 被引量:5
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作者 李常银 杨谦 +1 位作者 王晓飞 孙野青 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2004年第10期21-26,共6页
采用差异显示法(DD-PCR)寻找易感稻瘟病的突变品系与野生型对照品系中的差异表达基因。结果发现与野生型对照相比,Rubisco小亚基、pi-hit.1(AF450251)和pi-hit-2(AF448491)基因在易感稻瘟病的突变品系中高表达,pi-hit-1和pi-hit-2是... 采用差异显示法(DD-PCR)寻找易感稻瘟病的突变品系与野生型对照品系中的差异表达基因。结果发现与野生型对照相比,Rubisco小亚基、pi-hit.1(AF450251)和pi-hit-2(AF448491)基因在易感稻瘟病的突变品系中高表达,pi-hit-1和pi-hit-2是功能未知的新基因。进一步采用电子克隆和RT-PCR方法克隆了pi-hit-1基因的全长eDNA(AF514859),该基因编码的蛋白质属于ATP依赖的Clp蛋白酶家族。分析pi-hit-1基因的组织特异性表达发现,此基因在叶片组织特异表达。进一步设计接种诱导实验研究pi-hit-1基因表达与水稻稻瘟病易感性的关系。在易感稻瘟病的突变品系中pi-hit-1受稻瘟病菌诱导,接种后其表达量明显升高,而野生型对照品系pi-hit-1基因表达在接种前后无明显变化。比较易感稻瘟病的突变品系与对照品系pi-hit-1基因序列差异发现,稻瘟病敏感品系中pi-hit-1基因第一外显子发生缺失突变使pi-hit-1蛋白功能缺失,导致突变品系易感稻瘟病。这些实验结果提示野生型pi-hit-1是稻瘟病抗性基因。 展开更多
关键词 对照品 新基因 突变 野生型 诱导 基因表达 功能研究 抗稻瘟病 品系 叶片组织
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鸡堆型艾美耳球虫新基因的克隆与生物信息学分析 被引量:3
5
作者 阎晓菲 黄兵 +5 位作者 韩红玉 杨斌 岳城 赵其平 姜连连 董辉 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第7期49-53,共5页
试验旨在对堆型艾美耳球虫(Eimeria acervulina)孢子化卵囊新基因EST序列进行克隆与生物信息学分析。通过RACE技术扩增从E.acervulina cDNA表达文库中筛选获得的EST序列,得到EST全长cDNA序列,利用多种生物信息学分析软件对其编码... 试验旨在对堆型艾美耳球虫(Eimeria acervulina)孢子化卵囊新基因EST序列进行克隆与生物信息学分析。通过RACE技术扩增从E.acervulina cDNA表达文库中筛选获得的EST序列,得到EST全长cDNA序列,利用多种生物信息学分析软件对其编码蛋白进行分析和预测。结果表明,该EST序列为E.acervulina孢子化卵囊阶段新基因,GenBank登录号为EU590120;该基因含1个492 bp的开放阅读框,编码163个氨基酸,理论分子质量为17.049 ku,等电点为6.69,酸性氨基酸8个,碱性氨基酸8个,分子式为C761H1223N199O219S12总平均亲水性(GRAVY)为0.731;该蛋白有信号肽,为分泌性蛋白;具有4个跨膜结构,在105~115、28~32和132~138位之间有很强的疏水性;具有1个蛋白激酶C磷酸化位点、1个N-糖基化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、4个N端豆蔻酰基化位点。因此根据生物信息学全面预测和分析,发现该基因所编码的蛋白具有较多的生物学功能位点和潜在的抗原表位区域。 展开更多
关键词 球虫 堆型艾美耳球虫 新基因 克隆 生物信息学
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HLA组特异性PCR及DNA测序确认新基因HLA-A*110202 被引量:4
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作者 邢培清 张伯伟 赵磊 《河南医学研究》 CAS 2006年第4期289-293,共5页
