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新城疫病毒F蛋白B细胞抗原表位鉴定
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作者 赵月兵 王东 +1 位作者 王铁菊 马学忠 《中国畜禽种业》 2020年第6期178-178,共1页
针对新城疫(ND)对当前规模化养鸡场的严重危害,为了揭示新城疫体液免疫的本质,更好地防控该病,笔者和科研人员共同完成了"新城疫病毒F蛋白B细胞抗原表位鉴定"这项基础研究。本研究以我国NDV流行株F48E9和lasota株为基础,应用... 针对新城疫(ND)对当前规模化养鸡场的严重危害,为了揭示新城疫体液免疫的本质,更好地防控该病,笔者和科研人员共同完成了"新城疫病毒F蛋白B细胞抗原表位鉴定"这项基础研究。本研究以我国NDV流行株F48E9和lasota株为基础,应用生物信息学技术系统分析NDVF蛋白生物学特性、一级结构和二级结构特性的基础上,应用多肽合成技术、基因工程技术和单克隆抗体技术,通过合成全部覆盖F蛋白一级结构序列的重叠多肽,结合F蛋白的三维空间结构分析、鉴定F蛋白的B细胞抗原表位谱。为全面认识机体免疫系统对NDV的识别规律,探讨体液免疫系统抵抗NDV感染的本质提供重要的理论依据。同时,通过全面认识和定位NDV的B细胞抗原表位谱为高效、安全的新型疫苗设计和病毒抗体检测提供依据。 展开更多
关键词 新城疫病毒f蛋白b细胞抗原 新城疫流行毒株 疫苗毒株 新城疫疫苗
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基因Ⅶ型新城疫病毒F蛋白在昆虫细胞中的表达及免疫效力研究 被引量:3
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作者 孙朋 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第6期1840-1846,共7页
本试验旨在利用杆状病毒表达系统对基因Ⅶ型新城疫病毒(NDV)F基因进行表达研究。RT-PCR扩增F基因,将其克隆到pFastBac HT A载体中,阳性重组质粒转化DH10Bac感受态细胞,PCR鉴定获得阳性克隆,碱裂解法提取阳性质粒,转染Sf9昆虫细胞,获得含... 本试验旨在利用杆状病毒表达系统对基因Ⅶ型新城疫病毒(NDV)F基因进行表达研究。RT-PCR扩增F基因,将其克隆到pFastBac HT A载体中,阳性重组质粒转化DH10Bac感受态细胞,PCR鉴定获得阳性克隆,碱裂解法提取阳性质粒,转染Sf9昆虫细胞,获得含F基因的重组杆状病毒质粒,重组病毒感染Sf9细胞72h后,进行SDSPAGE电泳、间接免疫荧光和Western blotting检测。免疫SPF鸡,间接ELISA测定抗体滴度,攻毒保护试验检测重组F蛋白保护性。结果显示,F蛋白在昆虫细胞中能够特异性表达,该蛋白诱导了高滴度的NDV特异性抗体,具有良好的免疫原性;重组F蛋白免疫组攻击保护率达到90%,明显高于阴性对照组。本研究结果为NDV新型亚单位疫苗的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 新城疫病毒 融合蛋白f 重组杆状病毒 昆虫细胞 免疫效力
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鲤春病毒血症病毒Shlj1株糖蛋白空间结构及其B细胞抗原表位的预测 被引量:6
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作者 纪锋 徐黎明 +4 位作者 赵景壮 刘淼 卢彤岩 贺文斌 尹家胜 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期440-446,共7页
为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基... 为预测鲤春病毒血症病毒(Spring Viremia of Carp Virus,SVCV)Shlj1株糖蛋白(Glycoprotein,G)的空间结构及B细胞抗原表位,采用RT-PCR法从接种SVCV的鲤上皮细胞悬液提取的病毒总RNA中扩增糖蛋白基因,并通过序列测定获得Shlj1株糖蛋白基因的核苷酸序列及氨基酸序列,利用Phyre2对Shlj1分离株的糖蛋白空间结构进行预测,使用DNAStar软件综合分析糖蛋白的柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数参数。结果表明:获得的SVCV Shlj1株糖蛋白核苷酸序列长1527 bp,推导出其氨基酸序列为509aa;空间结构预测显示,SVCV Shlj1株糖蛋白存在一定数量的α-螺旋、β-折叠、β-转角及大量无规则卷曲结构,空间构象较规则;抗原指数及抗原表位指数分析显示,糖蛋白中存在许多抗原指数较高的区域,该区域平均抗原指数为1.025,最大值达1.250,其中5个区域(4~26、145~157、293~302、315~327、407~491氨基酸区段)可能是B细胞抗原表位的主要分布区域。本研究结果为SVCV糖蛋白表位疫苗的设计及单克隆抗体的制备奠定了理论基础。 展开更多
关键词 鲤春病毒血症病毒 蛋白 空间结构 b细胞抗原表位
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呼吸道合胞体病毒F蛋白二级结构分析及其B细胞表位预测 被引量:5
4
