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斑马鱼高分辨率整胚原位杂交实验方法与流程 被引量:12
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作者 张春霞 刘峰 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期522-528,共7页
整胚原位杂交技术是利用反义RNA探针检测体内mRNA表达的一项技术,在利用模式动物研究基因时空表达方面有着重要的应用。如何使用该技术得到特异、高敏感度的表达结果,对每一个使用该技术的实验室来说都很重要。本实验室参照常规的实验方... 整胚原位杂交技术是利用反义RNA探针检测体内mRNA表达的一项技术,在利用模式动物研究基因时空表达方面有着重要的应用。如何使用该技术得到特异、高敏感度的表达结果,对每一个使用该技术的实验室来说都很重要。本实验室参照常规的实验方法,对该技术加以改进,使之更加灵敏,结果更加特异。文章主要以斑马鱼为例,介绍了整胚原位杂交技术的发展历史,并重点介绍了本实验室所用的整胚原位杂交实验流程,同时还分析了实验结果不理想的原因及其解决方法。 展开更多
关键词 斑马鱼 整胚原位杂交
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花斑裸鲤胚胎/仔鱼型血红蛋白基因家族成员鉴定与时序表达研究 被引量:3
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作者 王发艳 刘丹 +6 位作者 高强 晁燕 聂苗苗 杨朝杰 倪伟琳 王丽晗 祁得林 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期718-724,共7页
为了探讨花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)血红蛋白时序转换利用花斑裸鲤全基因组数据鉴定胚胎/仔鱼型血红蛋白基因家族成员,并通过整胚原位杂交方法,检测花斑裸鲤胚胎/仔鱼型血红蛋白基因在胚胎发育不同阶段的表达及定位。结果表明,花斑... 为了探讨花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)血红蛋白时序转换利用花斑裸鲤全基因组数据鉴定胚胎/仔鱼型血红蛋白基因家族成员,并通过整胚原位杂交方法,检测花斑裸鲤胚胎/仔鱼型血红蛋白基因在胚胎发育不同阶段的表达及定位。结果表明,花斑裸鲤基因组中共鉴定到5个胚胎/仔鱼型血红蛋白基因,分别为hbae1、hbae4、hbae5、hbbe1和hbbe3,与斑马鱼(Danio rerio)相比,花斑裸鲤基因组缺少hbae3和hbbe2基因,暗示第四轮全基因组复制事件后所经历的小规模基因删除事件在花斑裸鲤特异性血红蛋白基因形成中发挥了重要作用。整胚原位杂交结果显示,hbae1基因在胚胎发育的120h至432h内持续表达,hbbe1基因在96h开始表达持续至432h,hbbe3基因杂交信号出现在胚胎发育120h至384h内,在胚胎发育全过程中未能观察到hbae4和hbae5基因的杂交信号。杂交信号主要位于胚胎正中轴、后部侧向中胚层、背主动脉腹侧区、尾部造血区及卵黄。正义探针作为阴性对照,在胚胎发育阶段均无任何杂交信号。花斑裸鲤具有与其他鱼类不同的胚胎/仔鱼型血红蛋白基因家族成员及血红蛋白转换表达特征;hbae1、hbbe1和hbbe3基因在花斑裸鲤早期胚胎发育过程中发挥重要作用,而hbae4和hbae5基因的生物学功能可能有所弱化。 展开更多
关键词 血红蛋白基因 胎发育 时序转换 造血系统发育 整胚原位杂交 花斑裸鲤
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东亚飞蝗WntA在胚胎发育阶段的时空表达
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作者 宋佳 马钰洁 +3 位作者 蒲雪 季荣 Iliya Kabak 袁亮 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1139-1149,共11页