目的:用HLA组特异性PCR扩增,DNA测序方法确认新等位基因。方法:用SSO(序列特异性寡核苷酸探针)反向流式荧光微珠法对标本62011550进行常规HL-A、B、DRB1分型检测,A位点反应格局清晰而无法给出确切分型结果,对该基因扩增2、3外显子,以此... 目的:用HLA组特异性PCR扩增,DNA测序方法确认新等位基因。方法:用SSO(序列特异性寡核苷酸探针)反向流式荧光微珠法对标本62011550进行常规HL-A、B、DRB1分型检测,A位点反应格局清晰而无法给出确切分型结果,对该基因扩增2、3外显子,以此为模板采用组特异性引物区分杂合子,分别对杂合子2、3外显子测序,将测序结果与已知的基因序列进行比较。结果:测序得到A*1102v(1102的变异体)序列与已知序列比对发现,在第2对外显子215出现C>A,导致第75密码子GGA>AGA,未引起氨基酸改变(R>R),该序列为新的HLA序列,经向WHO HLA因子命名委员会申报确定为HLA-A 110202,注册号HWS.10003507-DQ3544411(www.ebi.ac.uk/imgt/hla)结论:DNA测序是HLA分型的最直接准确方法,常用于新基因的发现,用组特异性引物区分杂合子进而进行测序简便易行,避免了基因克隆操作。 展开更多
关键词 HLA 组特异性 DNA测序 新基因
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生物信息学技术与新基因的研究 被引量:1
7
作者 廉士珍 孙杰 +6 位作者 胡博 白雪 张海玲 薛向红 鲁荣光 王洋 闫喜军 《科学技术创新》 2018年第16期1-2,共2页
生物信息学技术与新基因研究的有效落实,既能够凭借因子序列条件有效确定当前生物信息体系构建中所具备的协调优势,从而确保当前社会医疗功能体系构建具备先进性,同时更能够凭借相关数据库统筹和克隆技术延伸,为后续生物信息学的有效构... 生物信息学技术与新基因研究的有效落实,既能够凭借因子序列条件有效确定当前生物信息体系构建中所具备的协调优势,从而确保当前社会医疗功能体系构建具备先进性,同时更能够凭借相关数据库统筹和克隆技术延伸,为后续生物信息学的有效构建和发展,提供扎实且可持续化的拓展意义。本文基于生物信息学技术与新基因的特性展开分析,在确定基因序列与调节数据之间的关系同时,期望能够为后续生物信息学的有效构建,提供扎实且全面的数据统筹参照。 展开更多
关键词 生物信息技术 新基因 氨基酸序列 克隆化
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新基因功能研究的整体策略 被引量:7
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作者 张岚 李庆章 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第5期109-113,共5页
随着生命科学的发展及研究领域的不断开拓,越来越多的未知新基因和基因的新功能被发现,这些基因功能的研究成为了后基因组时代的首要任务。作者对新基因的研究策略作了一个较为系统全面的综述。
关键词 新基因功能研究 功能预测 基因转导 蛋白质相互作用
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人新基因EOLA1研究快讯
9
作者 刘月明 《成都医学院学报》 CAS 2009年第3期214-215,共2页
关键词 人类新基因 金属硫蛋白2A 酵母双杂交
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国际巨头的创新基因
10
作者 秦琦 《中国船检》 2018年第9期28-32,共5页
纵观那些世界知名公司,尤其是历经几十年乃至上百年而屹立不倒者,究竟掌握怎样的长寿法则?其中有一个很重要的共同点,即它们都会居安思危,并建有一整套创新体系,因为创新是一个企业发展的动力,只有不断创新,企业才会有新的力量,才能适... 纵观那些世界知名公司,尤其是历经几十年乃至上百年而屹立不倒者,究竟掌握怎样的长寿法则?其中有一个很重要的共同点,即它们都会居安思危,并建有一整套创新体系,因为创新是一个企业发展的动力,只有不断创新,企业才会有新的力量,才能适应瞬息万变的环境,实现自我的超越,从而不断发展壮大.在国际海事界,像韩国现代重工集团、挪威康士伯格公司、英国罗尔斯·罗伊斯公司就是典型代表.这些企业在技术创新、文化愿景以及可持续发展方面做到了有效衔接和相互促进,从而使自己的企业长盛不衰,值得国内同行借鉴. 展开更多