作者 易高 潘嘉宇 +1 位作者 林纯意 刘兆宇 《山东医药》 CAS 北大核心 2016年第27期20-23,共4页
目的分析呼吸道合胞体病毒(RSV)F蛋白的二级结构并预测其B细胞表位。方法分析RSV F蛋白的二级结构,得出RSV F蛋白中可能出现的信号肽序列以及位置。基于同源建模的方法预测RSV F蛋白的三级结构,以三级结构为基础预测F蛋白中可能存在... 目的分析呼吸道合胞体病毒(RSV)F蛋白的二级结构并预测其B细胞表位。方法分析RSV F蛋白的二级结构,得出RSV F蛋白中可能出现的信号肽序列以及位置。基于同源建模的方法预测RSV F蛋白的三级结构,以三级结构为基础预测F蛋白中可能存在的构象B表位和线性B表位。结果 F蛋白的574个编码氨基酸中占主要比例的是丝氨酸(10.45%)、亮氨酸(10.28%)、天冬酰胺(8.71%)和苏氨酸(8.71%);可能有7个蛋白结合位点、6个产生螺旋结构的区域;可能存在两个主要的β-折叠片蛋白;F蛋白N-末端第1-5区段为信号肽。RSV F蛋白头部主要由β-折叠片、无规则卷曲和转角组成,尾部主要由两段长的α-螺旋组成。RSV F蛋白中可能存在4个构象B表位、8个线性B表位。结论 F蛋白编码氨基酸主要为丝氨酸和亮氨酸,可能有7个蛋白结合位点、6个产生螺旋结构的区域、两个主要的β-折叠片蛋白。RSV F蛋白中可能存在4个构象B表位、8个线性B表位。 展开更多
关键词 呼吸道合胞体病毒 f蛋白 蛋白二级结构 b细胞表位
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猪传染性胃肠炎病毒S蛋白的二级结构和B细胞抗原表位的预测
5
作者 高传庆 王可 +1 位作者 黄庆华 韩虹 《山东农业科学》 2010年第12期6-10,共5页
以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-Wolf方法和Emini方法预测了其抗原指数... 以TGEV(猪传染性胃肠炎病毒)基因组序列为基础,运用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测其S蛋白的二级结构,运用Kyte-Doolittle方法对S蛋白的亲水性进行分析,并分别运用Jameson-Wolf方法和Emini方法预测了其抗原指数和表面可及`性,最后结合吴玉章的方法综合分析预测了其B细胞抗原表位。结果显示,α螺旋数量少且分散,β折叠占据面积较大,柔性区域主要集中在N端第22~30、45~76、100~172、239~301、348~419、451~519、541~633、645~720、746~796、822~887、921~986、1052~1201、1239~1384、1434~1445区段。S蛋白可能的B细胞抗原位点是N端第20~32、44~54、69~78、97~106、635~655、781~803、949~994、1307~1328、1346~1362、1432~1448区段,这些区段内部或附近都有柔性区域存在,可作为S蛋白的抗原优势表位。 展开更多
关键词 猪传染性胃肠炎病毒 S蛋白 二级结构 b细胞抗原表位
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丙型肝炎病毒非结构蛋白4B对肝癌细胞增殖的影响 被引量:1
6
作者 杨春 陈文 +3 位作者 钟晓琳 王忠琼 陈枫 夏纪毅 《山东医药》 CAS 2012年第32期31-33,I0002,共4页
目的探讨丙型肝炎病毒非结构蛋白4B(HCV-NS4B)对肝癌细胞增殖及增殖细胞核抗原(PCNA)和周期素D1(cyclinD1)蛋白表达的影响。方法采用构建好的HCV-NS4B表达载体,以脂质体转染法转染HepG2细胞。RT-PCR、琼脂糖凝胶电泳证实HCV-NS4B在HepG... 目的探讨丙型肝炎病毒非结构蛋白4B(HCV-NS4B)对肝癌细胞增殖及增殖细胞核抗原(PCNA)和周期素D1(cyclinD1)蛋白表达的影响。方法采用构建好的HCV-NS4B表达载体,以脂质体转染法转染HepG2细胞。RT-PCR、琼脂糖凝胶电泳证实HCV-NS4B在HepG2细胞稳定表达。MTT法绘制生长曲线,观察NS4B对肝细胞生长的影响;流式细胞仪检测细胞周期的情况;免疫细胞化学法检测PCNA和cyclinD1的表达。结果转染后,生长曲线显示NS4B可促进肝细胞生长;细胞周期检测显示转染NS4B的HepG2细胞进入S期和G2/M期增多(P<0.05),处于G0/G1期细胞降低(P<0.05)。PCNA和cyclinD1的表达均较空白载体组升高(P<0.05)。结论HCV-NS4B可干扰肝癌细胞周期,促进肝癌细胞增殖,其作用与上调PCNA、cyclinD1表达有关。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒非结构蛋白4b 肝肿瘤 增殖细胞抗原 周期素蛋白D1
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PEDV N蛋白的原核表达纯化及B细胞抗原表位预测分析 被引量:3
7
作者 郭富城 金丽 +4 位作者 苏强 粟雨芯 李方琳 陈士恩 马晓霞 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期762-769,共8页