【目的】探讨东亚飞蝗Locusta migratoria manilensis Wnt基因家族中WntA编码蛋白序列特征及其在胚胎发育阶段的时空表达谱,为进一步开展LmmWntA的功能研究及挖掘东亚飞蝗其他Wnt基因家族成员奠定基础。【方法】PCR克隆并利用邻接法(nei... 【目的】探讨东亚飞蝗Locusta migratoria manilensis Wnt基因家族中WntA编码蛋白序列特征及其在胚胎发育阶段的时空表达谱,为进一步开展LmmWntA的功能研究及挖掘东亚飞蝗其他Wnt基因家族成员奠定基础。【方法】PCR克隆并利用邻接法(neighbor-joining,NJ)鉴定东亚飞蝗Wnt基因家族基因LmmWntA;通过同源序列多重比对分析LmmWntA氨基酸序列特征;利用整胚原位杂交技术对LmmWntA在东亚飞蝗产卵后(after egg laying,AEL)发育至12,24,35,46,56和65 h以及3,3.5,4,4.5,5,5.5,6.5,8,8.5,9.5和11 d共17个连续胚胎发育阶段进行转录信号筛查。【结果】克隆获得东亚飞蝗LmmWntA(GenBank登录号:MW052768),CDS全长1101 bp,编码336个氨基酸;LmmWtnA与头索动物、昆虫、有爪动物及环节动物WntA蛋白共同聚为WntA亚家族单系群;LmmWntA中段和C端与比对物种WntA蛋白序列保持了较高同源性,仅在N端信号肽区域出现差异,LmmWntA与膜翅目(Hymenoptera)西方蜜蜂Apis mellifera AmWntA蛋白聚为姊妹群,氨基酸序列一致性为59.05%。LmmWntA最先表达在东亚飞蝗35 h AEL胚胎期末端生长区并在该区域持续表达至4 d AEL胚胎期,同时在新生体节每节腹部形成条纹状表达;在46 h AEL胚胎期视叶后半区持续表达至8.5 d AEL胚胎期,该区域未来发育成复眼;在56 h AEL胚胎期脑持续表达至5.5 d AEL胚胎期;在65 h AEL胚胎期每节腹部的条纹状表达信号逐渐转移至腹中线两侧,在触角基部有明显的表达信号;在5.5 d AEL胚胎期表达信号进一步转移至腹神经;从3 d AEL胚胎期开始在腹侧体节远轴端表达,后期转移至上颚、足关节及末端;伴随4.5 d AEL胚胎末端开始内陷形成肛道,LmmWntA在内陷肛道的腹面及前端表达,最多内陷至腹部第7体节;至9.5 d AEL胚胎期时LmmWntA在翅芽盘处表达。【结论】LmmWntA在东亚飞蝗胚胎发育阶段动态表达,推测LmmWntA参与东亚飞蝗胚胎后端体节生长、神经系统(脑和腹神经)、复眼、触角、消化系统后端(肛道)、颚、胸部附肢(足和翅)等重要组织和器官的发生和形成。本研究结果为进一步开展LmmWntA功能缺失研究奠定发育生物学基础。 展开更多
关键词 东亚飞蝗 WntA基因 发育生物学 生长区 翅芽 整胚原位杂交
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斑马鱼akt3基因的克隆及其表达图谱与过表达分析 被引量:4
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作者 谌爽 周建峰 +2 位作者 卢玲 刘云章 李筠 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期717-726,共10页
采用RT-PCR和RACE相结合的方法,克隆得到了斑马鱼的akt3/pkbγ基因,其cDNA全长为2874 bp,编码479个氨基酸。斑马鱼Akt3具有Akt家族成员间保守的PH结构域、催化活性结构域和调节结构域以及两个保守的磷酸化位点Thr305和Ser472。与已发表... 采用RT-PCR和RACE相结合的方法,克隆得到了斑马鱼的akt3/pkbγ基因,其cDNA全长为2874 bp,编码479个氨基酸。斑马鱼Akt3具有Akt家族成员间保守的PH结构域、催化活性结构域和调节结构域以及两个保守的磷酸化位点Thr305和Ser472。与已发表的人、大鼠、小鼠的Akt3氨基酸序列比较,相似性分别为95.8%、94.7%和95.4%。对斑马鱼早期胚胎进行RT-PCR检测显示,akt3在0—4hpf(hours post fertilization)含量水平较高,6hpf到12hpf降低至较低水平,16hpf后表达量开始逐渐上升,60hpf至96hpf则稳定在较高水平。原位杂交结果表明:akt3在2hpf至96hpf的胚胎中整体都有表达,没有组织特异性。在成鱼中,除鳃部外,akt3在所检测的其他各组织器官中均有表达,在脑部和卵巢表达量较高;利用显微注射持续表达myr-akt3 mRNA研究其功能充分性时结果显示,过量表达斑马鱼akt3 mRNA能使斑马鱼胚胎发育滞后且伴随着尾部短粗、体节模糊、尾末端膨大甚至严重缩短等不同程度畸形。而在斑马鱼myr-akt3注射组发育至24hpf时观察(以排除akt3造成的发育延迟的影响),发现注射过akt3的斑马鱼胚胎的脑部厚度较对照组显著增大,表明akt3对斑马鱼胚胎脑部尺寸发育有影响。 展开更多