关键词 国际 新基因 企业发展 体系 韩国现代重工 可持续发展 技术创 海事界
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基于家蚕中肠RNA-seq数据的新基因发掘及初步分析
11
作者 周凯月 唐健 +2 位作者 李玉霞 郝长富 徐安英 《安徽农业科学》 CAS 2018年第24期60-64,共5页
对前期获得的家蚕中肠组织转录组数据进行进一步生物信息学分析,利用Cufflinks软件对Mapped Reads进行组装,并与参考基因组注释信息进行比对,共发掘新基因788个。利用Blast软件将发掘的新基因与NR,Swiss-Prot数据库比对,其中746个新基... 对前期获得的家蚕中肠组织转录组数据进行进一步生物信息学分析,利用Cufflinks软件对Mapped Reads进行组装,并与参考基因组注释信息进行比对,共发掘新基因788个。利用Blast软件将发掘的新基因与NR,Swiss-Prot数据库比对,其中746个新基因得到功能注释。这些新发掘基因在家蚕28个连锁群上都有分布,其中在第15连锁群上最多。有198个新基因注释到KEGG数据库中,分布于85条已知的通路中,将新基因与COG数据进行比对,并进行功能注释与分类,总共有258个新基因得到了注释,被分为22个COG类别,部分新基因的克隆分析,与预期结果一致,这些发现为以后进一步研究新基因的功能提供了基础信息。 展开更多
关键词 转录组测序 新基因 序列比对 功能分析
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新基因 新模式 新动能 破局运营商基层互联网化营销窘境 被引量:2
12
作者 周海华 《通信世界》 2018年第19期25-27,共3页
在面对互联网化营销与发展模式的新业态下,运营商基层的发展严重缺乏互联网新基因、新模式、新动能,传统式营销方式、管理方式、员工治理模式依然“大行其道”。
关键词 营销方式 新基因 联网化 运营商 动能 互联网 传统式
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中科院植生生态所发现水稻落粒调控新基因
13
《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期99-99,共1页
野生稻的种子成熟时便自动脱落,这有利于种子的传播和存活。但是,“易落粒性”对以收获成熟稻谷为目标的栽培稻品种而言,就会带来收获时的产量减少等负面影响。我们的祖先很早就从选择落粒性降低的角度开始了对水稻的驯化过程。事实... 野生稻的种子成熟时便自动脱落,这有利于种子的传播和存活。但是,“易落粒性”对以收获成熟稻谷为目标的栽培稻品种而言,就会带来收获时的产量减少等负面影响。我们的祖先很早就从选择落粒性降低的角度开始了对水稻的驯化过程。事实上,现代栽培稻种子落粒性差别很大,这说明落粒是一项多基因控制的复杂性状。深入全面地了解水稻落粒调控机制,减少因落粒带来的产量损失,具有重要的农业意义。 展开更多
关键词 调控机制 落粒性 水稻 新基因 中科院 种子成熟 生态 植生
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浙江大学医学院祁鸣教授国际课题组发现遗传性儿童失明的新基因
14
《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期552-552,共1页
2012年7月29日,祁鸣教授的国际课题组在国际著名学术期刊《Nature Genetics》在线发表"Exome sequencing identifies NMNAT1 as another causative gene for Leber congenital amaurosis"研究论文,报道了导致遗传性儿童失明的新基因NM... 2012年7月29日,祁鸣教授的国际课题组在国际著名学术期刊《Nature Genetics》在线发表"Exome sequencing identifies NMNAT1 as another causative gene for Leber congenital amaurosis"研究论文,报道了导致遗传性儿童失明的新基因NMNAT1。 展开更多
关键词 浙江大学医学院 新基因 遗传性 课题组 国际 失明 儿童 LEBER