本研究旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)N基因进行克隆构建、表达与其B细胞抗原表位性质的预测。将PEDV的N基因进行PCR扩增,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,经酶切验证获得阳性克隆,将阳性克隆在表达菌E.... 本研究旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)N基因进行克隆构建、表达与其B细胞抗原表位性质的预测。将PEDV的N基因进行PCR扩增,克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,经酶切验证获得阳性克隆,将阳性克隆在表达菌E.coli BL21(DE3)中表达。通过对表达条件及纯化条件的优化,获得高纯度表达蛋白。利用生物信息同源模型化软件Swiss-Pdb Viewer建立PEDV-N蛋白的3D结构,并根据生物信息学软件DNA-Star预测PEDV-N蛋白的二级结构、抗原性、亲水性和表面可及性分析,综合分析预测其B细胞抗原表位。经预测PEDV-N蛋白氨基酸序列中存在13个B细胞优势抗原表位区域。研究结果将进一步为PEDV-N蛋白体外表达产物的应用及研制基因工程疫苗提供理论基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 N蛋白 纯化 二级结构 b细胞抗原表位预测
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DEV核衣壳蛋白二级结构与B细胞表位预测 被引量:4
8
作者 代淑燕 程振涛 +2 位作者 汪德生 文明 周碧君 《山地农业生物学报》 2008年第4期335-339,共5页
为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位,以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其... 为预测和分析鸭肠炎病毒NP蛋白的二级结构和B细胞表位,以DEV-NP基因推导的氨基酸序列为基础。采用Chou-Fasman法、Ganmier-Robson法和Karplus-Schulz法预测该蛋白二级结构;按Kyte—Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测其B细胞抗原表位。结果表明,DEV-NP蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角、无规则卷曲等柔性区域以及α-螺旋与β-折叠区段,且在蛋白肽链中有多个区段可形成B细胞抗原表位,其中第10—15和182—186区段及其附近可能是DEV-NP蛋白的B细胞表位优势区。 展开更多
关键词 鸭肠炎病毒 核衣壳蛋白 二级结构 b细胞抗原表位
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山羊口疮病毒四川分离株F1L基因分子特征分析及抗原表位预测 被引量:4
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作者 孙正楠 毛从剑 张焕容 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2018年第7期1942-1948,共7页
为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他... 为明确山羊口疮病毒(ORFV)四川分离株F1L基因分子特征并预测抗原表位,本试验利用生物信息学软件分析四川分离株ORFVF1L基因,并预测其编码蛋白的二、三级结构和B细胞表位。将F1L基因克隆转化后测序,用Mega 7.0软件比对分析该基因与其他地区来源的ORFV F1L基因的变异情况,利用SOPMA服务器预测F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件预测其亲水性、表面可及性、柔韧性及抗原性,以ABCpred方案作为验证并输出B细胞表位,在SWISS-MODEL服务器预测三级结构后,进一步在建模区域再验证抗原表位,最终回归蛋白质序列比对。结果显示,四川分离株ORFVF1L基因大小为1 029bp,编码342个氨基酸,基因及其编码蛋白较其他地区来源毒株有一定变异;F1L蛋白预测分析存在9个可能B细胞表位,综合三级结构预测,其122—137肽段为最优表位;所预测的四川分离株ORFV F1L蛋白优势抗原表位较其他地区具有一定特异性,较多地区在124、131、137位氨基酸出现不同。本研究结果为四川地区ORFV基因工程疫苗及特异性检测方法的研究提供了理论依据。 展开更多
关键词 山羊口疮病毒(ORfV) f1L基因 蛋白结构 b细胞抗原表位
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NDV La Sota株、V4株F蛋白表位的预测 被引量:6
10
作者 孙建宏 曹殿军 +1 位作者 刘培欣 闫丽辉 《动物医学进展》 CSCD 2005年第3期72-75,共4页
为进一步研究 2 种疫苗的表位,以深入探讨NDV La Sota株、V4疫苗免疫差异的根本所在。应用亲水性、可及性、抗原性、可塑性和二级结构预测等 5 种参数分别对新城疫病毒 La Sota株和 V4 株 F蛋白的 B细胞抗原表位进行了综合预测,预测到... 为进一步研究 2 种疫苗的表位,以深入探讨NDV La Sota株、V4疫苗免疫差异的根本所在。应用亲水性、可及性、抗原性、可塑性和二级结构预测等 5 种参数分别对新城疫病毒 La Sota株和 V4 株 F蛋白的 B细胞抗原表位进行了综合预测,预测到二者的 B细胞抗原表位分别有 19 个,这些表位中含有已经确定的 5 个中和表位, A1: 72aa, A2:78aa, A3: 79aa, A4: 157 aa、161 aa、170 aa、171 aa,A5:343 aa。比较发现,二者有 9 个预测的B细胞表位氨基酸序列存在差异。 展开更多