关键词 斑马鱼 akt3 表达图谱 RT-PCR 整胚原位杂交 过表达
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鲫鱼Dnmt1基因cDNA的克隆及表达分析 被引量:4
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作者 张蕾 谢冰花 +2 位作者 张琼宇 马姗姗 罗琛 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期229-235,共7页
研究克隆了编码鲫鱼DNMT1蛋白的cDNA序列,并对Dnmt1基因的时空表达模式和表达丰度差异进行了分析。该cDNA全长4912bp,编码1503个氨基酸。鲫鱼DNMT1蛋白与其他物种DNMT1蛋白的同源性分析表明,N端调节区的保守性较低,但C端的催化区是高度... 研究克隆了编码鲫鱼DNMT1蛋白的cDNA序列,并对Dnmt1基因的时空表达模式和表达丰度差异进行了分析。该cDNA全长4912bp,编码1503个氨基酸。鲫鱼DNMT1蛋白与其他物种DNMT1蛋白的同源性分析表明,N端调节区的保守性较低,但C端的催化区是高度保守的。整胚原位杂交显示,Dnmt1 mRNA在胚胎发育早期是广泛分布的,随着胚胎的发育,Dnmt1 mRNA在眼睛、脑部和已成熟体节的信号较强烈,显示了明显的区域性差异。实时定量PCR结果显示在鲫鱼胚胎发育早期有丰富的母源Dnmt1 mRNA存在,在早期发育过程中其丰度逐渐降低,在胚胎发育至2d后,Dnmt1 mRNA丰度又升到较高水平。RT-PCR检测表明在肝、心、脾、肾、脑、肌肉、视网膜等成体组织中都有Dnmt1的表达,但实时定量PCR结果显示在细胞分裂增殖旺盛的组织中表达水平明显较高。上述结果提示鲫鱼Dnmt1可能参与了胚胎基因组DNA甲基化的重编程,甲基化表观遗传学式样的确立和合子核基因正确时空表达模式形成的调节控制。 展开更多
关键词 DNMT1 鲫鱼 整胚原位杂交 实时定量
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WFS1突变致聋家系的鉴定及斑马鱼同源基因时空表达谱分析
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作者 黄啸博 陈智斌 +2 位作者 曹新 魏钦俊 邢光前 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1266-1273,共8页
目的:对2个遗传性耳聋家系进行分子病因学鉴定,并应用斑马鱼对致聋基因WFS1进行初步功能分析。方法:利用靶向捕获测序技术,对2个家系进行外显子测序分析,确定候选致病基因。生物信息学预测人WFS1基因的功能以及模式生物斑马鱼与人类WFS... 目的:对2个遗传性耳聋家系进行分子病因学鉴定,并应用斑马鱼对致聋基因WFS1进行初步功能分析。方法:利用靶向捕获测序技术,对2个家系进行外显子测序分析,确定候选致病基因。生物信息学预测人WFS1基因的功能以及模式生物斑马鱼与人类WFS1基因的同源性;采用整胚原位杂交和定量PCR法分析斑马鱼wfs1a和wfs1b的时空表达特征。结果:外显子测序及家系遗传共分离分析确定WFS1基因c.2036~2038delAGG(p.680delE)和c.1957C>T(p.653R>C)突变分别是2个家系的分子病因。定量PCR和全胚原位杂交结果显示斑马鱼wfs1a和wfs1b在胚胎发育不同时期呈现不同的时空表达特征。生物信息学分析提示wfs1b与人WFS1基因的进化距离更近,同源性更高。结论:2个遗传性耳聋家系均由WFS1突变所致,拓展了遗传性耳聋的基因突变谱。斑马鱼胚胎发育过程中wfs1a和wfs1b具有明显的时空表达特异性,wfs1b是人类WFS1的直系同源基因。研究结果既为耳聋分子诊断提供了支持,也为后续深入研究WFS1的突变致聋机制奠定了基础。 展开更多
关键词 靶向捕获测序 耳聋 WFS1 斑马鱼 整胚原位杂交 时空表达
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