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玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘
被引量：
17
1
作者
方永丰
李永生
+5 位作者
白江平
慕平
孟亚雄
张金林
王汉宁
尚勋武
《草业学报》
CSCD
北大核心
2012年第4期175-185,共11页
以玉米高密度遗传连锁图谱IBM2 2008Neighbors为参考图谱,收集来自不同实验中的173个玉米持绿相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)信息,利用BioMercator 2.1软件,构建出玉米持绿相关QTL整合图谱;采用元分析技术,在1,4,5,9...
以玉米高密度遗传连锁图谱IBM2 2008Neighbors为参考图谱,收集来自不同实验中的173个玉米持绿相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)信息,利用BioMercator 2.1软件,构建出玉米持绿相关QTL整合图谱;采用元分析技术,在1,4,5,9号染色体上发掘出5个持绿"一致性"QTL区间。根据"一致性"QTL区间两端标记在玉米物理图谱B73RefGen_v2上的位置,将"一致性"QTL区间进行物理图谱定位,利用Plant GDB(http://www.plantgdb.org/)在线区段批量下载工具(download region data)下载"一致性"区间的1 445个预测基因序列并进行生物信息学分析,发现预测基因主要参与具体的细胞过程,执行结合功能,催化、转移酶活性和氧化还原酶活性等分子功能。根据"一致性"QTL区间的基因位点名称,在NCBI中下载相关基因序列,与所在"一致性"QTL区间所有预测基因保守结构域进行比对,在5个"一致性"持绿QTL区间内初步确定8个持绿相关候选基因。利用GRAMENE网站(http://www.gramene.org/)的Cmap功能,将水稻持绿基因sgr(stay green)转定位于玉米物理图谱B73RefGen_v2上,找到与其同源的玉米候选基因GRMZM2G091837_T01,其序列与已发表的玉米衰老诱导叶绿体持绿蛋白基因sgr1序列一致。
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关键词
玉米
持绿性
数量性状位点(QTL)
整合图谱
元分析
在线阅读
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职称材料
水稻千粒重QTL图谱整合研究
被引量：
6
2
作者
鄂志国
吴殿星
+1 位作者
庄杰云
王磊
《科技通报》
2008年第5期617-622,635,共7页
以粳稻品种日本晴的测序图谱Gramene Annotated Nipponbare Sequence2006为基础,挑选较广泛应用于水稻QTL研究的标记绘制了公共图谱,并将国内外公开发表的251个水稻千粒重QTL整合到该图谱中。研究表明,目前定位的粒重QTL虽分散于各条染...
以粳稻品种日本晴的测序图谱Gramene Annotated Nipponbare Sequence2006为基础,挑选较广泛应用于水稻QTL研究的标记绘制了公共图谱,并将国内外公开发表的251个水稻千粒重QTL整合到该图谱中。研究表明,目前定位的粒重QTL虽分散于各条染色体,但主要集中在1、3、5、6、10号染色体上并成簇状分布,其中6个区间可能存在主效QTL。
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关键词
千粒重
QTL
图谱
整合
水稻
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职称材料
题名
玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘
被引量：
17
1
作者
方永丰
李永生
白江平
慕平
孟亚雄
张金林
王汉宁
尚勋武
机构
甘肃省作物遗传改良与种质创新重点实验室
甘肃省干旱生境作物学重点实验室
甘肃农业大学农学院
兰州大学草地农业科技学院
出处
《草业学报》
CSCD
北大核心
2012年第4期175-185,共11页
基金
973计划前期研究专项(2012CB722902)
甘肃省科技攻关计划项目(2GS064-A41-001-05)资助
文摘
以玉米高密度遗传连锁图谱IBM2 2008Neighbors为参考图谱,收集来自不同实验中的173个玉米持绿相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)信息,利用BioMercator 2.1软件,构建出玉米持绿相关QTL整合图谱;采用元分析技术,在1,4,5,9号染色体上发掘出5个持绿"一致性"QTL区间。根据"一致性"QTL区间两端标记在玉米物理图谱B73RefGen_v2上的位置,将"一致性"QTL区间进行物理图谱定位,利用Plant GDB(http://www.plantgdb.org/)在线区段批量下载工具(download region data)下载"一致性"区间的1 445个预测基因序列并进行生物信息学分析,发现预测基因主要参与具体的细胞过程,执行结合功能,催化、转移酶活性和氧化还原酶活性等分子功能。根据"一致性"QTL区间的基因位点名称,在NCBI中下载相关基因序列,与所在"一致性"QTL区间所有预测基因保守结构域进行比对,在5个"一致性"持绿QTL区间内初步确定8个持绿相关候选基因。利用GRAMENE网站(http://www.gramene.org/)的Cmap功能,将水稻持绿基因sgr(stay green)转定位于玉米物理图谱B73RefGen_v2上,找到与其同源的玉米候选基因GRMZM2G091837_T01,其序列与已发表的玉米衰老诱导叶绿体持绿蛋白基因sgr1序列一致。
关键词
玉米
持绿性
数量性状位点(QTL)
整合图谱
元分析
Keywords
Zea mays
stay green
quantitative trait locus（QTL）
integration map
meta-analysis
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
水稻千粒重QTL图谱整合研究
被引量：
6
2
作者
鄂志国
吴殿星
庄杰云
王磊
机构
浙江大学农业与生物技术学院
中国水稻研究所
出处
《科技通报》
2008年第5期617-622,635,共7页
基金
国家863课题(2006AA10Z1E8)
浙江省自然科学基金(Y305083)
农业部超级稻专项资助项目(200706)
文摘
以粳稻品种日本晴的测序图谱Gramene Annotated Nipponbare Sequence2006为基础,挑选较广泛应用于水稻QTL研究的标记绘制了公共图谱,并将国内外公开发表的251个水稻千粒重QTL整合到该图谱中。研究表明,目前定位的粒重QTL虽分散于各条染色体,但主要集中在1、3、5、6、10号染色体上并成簇状分布,其中6个区间可能存在主效QTL。
关键词
千粒重
QTL
图谱
整合
水稻
Keywords
1000-grain weight
QTL
integration map
rice
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
TP392 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘
方永丰
李永生
白江平
慕平
孟亚雄
张金林
王汉宁
尚勋武
《草业学报》
CSCD
北大核心
2012
17
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
水稻千粒重QTL图谱整合研究
鄂志国
吴殿星
庄杰云
王磊
《科技通报》
2008
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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