关键词 抗原表位 b细胞表位 f蛋白 NDV 预测 抗原 疫苗免疫 种参 新城疫病毒 氨基酸序列
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鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析 被引量:2
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作者 黄云秀 李传峰 +5 位作者 孟春春 陈宗艳 李露 宋凯杰 刘光清 韦天超 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第5期1039-1047,共9页
为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800bp,由5′和3′非... 为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800bp,由5′和3′非编码区(UTR)和一个大开放阅读框(ORF)组成。其中,5′UTR和3′UTR的长度分别为652和369bp;ORF长度为6 756bp,编码2 251个氨基酸长的多聚蛋白,其编码产物至少有12个(VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D);在分类地位上DHAV GX株属于DHAV-3,其与DHAV-3参考株核苷酸、氨基酸同源性最高;与DHAV-3FS株亲缘关系最近,在同一较小分支上。DHAV GX株结构蛋白VP1以第195—201、211—221位氨基酸区段为B细胞优势表位的可能性较大。提示,VP1基因可作为研制DHAV基因工程疫苗的优势候选基因。 展开更多
关键词 鸭甲肝病毒 全基因组 序列分析 VP1蛋白 b细胞抗原表位
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Exact Location of Linear B-cell Epitopes of VP3 Protein of Goose Parvovirus
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作者 GUO Lu JU Huan-yu YU Tian-fei JING Zhi-qiang MA Bo WANG Jun-wei 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第B12期34-39,共6页
Four monoclonal antibodies (MAbs) against Goose Parvovirus (GPV) VP3 protein already available were used to precisely locate linear B-cell epitopes in VP3 of GPV. The epitopes, recognized by four MAbs, had already bee... Four monoclonal antibodies (MAbs) against Goose Parvovirus (GPV) VP3 protein already available were used to precisely locate linear B-cell epitopes in VP3 of GPV. The epitopes, recognized by four MAbs, had already been identified at low levels of resolution. Complementary oligonucleotides encoding ten amino acid fragments, with five amino acid overlaps were designed with suitable sticky ends for recombination with pET-32a and subsequent expression as small-fragment fusion proteins. Antigenicity of specific oligopeptides was determined by Western blotting with the MAbs. Using the same methods, amino acids were deleted one by one from the peptides of interest, enabling the two epitopes to be precisely located at amino acids 430-435 (-DRIMNP-) and 643-647 (-VFIKN-). 展开更多
关键词 VP3基因 鹅细小病毒 b细胞表位 VP3蛋白 抗原表位 线性 单克隆抗体 位置
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