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我国注册首个水稻抗白背飞虱新基因
15
作者 本刊编辑部 《广东农业科学》 CAS CSCD 2006年第5期93-93,共1页
关键词 水稻研究所 白背飞虱 新基因 中国农科院 植物基因 科研人员 抗性基因 委员会
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中美联手研究水稻新基因
16
作者 向晶 于美娜 李浩鸣 《世界农业》 北大核心 2009年第5期9-9,共1页
近日,湖南大学党委书记刘克利和美国孟山都公司中国区总裁John在湖南大学宣布.双方将投资4000多万元,为期4年,共同开展水稻RLK功能基因组学研究。孟山都公司副总裁史蒂夫·帕杰特认为,与湖南大学的科研合作,将为孟山都公司提... 近日,湖南大学党委书记刘克利和美国孟山都公司中国区总裁John在湖南大学宣布.双方将投资4000多万元,为期4年,共同开展水稻RLK功能基因组学研究。孟山都公司副总裁史蒂夫·帕杰特认为,与湖南大学的科研合作,将为孟山都公司提出的“到2030年主要农作物产量增加1倍。水和氮肥等使用量减少1/3,并帮助改善农民生活”的承诺提供进一步的技术支持和保证。 展开更多
关键词 水稻 新基因 孟山都公司 湖南大学 功能基因组学 农作物产量 党委书记 科研合作
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发现促肝癌新基因
17
《河南医学研究》 CAS 2006年第4期331-331,共1页
近日,国家人类基因组南方研究中心黄健和张新博士等发现,人类印迹基因DLK1在肝细胞癌患者中表达上调,可能参与肿瘤生成。该结果已于2006年11月17日在线发表于Careinogenesis上。有关专家认为,DLK1有望成为有效的肝癌治疗新靶点,为... 近日,国家人类基因组南方研究中心黄健和张新博士等发现,人类印迹基因DLK1在肝细胞癌患者中表达上调,可能参与肿瘤生成。该结果已于2006年11月17日在线发表于Careinogenesis上。有关专家认为,DLK1有望成为有效的肝癌治疗新靶点,为我国开发治疗肝癌药物奠定了理论基础。 展开更多
关键词 肝癌治疗 新基因 人类基因 表达上调 印迹基因 肿瘤生成 癌患者 肝细胞
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中国农业生物工程的前景在于发现高价值新基因
18
作者 杨贞标 《科学与社会》 1998年第4期11-12,共2页
生物工程技术无疑将成为农业发展及新农业产品开拓的最重要手段。因本人专长植物生物工程,并最近回大陆走访了一些植物研究的主要基地,因此可以对国内外这一领域的研究作一比较,同时在作物工程技术发展及对中国农业的影响方面谈几点... 生物工程技术无疑将成为农业发展及新农业产品开拓的最重要手段。因本人专长植物生物工程,并最近回大陆走访了一些植物研究的主要基地,因此可以对国内外这一领域的研究作一比较,同时在作物工程技术发展及对中国农业的影响方面谈几点看法。1加强重点基础研究许多事实证... 展开更多
关键词 中国农业 农业生物工程 新基因 高价值 水稻基因 模式植物 基础研究 农业上的应用 农业发展 水稻研究
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新松机器人:血脉注定创新基因机器人世界的“高富帅”
19
《黑龙江科技信息》 2014年第31期I0015-I0017,共3页
“漂亮、乖巧、听话,出得厅堂入得厨房,你叫她朝东她不朝西,洗衣做饭还不发脾气,不需要车子房子,永远年轻不会改嫁——我想要这样的老婆!”这是一位宅男发在网上的“我的机器人老婆”。
关键词 机器人 新基因 世界
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西班牙科学家引入新基因使鱼鳍变“鱼腿”(图)
20
《黑龙江科技信息》 2013年第1期I0018-I0019,共2页
肉鳍鱼类和早期的两栖动物 据美国媒体12月11日报道,西班牙保罗·德·奥拉维德大学的遗传研究人员发现,鱼鳍细胞中引入HOXD13基因后,鱼发育出的肢体更像是一条腿。
关键词 新基因 西班牙 鱼鳍 科学家 两栖动物 研究人员 鳍鱼类 遗传
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